Departamento de Ciência da Computação - IME

Departamento de Ciência da Computação - IME - USP

Total de projetos de pesquisa

Número total de itens: 284

2016

2016-2016. Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Coordenador / Andre Fujita - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2016-2016. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications.
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: João Eduardo Ferreira.

2015

1.	2015-2016. Aplicações do Modelo BSP para Computaçãoo de Alto Desempenho Descrição: O projeto consiste em explorar o uso do modelo BSP (Bulk Synchronous Parallel) em dois ambientes ligados a computação de alto desempenho. Os dois ambientes são: Placas Gráficas (GPUs) e nuvens computacionais. No primeiro caso, vamos começar usando o modelo BSP para previsão de desempenho de aplicações paralelas, mas vamos também pesquisar ambientes com mais de uma GPU e o uso conjunto de CPUs e GPUs. No segundo caso, queremos estudar o desempenho de aplicações paralelas escritas no modelo BSP em nuvens. Vamos começar inicialmente com nuvens controladas, onde todo o ambiente é conhecido, de forma a termos mais dados para a segunda fase que vai consistir no uso de nuvens públicas. Escolhemos como ambiente inicial o OpenStack. Vamos também pesquisar o uso de várias aplicações simultaneamente, possivelmente alterando o número de processadores BSP e máquinas virtuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.	2015-2016. CHOOSING: Cooperation on Hybrid Computing Clouds for Energy Saving Descrição: "The cloud computing is an important factor for environmentally sustainable development. If, in the one hand, the increasing demand of users drive the creation of large datacenters, in the other hand, cloud computing?s ?multitenancy? trait allows the reduction of physical hardware and, therefore, the saving of energy. Thus, it is imperative to optimize the energy consumption corresponding to the datacenter?s activities. Three elements are crucial on energy consumption of a cloud platform: computation (processing), storage and network infrastructure. Therefore, the aim of this project is to provide different techniques to reduce energy consumption regarding these three elements.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / BATISTA, DANIEL MACEDO - Integrante / Johanne Cohen - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Kelly Rosa Braghetto. Descrição: The cloud computing is an important factor for environmentally sustainable development. If, in the one hand, the increasing demand of users drive the creation of large datacenters, in the other hand, cloud computing?s ?multitenancy? trait allows the reduction of physical hardware and, therefore, the saving of energy. Thus, it is imperative to optimize the energy consumption corresponding to the datacenter?s activities. Three elements are crucial on energy consumption of a cloud platform: computation (processing), storage and network infrastructure. Therefore, the aim of this project is to provide different techniques to reduce energy consumption regarding these three elements. Our work mainly focuses on energy saving aspects based on virtualization, i.e., pursuing the idea of the intensive migration of classical storage/processing systems to virtual ones. We will study how different organizations (whose resources are combined as hybrid clouds) can cooperate with each other in order to minimize the energy consumption without the detriment of client requirements or quality of service. Then, we intend to propose efficient algorithmic solutions and design new coordination mechanisms that incentive cloud providers to collaborate.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Denis Trystram - Integrante / Gregory Mounié - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Pierre-François Dutot - Integrante / Daniel Cordeiro - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Johanne Cohen - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Evripidis Bampis - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante / Joanna Tomasik - Integrante. Financiador(es): COFECUB - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
3.	2015-2016. Colaboração acadêmica - Loughborough University (UK) - Newton Fund/FAPESP Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Paul Chung - Integrante. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
4.	2015-2016. Combinação de características locais e globais em aprendizagem de operadores de imagens Descrição: O problema de projeto de operadores morfológicos pode ser modelado no contexto de aprendizagem de máquina como um problema de aprendizado de uma função local que mapeia o padrão observado em cada ponto da imagem para um valor de saída. Uma característica interessante dos operadores morfológicos é o fato de eles permitirem uma interpretação intuitiva de seus efeitos, uma vez que sua concepção é fortemente baseada em explorar informação de forma e de topologia. Além disso, eles são formalmente bem caracterizados por fundamentos teóricos sólidos. Porém, por construção, operadores morfológicos não possuem propriedades interessantes como invariância à escala e à rotação e também não levam em consideração informações globais ou de contexto. Neste projeto, o objetivo principal é avançar os métodos existentes para projeto de operadores morfológicos para que estes sejam capazes de tratar objetos de diferentes escalas e levem em consideração informações globais e de contexto. Para tanto, a principal ideia a ser explorada é o uso de descritores de características diversas citados na literatura da área, de forma acoplada ao arcabouço de combinação de operadores. Deverão ser investigados os aspectos teóricos, estatísticos e práticos associados. Aplicações em processamento de imagens de documentos são planejadas como meio para validação dos métodos a serem desenvolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Igor dos Santos Montagner - Integrante / Ana Lucia Lima Marreiros Maia - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.	2015-2016. Detecção de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogêneas Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
6.	2015-2016. FAPESP - Auxílio regular de pesquisa (proc. 2012/24409-2): ''Arquigrafia Fase II'' Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Artur Simões Rozestraten - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
7.	2015-2016. FAPESP - Chamada SPRINT de colaboração bilateral USP-University of Victoria, Canada (R$ 70.000,00) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
8.	2015-2016. FAPESP Auxílio regular de pesquisa (proc. 2014/21899-4): ''Portal para desenvolvedores novatos em comunidades de software livre'' (R$ 185.000,00) Descrição: Projetos de software livre têm alavancado o desenvolvimento e crescimento de diversos setores da sociedade. Muitos desses projetos são mantidos ou recebem contribuições de voluntários globalmente distribuídos. Entretanto, ao tentar entrar em um projeto, os desenvolvedores são sujeitos a várias barreiras relacionadas a, por exemplo, quebras de expectativa, problemas de recepção, configuração de ambiente, curva de aprendizado etc., e muitos novatos acabam desistindo. Estudos anteriores investigaram o processo de tornar-se membro do projeto e as motivações para contribuir, entretanto poucos focaram na identificação e entendimento das barreiras críticas que os novatos encontram até enviar sua primeira contribuição. Neste projeto, propomos a extensão de um estudo qualitativo realizado anteriormente, a concepção de mecanismos de awareness para mitigar essas barreiras, a implementação de um portal para comunidades de software livre e a implantação e avaliação desse portal. Alguns mecanismos serão baseados em técnicas de mineração de repositórios para identificação de dependências de mudança entre artefatos, análise de redes sociotécnicas e identificação de indícios de problemas de qualidade de software. Esperamos com esse projeto avançar na direção de um maior fluxo de contribuições por novatos em comunidades de software livre.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
9.	2015-2015. Harmonização Musical Automática e Processamento Sonoro Descrição: Este projeto compreende uma proposta de colaboração com a equipe do Prof. Dr. Emilios Cambouropoulos da Aristotle University of Thessaloniki na área de harmonização musical automática, utilizando técnicas de processamento sonoro, bem como com a Profa. Dra. Anastasia Georgaki da National and Kapodistrian University of Athens na área de processamento sonoro, mais especificamente modelos de síntese aplicados a paisagens sonoras. Seus objetivos gerais são avançar o estado da arte em relação ao problema de harmonização musical automática, incorporando conceitos e métodos de processamento sonoro e otimização às técnicas mais recentes disponíveis, e desenvolver técnicas de representação e manipulação sonora de um acervo digital associado a uma paisagem sonora específica, a Academia de Platão em Atenas, além de consolidar as parcerias de cooperação internacional entre os grupos de pesquisa em Computação Musical e o Núcleo de Sonologia da USP e as duas instituições estrangeiras envolvidas. As propostas aqui apresentadas foram discutidas e refinadas em colaboração com estes grupos, sendo que o período de março a julho de 2015, a que se refere a bolsa pleiteada, visa à elaboração e refinamento de modelos, e à realização de experimentos e análises para a produção de publicações resultantes destas colaborações.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador / Maximos Kaliakatsos-Papakostas - Integrante / Emilios Cambouropoulos - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
10.	2015-2016. HP - Projeto de cooperação universidade-indústria - ''The Machine for Smart Cities'' (R$ 180.000,00) Descrição: The advances leading towards the new computing technologies such as those part of HP "The Machine" project will change storage, communication, and computation of information. In turn, these new technologies will change how applications are built and used. The rise of smart cities is a natural consequence of the advances leading towards these technologies. Applications will facilitate the life of citizens and the management of the city by, for example, providing accurate information about the traffic, leveraging data provided by sensors, based on a computing model called Sense as a Service. An Internet of Things (IoT) will appear, connecting many "things" capable of communicating with humans and with each other. Several challenges appear while developing applications for a smart city. In this project, we will look for computing models that can approximate the behavior of The Machine to be able to predict, or even tune, its performance. We will use these models and The Machine simulator to enact smart cities scenarios. We are going to use empirical software engineering techniques to better understand smart cities scenarios and we will develop simulators and tools to support software developers. Ultimately, we aim to support the development and adoption of The Machine-based smart cities applications.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
11.	2015-2016. LEAPaD: Laboratóorio de Estudos Avaçados em Sistemas Paralelos e Distribuídos Descrição: O processamento paralelo e distribuído é uma realidade nos sistemas computacionais há muitos anos. No entanto, observa-se no histórico mais recente, o crescimento dos horizontes de sua aplicação em função de uma nova realidade de mercado, a qual oferece preços muito competitivos para os mais diversos tipos de plataformas de hardware, implicando no aumento das ofertas de soluções e, consequentemente, de demandas de aplicações da sociedade em geral. Logo, se no passado não muito distante, problemas e questões relacionadas ao processamento paralelo e distribuído surgiam em função do desenvolvimento de aplicações caracterizadas por necessitarem de uma grande quantidade de recursos computacionais, hoje surge uma nova classe de problemas em função da pluralidade de dimensões que as novas plataformas de processamento oferecem. Esta pluralidade reflete a incorporação nas plataformas de execução de diferentes tecnologias de hardware com suporte ao processamento intensivo e paralelo, incluindo não apenas os multiprocessadores e aglomerados de computadores, mas tambémFPGAs, GPUs, grades e nuvens computacionais. Dentre os efeitos observados, buscam-se novos modelos computacionais para solucionar as diferentes questões operacionais que se apresentam nesta nova realidade. Neste contexto, o presente projeto se insere apresentando a criação do LEAPaD, um laboratório, virtualmente distribuído entre as instituições parceiras, vocacionado em explorar questões ligadas ao gerenciamento das ações que envolvem o processamento paralelo e distribuído. O LEAPaD, acrônimo para Laboratório de Estudos Avançados em Sistemas Paralelos e Distribuídos, se institui de forma a consolidar linhas de atuação ligadas aos programas associados a este projeto, buscando explorar soluções para construções de aplicações e sistemas de gerenciamento e exploração de processamento de alto desempenho em arquiteturas paralelas e distribuídas, tais como FPGAs, ambientes multiprocessados e com GPUs, aglomerados de computadores e de grades e nuvens computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (15) / Mestrado acadêmico: (11) / Doutorado: (18) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Gerson Geraldo H. Cavalheiro - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Alba Cristina Magalhaes Alves de Melo - Integrante / Genaina Nunes Rodrigues - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Ricardo Jacobi - Integrante / Maria Emília Walter - Integrante / George Luiz Medeiros Teodoro - Integrante / Maristela Terto Holanda - Integrante / Vander Ramos Alves - Integrante / Eduardo Adilio Pelinson Alchieri - Integrante / Aletéia Patrícia Favacho de Araújo - Integrante / P. Ferreira Jr - Integrante / Luciano Volcan Agostini - Integrante / Renata Hax Sander Leiser - Integrante / Maurício Lima Pilla - Integrante / Adenauer Correa Yamin - Integrante / André Rauber du Bois - Integrante / Bruno Zatt - Integrante / Marcelo Schiavon Porto - Integrante / Rafael Iankowski Soares - Integrante / Simone André da Costa Cavalheiro - Integrante / Ana Marilza Pernas Fleischmann - Integrante / Luciana Foss - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
12.	2015-2016. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.

2014

1.	2014-2016. A platform for the management of a distributed cluster for innovative gaming and animation companies Descrição: Projeto de pesquisas - cooperação internacional - co-financiado por FAPESP e Edinburgh University.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
2.	2014-2016. Biologia Sistêmica do Câncer Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador / Dirce M Carraro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2014-2016. Classification of Gender and Ethnicity using 3D Modeling and Multi-resolution Operators Descrição: Pesquisa e desenvolvimento de metodologias para classificação de gênero e raça em vídeos de câmeras de segurança.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Roberto Hirata Júnior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Hitachi - Central Research Laboratory - Cooperação. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.	2014-2016. Desenvolvimento de técnicas estatístico-computationais para construir, modelar e analisar redes biológicas envolvidas em doenças humanas Descrição: O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a análise estatística e manipulação de dados gerados em larga escala. Isso se deve principalmente a grande quantidade, heterogeneidade, multidimensionalidade e presença de ruído intrínseco nos dados biológicos. Neste contexto, este projeto de pesquisa tem como objetivo principal o desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para inferência dos fenômenos que emergem das interações entre os diferentes componentes biológicos envolvidos numa doença. Em outras palavras, desenvolveremos métodos estatísticos formais para grafos (teste de hipóteses, seleção de modelos, estimador de parâmetros) a fim de comparar redes neurais obtidas da modelagem de dados de ressonância magnética funcional, e estrutural e integrar dados de genômica, transcriptoma e fenótipo em câncer. Isso permitirá modelar, integrar e analisar dados biológicos obtidos em diversas colaborações entre nosso grupo e laboratórios de biologia/medicina (Lab. de Regulação de RNAs e micro RNAs em Doenças (Profa. Massirer) e Lab. de Biologia Molecular (Prof. Bengtson), ambos da UNICAMP; dados de ressonância magnética dos grupos do Prof. Sato da UFABC e Dr. Takahashi da Universidade de Princeton) além também de implantar uma linha de pesquisa inédita (análise estatística formal em grafos) tanto no mundo como também no Dept. de Ciência da Computação do IME-USP. Com isso, esperamos auxiliar biomédicos a elucidar os mecanismos biológicos envolvidos em diversas doenças estudadas neste projeto (câncer, doenças cardiovasculares, diabetes e distúrbios do cérebro).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Katlin Brauer Massirer - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Mário Henrique Bengtson - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita.
5.	2014-2016. Desenvolvimento e aplicações de ferramentas computacionais para biologia: de modelagem molecular a pesquisa translacional Descrição: Neste projeto estamos propondo a criação de uma rede de colaborações científicas entre a USP(Capital) e UFPE que promova a interação multidisciplinar entre físicos, químicos, biólogos, farmacêuticos e cientista da computação dentro do um projeto científico que visa o desenvolvimento e aplicação de ferramentas computacionais voltadas para problemas biológicos e induzirá a formação de recursos humanos. As ferramentas computacionais que serão desenvolvidas são bastante diversificadas, cobrindo uma ampla variedade de problemas na área biológica, e atualmente fazem parte dos temas de pesquisa dos docentes envolvidos neste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Kaline Rabelo Coutinho - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita.
6.	2014-2016. FRACS - paralelização e implementação Descrição: Implementação do código FRACS de forma a torná-lo mais eficiente, utilizando técnicas de processamento de alto desempenho. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador / Karin Silvia Franzoni Fornazier Guimarães - Integrante. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
7.	2014-2015. Generation of Java PathFinder Properties from Test Purposes (FAPESP: 2013/22317-6) Descrição: This Research Internship Abroad (BEPE) project is part of the Ph.D work under the São Paulo Research Foundation (FAPESP) process: 2011/01928-1. The main objective of the Ph.D work is to help software developers in applying formal verification in practice. To do this, we propose an approach that generates the corresponding source code of the system properties that should be verified to assure the software quality. This code generation will be guided by the test purposes derived from the system specification. The main challenge of the Ph.D research is to synchronize the test purposes at implementation and specification levels in order to automate the properties code generation. To solve this problem, we have decided to make a theoretical work over this synchronization and then apply its results in practice using the Java PathFinder (JPF), a virtual machine that can be used as a model checker to verify Java programs. In this BEPE project, we will focus on the application of the theoretical results in practice: we are going to proceed to the implementation of general properties templates in JPF. These templates will be used to automate the generation of properties code that a system must satisfy to guarantee its quality. And the generated property code will be registered in JPF so that it will be able to check whether the system satisfies this property or not. To validate the implementation of those JPF general properties templates, a set of tests for each property template must be created and executed.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante / Corina Pasareanu - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
8.	2014-2016. LEAPaD Descrição: Cooperação para a construção de um laboratório virtual de computação distribuída. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (11) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Alfredo Goldman Vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Daniel Macedo Batista - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
9.	2014-2016. LEAPaD (Laboratório de Estudos Avançados em Sistemas Paralelos e Distribuídos) Descrição: O processamento paralelo e distribuído é uma realidade nos sistemas computacionais há muitos anos. Se no passado não muito distante, problemas e questões relacionadas ao processamento paralelo e distribuído surgiam em função do desenvolvimento de aplicações caracterizadas por necessitarem de uma grande quantidade de recursos computacionais, hoje surge uma nova classe de problemas em função da pluralidade de dimensões que as novas plataformas de processamento oferecem. Esta pluralidade reflete a incorporação nas plataformas de execução de diferentes tecnologias de hardware com suporte ao processamento intensivo e paralelo, incluindo não apenas os multiprocessadores e aglomerados de computadores, mas também FPGAs, GPUs, grades e nuvens computacionais. Dentre os efeitos observados, buscam-se novos modelos computacionais para solucionar as diferentes questões operacionais que se apresentam nesta nova realidade. Neste contexto, o presente projeto se insere apresentando a criação do LEAPaD, um laboratório, virtualmente distribuído entre as instituições parceiras, vocacionado em explorar questões ligadas ao gerenciamento das ações que envolvem o processamento paralelo e distribuído. O LEAPaD se institui de forma a consolidar linhas de atuação ligadas aos programas associados a este projeto, buscando explorar soluções para construções de aplicações e sistemas de gerenciamento e exploração de processamento de alto desempenho em arquiteturas paralelas e distribuídas, tais como FPGAs, ambientes multiprocessados e com GPUs, aglomerados de computadores e de grades e nuvens computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (12) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (7) . Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Genaína Nunes Rodrigues - Integrante / Alba Cristina Magalhães Alves de Melo - Integrante / KON, FABIO - Integrante / Gerson Geraldo Homrich Cavalheiro - Integrante / Ricardo Jacobi - Integrante / Maria Emilia Walter - Integrante / George Luiz Medeiros Teodoro - Integrante / Maristela Terto Holanda - Integrante / Vander Ramos Alves - Integrante / Eduardo Adilio Pelinson Alchieri - Integrante / Aletéia Patrícia Favacho de Araújo - Integrante / Paulo R. Ferreira Jr - Integrante / Luciano Volcan Agostini - Integrante / Renata Hax Sander Reiser - Integrante / MaurÍcio Lima Pilla - Integrante / Adenauer Correa Yamin - Integrante / André Rauber du Bois - Integrante / Bruno Zatt - Integrante / Marcelo Schiavon Porto - Integrante / Rafael Iankowski Soares - Integrante / Simone André da Costa Cavalheiro - Integrante / Ana Marilza Pernas Fleischmann - Integrante / Luciana Foss - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Daniel Macêdo Batista.
10.	2014-2016. Novas direções para minimização com restrições lineares (Chamada CNPq No. 17/2013 - Cooperação Internacional - Acordos Bilaterais, Bélgica, Processo: 490326/2013-7) Descrição: Neste projeto procura-se desenvolver um software para minimizar funções sujeitas a restrições lineares de igualdade e desigualdade. O número de variáveis e o número de restrições serão grandes e, em geral, a matriz A que de ne as restrições será esparsa. Serão avaliadas (1) uma abordagem de pontos interiores com métodos regiões de con fiança de grande porte para globalização e (2) uma abordagem com regularização cúbica. Pretendemos ainda analisar a aplicabilidade destes métodos ao problema MPCC. O projeto aponta para a elaboração de um software em condições de representar o estado-da-arte nesta área.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / José Mario Martínez - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Lobato, Rafael D. - Integrante / Phillipe Rodrigues Sampaio - Integrante / John Lenon Gardenghi - Integrante / Philippe L. Toint - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
11.	2014-2016. Proj. CNPq/Edital Universal 2014 - Estudos Teóricos e Práticos de Problemas e Técnicas de Otimização Descrição: O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áresa correlatas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (8) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Fernandes, Cristina G. - Integrante / Ferreira, Carlos E. - Integrante / Lima, Karla Roberta - Integrante / Fernando Mário de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Mario Leston-Rey - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / César Israel Henandez-Veles - Integrante / Andrea Jimenez - Integrante. Membro: Yoshiko Wakabayashi. Descrição: (Proj. CNPq/Edital Universal 2014) O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áresa correlatas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Marcel K. de Carli Silva - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante. Membro: Cristina Gomes Fernandes. Descrição: O principal objetivo do projeto é a aplicação de técnicas de otimização a diversos problemas, teóricos e práticos, com destaque ao uso de ferramentas de programação semidefinida, programação mista, combinatória poliédrica e algoritmos de aproximação. Nossas investigações contribuirão para avançar o estado-da-arte em otimização combinatória e em áreas correlatas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (7) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Alvaro Junio Pereira Franco - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Marcel Kenji de Carli Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
12.	2014-2016. Rede de cooperação acadêmica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genômica estrutural e funcional Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. Descrição: Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / André Fujita - Integrante / Robson Francisco de Souza - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
13.	2014-2016. Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2013

1.	2013-2016. Aprendizagem de operadores de imagens - Aplicações em detecção de objetos e segmentação de imagens Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. De um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser utilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens binárias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Oceanografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros da equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante / Hirata, Nina S.T. - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. D e um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser ut ilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens bin árias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Ocea nografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros d a equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2013-2016. Aquisição, gerenciamento, aprimoramento, análise e visualização de imagens de tomografia biomagnética. Descrição: Esse projeto faz parte de um projeto maior chamado: "Implantação de Infraestrutura em Engenharia Biomédica na Unifesp para Desenvolvimento de Inovação Tecnológica na Saúde: Tomografia Biomagnética". Valor total: até R$ 2.462.525,00, sendo: R$ 2.347.325,00 destinados ao Acordante por meio de aporte direto, R$ 115.200,00 destinados a Bolsas de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a serem transferidos pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq; Fonte: Saúde.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / IDE, JAIME S. - Integrante / CAPPABIANCO, FABIO A. M. - Integrante / Carlos Marcelo Gurjão de Godoy - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Previdência Complementar - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
3.	2013-2016. Busca inteligente em laudos e imagens de ultrassonografia Descrição: Este projeto tem como objetivo a pesquisa e desenvolvimento de uma ferramenta de software capaz de realizar pesquisas em laudos e imagens de exames de ultrassonografia feitos através do Sistema Único de Saúde (SUS). Este projeto será realizado em parceria com o Instituto de Pesquisa e Ensino em Medicina Diagnóstica e Terapêutica (IPmed), que disponibilizará a base de dados. O desenvolvimento desta ferramenta possibilitará a extração de informações sobre a situação da saúde dessa parcela da população que utiliza os serviços do SUS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / LÚCIO VALENTIN - Integrante. Financiador(es): IPMED - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.	2013-2016. CeMEAI - Centro de Ciências Matemática Aplicadas à Indústria (CEPID FAPESP: 2013/07375-0) Descrição: O foco desta proposta é a transferência de conhecimento matemático para outras áreas da ciência, tecnologia e indústria, por meio de um centro de pesquisa estruturado para esse fim. Todo o conhecimento matemático é, em última análise, aplicável. se não diretamente, por meio de outros conhecimentos. Em algumas áreas da matemática a aplicação é quase ime( Entretanto, a colocação em prática de tal aplicabilidade se encontra muitas vezes travada por tradições incorretas, academicismo mal direcionado e dificuldades operacionais. Nos últimos anos, o crescimento da ciência no Brasil, e da matemática em particular, foi notável. Entretanto, a aplicação tecnológica, muitas vezes medida pelas patentes registradas, não teve o mesmo sucesso. Para fechar essa lacuna é necessário a criação de estruturas institucionais que estabeleçam as pontes entre as ciências matemáticas e aplicações como um objetivo em si mesmo. Não se trata apenas de orientar os trabalhos teóricos a áreas "potencialmente aplicáveis", mas de avançar nas aplicações até as últimas consequências, isto é, sua efetiva implementação na indústria, em sentido amplo. Não é mais possível descansar na posição de que a aplicação é problema de outros. É, de fato, problema de todos e reflete o necessário comprometimento da ciência aplicada e pura com o progresso material e espiritual da sociedade. A estratégia do presente projeto envolve, em primeiro lugar, a aglutinação de grupos destacados nas áreas mais aplicáveis da matemática no Estado visando seu direcionamento para aplicações efetivas. Os grupos selecionados têm demonstrado sua excelência na atividade científica convencional, em primeiro lugar, e em muitos casos, em aplicações relevantes. No CEPID proposto os grupos participantes continuarão com sua atividade científica habitual, e, ao mesmo tempo, desenvolverão "Ações de Transferência" de acordo com o roteiro: 1) Teses de mestrado e doutorado necessariamente vinculadas com aplicações em sentido amplo, com co-orientação explícita de especialistas nesses setores. 2) Realização de pelo menos um Workshop anual de Transferência, onde participarão os membros do CEPID e representantes de indústrias, administração, serviços, setores educativo e tecnológico. 3) Visitas periódicas de membros do CEPID a instituições com potencial para aplicações relevantes. 4) Elaboração de uma publicação interna chamada em princípio "Transference experiences" visando a consolidação de uma publicação mais permanente.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / José Mario Martínez - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Integrante / Julio Stern - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Geraldo Nunes Silva - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Reinaldo Morabito - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Socorro Rangel - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante / Adolfo Gomes Marto - Integrante / Alexandre Cláudio Botazzo Delbem - Integrante / Ana Cristina Avelar - Integrante / Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho - Integrante / Antonio Castelo Filho - Integrante / Bruno Feres de Souza - Integrante / Carlos Alberto Ribeiro Diniz - Integrante / Cassio Machiaveli Oishi - Integrante / Claudio Fabiano Motta Toledo - Integrante / Edilaine Martins Soler - Integrante / Edson dos Santos Moreira - Integrante / Eduardo Marques - Integrante / Eduardo Raul Hruschka - Integrante / Ellen Francine Barbosa - Integrante / Estevam Rafael Hruschka Junior - Integrante / Francisco Aparecido Rodrigues - Integrante / Francisco Louzada Neto - Integrante / Gustavo Carlos Buscaglia - Integrante / Gustavo Enrique de Almeida Prado Alves Batista - Integrante / Joao Luiz Filgueiras de Azevedo - Integrante / Jorge Luis Bazan Guzman - Integrante / José Alberto Cuminato - Integrante / José Carlos Maldonado - Integrante / Leandro Franco de Souza - Integrante / Marcio Merino Fernandes - Integrante / Maria Carolina Monard - Integrante / Mariana Cúri - Integrante / Marinho Gomes de Andrade Filho - Integrante / Murilo Francisco Tome - Integrante / Mário de Castro Andrade Filho - Integrante / Nikolai Valtchev Kolev - Integrante / Onofre Trindade Junior - Integrante / Pablo Martin Rodriguez - Integrante / Paulo Afonso Faria da Veiga - Integrante / Paulo Morelato França - Integrante / Pedro Jose de Oliveira Neto - Integrante / Ricardo José Gabrielli Barreto Campello - Integrante / Roberto Gil Annes da Silva - Integrante / Rodrigo Fernandes de Mello - Integrante / Ronaldo Dias - Integrante / Roseli Aparecida Francelin Romero - Integrante / Seiji Isotani - Integrante / Thiago Alexandre Salgueiro Pardo - Integrante / Vanderlei Bonato - Integrante / Vera Lucia Damasceno Tomazella - Integrante / Vicente Garibay Cancho - Integrante / Victor Hugo Lachos Davila - Integrante / Vitoriano Ruas de Barros Santos - Integrante / William Roberto Wolf - Integrante / Yvonne Primerano Mascarenhas - Integrante / Zhao Liang - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
5.	2013-2016. Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática (NEUROMAT) Descrição: O Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão em Neuromatemática terá como objetivo integrar a modelagem matemática com a pesquisa básica e aplicada à neurociência que, cada vez mais, requer ferramentas matemáticas para analisar a enorme massa de dados gerados por recursos experimentais. Matemática é a ponte que pode integrar observações e explicações. Na área de transferência de tecnologia e inovação, o Centro vai se concentrar em produtos demandados por programas de saúde pública em neurorreabilitação, incluindo a concepção e análise de banco de dados padronizado e o desenvolvimento de ferramentas de apoio ao diagnóstico clínico, à decisão e ao acompanhamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Jefferson Antonio Galves - Coordenador / Adriano Bretanha Lopes Tort - Integrante / Ana Carolina Quirino Simoes - Integrante / Anatoli Iambartsev - Integrante / André Frazão Helene - Integrante / Angela Sirigu - Integrante / Annie Suzanne Charot Viala - Integrante / Antonio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / Claudia Domingues Vargas - Integrante / Daniel Edmundo Fraiman Borrazás - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Diego Laplagne - Integrante / Doris Satie Maruyama Fontes - Integrante / Ernst Wolfgang Hamburger - Integrante / Felipe Fregni - Integrante / Florencia Graciela Leonardi - Integrante / Gilberto Fernando Xavier - Integrante / Guillermo Cecchi - Integrante / Jesus Enrique Garcia - Integrante / Jorge Stolfi - Integrante / Koichi Sameshima - Integrante / Laura Leticia Ramos Rifo - Integrante / Linamara Rizzo Battistella - Integrante / Luiz Renato Gonçalves Fontes - Integrante / Marcello Magnasco - Integrante / Marcos Romualdo Costa - Integrante / Mariano Sigman - Integrante / Miguel Natalio Abadi - Integrante / Nancy Lopes Garcia - Integrante / Pablo Augusto Ferrari - Integrante / Paul Balister - Integrante / Roberto Imbuzeiro Moraes Felinto de Oliveira - Integrante / Sergio Neuenschwander - Integrante / Sidarta Tollendal Gomes Ribeiro - Integrante / Veronica Andrea Gonzalez-Lopez - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz. Descrição: O projeto trata da criação de um centro de matemática, integrando modelagem matemática com pesquisa básica e aplicada na fronteira da neurociência. Importante motivação para a criação do centro é a grande quantidade de dados que os laboratórios de pesquisas são capazes de gerar atualmente e cuja análise depende de novos modelos matemáticos. Também, o desenvolvimento de linguagem e estruturas matemáticas adequadas é essencial para desenvolver teorias explicando os fatos experimentais e sugerindo predições que possam ser testadas. O projeto visa construir um centro de pesquisa avançada em neurociência teórica, reunindo uma equipe de ponta composta de matemáticos, cientistas da computação, neurocientistas e clínicos especialistas em reabilitação. Mais detalhes em: http://neuromat.numec.prp.usp.br/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Jefferson Antônio Galves - Coordenador. Membro: Kelly Rosa Braghetto.
6.	2013-2016. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celulkar Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
7.	2013-2015. Ciência experimental de interações Descrição: Projeto de pesquisas - auxílio regular - com apoio financeiro da FAPESP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
8.	2013-2016. Edital Universal CNPq (proc. 477831/2013-3): ''Suporte a novatos em projetos de software livre'' (R$ 21.000,00) Descrição: Comunidades de produção coletiva, como as que mantêm projetos de software livre, demandam a colaboração de voluntários e necessitam de novatos para sua continuidade. Os novatos enfrentam dificuldades e obstáculos ao iniciar sua interação em um projeto, resultando em uma grande desistência e consequente baixa taxa de retenção. Mecanismos de awareness que apoiem os novatos podem facilitar os passos iniciais no projeto e propiciar sua permanência. Neste projeto de pesquisa, propõe-se caracterizar a entrada de novatos em projetos de software livres distribuídos, bem como os perfis desses novatos, por meio da identificação de fatores que levam a desistências ou desmotivação. Para isso, está planejada a condução de entrevistas com membros de projetos de software livre e com pessoas que desistiram de projetos de software livre, análise qualitativa dos dados coletados e proposta de um conjunto de mecanismos de awareness que apoiem os fatores levantados pelas entrevistas. Por fim pretende-se avaliar a efetividade do uso desses mecanismos para amenizar os problemas dos novatos por meio de observações e pesquisa-ação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
9.	2013-2016. Empreendedorismo em Computação e o Ecossistema de Startups de Software Descrição: Pesquisa qualitativa do ecossistema de startups de software em Israel, nos EUA e no Brasil de forma a elaborar um mapa temático genérico da área. A partir daí serão identificadas melhores práticas e oportunidades de melhoria no ambiente nos três contextos estudados bem como codificadas um conjunto de diretrizes para o processo de criação de empresas startups de software.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Claudia Oliveira de Melo - Integrante / Daniel Cukier - Integrante / Orit Hazzan - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Fabio Kon.
10.	2013-2016. Estruturas Combinatórias, Otimização e Algoritmos em Teoria da Computação (Temático da FAPESP: 2013/03447-6) Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / ANDREA PATRICIA JIMENEZ RAMIREZ - Integrante / André Fujita - Integrante / Carlos Henrique Cardonha - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Neal Owen Bushaw - Integrante / Rudini Menezes Sampaio - Integrante / Sang June Lee - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ferreira, Carlos E. - Coordenador / Débora P. Ronconi - Integrante / Daniel M. Martin - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Ernesto Birgin - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / André Fujita - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante. Membro: Cristina Gomes Fernandes. Descrição: A área de Ciência da Computa ção experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnol ógicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se d á por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas t écnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é imposs ível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de m étodos, t écnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computa ção. É evidente que os mais bem sucedidos avan ços tecnol ógicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados te óricos. Áreas como minera ção de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus m étodos fortemente baseados em t écnicas desenvolvidas em Teoria da Computa ção. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinat órias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: m étodos alg ébricos, geom étricos, probabil ísticos, combinat órios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estrat égias e algoritmos mais efi cientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de sub áreas de Teoria da Computa ção, permitindo uma maior sinergia para a solu ção dos problemas abordados. As principais contribui ções esperadas neste projeto são a publica ção de artigos cient íficos em conferências e peri ódicos bem estabelecidos, com alta circula ção e de seletiva pol tica editorial. Desejamos tamb em intensi ficar o intercâmbio internacional do grupo e a forma ção de alunos nos v ários ní veis (de inicia ção científi ca a p ós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execu ção do projeto, realizar uma Escola Avan cada de Ciências na área de Teoria da Computa ção.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / André Fujita - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante / Carlos Henrique Cardonha - Integrante / Carlos Hoppen - Integrante / Fabricio Siqueira Benevides - Integrante / Neal Owen Bushaw - Integrante / Rudini Sampaio Menezes - Integrante / Sang June Lee - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Eduardo Ferreira. Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: André Fujita.
11.	2013-2016. LoRMAE ? Logics for Reasoning in Multi-Agent Environments Descrição: Multi-agent environments are inhabited by various ?autonomous agents?. These are are entities capable of acting autonomously, i.e., without external intervention, in order to meet their design objec- tives. Although single-agent environments have been studied for a long time, studies about multi-agent environments are relatively new. This kind of environment brings new issues to be dealt with, such as non-deterministic actions, competition and cooperation among agents. Current solutions treat such is- sues by using some kind of multi-modal logic. But these logics present two important limitations: they do not allow efficient representations and they do not allow efficient reasoning. By applying some tech- niques previously studied by us, we intend to design new logics that overcome these limitations. The project aims (1) to develop formal languages able to represent multi-agent environments; (2) to develop formal methods by means of which multi-agent reasoning tasks can be performed; and (3) to imple- ment such methods in software prototypes. The proposal involves two Brazilian partners, the Institute of Mathematics and Statistics of the University of São Paulo (IME-USP) and the School of Arts, Science and Humanities (EACH-USP), as well as two French partners, the Toulouse Computer Science Research Institute (IRIT-CNRS) and the Computer Science Research Center of Lens (CRIL-CNRS).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Marcio Moretto Ribeiro - Integrante / Andreas Herzig - Integrante / Tiago de Lima - Integrante. Membro: Renata Wassermann.
12.	2013-2016. Métodos Computacionais de Otimização (Temático da FAPESP: 2013/05475-7) Descrição: Este projeto é continuação de projetos temáticos anteriores do mesmo grupo, coordenados pelo Prof. José Mario Martínez, o último dos quais se encerrou em 2011 (processo 2006/53768-0). Nesta nova etapa a coordenadora será a Prof. Sandra Augusta Santos, mas o Prof. Martínez continuará atuando na equipe. Tem como objetivo o desenvolvimento e a análise de algoritmos para os diferentes aspectos da Otimização, com ênfase na Otimização Contínua. O projeto se apoia em aplicações com as quais o grupo está familiarizado. Enfatizam-se algoritmos com sólida base teórica, o que envolve a caracterização precisa dos problemas abordados, com implementação computacional cuidadosa e competitiva, e conexões com Engenharia e Ciências Aplicadas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Lucio Tunes Santos - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Coordenador / Leandro Martínez - Integrante / Luis Felipe Bueno - Integrante / Gabriel Haeser - Integrante / Fedor Pisnitchenko - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
13.	2013-2016. NAP - eScience Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para imagem e estudos genômicos o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu processamento, análise, armazenamento e transferência. Esse cenário levou ao desenvolvimento de novas metodologias matemáticas e de ciência da computação para o tratamento de grande volume de dados, conhecidas hoje como e-Science. Entre os recursos mais importantes para e-Science estão a computação em nuvem e o uso de ferramentas de análise on-line. É também imperativo que a aquisição e inclusão de dados oriundos de plataformas de alto desempenho em bancos, para posterior análise e transferência, obedeçam a critérios estabelecidos ex ante por uma curadoria (data engineering). Essa nova arquitetura de tratamento de dados é essencial para que a descoberta científica nos principais domínios do conhecimento não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados? (Baraniuk RG, Science.2011. 331:717-8). A presente proposta centra-se na criação do Núcleo de e-Science da USP como uma resposta institucional para a formação de uma rede de laboratórios da Universidade de São Paulo capaz de: i) liderar iniciativas em desenvolvimento e difusão de metodologias computacionais aplicáveis à captura, armazenamento, manutenção e análise de dados gerados por plataformas de alto desempenho em domínios como medicina e biologia; ii) organizar a formação de recursos humanos nessa área ; iii) gerar, difundir e transferir tecnologia em e-Science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
14.	2013-2016. NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
15.	2013-2016. Novas Técnicas de Processamento e Análise de Imagens usando Grafos e suas Implementações em uma Ferramenta Online para Processamento 2D e 3D de Imagens Médicas e Naturais Descrição: Matemática discreta fornece uma estrutura elegante para o processamento de imagens, sendo rica em algoritmos eficientes, com provas de corretude. Como consequência, muitos métodos recentes de processamento de imagem têm sido modelados como problemas de busca e otimização em grafos. Métodos tradicionais podem também ser reformulados com base em grafos, levando a implementações mais eficientes, e/ou favorecendo análises teóricas, o que possibilita o desenvolvimento de novas extensões. Por outro lado, as peculiaridades do processamento de imagem exigem adaptações específicas, o que gera novos desafios de pesquisa e oportunidades, visto a crescente quantidade de publicações na área. Alguns dos tópicos a serem investigados compreendem: Restrições topológicas, automação, sinergia entre operadores de imagem, funções de conexidade não suaves no arcabouço da transformada imagem-floresta (IFT), métodos híbridos, e reconhecimento de padrões por grafos. Como resultado desta pesquisa, visamos a implementação de uma ferramenta online em HTML5, WebGL e Node.JS, que favoreça a divulgação científica dos resultados de pesquisa e a sua visibilidade externa. A ferramenta irá permitir vários modos de visualização, edição, e segmentação, de modo integrado, com recursos de colaboração em tempo real na Web, e com especial atenção para imagens médicas multimodais e tridimensionais (ex: ressonância magnética (RM) para a pesquisa em neurologia).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) . Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / CIESIELSKI, KRZYSZTOF C. - Integrante / Fabio Augusto Menocci Cappabianco - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
16.	2013-2016. Núcleo de Pesquisa em Sonologia (vice-coordenador) Descrição: Este projeto visa viabilizar a formação do NuSom - Núcleo de Pesquisas em Sonologia na Universidade de São Paulo para dar apoio a pesquisas avançadas no campo da Sonologia em suas interfaces com a música e outras artes, bem como com a ciência e a tecnologia de modo geral. O projeto está fundamentado em 5 linhas de pesquisa: 1. Sonologia: pesquisa reflexiva a respeito dos processos de criação e recepção ligados às artes do som 2. Desenvolvimento de Sistemas Interativos: trata-se do estudo, projeto e construção de sistemas de criação e performance artísticas baseadas em processos interativos 3. Produção Artística: refere-se aos processos de criação propriamente ditos, realizados por artistas envolvidos com o Núcleo. Serão explorados processos de caráter experimental com ênfase em trabalhos que promovam a interação entre linguagens e o uso de ferramentas e espaços alternativos para a criação artística. 4. Interfaces Interdisciplinares: busca integrar as disciplinas mais especificas da área da sonologia a outras áreas de investigação acadêmica e artística com aporte de disciplinas que possibilitem a exploração de aspectos socioculturais, cognitivos, históricos e tecnológicos da criação artística; 5. Acústica Musical, Psicoacústica e Auralização: abordagem do som enquanto fenômeno físico e perceptivo, bem como em suas relações com os espaços e situações de escuta.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Régis Rossi Faria - Integrante / Rogério Costa - Integrante / Sílvia Laurentiz - Integrante / Iazzetta, Fernando - Coordenador / Gilbertto Prado - Integrante / Rodolfo Coelho de Souza - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Outra. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
17.	2013-2016. Projeto Temático FAPESP -- Estruturas combinatórias, otimização e algoritmos em teoria da computação Descrição: A área de Ciência da Computa ção experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnol ógicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se d á por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas t écnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é imposs ível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de m étodos, t écnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computa ção. É evidente que os mais bem sucedidos avan ços tecnol ógicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados te óricos. Áreas como minera ção de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus m étodos fortemente baseados em t écnicas desenvolvidas em Teoria da Computa ção. Nosso objetivo neste projeto é o estudo de estruturas combinat órias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: m étodos alg ébricos, geom étricos, probabil ísticos, combinat órios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estrat égias e algoritmos mais efi cientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de sub áreas de Teoria da Computa ção, permitindo uma maior sinergia para a solu ção dos problemas abordados. As principais contribui ções esperadas neste projeto são a publica ção de artigos cient íficos em conferências e peri ódicos bem estabelecidos, com alta circula ção e de seletiva pol tica editorial. Desejamos tamb em intensi ficar o intercâmbio internacional do grupo e a forma ção de alunos nos v ários ní veis (de inicia ção científi ca a p ós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execu ção do projeto, realizar uma Escola Avancada de Ciências na área de Teoria da Computação. .. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (10) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / Karla - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Fernando Mário de Oliveira Filho - Integrante / Alexandre da Silva Freire - Integrante / Andrea Patricia Jiménez Ramíres - Integrante / Hiêp Han - Integrante / Carlos Cardonha - Integrante. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
18.	2013-2016. RETRODATAÇÃO DAS PRIMEIRAS OCORRÊNCIAS DO LÉXICO DA LÍNGUA PORTUGUESA Descrição: Diferentemente do que ocorre com a maior parte das línguas europeias (inglês, francês, espanhol e italiano), os dicionários da língua portuguesa são bastante falhos no tocante aos seus dados etimológicos. Confunde-se derivação sufixal e prefixal com etimologia, confunde-se étimo da palavra com sua origem remota, não há cuidado suficiente com étimos de línguas ágrafas e desconhece-se muito da influência árabe, sem falar da abundância de étimos fantasiosos que descaracterizam o estudo etimológico como um trabalho científico. A mídia e a internet contribuem para a divulgação de soluções fantasiosas, sem que os estudos acadêmicos na área de Linguística Histórica e Filologia consigam expor suas conclusões sobre o assunto. Como aconteceu com a Estilística, as pesquisas etimológicas de caráter científico foram muito produtivas até a década de 20 do século XX, quando estiveram no seu auge, no entanto, eventos históricos e ideológicos promoveram o esquecimento de muitas técnicas e resultados. Alicerçados na pesquisa linguística, os estudos etimológicos voltaram sobretudo a partir da década de 90 e hoje há ferramentas importantes para se desenvolver pesquisas de qualidade no nível acadêmico, que possam contribuir para a mudança da visão da sociedade sobre o tema. Nesse sentido, esta pesquisa sobre datação das primeiras ocorrências das palavras portuguesas, apresentada pelo NEHiLP é o primeiro passo para a criação de um novo dicionário etimológico da língua portuguesa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador / Mário Eduardo Viaro - Integrante / Nelson Papavero - Integrante. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
19.	2013-2016. Técnicas de aprendizagem de máquina para o estudo high-throughput das interações sociais em primatas Descrição: Interações sociais são centrais nas vidas de humanos e de outros primatas. Muitas das interações ocorrem em, e são influenciados por, um contexto muito maior: a rede social. A estrutura da rede social é baseada nas interações passadas entre os indivíduos do grupo social e também das interações em tempo real que estão constantemente modificando a estrutura da rede. Assim, para entender como os indivíduos se comportam e interagem, é necessário investigar seus comportamentos in situ, ou seja, como uma função da rede social. Contudo, a influência da rede social nas interações é impossível de ser medida pois o rastreamento simultâneo e análise do comportamento de mais de dois indivíduos é muito difícil. Além disso, mesmo uma vez obtido os dados das interações de diversos indivíduos, devido a seu imenso volume, multidimensionalidade e heterogeneidade, a análise se torna extraordinariamente complexa. Devido a esses fatores, o objetivo do presente projeto de pesquisa que será realizado em conjunto com o grupo do Prof. Asif Ghazanfar da Universidade de Princeton consiste em desenvolver metodologias para a coleta e monitoramento do comportamento de dez ou mais indivíduos simultaneamente ao longo do tempo e também de métodos computacionais para sua análise, a fim de entender melhor as interações sociais entre indivíduos dentro do seu contexto de um grupo maior. Para este projeto, usaremos macacos saguis como nosso modelo de estudo, o que nos permitirá realizar experimentos de intervenção no sistema para responder perguntas específicas. Com o desenvolvimento deste projeto, construiremos o maior e mais completo conjunto de dados longitudinal de saguis interagindo entre eles até o momento além também de um pipeline computacional para analisar os dados massivos de áudio e vídeo gerados pelo registro contínuo dos saguis, o que permitirão que outros grupos de pesquisa iniciem estudos de interações high-throughput entre primatas não-humanos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Membro: André Fujita.
20.	2013-2016. VVTrans - um Método para Teste e Verificação Formal Transversal ao Desenvolvimento de Sistemas Críticos (FAPESP: 2012/23767-2) Descrição: Para que haja uma garantia de que o software desenvolvido é confiável, atividades de testes e verificação formal devem ser realizadas. Contudo, a viabilidade prática de execução dessas atividades depende de métodos de desenvolvimento que explorem o uso conjunto das técnicas, bem como de ferramentas que auxiliem sua realização, uma vez que a execução de ambas constitui um alto custo para o desenvolvimento do software. Tendo em vista a necessidade de facilitar a realização de testes e verificação formal nos sistemas de software de missão crítica, este projeto se propõe a desenvolver uma metodologia integrada, com apoio de ferramentas computacionais, para a verificação formal e testes desses sistemas, levando em conta a redução dos custos das atividades de Verificação Validação (VV). Os principais objetos de estudo que constituem um desafio científico ao projeto é a exploração da complementariedade das duas atividades de forma transversal ao desenvolvimento de sistemas críticos para possibilitar o uso conjunto dessas atividades e avaliar o custo de sua aplicação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Nandamudi Lankalapalli Vijaykumar - Integrante / Valdivino Alexandre de Santiago Júnior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2012

1.	2012-2016. Internet do Futuro e Composi¸c?ao de Servi¸cos: Escalabilidade e Estabilidade Descrição: A tecnologia de serviços web possibilita encapsular serviços e torná-los acessíveis via internet. A visão de Internet do Futuro contempla a existência da Internet de Serviços. Dentre os vários desafios, está a necessidade da criação de técnicas de combinação de serviços. A técnica mais convencional, chamada de Orquestração, envolve a utilização de um nó central que controla e executa a composição. Uma alternativa mais recente, conhecida como Coreografia, envolve um modelo em que diferentes serviços colaboram de maneira descentralizada para prover um serviço complexo. Mas, até o momento Coreografias ainda foram pouco estudadas, neste projeto nós nos propomos a estudar dois aspectos importantes de Coreografias, a análise de interdependências e de estabilidade e a análise em tempo de design e de execução de coreografias.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Daniel Batista - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.	2012-2016. Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: André Fujita.
3.	2012-2016. NAP LabCosmos Descrição: Nucleo de Estudos do Cosmos da Universidade de São Paulo. Coordenado pela profa. Dra. Claudia Lucia Mendes de Oliveira (IAG/USP). Parte do projeto está relacionada à análise de imagens multiespectrais, a serem obtidas por um moderno telescópio em construção. Para tanto será necessário o desenvolvimento de técnicas de tratamento e análise de imagens multidimensionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Claudia Lucia Mendes de Oliveira - Coordenador. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.	2012-2016. NAP-USP eScience Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Proreitoria de Pesquisas da USP - Cooperação. Membro: Junior Barrera.
5.	2012-2016. NAP/PRP/USP: ''NAWEB - Núcleo de Pesquisa em Ambientes Colaborativos na Web'' (R$ 740.000,00) Descrição: NAP (Núcleo de Apoio à Pesquisa) da Pró-Reitoria de Pesquisa da USP para pesquisas interdisciplinares envolvendo o IME/USP, a FAUUSP e a ECA/USP.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
6.	2012-2016. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
7.	2012-2016. Proj. CNPq/Edital Universal 2012 - Solução de problemas combinatórios com técnicas de otimização (Proj. Universal CNPq) Descrição: Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (11) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (17) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea Patricia Jiménez Ramíres - Integrante / Hiêp Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
8.	2012-2014. Projeto universal FA/PR: "Análise de redes sociais de desenvolvedores para predição de bugs em projetos de software" (R$ 8.920) Descrição: Descrição: Visamos investigar o uso da mineração de repositórios para recuperar informações a respeito de projetos em andamento, tanto do ponto de vista técnico (análise de dependências entre artefatos de software, métricas de qualidade, números de falhas etc.) quanto social (número de mensagens trocadas, centralidade na rede social formada pela comunicação, coordenação ou cooperação etc.). Desse modo, propomos avaliar o uso de métricas de redes sociais para predição de defeitos (bugs) em projetos de software, utilizando dados de mecanismos de colaboração analisados sob o ponto de vista de um modelo de colaboração largamente utilizado na literatura de sistemas colaborativos (o Modelo 3C de colaboração). Os dados obtidos serão usados para criar redes sociais, que serão analisadas com métricas da área de SNA (Social Network Analysis). Os resultados obtidos por essa análise terão sua eficácia na predição de bugs comparada com outras abordagens da literatura. Adicionalmente, espera-se como resultado: desenvolver um ferramental para mineração de dados de projetos de software, para extrair dados de listas de e-mails, fóruns e logs de sistemas de controle de versão; definir uma taxonomia para classificação de bugs; e criar matrizes de relacionamento entre desenvolvedores que representem redes sociais de projetos de software, para cada um dos eixos do modelo 3C de colaboração... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Igor Steinmacher - Coordenador / Ana Paula Chaves - Integrante / José Teodoro Silva - Integrante / Igor Scaliante Wiese - Integrante / Reginaldo Ré - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
9.	2012-2016. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
10.	2012-2016. Solução de problemas combinatórios com técnicas de Otimização (CNPq - Universal - Proj. No. 477203/2012-4) Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante / Daniel M. Martin - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Cristina Gomes Fernandes. Descrição: Otimização Combinatória é a área que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (11) / Doutorado: (17) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P.J. Ramirez - Integrante / Balchandra D. Thatte - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Outra. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
11.	2012-2015. Solução de problemas combinatórios com técnicas de otimização (Edital Universal MCT/CNPq 14/2012 Proc. 477203/2012-4) Descrição: Desenvolvimento, análise e implementação de algoritmos. Estudo de problemas de otimização de natureza discreta: sobre grafos, seqüências, empacotamento e cortes, escalonamento, redes e biologia computacional. Projeto de algoritmos de aproximação e de algoritmos exatos. Estudo da complexidade computacional e do limite de aproximabilidade de problemas de otimização combinatória.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Ronconi, Débora P. - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante / Andrea P. J. Ramirez - Integrante / Balchandra D. Thatte - Integrante / Hiep Han - Integrante / Karla Roberta Lima - Integrante. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
12.	2012-2014. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications Descrição: Os principais objetivos desse projeto são: (i) gerar novas contribuições à área de processamento de transações longas, por meio da criação de um novo arcabouço teórico e computacional para amparar processos transacionais (como os workflows); (ii) desenvolver novos métodos e ferramentas para a análise de desempenho preditiva de processos de workflows computacionalmente intensivos em dados ou tarefas, como é o caso das aplicações de e-Science e dos processos de negócio de grande escala. Esses objetivos estão relacionados ao desafio de se garantir para os sistemas de workflow: flexibilidade e correção (sob a perspectiva de modelagem); confiabilidade, disponibilidade e eficiência (sob a perspectiva de execução).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano Vieira Araújo - Integrante / Márcio Oikawa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Kelly Rosa Braghetto. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
13.	2012-2016. Um método computacional para a análise de alterações microvasculares e teciduais de órgãos na sepse usando a técnica de imagens Sidestream Dark Field (SDF) Descrição: Novos métodos diagnósticos e terapêuticos no suporte do paciente séptico pouco vem modificando o cenário da evolução com elevado índice de mortalidade. O comprometimento progressivo da microcirculação, relacionado com o aumento da intensidade da resposta inflamatória sistêmica na sepse, tem sido considerado o "motor" da gênese da Síndrome de Disfunção de Múltiplos Órgãos que frequentemente evolui para o óbito. No entanto, apesar da reconhecida importância da disfunção microcirculatória, ainda carece de método de análise capaz de correlacionar a gravidade da sepse com o grau de comprometimento da microhemodinâmica capturada pelo microscópio portátil Sidestream Dark Field Imaging (SDF). A classificação da gravidade da sepse por meio da análise da disfunção microcirculatória seria de grande contribuição no diagnóstico da gravidade e na conduta terapêutica. Neste contexto, este projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia computacional para a determinação do grau de comprometimento microvascular e tecidual na sepse. Métodos: As imagens da microcirculação de órgãos abdominais foram capturadas com SDF após a indução da sepse com letalidades conhecidas mediante a inoculação IV de 3 de E.coli em ratos Wistar-EPM, 250 a 300 gramas. As imagens coletadas in vivo serão submetidas à análise com variados métodos computacionais que possam mensurar o grau de comprometimento da microhemodinâmica em fases distintas de gravidade da sepse. Após a escolha do método de análise, a sua validação será realizada comparando-se com a análise histológica dos respectivos órgãos de onde foram geradas as imagens in vivo. Ao final do projeto espera-se produzir um meio de diagnóstico rápido, em tempo real, contribuindo como um método de monitoramento da sepse.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Jihan Zoghbi - Integrante / IVAN HONG JUN KOH - Integrante. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
14.	2012-2016. USP e-Science Research Network Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: André Fujita.

2011

1.	2011-2013. Causalidade de Granger entre grupos de séries temporais: desenvolvimento de metodologias para seleção de modelos e extensões no domínio da frequência com aplicações em Biologia Molecular e Neurociência. Descrição: Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados observados (biológicos, econômicos, financeiros, etc). Geweke (1984) generalizou esse conceito de causalidade para o caso multivariado, ou seja, quando m séries temporais Granger-causam uma série temporal, enquanto Fujita et al. (2010) generalizaram para o caso entre grupos de variáveis, isto é, quando m séries temporais Granger-causam n outras séries temporais. Apesar da técnica para a identificação da causalidade de Granger entre grupos ser útil para explicar certos eventos naturais, ainda existem algumas limitações a serem superadas. Por exemplo, para sua identificação em dados reais, é necessário definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos quando nenhuma informação a priori sobre a estrutura dos grupos é fornecida. Além disso, pouco (ou nada) se é conhecido sobre a causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Assim, neste projeto, propõe-se desenvolver um critério para seleção de modelos, isto é, uma maneira de definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos; e também um conceito e metodologia para a identificação de causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Propõe-se, ainda, aplicar as técnicas desenvolvidas aqui em dados de expressão gênica relacionados com o câncer e também em dados de ressonância magnética funcional, afim de obter uma melhor compreensão da intrincada rede de interações gênicas no câncer e também da conectividade do cérebro sob diferentes estímulos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita.
2.	2011-2013. CONFIANÇA NO FUNCIONAMENTO DE SISTEMAS DISTRIBUÍDOS DINÂMICOS SOBRE REDES AD-HOC E GRADES COMPUTACIONAIS Descrição: Sistemas distribuídos modernos, desenvolvidos sobre redes sem fio, móveis e grades computacionais, são essencialmente dinâmicos. Um dos maiores desafios na construção de sistemas computacionais confiáveis e eficazes é o dinamismo e a sua alta vulnerabilidade. Nesse projeto, pretende-se estudar e propor novas abstrações, modelos e algoritmos para o desenvolvimento de aplicações confiáveis, seguras e tolerantes a falhas sobre redes móveis ad-hoc, redes de sensores sem fio, e que se repousam em arquiteturas de grades computacionais. O principal intuito é o de desenvolver novas soluções para problemas fundamentais no desenvolvimento de sistemas distribuídos confiáveis, a saber: protocolos de consenso, detecção de falhas e eleição de líder. Além disso, pretende-se adaptar tais protocolos ao desenvolvimento de sistemas sobre os ambientes, e mais especificamente, serviços de disseminação de conteúdo sobre redes móveis ad-hoc e aplicações sobre grades computacionais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Fabíola Gonçalves Pereira Greve - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia - Auxílio financeiro. Membro: Daniel Macêdo Batista.
3.	2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.	2011-2013. Ensino-Aprendizagem de Matemática dos Ensinos Fundamental II e Médio apoiado por ferramentas Web interativas Descrição: O projeto terá dois focos de observação didáticos: a verificação de aprendizagem do aluno com a utilização das TIC, assim como a análise do processo de produção de Conteúdo Didático Digital Interativo (iCDD), ambos relacionados ao currículo de Matemática. Além disso o projeto deverá resultar em aprimoramentos nos sistemas computacionais de apoio à educação desenvolvidos pelo grupo participante do LInE-IME-USP, todos a serem distribuídos na forma de software livre. Outro importante objetivo deste projeto é, ao final, disponibilizar a todos os professores interessados as ferramentas e atividades digitais desenvolvidas, criando inclusive uma comunidade virtual na qual os professores possam usar tais recursos, comentálos e, de modo geral, trabalhar colaborativamente.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (2) . Integrantes: Leônidas de Oliveira Brandão - Coordenador / Seiji Isotani - Integrante / Anarosa Alves Franco Brandão - Integrante / ricardo bianconi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Leônidas de Oliveira Brandão.
5.	2011-2012. Estudo, Definição e Desenvolvimento de Ferramentas Computacionais e Métodos Colaborativos de Aprendizagem para Facilitar a Utilização dos Laptops Educacionais no Ensino de Matemática e Português Descrição: Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é a formação de professores para uso de atividades colaborativas e interativas, dentro e fora de sala de aula, utilizando laptops e integrando essa abordagem no contexto mais amplo do uso das tecnologias na aprendizagem. Também é objetivo do projeto entender e verificar o impacto desta metodologia nos processos de ensino-aprendizagem dos alunos em tópicos relacionados à Matemática e ao Português. Esses objetivos podem ser divididos em seis metas: - Estudar meios efetivos de introduzir a aprendizagem colaborativa e verificar seu impacto na formação de alunos e professores; - Propor métodos pedagógicos para uso efetivo dos programas computacionais interativos em sala de aula; - Dar Suporte a avaliação diagnóstica e formativa; - Ensino de Matemática; - Ensino de Português; - Sustentabilidade.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (2) . Integrantes: Leônidas de Oliveira Brandão - Integrante / Seiji Isotani - Coordenador / Anarosa Alves Franco Brandão - Integrante / Nílson José Machado - Integrante / Émerson de Pietri - Integrante / Junia Coutinho Anacleto - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Leônidas de Oliveira Brandão.
6.	2011-2015. Geração de Propriedades sobre Programas Java a partir de Casos de Teste Descrição: Com a presença cada vez maior de sistemas computacionais e novas tecnologias no cotidiano das pessoas, garantir que eles não falhem e funcionem corretamente tornou-se algo de extrema importância. Além de indicar a qualidade do sistema, assegurar seu bom funcionamento é essencial para se evitar perdas, desde financeiras até de vidas. Uma das técnicas utilizadas para esta finalidade é a chamada verificação formal de programas. A partir da especificação do sistema, descrita numa linguagem formal, são definidas propriedades a serem satisfeitas e que certificariam a qualidade do software. Estas propriedades devem então ser implementadas para uso num verificador, que é a ferramenta responsável por executar a verificação e informar quais propriedades foram satisfeitas e quais não foram, indicando aos desenvolvedores os possíveis locais com código incorreto no sistema. A desvantagem do uso da verificação formal é, além do seu alto custo, a necessidade de haver pessoas com treinamento em linguagens e métodos formais. Ademais, a implementação de propriedades relativas a um sistema em particular para uso num verificador é uma tarefa bastante complexa e de alto custo. Para auxiliar os desenvolvedores na utilização da verificação formal em programas escritos em Java, este trabalho propõe a geração de código de propriedades para uso direto no verificador, a partir de casos de testes derivados dos requisitos formais de sistemas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
7.	2011-2016. Integração de Dados na Biologia Sistêmica: Caracterização de Fenômenos Biológicos a partir de Informações Estruturais e Funcionais Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
8.	2011-2016. Investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de interação baseada no olhar Descrição: Interfaces baseadas no olhar utilizam rastreadores de olhar (\textit{Eye Gaze Trackers}) como dispositivo de entrada. Tais dispositivos informam ao computador a posição sobre o monitor observada pelo usuário a cada instante. Ao associar o cursor à posição do olhar, o apontamento de objetos da interface pode ser feito de forma bastante natural, porém a seleção dos objetos (``clicar'' com o olhar) continua um problema que ainda não foi resolvido satisfatoriamente. Dentre os métodos sugeridos podemos citar o piscar do olho, gestos do olhar e tempo de latência (ou \textit{dwell time}). Essa última alternativa, talvez devido a sua simplicidade, é a mais utilizada até o momento. A ideia é que o usuário precisa manter o olhar fixo sobre um objeto (por um período de latência), para selecioná-lo. Apesar de simples, utilizando um tempo de latência muito curto temos o problema conhecido como ``toque de Midas'', onde todo o objeto observado pelo usuário é ativado. Caso o tempo seja longo, a interação se torna lenta. Este projeto propõe a investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de ativação em interfaces baseadas no olhar \cite{Morimoto:10}. Tal paradigma, proposto recentemente por nosso grupo, oferece maior conforto (pois elimina o problema do toque de Midas) e velocidade (pois associa a seleção a um movimento rápido do olhar). Como resultado dessa pesquisa, serão criados aplicativos computacionais controlados pelo olhar mais eficientes e genéricos que os atuais. Essa tecnologia deve facilitar a comunicação de pessoas portadoras de deficiências físicas, permitindo-lhes uma maior integração social, e todos os aplicativos serão disponibilizados como software livre.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
9.	2011-2014. Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
10.	2011-2016. Núcleo de Apoio à Pesquisa em Software Livre - NAPSoL Descrição: O Núcleo de Apoio à Pesquisa em Software Livre (NAPSoL) é um projeto apoiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo que dá suporte aos projetos de software livre desenvolvidos na USP e, em particular, pelo CCSL - Centro de Competência em Software Livre (http://ccsl.ime.usp.br/ e http://ccsl.icmc.usp.br) da USP. O NAPSoL agrupa projetos de pesquisa e desenvolvimento de professores doutores da USP e seus orientandos de iniciação científica, mestrado e doutorado. Estes projetos abordam temas relacionados à qualidade e ao processo de desenvolvimento e de adoção do software livre, bem como as dificuldades relacionadas, além de sistemas baseados em software livre desenvolvidos na Universidade que podem vir a ser adotados pelo setor produtivo para a oferta de produtos e serviços.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Kelly Rosa Braghetto - Coordenador / José Carlos Maldonado - Integrante. Membro: Kelly Rosa Braghetto.
11.	2011-2013. OnAIR 2.0 Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Fábio Kon - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
12.	2011-2011. Professor visitante na Universidade de Toulouse (IRIT), França Descrição: DEZEMBRO DE 2011. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Finger - Coordenador. Membro: Marcelo Finger.
13.	2011-2013. Programação Dinâmica em Tempo Real Fatorada Descrição: Projeto Universal. RTDP (Real-time dynamic programming) resolve processos de decisão Markovianos (MDPs), quando o estado inicial e estados metas são conhecidos. Ao visitar(e atualizar), apenas uma fração do espaço de estados, esta abordagem pode ser usada para resolver problemas com espaço de estado grandes intratáveis. A fim de melhorar o desempenho do algoritmo RTDP, uma variante com base em representação simbólica foi proposta, chamada de sRTDP (symbolic RTDP). Abordagens baseadas em RTDP tradicionais trabalham melhor em problemas com matrizes de transição esparsas, em que muitas vezes essas abordagens podem atingir de forma eficiente uma e-convergência sem visitar todos os estados; no entanto, em problemas com matrizes de transição densas, em que a maioria dos estados são alcançáveis em um passo, o sRTDP mostra uma vantagem sobre o RTDP tradicional em até três ordens de magnitude, como demonstramos em trabalhos anteriores. Também propomos uma nova variante do sRTDP baseada em BRTDP (Bounded RTDP), chamada de sBRTDP, a qual converge rapidamente quando comparado com variantes do RTDP, uma vez que sBRTDP realiza menos atualizações, fazendo uma escolha melhor do próximo estado a ser visitado. O objetivo desse projeto é o de estudar melhorias para as abordagens RTDP baseadas em representação simbólica, tanto exatas quanto aproximadas para resolver problemas modelados como MDPs, em que são conhecidos os estados iniciais e metas, a fim de resolver problemas envolvendo milhares de estados. Assim, será possível resolver problemas reais, como por exemplo, o planejamento de tráfego urbano e automação de linhas de montagem industrial. Além disso, pretendemos explorar soluções baseadas em RTDP de problemas envolvendo variáveis binárias e contínuas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Coordenador / Mijail Gamarra - Integrante. Membro: Leliane Nunes de Barros.
14.	2011-2013. Projeto regular FAPESP (proc. 2010/06897-4): ''Suporte à Interação Social e Inteligência Coletiva na Web 2.0'' (R$ 166.000,00) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
15.	2011-2013. Representação Supertoroidal do Tensor de Difusão: Análise da Substância Branca Cerebral no Transtorno Bipolar Descrição: A substância branca (SB) tem importância fundamental na compreensão das funções ce- rebrais tendo em vista a rede de comunicação neural que ela estabelece. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos, incluindo o transtorno afetivo bipolar (TAB), estão associados a anormalidades sutis de SB que demandam métodos robustos e eficientes de análise. A imagem por tensor de difusão (DTI) é uma modalidade promissora de imagens capaz de caracterizar alterações estruturais em SB. No entanto, a sua natureza multidimensional e multivariada faz com que o estudo neuropatológico em TAB torne-se uma tarefa desafia- dora. Assim, faz-se necessário o uso de métodos de análise de DTI que sejam robustos e apropriados para entendermos o papel destas anormalidades. Este projeto visa o desen- volvimento e a avaliação de uma nova metodologia de análise utilizando a representação supertoroidal do tensor de difusão. O objetivo desta representação é aprimorar a caracte- rização da SB de forma visual e quantitativa através de novos índices de difusividade e anisotropia. Experimentos utilizando phantoms revelaram que estes índices são sensíveis à mudanças estruturais e que podem descrever alterações no cérebro. Resultados prelimi- nares utilizando DTI de um cérebro humano normal mostraram que tratos de SB podem ser identificados sem ambiguidades pelo modelo supertoroidal. Para avaliar a eficácia desta nova metodologia, imagens DTI de pacientes com transtorno bipolar e de indiví- duos saudáveis serão analisadas e comparadas estatisticamente. Desta forma, esperamos que esta abordagem possa avançar o conhecimento da neurofisiologia do TAB e trazer informações inéditas para a caracterização da SB em ou. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Mekkaoui, Choukri - Integrante / Sheila Caetano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
16.	2011-2016. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa ? eScience ? que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados?. Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa ? biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadasquestões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Cláudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.

2010

1.	2010-2012. Algoritmos para Grafos Evolutivos: Aplicações e Distribuição - Universal CNPq Descrição: Este projeto visa estudar o comportamento de redes sem fio utilizando grafos evolutivos. Estes grafos fornecem previsões sobre o comportamento das redes sem fio, permitindo assim a tomada de ações adaptativas mais apropriadas para as características dessas redes. O projeto está concentrado em duas linhas principais o estudo de aplicações e a investigação de como trabalhar em ambientes distribuídos. No primeiro objetivo queremos analisar as possíveis aplicações de algoritmos baseados em grafos evolutivos nas redes tolerantes a atraso. Já temos resultados iniciais que mostram o quanto os algoritmos tradicionais para redes tolerantes a atrasos estão próximos de possíveis valores ótimos. No segundo objetivo pretendemos criar formas para o uso de grafos evolutivos em ambientes distribuídos, como desafio inicial pretendemos estudar a construção dos grafos evolutivos a partir de informações apenas locais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Luciana Arantes - Integrante / Paulo H. Floriano - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
2.	2010-2011. Avaliação da Usabilidade de Sistemas Web Descrição: A cada dia a internet vem sendo mais utilizada pelas empresas para divulgar seus produtos, conhecer melhor ou conquistar mais clientes. Com o surgimento da WEB 2.0 bem como a facilidade de acesso a banda larga, cada vez mais usuários colaboram gerando conteúdo na web. O sucesso de um projeto web depende muito da aceitação dos usuários que o utilizam. Métodos de avaliação de usabilidade têm sido empregados para garantir uma boa qualidade desses produtos. Esse trabalho de pesquisa propõe um estudo e comparação dos métodos para avaliação de usabilidade para a WEB 2.0.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Hamilton Fernandes de Moraes Junior - Integrante. Financiador(es): Serasa-Experian Fundação de Apoio à Pesquisa - Bolsa. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
3.	2010-2016. Avaliação semi-automática de qualidade de software baseado em métricas de código-fonte Descrição: Desenvolvimento de técnicas, ferramentas e métodos para utilização de métricas de código-fonte para a análise de qualidade interna de software. Investigação de relacionamentos estatisticamente válidos entre qualidade interna e qualidade externa de software.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Nelson Posse Lago - Integrante / Paulo Meirelles - Integrante / José Carlos Maldonado - Integrante / Antonio Terceiro - Integrante / Carlos Denner dos Santos Júnior - Integrante / Carlos Morais de Oliveira Filho - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Fabio Kon.
4.	2010-2012. Baile: Enabling Scalable Cloud Service Choreographies Baile: Enabling Scalable Cloud Service Choreographies Descrição: Projeto em colaboração com HP Labs de Palo Alto e financiado pela HP Brasil. (bug no sistema do CNPq não permite marcar a opção de que é cooperação com empresa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Dejan Milojicic - Integrante / Daniel Batista - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Daniel de Angelis Cordeiro - Integrante. Membro: Fabio Kon.
5.	2010-2016. CHOReOS - Large Scale Choreographies for the Future Internet (Brazilian team) Descrição: Coordenação da equipe brasileira participante de consórcio internacional de colaboração entre universidades e empresas para pesquisa científica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Valérie Issarny - Integrante. Financiador(es): European Commission - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Fabio Kon. Descrição: CHOReOS rationale is sustaining decentralized service choreographies in the Future Internet. It revisits the concept of choreography-centric service-oriented systems to introduce a dynamic development process and associated methods, tools, and middleware referred to as CHOReOS Integrated Development and Runtime Environment (IDRE) for software systems coordinating services in the Ultra Large Scale Future Internet.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): European Comission - Auxílio financeiro. Membro: Daniel Macêdo Batista.
6.	2010-2015. Convênio Acadêmico Internacional - Engenharia de Software e Métodos Formais Descrição: Este convênio tem como objeto a cooperação acadêmica através do intercâmbio de docentes e pesquisadores, bem como de estudantes de pós-graduação entre o grupo de Engenharia de Software e Métodos Formais da USP (São Paulo) e o Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) da Université Paris-Sud 11. A colaboração proposta tem como objetivo principal o desenvolvimento conjunto de pesquisas científicas em tópicos relacionados ao desenvolvimento formal de sistemas de software, dentre os quais teste e verificação formal de sistemas. Dentro desta área de pesquisa, em particular, definimos como projeto inicial: ?Verificação de sistemas distribuídos e móveis orientado por informação de simulação e escolha estatística de testes?. No âmbito deste projeto, o grupo de Engenharia de Software e Métodos Formais da USP (São Paulo) tem desenvolvido técnicas de verificação e simulação de sistemas distribuídos e móveis, enquanto o Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI) da Université Paris-Sud 11 tem aplicado métodos estatísticos para a escolha de conjuntos de testes relevantes. Desta forma, a colaboração propiciará o desenvolvimento de métodos estatísticos para a escolha de informação de simulação dos sistemas distribuídos e móveis que sejam relevantes à verificação de propriedades sobre tais sistemas. (Proc. 08.1.01153.45.4). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Marie-Claude Gaudel - Integrante. Financiador(es): Université Paris-Sud XI - Cooperação / Universidade de São Paulo - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
7.	2010-2012. Convênio HP Brazil: 'Baile - Enabling Scalable Cloud Services Choreography' (R$ 560.000,00) Descrição: O projeto Baile tem como objetivo estudar problemas relacionados ao desenvolvimento e uso de coreografias de serviços em ambientes de grande escala, em particular no contexto de Computação em Nuvem. Sistemas de software precisam evoluir para conservarem seu valor de negócio e se manterem úteis. Nesse contexto, investiga-se o uso de coreografias de serviços web, principalmente tendo em vista sua evolução à medida que novos serviços e novas versões de serviços tornam-se disponíveis. O projeto Baile inclui também estudos relativos à escalabilidade, considerando diversas variáveis, como o número de usuários, requisições, serviços, coreografias e nós computacionais envolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Alfredo Goldman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador. Financiador(es): Hewlett-Packard Computadores - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
8.	2010-2016. Criação e análise de indicadores de dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-AIDS Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.
9.	2010-2012. Dependable Mechanisms for Dynamic Networks - CNPq - INRIA Descrição: Este projeto trata da investigação dos desafios de confiabilidade (dependability) advindos dos chamados sistemas distribuídos dinâmicos característicos das novas tecnologias de redes de computadores, tais como redes móveis ad-hoc (MANET), redes veiculares ad-hoc (VANET), Worldwide Interoperability for Microwave Access (WiMax), Airborn Networks, DoD Global Information Grid, peer-to-peer (P2P) etc. As aplicações típicas desse tipo de rede têm uma característica em comum: são altamente dinâmicas em suas composições - em termos de membros participantes e recursos disponíveis em dado instante. Tal dinamismo resulta em incertezas e não previsibilidade do ambiente computacional que colocam enormes desafios para a implementação de mecanismos de confiabilidade que garantam o funcionamento correto do sistema.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Pierre Sens - Integrante / Raimundo José de Araújo Macêdo - Coordenador / Achour Mostefaoui - Integrante / Michel Raynal - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
10.	2010-2016. Discriminação Diagnóstica e Avaliação Longitudinal de Alterações Cerebrais, Imunológicas e Moleculares Estado-Dependentes em Indivíduos com Primeiro Episódio Psicótico Descrição: O presente projeto propõe-se a estudar pacientes com primeiro episódio psicótico e de mania (transtorno bipolar tipo I) provenientes de uma região circunscrita da cidade de São Paulo combinando parâmetros de neuroimagem, medidas de atividade inflamatória (dosagem de citocinas e expressão genética) e biologia molecular (determinação de atividade de enzima fosfolipase A2) através de um desenho longitudinal, intra-sujeito. Seus objetivos compreendem: avaliar a capacidade de discriminação diagnóstica entre pacientes apresentando seu primeiro episódio psicótico, primeiro episódio de mania e controles saudáveis utilizando métodos de classificação de padrões morfológicos complexos; confirmar a existência de alterações morfométricas, de anisotropia e difusividade cerebrais estado-dependentes na esquizofrenia e transtorno bipolar, a fim de investigar a hipótese de que os estados psicóticos e maníacos agudos estariam associados a alterações cerebrais volumétricas e microestruturais agudas, e ponderar a influência destes estados na acurácia do classificador por ressoância magnética; avaliar a atividade inflamatória sistêmica dos pacientes em relação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão através de medidas de citocinas e expressão de genes relacionados às respostas imunes Th1, Th2 e Th17; e dosar a atividades das enzima PLA2 responsável pela metabolização de fosfolipídeos de membrana celular, nos pacientes em comparação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / ZANETTI, M. V. - Integrante / BUSATTO, G. F. - Coordenador / Paulo Rossi Menezes - Integrante / Marcia Scafzufca - Integrante / Wagner Gattaz - Integrante / Luiza Guilherme Guglielmi - Integrante / Leda Leme Talib - Integrante / Simone Regina dos Santos - Integrante / Christos Dvatzikos - Integrante. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
11.	2010-2010. Enabling Scalable Cloud Services Choreography Baile Descrição: O projeto Baile aqui descrito tem como objetivo estudar problemas relacionados ao desenvolvimento e uso de coreografias em ambientes de grande escala, em particular no contexto de Computação em Nuvem. O projeto irá investigar como tornar possível a evolução de coreografias à medida em que novos serviços e novas versões de serviços tornam-se disponíveis e como manter o sistema funcionando com desempenho aceitável na presença de falhas e mudanças dinâmicas na nuvem. A abordagem irá basear-se (1) no desenvolvimento de metodologias e catalogação de boas práticas para a implementação correta de serviços fracamente acoplados e (2) na representação explícita das dependências entre os serviços de forma que reconfigurações dinâmicas possam ser executadas sem a quebra dessas dependências de forma a permitir a evolução robusta e eficiente de coreografias de serviços em ambientes complexos de grande escala.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Edson Nery - Integrante. Financiador(es): Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
12.	2010-2012. Estudos Teóricos e Algorítmicos de Problemas Combinatórios e de Otimização (Edital Universal MCT/CNPq 14/2010 Proc. 475064/2010-0) Descrição: Otimização Combinatória é a área que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Neste projeto estudamos o uso de técnicas de otimização para a solução de problemas de combinatória notadamente de quatro subáreas: problemas em grafos, problemas de combinatória assintótica, problemas de empacotamento e escalonamento e problemas de programação não linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Gordana Manic - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Ronconi, Débora P. - Integrante / Daniel Morgato Martin - Integrante. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / José Augusto R. Soares - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
13.	2010-2011. Generating Operational Level Decision for PSP (Hewlett-Packard GOLD Advanced Research grant, through HP Labs and HP Brazil) Descrição: Este projeto foi originado pela HP-Labs e pela HP-Brasil RD, que contataram a Agência de Inovação da Universidade de São Paulo (USP). O objetivo do projeto é estudar e obter boas soluções para algumas variantes de problemas de job shop scheduling que ocorrem em PrintShop Providers na área de impressão da HP (imaging and printing group). O projeto se insere, portanto, no esforço de automação do processo de impressão digital da HP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Cristina G. Fernandes - Coordenador. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Coordenador / Paulo Feofiloff - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Débora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Hewlett-Packard - Cooperação / Hewlett-Packard Brasil - Matriz - Auxílio financeiro. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
14.	2010-2014. Gerenciamento de Recursos para Computação em Grade - CAPES Cofecub Descrição: Neste projeto temos como objetivo a verificação e análise experimental de diversos problemas de computação distribuída com novos algoritmos de gerenciamento de recursos. Serão estudados os seguintes tópicos de maneira mais aprofundada: Algoritmos adaptativos, Escalonamento de tarefas BSP maleáveis e Ambientes de data-flow tolerantes a falhas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (5) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Denis Trystram - Integrante / Gregory Mounié - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Pierre-François Dutot - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Jean Marc Vincent - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / COFECUB - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3 Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
15.	2010-2013. Large Scale Choreographies for the Future Internet - Choreos Descrição: CHOReOS rationale is sustaining decentralized service choreographies in the Future Internet. It revisits the concept of choreography-centric service-oriented systems to introduce a dynamic development process and associated methods, tools, and middleware ? referred to as CHOReOS Integrated Development and Runtime Environment (IDRE) ? for software systems coordinating services in the Ultra Large Scale Future Internet.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Marco Aurélio Gerosa - Integrante. Financiador(es): European Commission - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
16.	2010-2016. Mobile - processos musicais interativos Descrição: Desenvolvimento de pesquisa científica sobre a utilização de novas tecnologias na produção artística, com foco em música interativa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (6) . Integrantes: Fabio Kon - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Nelson Posse Lago - Integrante / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fabio Kon.
17.	2010-2014. Núcleo de Excelência em Otimizaçao Contínua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 111.449/2010 - APQ1) Descrição: O objetivo central deste projeto é o estudo abrangente dos principais tópicos da Otimização Contínua, incluindo tanto os avanços teóricos quanto o desenvolvimento de novos métodos computacionais, a implementação dos mesmos através de ?software" original e a aplicação destas técnicas à solução de problemas provenientes de outras disciplinas ou do ?mundo real" (aplicações a questões de natureza tecnológica).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Walter F. Mascarenhas - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / João Xavier Cruz Neto - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Luis Roman Lucambio Perez - Integrante / Susana Scheimberg - Integrante / Orizon Pereira Ferreira - Integrante / Luis Mauricio Grana Drummond - Integrante / Maria Fernanda Raupp Pereira - Integrante / Jose Yunier Bello Cruz - Integrante / Divino Goncalves de Melo Jefferson - Integrante / Vincent Guigues - Integrante / Maicon Marques Alves - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
18.	2010-2016. PATO Descrição: Este projeto visa o desenvolvmento de um sistema interativo e modular para anotação e curagem in silico de sequências. O sistema estará acoplado ao EGene e a um sistema de banco de dados. A integração com o banco de dados possibilitará modos interativos de seleção de conjuntos de sequêcias baseada no processamento anterior, visando processos incrementais de anotação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Liliane Santana - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
19.	2010-2015. Problemas de corte, empacotamento, dimensionamento de lotes e programação da produção, e suas integrações em contextos industriais e logísticos (Temático da FAPESP: 2010/10133-0) Descrição: Neste Projeto Temático pretendemos estudar: (i) problemas de corte e empacotamento, (ii) problemas de dimensionamento de lotes e programação (scheduling), (iii) integração dos problemas de corte ou empacotamento em (i) com os problemas de dimensionamento de lotes ou programação em (ii). Este projeto é uma continuação de outro Projeto Temático FAPESP concluído em 2010, em que foram estudados principalmente problemas em (i), mas também alguns problemas integrando problemas de (i) e (ii). Os objetivos deste projeto incluem o estudo e a modelagem matemática destes problemas, o desenvolvimento de métodos de solução e algoritmos para resolvê-los, bem como a análise de seus desempenhos computacionais. Também são objetivos deste projeto promover a integração e colaboração de grupos de pesquisadores de diferentes instituições interessados nestes problemas, assim como a formação de recursos humanos e a capacitação em pesquisa e desenvolvimento tecnológico. É nossa preocupação neste projeto motivar a aproximação entre universidades e empresas, por meio do desenvolvimento de estudos de caso dos problemas aqui estudados nas empresas. Esperamos com isso possibilitar colaborações e parcerias no estudo destes problemas e no desenvolvimento de ferramentas computacionais para serem utilizadas na prática. A equipe deste projeto é formada por vários pesquisadores em diversos estágios de suas carreiras acadêmicas, desde alunos de pós-graduação e recém-doutores, até pesquisadores ativos e experientes na pesquisa destes problemas. Contaremos também com a colaboração de diversos pesquisadores do exterior especializados nestes temas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Integrante / Horácio Hideki Yanasse - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Nei Yoshihiro Soma - Integrante / Vinicius Amaral Armentano - Integrante / Andréa Carla Gonçalves-Vianna - Integrante / Socorro Rangel - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante / Morabito, R - Coordenador / Kelly Cristina Poldi - Integrante / Robinson Hoto - Integrante / Gisele Pileggi - Integrante / Denise Sato Yamashita - Integrante / Deisemara Ferreira - Integrante / Claudio Meneses - Integrante / Alisson M. Costa - Integrante / Adriana Cherri - Integrante. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
20.	2010-2012. Processo de Decisão Markoviano com Probabilidades Imprecisas Descrição: Em trabalhos anteriores, foram propostas soluções eficientes, aproximadas e exatas, para resolver problemas de tomada de decisão sequencial com probabilidades imprecisas nos efeitos das ações. Nesse projeto, pretendemos investigar novos critérios de avaliação de soluções. Além disso, pretendemos investigar soluções para MDPs de primeira ordem, com probabilidades imprecisas e sua ligação com técnicas conhecidas de aprendizagen por reforço.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Coordenador / Valdivia-Delgado, Karina - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Leliane Nunes de Barros.
21.	2010-2012. Proj. CNPq/Edital Universal 2010 - Estudos Teóricos e Algorítmicos de Problemas Combinatórios e de Otimização Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (9) / Doutorado: (10) . Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Cristina G. Fernandes - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Jose A. R. Soares - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante / C.E. Ferreira - Integrante / D. Martin - Integrante. Financiador(es): Ministério da Ciência e Tecnologia - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
22.	2010-2013. Projeto da Comissão Europeia FP7: "CHOReOS - Large Scale Choreographies for the Future Internet" (R$ 1.651.000) Descrição: CHOReOS objective is sustaining decentralized service choreographies in the Future Internet. It revisits the concept of choreography-centric service-oriented systems to introduce a dynamic development process and associated methods, tools, and middleware referred to as CHOReOS Integrated Development and Runtime Environment (IDRE) for the software systems that implement and coordinate the services in the Ultra Large Scale Future Internet. 15 institutions participate on the project, namely Baltijos programine iranga (LT), CNR (IT), eBM WebSourcing S.A.S (FR), University of Camerino (IT), INRIA (FR), MLS Multimedia A.E. (GR), OW2 Consortium (FR), The City University (UK), Università degli Studi dell Aquila (IT), University of Ioannina (GR), SSII VIA (LV), Virtual Trip Ltd. (GR), Wind Telecommunicazioni S.p.A (IT), Universidade de São Paulo (BR), CEFRIEL (IT).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Alfredo Goldman - Integrante / Fabio Kon - Coordenador. Financiador(es): Comissão Europeia - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
23.	2010-2012. Projeto regular FAPESP: "Rede social Arquigrafia-Brasil: estudos fotográficos da arquitetura brasileira na web 2.0" (R$ 176.000) Descrição: A fotografia firmou-se como o principal recurso visual para a formação sistemática de arquitetos e, de modo mais abrangente, para a formação da cultura arquitetônica na sociedade contemporânea. O projeto Rede Social Arquigrafia-Brasil se propõe a investigar como a construção do conhecimento individual se relaciona com a construção do conhecimento coletivo, compartilhando subjetividades sobre experiências interativas e comunicativas relativas a um acervo coletivo online de fotografias de arquitetura. Considerando a inexistência de um acervo de imagens específico, organizado e disponível para amplo acesso na Internet, esse projeto envolve uma equipe multidisciplinar para a concepção e a construção de uma rede social na Web 2.0 concentrada sobre imagens fotográficas digitais da arquitetura brasileira, cuja dinâmica de funcionamento possibilitará o estudo das questões mencionadas acerca da construção de conhecimento. Na rede será possível navegar sobre conjuntos temáticos de imagens de arquiteturas de diferentes períodos históricos, e diferentes contextos geográficos do Brasil, e interpretar cada imagem quanto às palavras-chave (tags) que a identificam, e também quanto aos conceitos-chave referentes a suas qualidades plástico-espaciais. O acervo criado coletivamente na rede virá a complementar o material visual existente a respeito da arquitetura brasileira, colaborando para estimular a cultura visual arquitetônica, e promover a interação entre estudantes de arquitetura, professores, profissionais da área e, numa instância mais ampla, todos os interessados no tema.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Integrante / Artur Simões Rozestraten - Coordenador / Maria Laura Martinez - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
24.	2010-2013. QUALVOL (Sistemas em Redes de Qualidade para Aplicaçõs Emergentes Geradoras de Grandes Volumes de Dados) Descrição: Para se oferecer um sistema em redes que ofereça qualidade, em especial às transmissões de grandes volumes de dados, é necessário que esse possua diferentes propriedades, tais como disponibilidade, acessibilidade, escalabilidade, segurança, ubiquidade e robustez. O objetivo desse projeto, é avançar o estado da arte na capacitação da Internet como substrato de comunicação para os novos paradigmas de computação e de comunicação, que por sua vez, permitem aplicações com demandas crescentes por transferências de grandes volumes de dados. Almeja-se a consolidação de uma rede de pesquisa iniciada no projeto Sistemas Robustos: Modelos e Ferramentas (REBU) e que tinha como foco investigações no mesmo desafio desse projeto, bem como a continuidade da pesquisa desenvolvida de forma cooperativa por este grupo. Este projeto vai diretamente ao encontro dos desafios no. 6 "Desenvolvimento tecnológico de qualidade: sistemas disponíveis, corretos, seguros, escaláveis, persistentes e ubíquos", e no 2 "Gestão da Informação em grandes volumes de dados multimídia distribuídos" proposto no documento "Grandes Desafios para a Computação no Brasil: 2006-2016".. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Gustavo Bitterncourt Figueiredo - Integrante / Nelson Luis Saldanha da Fonseca - Coordenador / Artur Ziviani - Integrante / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Antonio Tadeu Azevedo Gomes - Integrante / Jussara Marques de Almeida - Integrante / Luiz Fernando Bittencourt - Integrante / Luís Henrique Maciel Kosmalski Costa - Integrante / Miguel Elias Mitre Campista - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Daniel Macêdo Batista.
25.	2010-2012. Revisão de Crenças em Lógicas Não Clássicas Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
26.	2010-2016. Sistemas de Caracterização Probabilística de Sequências Descrição: As moléculas de RNA podem ser divididas em duas grandes categorias: codificantes e não codificante. Nosso projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, quanto de RNAs não codificantes. Os RNAs codificantes, também conhecidos como RNAs mensageiros (mRNAs), são aqueles cuja função é servir de molde para síntese de proteínas. Os RNAs não codificantes (ncRNAs) não são traduzidos em proteína, sendo funcionais como RNAs. Devido as suas características, temos duas áreas distintas em predição de genes: predição de genes que codificam proteínas (RNAs codificantes) e predição de genes de RNA (RNAs não codificantes). Pretendemos abordar problemas das duas áreas. O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de uma plataforma para implementação de caracterizadores probabilísticos de sequências e seu uso em predição de genes e caracterização de famílias de ncRNAs.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Paschoal, Alexandre Rossi - Integrante / Igor Bonadio - Integrante / Vitor Onuchic - Integrante / Rafael Mathias Ferreira - Integrante / Laecio Freitas Chaves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
27.	2010-2012. Uma proposta para Melhoria de Processo de Software Baseada em Metodologias Ágeis Descrição: Objetivo deste projeto como um todo é a proposta de uma abordagem para Melhoria de Processos de Software adequada à realidade nacional. Para tal este projeto foi dividido em três subprojetos com linhas de pesquisa específicas, mas são complementares na questão de resultados esperados. O primeiro subprojeto, observado na Seção 2.1, tem dois objetivos. O primeiro é propor uma abordagem para Melhoria de Processo de Software que seja adequado a micro e pequenas empresas. O segundo subprojeto tem como papel dentro projeto maior apoiar o primeiro subprojeto quanto a avaliação da continuidade do programa de melhoria ao longo do tempo. O terceiro subprojeto também serve como apoio ao primeiro subprojeto por que este considera a aprendizagem organizacional que é o objetivo do todo programa de melhoria de processo, e que auxilia em seu crescimento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Alexandre Marcos Lins de Vasconcelos - Integrante / Cristine Martins Gomes de Gusmão - Integrante. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
28.	2010-2013. Uma proposta para melhoria de processo de software baseada em Métodos Ágeis Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Alfredo Goldman - Integrante / Claudia Oliveira de Melo - Integrante / Viviane Santos - Integrante / Celio Santana - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Fabio Kon.

2009

1.	2009-2011. A methodology and related technology for multi-agent simulation Descrição: Multi-agent systems are useful to model complex systems in which the entities to be studied can be decomposed into several interacting pieces called agents. Human societies, computer networks, neural tissue and cell biology are examples of systems that can be seen from this perspective. There are a number of ways that such modelling can be done, ranging from purely formal approaches to entirely experimental ones. Our work, which is situated between these two extremes, focuses on employing simulation in order to study such multi-agent models. That is, we specify the agents as computer programs and run interesting scenarios in a simulator, hoping to learn something about the model after several simulations. As one would expect, simple simulation approaches of this kind are already in use nowadays. However, they are also rather naive with respect to automated analysis of simulation results. Typically, one merely runs the simulation several times and collect statistics about some variables. Clearly, though, as the simulation runs in a computer and is specified as a program, it must be possible to perform many kinds of automated analyses beyond such simple statistics compilation. Our work, thus, focuses on this issue: what kind of algorithms, theories and software infrastructure are required in order to have a simulator capable of helping an experimenter discover useful information about a simulation model. We believe that many ideas and techniques from the Formal Methods and Software Testing communities can be successfully adapted to this context. The crucial insight here is that simulations can be seen as incomplete explorations of state-spaces, and as such we can hope, for example, to apply approximate versions of Model Checking and other techniques of automated reasoning. To fulfill this vision, we intend to develop both the necessary theory and its implementation as a simulator. We expect, thus, to create a technology that can signific. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Paulo Salem da Silva - Integrante / Marie-Claude Gaudel - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.Número de orientações: 1 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
2.	2009-2011. Development of Computational Methods for Large Scale Gene Regulatory Networks: Construction and Structural Analysis. Descrição: The main goal pursued by this project is to develop innovative computational methods using supercomputer to construct large scale gene regulatory networks and to design algorithms to mine properties related to diseases in network´s structure.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): RIKEN - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita.
3.	2009-2011. HORIZON Descrição: The TCP/IP model encounters limitations in wireless, mobile, ad hoc environments and RFID and sensors networks. These limitations will possibly grow in future wireless environments due to high data throughput, high speed mobility or power limitations (sensors networks or RFIDs). This can be seen through power consumption measurements on sensors networks: the TCP/IP model requires loads of power. The TCP/IP protocol stack low efficiency is also proven by a considerable number of networks in which power consumption, high throughput and long distance links are required. This shows a new architecture is needed. These research project's proposals are focused on a new automatic piloting system which includes intelligent mechanisms ready to learn the context and adapt protocols to the current situation. The key idea of this research project is to introduce a new intelligent architecture adapted to virtual networks. This new intelligent architecture should be easily implemented, scalable, secure, robust and should also provide quality of service guarantee on demand. Choosing the virtual network to be used depends on the context and on the service to be offered. In order to reach this project's goal, a piloting plan which allows the network elements to define their situated view is going to be used. The situated view is used to decide which resources are going to be used by different virtual networks. With the purpose to build the piloting plan, a multiagent system is going to be applied. Besides, a learning process is added so that the system becomes able to real-time pilot the network. Horizon is a bi-national research project selected by the Brazilian Communication Ministry and the French National Research Agency (ANR).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Daniel Macêdo Batista - Integrante / Otto Carlos Muniz Bandeira Duarte - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro. Membro: Daniel Macêdo Batista.
4.	2009-2011. Laboratório de Interoperabilidade Descrição: laboratório de pesquisas. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.	2009-2012. LogProb Descrição: Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante / Fabio Gagliardi Cozman - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
6.	2009-2013. MOBILE: Processos Musicais Interativos Descrição: Este projeto tem como tema central a utilização e desenvolvimento de processos interativos no âmbito da produção musical mediada tecnologicamente. São abordados aspectos teóricos e conceituais dos processos interativos, bem como a produção de sistemas interativos de composição, performance e auralização. Os trabalhos estão agrupados em quatro linhas de pesquisa que funcionam de maneira integrada: 1) Sonologia; 2) Desenvolvimento de sistemas interativos; 3) Produção artística com sistemas interativos; 4) Acústica musical, psicoacústica e auralização. O objetivo do projeto é constituir um corpo de pesquisa e criação musical apoiados em processos interativos. Esses processos envolvem questões como mobilidade, espacialidade, criação de sistemas e interfaces, mapeamento de gestos, análise de repertório e produção artística interativa. Embora o foco esteja na produção musical, quatro áreas principais irão atuar de maneira integrada: a música, as artes visuais, a ciência da computação e a engenharia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Régis Rossi Faria - Integrante / Cesar Villavicencio - Integrante / Rogério Costa - Integrante / Sílvia Laurentiz - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 9 Membro: Marcelo Gomes de Queiroz. Descrição: projeto temático multidisciplinar - FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
7.	2009-2010. Modelagem do ciclo celular Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
8.	2009-2012. Projeto Temático Fapesp LOGPROB: Lógica Probabilística --- Fundamentos e Aplicações Computacionais Descrição: LOGPROB: Probabilistic Logic --- Foundations and Computational Applications Principal Investigator: Marcelo Finger, FAPESP (Brazilian Funding Agency) Thematic Project 2008/03995-5, 2009-2012.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (15) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Marcelo Finger - Coordenador / Renata Wassermann - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Gagliardi Cozman - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Finger.
9.	2009-2010. RNP - Grupo de Trabalho (GT CWTools): Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
10.	2009-2011. Teoria e Software em Métodos Computacionais de Otimização (Auxilio Pesquisa FAPESP 2009-10241-0) Descrição: O objetivo do presente projeto é desenvolver métodos computacionais de otimização. Pretendemos abordar todos os aspectos do desenvolvimento de métodos de otimização. Começaremos desenvolvendo a teoria que dá o embasamento teórico dos métodos e de sua convergência. No aspecto prático, pretendemos implementar algoritmos pertinentes para cada tipo de problema abordado, incluindo aqui problemas de grande porte que requerem o uso de estruturas de dados adequadas. Ademais, ainda do ponto de vista prático, o objetivo final é desenvolver software livre.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador / Rafael Durbano Lobato - Integrante / Erico M. Gozzi - Integrante / Boris Chullo Llaves - Integrante / Luis Henrique Bustamente - Integrante / Jessé Américo Gomes de Lima - Integrante / Phillipe Rodrigues Sampaio - Integrante / Ricardo Luiz Andrade - Integrante / Jan Marcel Paiva Gentil - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
11.	2009-2011. Teoria e Software em Métodos Computacionais de Otimização (Edital MCT/CNPq 70/2008 - Mestrado/Doutorado, Processo: 552102/2009-1) Descrição: O objetivo do presente projeto é desenvolver métodos computacionais de otimização. Pretendemos abordar todos os aspectos do desenvolvimento de métodos de otimização. Começaremos desenvolvendo a teoria que dá o embasamento teórico dos métodos e de sua convergência. No aspecto prático, pretendemos implementar algoritmos pertinentes para cada tipo de problema abordado, incluindo aqui problemas de grande porte que requerem o uso de estruturas de dados adequadas. Ademais, ainda do ponto de vista prático, o objetivo final é desenvolver software livre. O presente projeto encaixa-se nas áreas de Matemática, Computação e Software, qualificadas como estratégicas no Edital ao qual este projeto se destina, e tem duração prevista de 24 meses.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
12.	2009-2010. TimeSaver Descrição: Automação de serviços públicos e e-Gov, oferecidos pela web com interface baseada em mundos virtuais e agentes autônomos inteligentes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Rosa Alarcon - Integrante. Financiador(es): Latin American and Caribbean ICT Research - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
13.	2009-2010. Web Services confiáveis - Um estudo sobre os problemas atuais Descrição: Aplicativos Web Services oferecem serviços através de uma rede e são cada vez mais utilizados para integrarem sistemas e soluções das mais variadas complexidades. Os Web Services estão sendo cada vez mais usados em sistemas altamente complexos, principalmente com a chegada da web 2.0. Em alguns cenários com maior criticidade, a confiança no Web Service passa a ser um fator de fundamental importância. Atualmente, uma das suas principais características é o fato de que sua comunicação é feita em um ambiente com baixa confiabilidade, como a Internet, cujos protocolos de comunicação nem sempre provêm as garantias necessárias de funcionamento correto. De fato, isso é uma barreira que impede que empresas invistam em aplicativos críticos que dependam de integração com Web services. Com o objetivo de garantir um serviço de qualidade, a comunidade acadêmica e até mesmo a indústria têm despendido um grande esforço para definir modelos de Qualidade de Serviço especificamente para Web Services, e estudar alternativas para o problema de forma a aumentar a confiabilidade nos serviços oferecidos por eles. Estudar a fundo uma possível solução requer conhecimento sobre as diversas alternativas já pesquisadas e sobre as tendências tecnológicas que prometem ajudar a suprir as atuais necessidades. Assim, a proposta do presente estudo é analisar os principais problemas relacionados à confiabilidade de Web Services, com o objetivo de obter as informações necessárias para prover subsídios de como implementar soluções adequadas a situações específicas. Além disso, o estudo pode servir como referência para que sejam pesquisadas novas soluções.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Paulo Roberto de Araújo França Nunes - Integrante. Financiador(es): Serasa-Experian Fundação de Apoio à Pesquisa - Bolsa.Número de orientações: 1 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2008

1.	2008-2010. Ambiente Integrado para Verificação e Teste da Coordenação de Componentes Tolerantes a Falhas Descrição: Com o crescimento e popularização do mercado de componentes, muitos fornecedores de software têm se especializado no desenvolvimento e comercialização de componentes que atendam às necessidades específicas dos desenvolvedores de sistemas. Estes componentes são mais conhecidos como Commercial-Off-The-Shelf . Entretanto, a montagem de sistemas corporativos que sejam confiáveis e tolerantes a falhas, a partir da integração de componentes comerciais, tem-se mostrado uma atividade relativamente complexa. Garantir que esta integração não falhe passou a ser algo imprescindível. Com o objetivo de definir quais requisitos são necessários para estabelecer um bom teste do software, definem-se os critérios de teste. Mesmo considerando o direcionamento da escolha de conjuntos de testes a serem realizados a partir dos critérios, tais conjuntos são, na sua maioria, ainda muito complexos. Uma outra abordagem para garantir o funcionamento do software como inicialmente especificado, são as técnicas de verificação formal de programas, as quais garantem que os programas funcionam de acordo com a especificação ou atendem a um conjunto de propriedades relevantes. A viabilidade prática de testes de software depende de mecanismos e ferramentas que auxiliem esta atividade, de forma a automatizar a geração de casos e dados de testes a serem aplicados. Por outro lado, a aplicação prática de verificadores formais em linguagens de programação depende da predefinição de propriedades, já que os "desenvolvedores" de software, em geral, não possuem treinamento adequado para definir novas propriedades. Além disso, faz-se necessário o uso conjunto de ferramentas de ambas as atividades para que sejam exploradas suas complementariedades. Este projeto de Mestrado se propõe a desenvolver um ambiente integrado para a verificação e teste de protocolos para a coordenação do comportamento execepcional de componentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Simone Hanazumi - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.Número de orientações: 1 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
2.	2008-2011. Bolsa PQ/CNPq: Computação Musical, Otimização e Aplicações Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
3.	2008-2013. CinAPCe: Centro Multimodal de Neuroimagens para estudos em Epilepsia Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede de pesquisa multidisciplinar para adquirir tecnologia de ponta e estudar a dinâmica cerebral associada a epilepsias e outras doenças degenerativas. O projeto envolve pesquisadores de várias instituições do Estado de São Paulo. Eu listo alguns dos pesquisadores principais. Minha colaboração está em técnicas de segmentação de imagens médicas, visando a análise de assimetrias cerebrais, as quais possam ser exploradas no estudo, detecção e tratamento de várias doenças neurológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Bergo, Felipe P. G. - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / Fernando Cendes - Coordenador / Li Min - Integrante / Roberto Covolan - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
4.	2008-2009. Construção de Componentes Concorrentes na Abordagem de Desenvolvimento Baseado em Modelos Formais Descrição: Component-based software is one of the reuse approaches successfully used. The task of developing software components can be seen from two different perspectives. One that would take care of building components useful in many different situations, and another that would develop the final software using these reusable components. Naturally, technology alone does not guarantee the creation of reusable components. Truly component-oriented approaches require methods that can define what kind of entities the components must represent, how they are composed and how such compositions are to be employed. Having all this together to end up with a set of components easily built and that can be reused in an appropriate way is not very straightforward. To make components construction more cost-effective and of a better quality, the model-driven development can be adopted. In this case, a design model language is required for components design, together with a code generation mechanism. Booster is a design language developed at the University of Oxford (UK) for components construction via code generation. It is an object-oriented language based on formal methods, namely B and Z, that is actually able to generate components under the contexts of sequential composition. In practice, however, component-based software naturally encompass contexts in which components are concurrently composed instead of purely sequential. This project is about a study on how to improve the model-driven components development with concurrent composition. From a theoretical point-of-view, a study on the abstraction level for specifying, through formal means, the required and provided interfaces of components must be carried on to end up with a model from which programs code can be generated. Also, mechanisms for components orchestration in the context of concurrent composition must be developed in order to provide an architecture and a corresponding protocol to coordi. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / Jim Davies - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
5.	2008-2016. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
6.	2008-2010. Gerenciamento de Recursos, Tolerância a Falhas e Escalabilidade em Grades Computacionais Autônomas Descrição: O projeto aqui proposto visa o desenvolvimento de uma versão completa do middleware do InteGrade, que opere de modo autônomo em ambientes de grande escala e forneça suporte a ambientes de computação móvel e computação ubíqua. Apesar dos avanços já obtidos e do nível de maturidade do projeto, ainda existem diversos desafios que precisamos atacar. Em particular iremos concentrar a pesquisa em áreas que permitirão o funcionamento da grade de forma mais autônoma, diminuindo a necessidade atual de intervenção de administradores humanos; estas áreas incluem escalonamento inteligente, tolerância a falhas, mobilidade, fornecimento de garantias de qualidade de serviço e armazenamento distribuído de dados de forma robusta. Iremos também explorar o uso da grade para diferentes classes de aplicações e aprimorar a sua escalabilidade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Markus Endler - Integrante / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Fernando Castor Filho - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
7.	2008-2012. High Performance Verified Computing (HPVC) Descrição: Projeto Capes - DAAD (PROBAL). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (4) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Mariana Luderitz Kolberg - Integrante / Gerd Bohlender - Integrante / Luiz Gustavo Fernandes - Coordenador / Walter Krämer - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Deutscher Akademischer Austauschdienst - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
8.	2008-2011. JamSession - a decentralized architecture for virtual worlds and the web 3.0 Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (5) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
9.	2008-2012. Lógica Probabística: Fundamentos e Aplicações Computacionais Descrição: Projeto Temático FAPESP, processo 2008/03995-5, em Lógica e Probabilidade, com aplicações em Planejamento Probabilístico e Raciocínio Espacial, sob coordenação de Marcelo Finger, e pesquisadores principais, Leliane Nunes de Barros e Fábio Cozman. Resumo: Das possíveis formas de raciocínio que um agente racional pode utilizar, o raciocínio lógico e as inferências probabilisticas estão entre as que recebem maior destaque na prática, sendo incorporadas em modelos e em programas de computador para a realização das mais diversas tarefas. No entanto, as interações possíveis entre estas formas de raciocínio ainda não são muito bem compreendidas, tanto do ponto de vista teórico como no de aplicações computacionais. Do ponto de vista teórico, ainda está-se por estabelecer, de forma equívoca, relações entre valores verdades e distribuições de probabilidades sobre fórmulas. Do ponto de vista de aplicações, ainda está-se tentanto estabelecer a fronteira entre quando empregar inferências lógicas e quando empregar inferências estatísticas. Este projeto pretende investigar estas questões, tanto do aspecto teórico quanto do aspecto de aplicações computacionais. Abordaremos a área de satisfatibilidade probabilística, lógicas de descrição probabilísticas para web semântica, planejamento probabilístico e análise de cenas. Estre projeto pretende desenvolver softwares que abordem os temas investigados e disponibilizá-los através de uma licença de software livre dentro do escopo da Divisão de Inteligência Artificial do Centro de Competência em Software Livre da USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Paulo Eduardo Santos - Integrante / Fabio Cozman - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Integrante / Karina Valdivia Delgado - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Leliane Nunes de Barros.
10.	2008-2009. Models and Algorithms for Integrative Biology Descrição: STIC AmiSud. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Roberto M. Cesar Jr. - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
11.	2008-2013. Métodos de Aproximação para Computação Visual Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de algoritmos, técnicas matemáticas e ferramentas de software para problemas de computação visual (processamento de imagens, computação gráfica e visão computacional). Minha colaboração será em técnicas de segmentação de imagens e vídeos. O projeto envolve vários pesquisadores da UNICAMP. Eu cito alguns.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Jorge Stolfi - Coordenador / Neucimar Jerônimo Leite - Integrante / Siome Goldenstein - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
12.	2008-2012. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
13.	2008-2011. Processamento, Visualização e Análise de Imagens Médicas Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de processamento de imagens, com ênfase em duas aplicações: imagens de ressonância magnética do cérebro humano e imagens de microscopia óptica de parasitos intestinais. No primeiro caso, o projeto visa a análise de assimetrias cerebrais e sua relação com doenças degenerativas, tais como epilepsia, auxiliando à pesquisa em neurologia. No segundo caso, o projeto visa a automatização completa do diagnóstico de enteroparasitoses por análise de imagens. O projeto envolve a transformada imagem-floresta como metodologia principal; técnicas de otimização para registro de imagens; técnicas de rendering; e análise de padrões em imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Coordenador / Felipe P.G. Bergo - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Luiz Fernando Pinto - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante / Jan Carlo Ferreira Gomes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 11 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
14.	2008-2009. Proj. CNPq/Edital Universal 2007 - Otimização Combinatória: Teoria, Projeto de Algoritmos e Aplicações. Descrição: Projeto coordenado por C.E. Ferreira, com 8 pesquisadores da USP, UFRJ e UFMS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
15.	2008-2010. Projeto Borboleta - Computação Móvel para Atendimento Domiciliar de Saúde Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fábio Kon - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
16.	2008-2010. Projeto Edital Universal CNPq (proc. 472410/2008-3): "Estendendo Componentes de Software para Construção de Sistemas Colaborativos para TV Digital" (R$ 19.450) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
17.	2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.
18.	2008-2010. Revisão de Especificações Formais Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Mario Roberto Folhadela Benevides - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
19.	2008-2009. Técnicas de Otimização para Problemas Combinatórios Descrição: Universal CNPq. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.

2007

1.	2007-2009. Abordagens hierárquicas para classificação de dados Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Não informado. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2007-2010. Borboleta Descrição: Um sistema de telessaúde para apoio ao atendimento domiciliar no contexto do SUS.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Flavio S C Silva - Integrante / Routo Terada - Integrante / Rubens Kon - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fabio Kon.
4.	2007-2009. Computação Musical e Aplicações Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 5 Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
5.	2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.	2007-2009. Estruturas discretas, complexidade e algoritmos (Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal, Proc. 485671/2007-7) Descrição: O objetivo central da pesquisa proposta é investigar objetos combinatórios relevantes à matemática discreta e à teoria da computação, dando especial ênfase a aspectos estruturais clássicos, algorítmicos e não-algorítmicos, e a aspectos envolvendo a complexidade dos objetos de interesse. Subtemas específicos de pesquisa: (i) problemas estruturais sobre grafos e matróides, (ii) combinatória extremal, probabilística e assintótica, (iii) pseudoaleatoriedade em combinatória e em teoria da computação, e (iv ) algoritmos sobre estruturas discretas e aplicações.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Arnaldo Mandel - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Fernando José Oliveira de Souza - Integrante / Manoel lemos - Coordenador / Sóstenes Lins - Integrante / Carlos Gustavo T. de A. Moreira - Integrante / Roberto Imbuzeiro M. F. de Oliveira - Integrante / Alair Pereira do Lago - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / André Luiz Pires Guedes - Integrante / Jair Donadelli Júnior - Integrante / Renato José da Silva Carmo - Integrante. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
7.	2007-2009. Formalização da Orquestração de Componentes Tolerantes a Falhas Descrição: Com a popularização das redes de computadores e dos gerenciadores de banco de dados, os sistemas de informação tornaram-se elementos essenciais de suporte a processos de negócio de empresas fornecedoras de serviços indispensáveis à sociedade, tais como automação bancária e telefonia. Esses sistemas modernos são também considerados de missão crítica pois qualquer falha pode provocar, além de prejuízos financeiros, desgastes na imagem e reputação da empresa envolvida. A utilização de componentes na estruturação desses sistemas promove maior qualidade, confiabilidade e flexibilidade ao produto e agiliza o processo de desenvolvimento. Entretanto, para que estes benefícios sejam totalmente observados, é fundamental que os provedores de componentes projetem-nos com especificações precisas, completas e consistentes. Uma estratégia para a especificação de componentes tolerantes a falhas é informar a ocorrência de erros através de exceções e realizar a recuperação dos mesmos por rotinas de tratamento correspondentes. Contudo, o uso de notações precisas para representar os componentes tolerantes a falhas contribuem mas não são o suficiente para obtermos sistemas confiáveis. A falta de mecanismos adequados para a integração de componentes pode gerar comportamentos inesperados em sistemas construídos a partir da composição de componentes. Da mesma forma, a integração dos comportamentos referentes ao tratamento de falhas dos componentes também podem proporcionar comportamentos inesperados se não forem coordenados adequadamente. Este projeto tem como objetivo principal aprofundar os estudos e desenvolver mecanismos para a integração adequada (através de métodos formais) de componentes, tanto para o comportamento normal quanto para o associado ao tratamento de falhas. CNPq - Edital MCT/CNPq/CT-INFO no 07/2007 (Proc. 551038/2007-1). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
8.	2007-2009. Genome Network Project Descrição: Construção de uma plataforma computacional para análise de dados biológicos em larga escala.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Satoru Miyano - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Educação, Cultura, Esportes, Ciência e Tecnologia do Japão - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita.
9.	2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interação via dispositivos de escrita Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
10.	2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.	2007-2010. Núcleo de Excelência em Otimizaçao Contínua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 171.510/2006 - APQ1) Descrição: O objetivo deste projeto é a formulação, análise teórica, desenvolvimento e implementação de algoritmos para os problemas clássicos de otimização: programação linear e não linear, resolução de sistemas de equações lineares e não lineares, problemas de viabilidade convexa (ou seja resolução de sistemas de inequações convexas), problemas de complementaridade linear e não linear, problemas de equilíbrio geral, problemas de programação semi-definida e desigualdades variacionais. Outrossim, o núcleo abordará o estudo de técnicas de decomposição de descentralização para problemas estruturados, e o desenvolvimento de "software", apropriado para este tipo de problemas. Compete também ao núcleo a resolução de problemas práticos usando ferramentas típicas da otimização numérica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Clovis Caesar Gonzaga - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Walter F. Mascarenhas - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Margarida Pinheiro Mello - Integrante / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / Elizabeth Karas - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Maria Laura Schuverdt - Integrante / Joao Xavier da Cruz Neto - Integrante / Luis Roman Lucambio Perez - Integrante / Susana Scheimberg - Integrante / Ademir Alves Ribeiro - Integrante / Orizon Pereira Ferreira - Integrante / Luis Mauricio Grana Drummond - Integrante / Maria Fernanda Raupp Pereira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
12.	2007-2008. Proj. CNPq/Edital Universal 2006 - Estruturas Discretas:Algoritmos e Aplicações em Otimização Combinatória Descrição: Projeto coordenado por F.K. MIyazawa (UNICAMP), integrado por 8 pesquisadores da UNICAMP e da USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / F. K. Miyazawa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
13.	2007-2008. Proj. CNPq/Edital Universal 2006 - Técnicas de Otimização para Problemas Combinatórios Descrição: Projeto CNPq - Edital Universal - na área de otimização combinatória coordenado por Carlos E. Ferreira. Integram a equipe 15 pesquisadores e 33 alunos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Coordenador / G. F. Cintra - Integrante / Jose Coelho de Pina Jr. - Integrante / Marcia R.Cerioli - Integrante / Jose A. R. Soares - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Integrante / Liliane R.B. Salgado - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Fabio H.V. Martinez - Integrante / Marco Aurélio Stefanes - Integrante / cristina - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / Debora P. Ronconi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
14.	2007-2009. Projeto Edital Universal FAPES: "Ensino-Aprendizagem Através da TV Digital: Integração do Ambiente AulaNet com o Middleware Ginga" (R$ 34.500) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Aurélio Gerosa - Coordenador. Financiador(es): FAPES - Auxílio financeiro. Membro: Marco Aurélio Gerosa.
15.	2007-2009. Redes de interação gênica semeadas por cliques Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
16.	2007-2016. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.
17.	2007-2009. Sistemas de predição de genes Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Coordenador / Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 3 Membro: Alan Mitchell Durham.
18.	2007-2010. Teoria e prática dos problemas de corte e empacotamento (Temático FAPESP 2006/03496-3) Descrição: O objeto central deste projeto temático consiste no estudo dos Problemas de Corte e Empacotamento (PCE), os quais abrangem uma variedade de problemas de otimização combinatória caracterizados por uma estrutura comum que consiste em arranjar "itens dentro de um objeto". Este arranjo, em sua versão mais concreta, pode definir o corte de peças em estoque para a produção de itens encomendados, como também o empacotamento de caixas num contêiner. Apesar da enormidade de aplicações práticas desta "versão concreta", os problemas de corte e empacotamento surgem naturalmente em "arranjos simbólicos" como subproblemas importantes no uso de recursos escassos, que formam a essência dos problemas da pesquisa operacional, tais como seleção de projetos, dimensionamento de lotes, alocação de tarefas, etc. A relevância dos PCE's advém do crescente estímulo que as indústrias, em geral, têm recebido para otimizar seus processos. Este estímulo ocorre, entre outras causas, pela maior competitividade imposta pelas transformações que têm afetado a ordem econômica mundial. O Brasil se alinha nesta tendência e experimenta profundas mudanças no seu setor produtivo no que tange à modernização de seus processos produtivos, melhoria da qualidade de seus produtos e racionalização administrativa. Neste projeto visa-se o desenvolvimento de modelos matemáticos de problemas oriundos de ambientes industriais de corte e empacotamento, o desenvolvimento e/ou aperfeiçoamento de métodos de solução, o desenvolvimento de estudos computacionais, a identificação de novos problemas práticos, bem como a revisão de problemas da literatura. Estudos de Problemas de Corte e Empacotamento têm sido desenvolvidos por diversos pesquisadores em diferentes instituições de ensino/pesquisa no estado de S. Paulo, seja de forma independente ou já em colaboração. Por meio do presente projeto, busca-se dar continuidade à integração e/ou integrar novos grupos de pesquisadores neste tema, objetivando o inte. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Marcos Nereu Arenales - Coordenador / Valéria de Podesta Gomes - Integrante / Horácio Hideki Yanasse - Integrante / Reinaldo Morabito - Integrante / Antonio Carlos Moretti - Integrante / José Carlos Becceneri - Integrante / Nei Yoshihiro Soma - Integrante / Adriana Cesário de Faria Alvim - Integrante / Vinicius Amaral Armentano - Integrante / Aurelio Ribeiro Leite - Integrante / Clovis Perim Filho - Integrante / Andréa Carla Gonçalves-Vianna - Integrante / Silvio Alexandre de Araujo - Integrante / Vitória Pureza - Integrante / Franklina M. B. Toledo - Integrante / Maristela O. Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
19.	2007-2009. Técnicas de Otimização para problemas combinatórios (Edital MCT/CNPq 15/2007 - Universal, Proc. 486124/2007-0) Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fábio Henrique Viduani Martinez - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / Liliane Rose Benning Salgado - Integrante / Márcia Rosana Cerioli - Integrante / Marco Aurelio Stefanes - Integrante / Maya Stein - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
20.	2007-2009. Técnicas de Otimização para Problemas Combinatórios (edital universal 2007) Descrição: Otimização Combinatória é a área da matemática que estuda métodos para encontrar pontos ótimos (máximo ou mínimo) de uma função definida sobre um certo domínio. Nos problemas desta área o domínio é finito, e os pontos podem ser enumerados. Entretanto, o número de pontos do domínio pode ser muito grande, inviabilizando uma abordagem que enumerasse todas as possibilidades. Diversos problemas práticos podem ser modelados como problemas de Otimização Combinatória. Tais aplicações práticas motivam o estudo de abordagens exatas e aproximadas para sua resolução, objeto principal de estudo neste projeto. Os problemas que estudaremos provêm de diversas áreas como Biologia Computacional, Escalonamento de Tarefas, Empacotamento, entre outros. A equipe do projeto consiste de 14 pesquisadores que já interagem há algum tempo dos quais 5 são pesquisadores de instituições emergentes, que fizeram seus doutoramentos orientados por pesquisadores do IME-USP, instituição principal deste projeto. As instituições envolvidas são a USP (através do IME e da Escola Politécnica), UFRJ, UECE, UFPE e UFMS. Os objetivos deste projeto são o fortalecimento da colaboração existente entre os grupos de pesquisa envolvidos e a ampliação do apoio aos doutores egressos da instituição, a fim de que possam continuar a desenvolver pesquisa de qualidade na área. Durante o projeto pretendemos realizar oficinas semestrais de pesquisa, que visam a expor os alunos envolvidos a um ambiente de pesquisa prolífero. Tais oficinas contarão com a participação de pesquisadores do país e do exterior que apresentarão palestras de seus trabalhos. Além disso, haverá também seções de problemas em aberto com a participação ativa dos estudantes. Ampliar esta interação é um dos principais objetivos deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (22) / Doutorado: (6) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante / leliane salgado - Integrante / F.H.V. Martinez - Integrante / Marco A. Stefanes - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / Glauber Ferreira Cintra - Integrante / Maya Jacobine Stein - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.

2006

1.	2006-2016. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2006-2009. Computational biology, algorithmics, combinatorial optimization Descrição: Equipe Associada INRIA. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
3.	2006-2008. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2006-2013. FINEP CT-Infra - Projeto Centro de Competência em Software Livre (R$ 600.000,00) Descrição: O Centro de Competência em Software Livre da USP tem como objetivo principal impulsionar o desenvolvimento de software livre para aplicações desenvolvidas nas mais variadas áreas do conhecimento. A produção de software livre é uma das metas prioritárias do Departamento de Ciência da Computação (DCC) do Instituto de Matemática e Estatística da USP e beneficia diretamente a sociedade em pelo menos dois aspectos: a) A produção de tecnologia de alto padrão com ampla distribuição e livre de restrições econômicas e b) contribui para a inclusão digital pelo acesso gratuito e livre ao processo de produção de produtos de tecnologia de ponta.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos / FINEP - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
5.	2006-2008. MOBIDYN project: Combinatorial Model for Dynamic Networks Descrição: The highly dynamic behavior of wireless networks make them very difficult to evaluate, e.g. as far as the performance of routing algorithms is concerned. However, some of them have a predictable dynamics, as the temporal variations in the network topology are somehow deterministic. Recently, a graph theoretic model -- the \emph{evolving graphs} -- was proposed to help capture the dynamic behavior of these networks, in view of the construction of least cost routing and other algorithms. We first implemented an evolving graph based routing protocol, and then evaluated such protocol compared to other major ad-hoc protocols through simulations. Our experiments showed that evolving graphs have all the potentials to be an effective and powerful tool in the development of algorithms for dynamic networks, with predictable dynamics at least. In order to make this model widely applicable, however, some practical issues still have to be addressed and incorporated into the model, like adaptive routing and stochastically predictable behavior . This proposal aims to the extend the ongoing work that has being done by the MOBIDYN project (cooperation between FAPESP and INRIA on process number 04/14303-6).. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Afonso Ferreira - Integrante / Julian G. Monteiro - Integrante / Hervé Rivano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
6.	2006-2016. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
7.	2006-2010. Métodos computacionais de otimização (Temático FAPESP 2006/53768-0) Descrição: A pesquisa em métodos computacionais de otimização vem sendo desenvolvida no Departamento de Matemática Aplicada da Unicamp, sob a coordenação do responsável principal por este projeto, nos últimos 27 anos. A área de interesse do grupo é Otimização, nas suas três vertentes principais: Teoria sobre problemas e métodos, Implementação prática de Algoritmos e Aplicações. Neste projeto temático, a proposta consiste em dar continuidade a esse trabalho e ao projeto 2001/04597-4, com o mesmo título e o mesmo coordenador. O grupo está inserido no PRONEX de Otimização, atualmente em vigência.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Coordenador / Marcos Raydan - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Natasha Krejic - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Maria Laura Schuverdt - Integrante / Cristina Maciel - Integrante / Eduardo Francello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
8.	2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
9.	2006-2008. Projeto InteGrade 2 Descrição: O Projeto InteGrade (\url{http://integrade}) visa desenvolver um middleware inovador que permita a utilização de recursos computacionais ociosos existentes em instituições acadêmicas e empresariais para a execução de aplicações científicas, industriais e de entretenimento que demandem alto podercomputacional. O middleware é baseado em tecnologias avançadas de objetos distribuídos e fornece suporte à execução de aplicações paralelas com um nível significativo de comunicação entre os nós (ao contrário de aplicações tipo \emph{bag of tasks} onde não há comunicação entre os nós). O middleware do InteGrade possibilita a formação de \emph{Grades Computacionais Oportunistas}, i.e., coleções de aglomerados (\emph{clusters}) de computadores formados a partir de máquinas já existentes em um grupo de instituições. O objetivo do InteGrade é oferecer aos usuários da Grade esse enorme poder computacional sem comprometer a Qualidade de Serviço oferecida aos usuários locais e respectivos donos dos computadores compartilhados, os quais devem sempre ter prioridade.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Fabio Kon - Coordenador / Raphael Y. de Camargo - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
10.	2006-2008. Transmissão multimídia e aplicação de grafos evolutivos em redes sem fio - Universal CNPq Descrição: Este projeto visa estudar o comportamento de transmissão multimídia em redes sem fio utilizando grafos evolutivos. Estes grafos fornecem previsões sobre o comportamento das redes sem fio, permitindo assim a tomada de ações adaptativas mais apropriadas para as características dessas redes. A primeira parte desse trabalho pretende analisar as propostas recentes para distribuição escalável de multimídia e entender como esses modelos poderiam beneficiar-se da utilização de grafos evolutivos para a distribuição sobre redes sem fio. A segunda parte compreende analisar com mais detalhes o recente modelo combinatório - \emph{grafos evolutivos} - que pode aproximar o comportamento dinâmico de redes sem fio, utilizando a noção do tempo em grafos. Com este modelo é possível formalizar vários resultados relativos a roteamento já conhecidos anteriormente e desenvolver novos protocolos eficientes em diversas métricas. Em particular, uma questão fundamental concerne o caráter aleatório, pouco previsível e distribuído das redes sem fio. Assim, concentraremos nossos esforços na extensão do modelo dos Grafos Evolutivos para que ele possa levar em conta essas características, através por exemplo de modelos onde exista algum grau de incerteza.. Os algoritmos de roteamento que serão concebidos estarão então ainda mais perto da realidade das redes sem fio autônomas. Finalmente, temos como meta unir os resultados dos dois estudos anteriores de forma a usar possíveis noções de previsibilidade na transmissão multimidia em redes sem fio, além do aprimorimento do modelo de grafos evolutivos para suprir necessidades específicas das transmissões de áudio e vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Arlindo Flávio Conceição - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.

2005

1.	2005-2008. Bolsa PQ/CNPq: Otimização Global e Aplicações em Computação Musical Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
2.	2005-2007. Combinação de Classificadores Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.	2005-2010. ConsRel - Logical Consequence and Combinations of Logics Descrição: Projeto de pesquisa multi-institucional (projeto temático FAPESP) envolvendo pesquisadores da USP e da UNICAMP. O tema se refere a lógica formal - fundamentos e aplicações.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Walter Carnielli - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
4.	2005-2007. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.	2005-2007. EIE - Espaços Inteligentes para Engenharia Descrição: Espaços inteligentes para engenharia - aplicação de técnicas de inteligência artificial para a construção de espaços interativos de suporte a atividades de engenharia, em especial engenharia de manutenção de grandes estruturas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Crhistian Alberto Noriega Guerra - Integrante / Gustavo Henrique Salazar Torres - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
6.	2005-2010. FAPESP Tidia-Ae - Ferramentas de Aprendizado Eletrônico para a internet avançada Descrição: Participação do Laboratório de Tecnologias de Interação do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP no projeto TIDIA-Ae para o desenvolvimento de ferramentas de aprendizado eletrônico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / José Augusto Soares - Integrante / Leonidas de Oliveira Brandao - Integrante / Crisinta Cerri - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Francisco Reverbel - Integrante / Jose Coelho de Pina Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.	2005-2011. InteGrade - a middleware for opportunistic Grid Computing Descrição: Sistema de middleware para computação oportunista em grades computacionais. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (5) . Integrantes: Fabio Kon - Coordenador / Fábio Moreira Costa - Integrante / Francisco José da Silva e Silva - Integrante / Markus Endler - Integrante / Alfredo Goldman - Integrante / Siang W. Song - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Fernando Castor Filho - Integrante / Edson Cáceres - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 Membro: Fabio Kon.
8.	2005-2010. LCGT - Laboratory for Computer Games Technology Descrição: Projeto financiado pela Microsoft Research. Tem por objetivo montar laboratório de pesquisas em jogos de computador, visando desenvolver a tecnologia específica para o desenvolvimento de jogos, desenvolver jogos para fins específicos e construir um currículo de ensino especializado em jogos de computador.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador. Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
9.	2005-2009. Logical Consequence and Combination of Logics Descrição: Projeto temático FAPESP 2004/14107-2.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Walter Alexandre Carnielli - Coordenador / Marcelo Esteban Coniglio - Integrante / Marcio Moretto Ribeiro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
10.	2005-2008. Lógica probabilística e independência Descrição: Este projeto investiga a união de métodos lógicos e probabilísticos, focando sobretudo no desenvolvimento de algoritmos de inferência. Esta união é um tema antigo em Inteligência Artificial: uma linguagem unificadora teria grande impacto em representação de conhecimento, aprendizado de regras, recuperação e busca de informações. O projeto se propõe a construir uma lógica probabilística que seja associada a relações de probabilidade e obter algoritmos de inferência para a lógica resultante. Aplicações em Robótica Cognitiva e na construção da Web Semântica (Semantic Web) são estudadas no projeto além de problemas de planejamento sob incerteza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Cozman - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 3 Membro: Leliane Nunes de Barros.
11.	2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
12.	2005-2007. Otimização Combinatória: Teoria, Prática e Aplicações (Edital Universal CNPq) Descrição: Neste projeto visamos ao estudo de problemas de Otmização Combinatória. Em especial, temos particular interesse no projeto de algoritmos de aproximação e em resultados de inaproximabilidade. As aplicações estudadas envolvem problemas cássicos de teoria dos grafos, problemas de empacotamento e problemas de biologia computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (8) Doutorado: (3) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / José Augusto Ramos Soares - Integrante / José Coelho de Pina Jr - Integrante / Marcia Rosana Cerioli - Integrante / Paulo Feofiloff - Integrante / Said Sadique Adi - Integrante. Financiador(es): Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Federal de Mato Grosso do Sul - Cooperação. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
13.	2005-2007. Otimização Discreta e Grafos: Teoria, Algoritmos e Aplicações (Projeto PROSUL - CNPq Edital No. 016/2004, Proc. 490333/04-4) Descrição: O foco central desta proposta é a investigação de problemas de Otimização Discreta e Grafos, com ênfase em seus aspectos teóricos, algorítmicos e aplicados. Nossa proposta é desenvolver pesquisa de primeira linha nesse tema, trazendo contribuições de caráter prático e teórico. A área de Otimização Discreta se situa na fronteira entre a Ciência da Computação, a Matemática e as Engenharias, ocupando um lugar de grande destaque na pesquisa científica que vem sendo conduzida no mundo todo. Dentre os vários problemas de otimização discreta que investigaremos incluem-se: projetos de redes de telecomunicações (redes de fibra ótica para conexões de banda larga), projetos de computadores e de chips VLSI, roteamento ou escalonamento de veículos, empacotamento de caixas em contêineres, corte de barras e placas, seqüenciamento de genes e DNA, mineração de dados, compressão de dados, etc. Neste REDE focaremos o estudo de técnicas para a solução de problemas como os descritos acima, implementação eficiente dessas técnicas para a solução de problemas reais, e pesquisas de caráter mais teórico na área de grafos e combinatória. Na área de grafos, serão pesquisados problemas sobre determinadas classes de grafos, bem como o desenvolvimento de algoritmos para a solução de problemas clássicos nessas classes e a análise da complexidade computacional dos problemas abordados. Pesquisas na área de grafos aleatórios também serão conduzidas. Esta área encontra-se na interseção das áreas de teoria dos grafos, combinatória e teoria das probabilidades. Consideramos o estudo de diversos problemas combinatórios, incluindo aspectos probabilísticos e assintóticos. Estes problemas têm um papel fundamental na investigação sobre grafos aleatórios e pseudo-aleatórios, assim como na análise assintótica de algoritmos e outras estruturas combinatórias. Esta REDE é constituída pelos seguintes projetos temáticos, conduzidos por 6 grupo de pesquisa. Grupo G1: Algoritmos exatos baseados em pr. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Débora Pretti Ronconi - Integrante / José Coelho de Pina - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Flávio Keidi Miyazawa - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin. Descrição: http://www.ime.usp.br/~yw/prosul/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
14.	2005-2007. Packing Problems in Combinatorial Optimization Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes. Descrição: Neste projeto estudamos novas abordagens e algoritmos para a solução de problemas difíceis de empacotamento. As aplicações de interesse surgem no projeto de circuito VLSI, estoque de armazéns, produção de álcool, etc.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (5) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Alexander Martin - Integrante / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Ernesto G. Birgin - Integrante. Financiador(es): Technische Universität Darmastadt - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
15.	2005-2007. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L Velho - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
16.	2005-2006. Problemas de Empacotamento em Otimização Combinatória (PRobral/CAPES/DAAD 199-05) Descrição: In this project we plan to develop new approaches and algorithms to solve hard combinatorial optimization problems. Many of these problems have important applications in practice. For instance, many problems that arise in the design of VLSI circuits can be formulated as combinatorial optimization problems. We are specially interested in packing problems. Such problems have been broadly investigated not only because of their interesting theoretical aspects, but also due to their many practical applications, such as in cloth, glass, paper and wood industries. They also have applications in design of VLSI circuits, warehouse storage, newspapers paging, production of alcohol in the sugar cane industry, and in several other contexts. In this project we intend to develop new algorithms for a variety of packing problems. All participants have ongoing experience on this subject, and this project is a natural attempt to combine their skills to solve new hard problems.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Marina Andretta - Integrante / Alexander Martin - Integrante / Armin Fügenschuh - Integrante / Cristina G. Fernandes - Integrante / Fernando Mario de Oliveira Filho - Integrante / Gordana Manic - Integrante / Markus Möller - Integrante / Marzena Fügenschuh - Integrante / Oliver Wegel - Integrante / Sussanne Moritz - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Darmstadt University of Technology - Cooperação / Deutscher Akademischer Austauschdienst - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
17.	2005-2008. Proj. CNPq/Prosul (Rede Sul-Americana de Projetos Temáticos) - Otimização Discreta e Grafos: Teoria, Algoritmos e Aplicaçõe Descrição: Projeto coordenado por Y. Wakabayashi na área de otimização discreta e grafos, de âmbito sul-americano, integrado por 50 pesquisadores dos países: Argentina, Brasil, Uruguai e Chile.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
18.	2005-2007. Questões Algorítmicas em Biologia Molecular (FAPESP-Inria) Descrição: Os avanços técnicos da área de Biologia Computacional têm sido estupendos e demandam novas técnicas e algoritmos para tratar a enorme quantidade de dados disponíveis. Neste projeto tentamos enfrentar o problema e buscar algoritmos para tratar problemas interessantes de Bioinformática e Biologia Computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador / Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Cristina Gomes Fernandes - Integrante. Financiador(es): Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Eduardo Ferreira.
19.	2005-2007. Um Método de Desenvolvimento e Testes para Sistemas Baseados em Componentes com Tratamento de Exceções Descrição: A disseminação de sistemas computacionais em atividades críticas tornou a confiabilidade uma característica indispensável a esses sistemas. Essa confiabilidade é obtida através de técnicas de tolerância a falhas, que aumentam a complexidade do desenvolvimento. Para auxiliar a construção de sistemas tolerantes a falhas, esse projeto de pesquisa propõe um método de desenvolvimento baseado em componentes que guiará tanto as fases de desenvolvimento quanto os testes, paralelizando essas atividades. Número FAPESP: 04/10663-8. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Cecília M F Rubira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.

2004

1.	2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2004-2016. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Texas A M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	2004-2006. Combinatorial Model for Dynamic Networks Descrição: As technology advances in the area of wireless networks and micro-electro-mechanical, it became possible to develop enhanced wireless communication micro-processed devices, with very low-cost, low-energy consumption and extremely reduced in size. These devices, when inter-connected, create a network called Wireless Sensors Networks (WSN). There is a wide range of applications for these networks, in areas such as monitoring of environment conditions and colleting data in remote locations. These networks behavior is extremely dynamic. A key topic in this research is the routing algorithms taking into account the energy constraints. The objective of this study is to analyze a recent combinatorial model - Evolving Graphs - that can harness the complexity of evolving environments. Such modeling helps to capture the behavior of dynamic networks over time allowing the formalization and improvement of the analysis of algorithms.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador / Afonso Ferreira - Integrante / Julian G. Monteiro - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Siège - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
5.	2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
6.	2004-2007. Estudo e implementacao de algoritmos para o problema de carregamento de paletes do produtor (Auxilio Integrado CNPq 503465/2004-6) Descrição: O problema de carregamento de paletes (PCP) consiste em carregar produtos (embalados em caixas) sobre um palete retangular, de maneira a maximizar a área ocupada. Supõe-se que as caixas, disponíveis em grandes quantidades, devem ser arranjadas ortogonalmente, isto é, com seus lados paralelos aos lados do palete. O PCP aparece com freqüência nas atividades de armazenagem, movimentação e transporte de produtos. Devido à escala de certos sistemas logísticos, um pequeno aumento do número de produtos carregados sobre cada palete pode resultar numa economia global significativa. Neste estudo abordamos o problema bidimensional de arranjar ortogonalmente retângulos (l,w) e (w,l), dentro do retângulo (L,W).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 1 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
7.	2004-2007. Foundations of Computer Science: Combinatorial Algorithms and Discrete Structures Descrição: (Projeto Temático ProNEx - FAPESP/CNPq Proc. No. 2003/09925-5). The research proposed under this project focuses on the development of efficient combinatorial algorithms and on the investigation of discrete structures of intrinsic interest, with the global aim of giving support of fundamental nature to computer science (CS). This project's approach is of a classical nature. Of the multiple fronts of CS that try to give support to computationally intense research projects of modern science, this project falls into the mathematical category, attacking algorithmic problems rigorously. The algorithms that are developed are analysed for correctness and computational complexity, and, when, relevant, they are implemented. The main themes that will be considered are the following: 1. Several approaches to the development of algorithms for combinatorial optimization problem; 2. Combinatorial problems from computational biology; 3. The structure of graphs and related objects; 4. Asymptotic properties of combinatorial structures. Each of these themes will be regarded as a subproject within this project, under coordination of one of the senior members of the project. Theme 1 will be coordinated by Yoshiko Wakabayashi (DCC-IME-USP), theme 2 by Carlos Eduardo Ferreira (DCC-IME-USP), theme 3, by Cláudio Leonardo Lucchesi (IC-UNICAMP) and theme 4 by Yoshiharu Kohayakawa (DCC-IME-USP).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
8.	2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
9.	2004-2008. Proj. Temático ProNEx - FAPESP/CNPq -Fundamentos da Ciência da Computação: Algoritmos Combinatórios e Estruturas Discreta Descrição: Projeto na área de teoria da computação, otimização combinatória e combinatória coordenado por Y. Kohayakawa (USP). Sua equipe tem 20 pesquisadores, dos quais, além do coordenador os seguintes são considerados principais pela FAPESP: C.E. Ferreira, C.L. Lucchesi, S. LIns e Y. Wakabayashi. Os demais integrantes são da USP, UNICAMP, UFMS e UFPR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / C. E. Ferreira - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador / Claudio L. LUcchesi - Integrante / Sóstenes LIns - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
10.	2004-2009. Segmentação e busca de informação visual em vídeo Descrição: A revolução digital vem tornando disponível através da Internet uma enorme quantidade de informação, cujo acesso só se torna possível através de avançadas técnicas de busca e organização de dados. Essas técnicas em geral são apropriadas apenas para as informações do tipo texto e embora seja significativa a quantidade de informação disponível na forma de vídeo, imagens e áudio, a busca desse tipo de mídia é apenas possível através de anotações. O objetivo desse projeto é desenvolver formas eficientes de organização e indexação da informação visual em vídeos para tornar mais eficientes as ações de busca, visualização, armazenamento e transmissão de vídeo. Como resultado desse projeto serão desenvolvidos vários filtros para a detecção de atributos de vídeo em vários níveis semânticos diferentes, e uma plataforma onde tais filtros poderão ser integrados para formar um protótipo de um sistema para exploração em grandes bases de vídeo digital, baseado apenas em informações visuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Thiago Teixeira Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
11.	2004-2007. Teoria e metodos de otimizacao continua (PRONEX - CNPq / FAPERJ E-26 / 171.164/2003 - APQ1) Descrição: O objetivo deste projeto é a formulação, análise teórica, desenvolvimento e implementação de algoritmos para os problemas clássicos de otimização: programação linear e não linear, resolução de sistemas de equações lineares e não lineares, problemas de viabilidade convexa (ou seja resolução de sistemas de inequações convexas), problemas de complementaridade linear e não linear, problemas de equilíbrio geral, problemas de programação semi-definida e desigualdades variacionais. Outrossim, o núcleo abordará o estudo de técnicas de decomposição de descentralização para problemas estruturados, e o desenvolvimento de "software", apropriado para este tipo de problemas. Compete também ao núcleo a resolução de problemas práticos usando ferramentas típicas da otimização numérica.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Clovis Caesar Gonzaga - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Paulo Jose da Silva e Silva - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Margarida Pinheiro Mello - Integrante / Benar Svaiter - Integrante / Claudia Sagastizábal - Integrante / Mikhail Solodov - Integrante / Elizabeth Karas - Integrante / João Xavier Cruz Neto - Integrante / Mauricio Drummond - Integrante / Rolando Otero - Integrante / Luis Roman Peres - Integrante / Orizon Pereira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação / Universidade Federal de Goiás - Cooperação / Universidade Federal de Santa Catarina - Cooperação / Universidade Federal do Piauí - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação / Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada - Cooperação. Número de produções C, T A: 13 / Número de orientações: 5 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
12.	2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
13.	2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2003

1.	2003-2006. AcMus Descrição: Software para medição, simulação e análise acústica de salas para práticas musicais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fabio Kon - Integrante / Flavio S C Silva - Integrante / Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Iazzetta, Fernando - Coordenador. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fabio Kon.
2.	2003-2006. ACMUS Descrição: ACMUS - Acústica Musical: projeto temático FAPESP, multidepartamental que congrega pesquisadores e estudantes de pós graduação dos departamentos de Ciência da Computação e de Música da USP. O objetivo é construir ferramentas de software e hardware para diagnóstico e sugestões de ações corretivas sobre a qualidade acústica de ambientes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
3.	2003-2005. Aplicações com localidade para computação móvel - Universal CNPq Descrição: Além da consolidação de um grupo de computação móvel no departamento de ciência da computação da USP, nós também pretendemos atrair mais alunos para esta área de pesquisa. A partir dos trabalhos desenvolvidos também deve ser possível encontrar novos temas interessantes que também devem ser estudados posteriormente. Um dos temas que já surgiu, é o desenvolvimento de um sistema aberto para a localização de unidades móveis baseado apenas na potência do sinal, já existem dois sistemas deste tipo, um da Microsoft (Radar) e outro Finlandês (Ekahau), ambos proprietários. Entre os objetivos principais temos a criação de alguns sistemas em computação móvel, e a publicação de artigos em conferências e periódicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
4.	2003-2005. BIBO - Busca Inteligente Baseada em Ontologias Descrição: Busca Inteligente Baseada em Ontologias - projeto que trata da organização de informação com base em ontologias para busca na web semântica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
5.	2003-2005. BIBO Intelligent Search Based on Ontologies Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) . Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3 Membro: Renata Wassermann. Descrição: The main goal of the project is to study and evaluate new techniques that have been developped in the context of the Semantic-web. The idea behind the Semantic-web is that, instead of having web content available as natural language texts together with HTML, one could use a "semantic" mark-up language in order to make these contents available for automatic processing. One of the key elements for these new mark-up languages is the use of formally described domain ontologies. The use of ontologies is seen now in Artificial Intelligence as the key to efficient search and retrieval of data. In this context, we are developping several small systems using ontologies. One application we have in mind is the use of CNPq's Lattes CV's, which can be obtained in XML format, in order to search for publications and research groups. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 3 Membro: Leliane Nunes de Barros.
6.	2003-2005. Bolsa PQ/CNPq: Otimização Global, Complementaridade e Aplicações Descrição: Bolsa de Produtividade em Pesquisa, nível 2. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
7.	2003-2005. CCC-AHIA Descrição: CCC-AHIA - Cooperação e Compartilhamento de Conhecimento entre Agentes Heterogêneos Inteligentes e Autônomos. Projeto regular financiado pela FAPESP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
8.	2003-2005. CCC-AHIA - Cooperação e Compartilhamento de Conhecimento entre Agentes Heterogêneos Inteligentes e Autônomos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Renata Wasserman - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Marcelo Finger - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10 Membro: Leliane Nunes de Barros. Descrição: Estudo sobre cooperação entre agentes autônomos híbridos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Flávio Soares Correa da Silva - Coordenador / Leliane Barros - Integrante / Renata Wasserman - Integrante / Marcelo Finger - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
9.	2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
10.	2003-2005. CNPq CTInfo PDITI - Projeto IMPAR Infra-estrutura de Middleware Para Aproveitamento de Recursos Ociosos em Sistemas Distribuídos (R$ 396.619,00) Descrição: O projeto tem por finalidade o desenvolvimento de uma infra-estrutura de middleware genérica para o aproveitamento de recursos ociosos em sistemas distribuídos para permitir a resolução paralela de problemas computacionais. As metas específicas são: 1) desenvolver e implementar um protótipo pré-comercial da infra-estrutura de middleware; 2) desenvolver e implementar tecnologia para garantir a segurança e a qualidade de serviço dos usuários; 3) realizar experimentos a fim de analisar a eficácia e eficiência dos sistemas desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (6) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song. Descrição: O projeto tem por finalidade o desenvolvimento de uma infra-estrutura de middleware genérica para o aproveitamento de recursos ociosos em sistemas distribuídos para permitir a resolução paralela de problemas computacionais. As metas específicas são: 1) desenvolver e implementar um protótipo pré-comercial da infra-estrutura de middleware; 2) desenvolver e implementar tecnologia para garantir a segurança e a qualidade de serviço dos usuários; 3) realizar experimentos a fim de analisar a eficácia e eficiência dos sistemas desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (6) . Integrantes: Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Markus Endler - Integrante / Renato Cerqueira - Integrante / Fabio Moreira Costa - Integrante / Edson Caceres - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Alfredo Goldman vel Lejbman.
11.	2003-2016. Criptografia baseada em dados pessoais Descrição: Desenvolvimento e análise de segurança de algoritmos de criptografia em que a chave pública identifica o seu proprietário.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Routo Terada - Coordenador. Financiador(es): University of Tsukuba - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 2 Membro: Routo Terada.
12.	2003-2005. Desenvolvimento e aplicação de métodos numéricos para otimização contínua de grande porte (Auxilio Pesquisa FAPESP 2003/09169-6) Descrição: O presente projeto tem duas partes bem diferenciadas. A primeira relaciona-se com o desenvolvimento de novos metodos de otimizacao. A segunda refere-se a aplicacao de tecnicas de otimizacao a problemas praticos. Na primeira parte pretendemos implementar e fazer uma comparacao de algoritmos de Lagrangeano Aumentado para minimizacao de problemas nao convexos com restricoes de desigualdade. Na segunda parte do projeto, estes e outros algoritmos de otimizacao serao utilizados para resolver um problema real de estimacao de constantes oticas de filmes finos. Diversos trabalhos ja foram desenvolvidos nos quais as estimativas sao feitas partindo de experimentos fisicos nos quais dados de transmitancia sao medidos. No presente projeto pretendemos estender os algoritmos desenvolvidos para utilizar tambem dados de refletancia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
13.	2003-2004. ECLIPSE IDE para CIAO PROLOG Descrição: Construção de IDE para desenvolvimento de projetos em CIAO Prolog, usando a plataforma ECLIPSE.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Renata Wasserman - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
14.	2003-2016. EGene2 Descrição: : A plataforma EGene (Durham et al., 2005) foi desenvolvida pelo nosso grupo e se caracteriza por ser um sistema integrado e customizável para a construção de pipelines. O sistema EGene permite encadear uma série de componentes diferentes de processamento, em uma ordem e composição totalmente definidas pelo usuário. Pretendemos oferecer na versão 2 do sistema EGene uma ampla gama de componentes de anotação que inclui um programa para a determinação de ORFs com tradutor das sequências protéicas, módulos para sete preditores de genes (Genscan, GlimmerM, GlimmerHMM, Twinscan, Phat, ESTscan e SNAP) , três programas de busca de repetições seriadas (TRF, String e MREPs), tRNAscan-SE, mapeamento de cDNAs (Sim4 e Exonerate), busca de similaridade (Blast), busca de motivos protéicos (HMMER/Pfam, RPS-Blast, InterProScan), busca de domínios transmembranares (TMHMM) e de peptídeo sinal (SignalP) ou ambos (Phobius), busca de sítios de ancoragem GPI (DGPI), mapeamento de termos GO, e geradores de anotação no padrão feature table (FT) e GFF3. Além disso, serão desenvolvidos componentes para a análise global de ortologia com as bases COG/KOG e eggNOG, mapeamento de vias metabólicas com a base KEGG e integração com o visualizador Genome Browser... Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador / Rangel, Luiz Thibério L.D. - Integrante / Ferro, Milene - Integrante / Deyvid Emanuel Amgarten - Integrante / Rafael Moreira Neves - Integrante. Membro: Alan Mitchell Durham.
15.	2003-2005. Knowledge Sharing and Communication among Heterogeneous Autonomous Intelligent Agents Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
16.	2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0 Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado. Membro: Alan Mitchell Durham.
17.	2003-2007. PRONEX/CNPq: Teoria e Métodos da Otimização Contínua Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Carlos Humes Jr - Integrante / Paulo Silva - Integrante / Alfredo Iusem - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
18.	2003-2004. RC-CAI Descrição: RC-CAI - Redes de Capacidades para Cooperação entre Agentes Inteligentes. Projeto internacional e multiinstitucional, congregando pesquisadores da USP, da Universidade Autônoma de Barcelona e do Instituto de Pesquisas em Inteligência Artificial da Espanha.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Jaume Agusti Cullell - Integrante / Carles Sierra - Integrante. Financiador(es): Ministerio da Educacao Cultura e Desportos Espanha - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
19.	2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2002

1.	2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
2.	2002-2004. Auxílio/FAPESP: Técnicas em Otimização Contínua para Problemas de Complementaridade e Programação Matemática com Restrições de Equilíbrio Descrição: Auxílio à Pesquisa. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
3.	2002-2006. CooPiTools - Cooperation among Pi-calculus Tools Descrição: Pi-calculus é uma das teorias pioneiras sobre agentes móveis. Além do esforço na construção das teorias, foram desenvolvidas também ferramentas de suporte ao uso das mesmas. Existem atualmente algumas ferramentas para verificação formal de processos concorrentes e agentes móveis, tanto para pi-calculus quanto para algumas outras teorias. Cada uma dessas ferramentas fornece serviços específicos para os quais elas foram concebidas. Algumas verificam se um dado modelo concorrente preserva algumas propriedades, enquanto outras verificam a equivalência entre modelos distintos. Apesar de todos os esforços, vários desafios ainda persistem na construção de ferramentas: o desenvolvimento de técnicas eficientes para a verificação de agentes móveis, construir ferramentas de suporte à especificação e verificação que sejam de fácil uso por usuários comuns, diminuição do esforço na construção de ferramentas e desenvolvimento de novas técnicas que abranjam classes de problemas não tratados atualmente. Considerando a diminuição do esforço de construção de novas ferramentas, um dos objetivos atuais na área de verificação formal é o compartilhamento de serviços entre ferramentas distintas através da sua integração. Este projeto de pesquisa tem como objetivo a integração das ferramentas de verificação para agentes móveis descritos em pi-calculus. Dessa forma, não há a necessidade de reimplementar todos os serviços requisitados em um único verificador, mas estabelecer comunicação entre verificadores capazes de fornecer os requisitos desejados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador. Número de orientações: 3 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
4.	2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
5.	2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
6.	2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
7.	2002-2004. Metodos numericos para otimizacao continua de grande porte (Auxilio Pesquisa FAPESP 2002/00094-0) Descrição: Neste trabalho propomos um novo metodo de restricoes ativas para a minimizacao de problemas com restricoes de caixa. O algoritmo combina um metodo irrestrito com uma tecnica recentemente introduzida (Gradiente Espectral Projetado) para eliminar restricoes do conjunto das variaveis livres. O algoritmo irrestrito inclui uma busca linear que tenta acrescentar muitas restricoes no conjunto de restricoes ativas a cada iteracao. Este metodo para problemas com restricoes de caixa sera testado para resolver os subproblemas que aparecem no metodo do Lagrangeano Aumentado para resolver problemas com restricoes gerais. Inspirados nos metodos de Restauracao Inexata, propomos tambem uma forma de acelerar o metodo do Lagrangeano Aumentado. Planejamos provar a convergencia global dos metodos e mostrar comparacoes numerica que determinem a confiabilidade dos mesmos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
8.	2002-2004. Proj. CNPq/Edital 2001 - Problemas de Otimização Combinatória: algoritmos e aplicações Descrição: Projeto na área de otimização combinatória, com ênfase em problemas de empacotamento, coordenado por Y. Wakabayashi, e integrado por mais 2 pesquisadores (Y. Kohayakawa e F.K.Miyazawa) e 2 alunos de doutorado.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
9.	2002-2006. Temático/FAPESP: Projeto e Simulação Acústica de Ambientes para Escuta Musical Descrição: Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Fernando Iazzetta - Coordenador / Fábio Kon - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.

2001

1.	2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
2.	2001-2003. CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression Descrição: Atualmente, genomas inteiros e todo conjunto de ESTs de microorganismos importantes economicamente ? de modelos biológicos relevantes e de humanos - estão se disponibilizando de forma cada vez mais rápida. A fim de aproveitar desse enorme conjunto de genes e ESTs seqüenciados muitas universidades e laboratórios industriais estão desenvolvendo tecnologia para analisar a expressão do gene no nível do RNA, em uma base ampla do genoma, usando microarrays de DNA, também chamado de DNA chips. Estas técnicas têm potencial para gerar centenas de pontos de dados de expressão de dezenas de milhares de genes , cujo impacto na pesquisa biológica pode ser revolucionário. Análises de tão ampla quantidade de dados cria problemas complexos e ainda não solucionados de armazenagem de dados, mineração de dados, e projeto de preditores não lineares. Juntas, tais tarefas requerem uma colaboração coordenada de, por um lado, estudiosos da computação e matemática, e por outro lado, biólogos moleculares e químicos. No estado de São Paulo, a FAPESP oportunamente lançou um programa sobre genoma, a princípio iniciado pelo seqüenciamento do genoma da Xylella fastidiosa, e agora ampliado para outros microorganismos e ESTs das células do câncer humano, células de plantas e cana-de-açúcar. A iniciativa da FAPESP tem estabelecido condições suficientes para iniciar um competitivo projeto local relativo à função dos genomas em relação a tecnologia microarrays de DNA. Este projeto visa criar uma Cooperação para Análise de Expressão dos Genes - CAGE, uma organização informal que coordenará os esforços colaborativos dos biólogos moleculares do Instituto de Química (IQ-USP), cientistas da computação e matemáticos do Instituto de Matemática e Estatística (IMEUSP), a fim de estudar a expressão do gene pela tecnologia microarray de DNA. O objetivo inicial é instalar um laboratório equipado por: a)gravação robótica com precisão alta de milhares de sinais de sequências de cDNA por cm2 sob. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (8) Doutorado: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
3.	2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2001-2003. Identificação dos Genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências de expressão Descrição: O desenvolvimento de ferramentas para extração de informação de dados de genética depende de dois fatores essenciais: pesquisa básica em matemática-computação e aplicação a problemas relevantes de Biologia. A estrutura deste projeto é consistente com esta tese. A nossa motivação é a produção de conhecimento em agropecuária. Em particular, pretendemos identificar genes ou conjuntos de genes que regulam fenótipos, como propriedades do eucalipto que têm impacto na manufatura de papel, musculatura de aves que têm impacto na qualidade da carne, ou cana de- açúcar que têm impacto na produção de açúcar e álcool. Para atingir esses objetivos é fundamental a extração de dados quantitativos das espécies estudadas, o que inclui o sequenciamento e medida de expressão em estados biológicos de interesse. Após a extração de dados pretende-se encontrar correlações que definam associação de genes, ou conjuntos de genes associados a fenótipos específicos. Para identificar esses genes é necessário um ambiente computacional que permita correlacionar dados de naturezas diversas. Um ambiente que execute tais tarefas deve ser composto por uma estrutrura de banco de dados modular que permita armazenar sequências de aminoácidos ou proteínas, cadeias metabólicas e dados de expressão; bibliotecas para reconhecimento de padrões (supervisionado e não supervisionado) e identificação de sistemas; hardware de alto desempenho, onde são implementadas funções críticas. Ambientes com tais características são conhecidos na literatura como sistemas de mineração de dados. O Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP (BIOINFO-USP), sediado no IME-USP, vem desenvolvendo um ambiente de mineração de dados para genética. O presente projeto irá contribuir para o desenvolvimento desse ambiente através da criação de novos módulos de análise de dados e da paralelização de funções críticas. O desenvolvimento de ferramentas computacionais apropriadas depende de modelos matemáticacomputacionais, que, em muit. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Nina S. Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Júnior - Integrante / Routo Terada - Integrante / Roberto Hirada Junior - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Paulo Agozini Martin - Integrante. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
5.	2001-2002. Lógicas não Monotônicas para Modelos Alternativos de Revisão de Crenças Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Coordenador / Eduardo Fermé - Integrante. Financiador(es): Universidade de Buenos Aires - Cooperação / Fundación Antorchas - Auxílio financeiro / VITAE - Auxílio financeiro. Membro: Renata Wassermann.
6.	2001-2005. Metodos computacionais de otimizacao (Temático FAPESP 2001/04597-4) Descrição: A pesquisa em metodos computacionais de otimizacao vem sendo desenvolvida no Departamento de Matematica Aplicada da Unicamp, sob a coordenacao do responsavel principal por este projeto, nos ultimos 22 anos. Foram desenvolvidos muitos trabalhos em teoria e pratica de resolucao de sistemas nao lineares, minimizacao irrestrita, minimizacao em caixas, programacao nao linear, complementaridade, desigualdades variacionais e aplicacoes. Atualmente a pesquisa e desenvolvida em colaboracao com pesquisadores de outras instituicoes como USP e UNESP. Tambem foram orientadas dezenas de teses de mestrado e doutorado. Neste projeto tematico, a proposta consiste em dar continuidade a esse trabalho. Uma novidade importante em relacao a projetos anteriores deste grupo, em particular em relacao ao projeto tematico 1990/3724-6, e a inclusao central de um amplo campo para aplicacoes de metodos numericos. Com efeito, existe atualmente o envolvimento em problemas de estimativa de parametros em problemas de Otica, cujo interesse em areas externas a Otimizacao e inclusive a Matematica, parece bastante intenso. Esses problemas surgem como importantes motivadores para o desenvolvimento de novos metodos, fornecem novas ideias e desafios e, de modo geral, atuam como poderosos estimuladores a pesquisa inovadora.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Integrante / José Mario Martínez - Coordenador / Marcos Raydan - Integrante / Lucio Tunes Santos - Integrante / Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / Marcia Aparecida Gomes Ruggiero - Integrante / Véra Lúcia da Rocha Lopes - Integrante / Natasha Krejic - Integrante / Roberto Andreani - Integrante / Ana Friedlander - Integrante / Antonio Carlos Moretti - Integrante / Elvio A. Pilotta - Integrante / Francisco A. M. Gomes - Integrante / Sandra Augusta Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Universidad Central de Venezuela - Cooperação / University of Novi Sad - Cooperação / Universidade Estadual de Campinas - Cooperação. Número de produções C, T A: 16 / Número de orientações: 2 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
7.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
8.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
9.	2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.	2001-2003. Proj. CNPq/Edital 2000 - Problemas de Otimização Combinatória: algoritmos de aproximação, complexidade e aplicações Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
11.	2001-2002. Provadores de Teorema Livres de Estrutura e Revisão de Crenças Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Marcelo Finger - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Renata Wassermann.
12.	2001-2004. VGDN ? Viral Genetic Diversity Network Descrição: Este programa propõe a organização de uma rede de laboratórios em várias instituições de pesquisas no estado, com o intuito de estudar a diversidade genética dos vírus dentro de um contexto de ciência aplicada, a qual irá proporcionar tanto a capacidade do estudo genético dos vírus quanto o uso imediato dos dados primários relevantes (exemplo: monitoramento de vacinas, resistência a drogas antivirais e tipos de vírus para informação e doenças associadas). Muitos exemplos da importância desta iniciativa será apresentada neste projeto. O estabelecimento do VGDN será pertinente quanto a melhora da ciência e tecnologia do estado de São Paulo, o que proporcionará o suporte necessário para a vigilância epidemiológica e controle das doenças virais. Os quatro trabalhos coordenados incluirão os seguintes agentes: (i) vírus da imunodeficiência humana(HIV-1), (ii) vírus da hepatite C (HCV), (iii) vírus syncytial e hantavírus. Podemos dizer que levará 6 meses para montar os labs e 2,5 anos para gerar os primeiros dados. Será necessário um adicional de 6 meses para terminar qualquer experimento que não estivesse nos planos para completar as análises dos dados. Espera-se que cada um dos 20 labs produzam 112,500 bp de HCV e 108,750 bp para HIV, 20,400 bp de RSV e 16,900 bp de hantavírus em dois anos. Cada posição do nucleotídeo será sequenciada em média 5 vezes de um número pré-definido de amplicons (1250 amostras de 3 amplicosn para HCV, 1450 amostras de 3 amplicons para HIV, 100 amostras com 3 amplicons para hantavírus, e 600 amostras com 4 amplicons para RSV). Desta maneira, aproximadamente 252,000 bp serão gerados em cada nódulo durante os 3 anos da operação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marco Dimas Gubitoso.

2000

1.	2000-2002. CNPq Edital Universal 01/2000 Projeto Algoritmos Paralelos Eficientes para o Modelo CGM (R$ 38.933,00) Descrição: O projeto focaliza o desenvolvimento de algoritmos paralelos eficientes para duas áreas de aplicação: (1) busca de padrões em imagens bidimensionais com e sem escala e (2) problemas em grafos. O problema (1) tem sua importância em processamento de imagens, em particular, reconhecimento de padrões com escala em imagens de satélites. O problema (2) tem sua importância em sistemas distribuídos modelados por grafos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
2.	2000-2004. Convênio Acadêmico USP/IIIA (Espanha) Descrição: Convênio acadêmico amplo entre o depto. de ciência da computação da USP (SP) e o IIIA/Espanha. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Jaume Agusti Cullell - Integrante. Financiador(es): Ministerio da Educacao Cultura e Desportos Espanha - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 4 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
3.	2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.
4.	2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante. Membro: Junior Barrera.
5.	2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
6.	2000-2006. Interfaces homem máquina baseadas em técnicas de visão computacional Descrição: Uso de técnicas de visão computacional para o desenvolvimento de interfaces não convencionais. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Márcio Raul Medeiros Mimica - Integrante / Thiago Schumacher Barcelos - Integrante / Flavio Luis Coutinho - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 9 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.	2000-2005. Magic Pointer Descrição: Projeto de Estudos Conjuntos com a IBM, para o desenvolvimento e teste do Magic Pointer, uma técnica de interação que utiliza rastreadores de olhar para facilitar tarefas de apontamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Myron Flickner - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 7 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
8.	2000-2003. MAPPEL - Multi-Agent Collaborative and Adversarial Perception, Planning, Execution, and Learning Descrição: Resolver problemas em domínios complexos geralmente envolve múltiplos agentes, raciocínio sobre um mundo dinâmico, planejamento de atividades, necessidade de aprender através de realimentações e experiências prévias, além de interações no mundo por meio de percepção e ação. O projeto MAPPEL visa investigar um espectro concreto de temas relevantes para o desenvolvimento de times de agentes completos atuando em um ambiente dinâmico, eventualmente adversário e com exigências de atuação em tempo real. O interesse consiste em investigar e desenvolver agentes robóticos que sejam: autônomos (capazes de raciocinar sobre suas experiências e tomar suas próprias decisões); eficientes (capazes de atingir metas específicas sob restrições de tempo e recursos, através da integração de planejamento reativo e deliberativo de atividades); cooperativos (capazes de colaborar com outros agentes para resolver problemas e realizar tarefas muito complexas em relação às suas capacidades individuais); adaptativos (capazes de aprender conforme adquirem mais experiência, através do refinamento de suas preferências de seleção de ações individuais e colaborativas). NSF / CNPq - ProTeM CC Proc. Inst. No. 68.0033/99-8. Número do Processo Individual: 48.0320/99-3. Início do Processo: Junho de 2000 Duração: 3 anos. Valor global da concessão no Brasil: R$ 125.841,39 e bolsas DTI .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (16) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (5) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (9) . Integrantes: Leliane Nunes de Barros - Integrante / J. Wainer - Integrante / Anna Helena Reali Costa - Coordenador / Jaime Simão Sichman - Integrante / Carlos Henrique Costa Ribeiro - Integrante / Manuela Veloso - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação. Número de produções C, T A: 4 / Número de orientações: 3 Membro: Leliane Nunes de Barros.
9.	2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.

1999

1.	1999-2002. CNPq Protem/NSF - Projeto ACCORDS Automatic Configuration and Monitoring of Component-Based Distributed Systems (R$ 76.193,00) Descrição: O projeto investiga a configuração automática e monitoramento de sistemas distribuídos baseados em componentes. No lado brasileiro participam pesquisadores e estudantes do Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da USP e do Instituto de Computação da Unicamp. No lado americano participa o grupo liderado pelo Professor Roy H. Campbell da Universidade de Illinois.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (10) Doutorado: (3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
2.	1999-2003. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hugo H Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	1999-2001. FAPESP Infraestrutura - Projeto Modernização do Arquivo Permanente do IME/USP (R$ 81.270,00) Descrição: Dado o seu histórico, o arquivo permanente do Instituto de Matemática e Estatística da USP constitui-se hoje em importante e valioso acervo para pesquisadores em Matemática e História da Matemática. O projeto visa a sua melhor conservação, com um sistema mais funcional de armazenamento e recuperação de informação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
4.	1999-2002. FAPESP Temático - Projeto Sistemas de Informação Distribuídos para Agentes Móveis (R$ 231.562,00 e US$ 30.753,00) Descrição: O projeto tem por finalidade a pesquisa e desenvolvimento de serviços de informação descentralizados para a consulta por agentes móveis. Para atingir o tal objetivo, diversos temas de pesquisa foram tratados, incluindo o levantamento das metodologias e tecnologias existentes para agentes móveis e o desenvolvimento de novos algoritmos, teorias e métodos. O projeto contou com uma equipe de 14 pesquisadores e estudantes de graduação e pós-graduação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
5.	1999-2000. MAC Multimídia - Material Didático para Dsiciplinas de Introdução à Computação Descrição: CAPES - Proin Produção de material didático para ensino à distância da disciplina introdutória de computação. O objetivo principal do projeto é a produção de um software básico de auxílio ao estudo de exercícios introdutórios de programação. Este auxilia o entendimento e direciona a soluções de problemas propostos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Alan M Durham - Integrante / Dilma M da Silva - Integrante / Fávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Cristina G Fernandes - Integrante / José Augusto Soares - Integrante / José Coelho P Júnior - Integrante / Routo Terada - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
6.	1999-2001. Otimizacao continua de grande porte (Auxilio Pesquisa FAPESP 1999/08029-9) Descrição: A minimizacao de funcoes diferenciaveis com, eventualmente, um grande numero de variaveis em conjuntos convexos e um problema com enorme importancia teorica e pratica. Dois paradigmas fundamentais em algoritmos numericos para a resolucao desse tipo de problema sao o da projecao do gradiente e o paradigma Cauchy-Newton para otimizacao irrestrita. Ambos paradigmas podem ser combinados no contexto das estrategias de restricoes ativas em otimizacao.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Julián Goldberg Birgin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 Membro: Ernesto Julián Goldberg Birgin.
7.	1999-2004. Otimização de Simuladores Atmosféricos em Computação Paralela Descrição: Esta atividade teve como objetivo final o aumento da eficiência numérica da versão paralela do modelo denominado ?Regional Atmospheric Modelling System ? RAMS?, amplamento usado no Brasil em centros de pesquisa atmosférica no Brasil. Foram identificadas algumas partes do código que requerem significativo esforço de otimização algorítmica e de código. Em particular, os esquemas de interpolação associados ao aninhamento de grades teve que ser modificado. Este esforço foi em grande parte financiado por um projeto financiado pela FINEP, cujo objetivo final era o de produzir um modelo eficiente para os centros regionais de meteorologia no Brasil, como parte de um programa do Ministério de Ciência e Tecnologia no Programa de Tempo e Clima, coordenado pelo CPTEC. http://milenio.impa.br/pt/2004/relatorioglobal-pt.pdf. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Dilma Menezes da Silva - Integrante / Saulo Barros - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
8.	1999-2001. Proj. CAPES-COFECUB (Brasil-França) Algoritmos para Análise de Genomas Descrição: Projeto de cooperação bilateral Brasil-França coordenado por Y. Wakabayashi e M.F. Sagot.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Marie-France Sagot - Integrante. Financiador(es): COFECUB - Cooperação / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Yoshiko Wakabayashi.

1998

1.	1998-2001. 2K - A distributed operating system for the new millenium Descrição: Novo sistema operacional baseado em objetos distribuídos e middleware reflexivo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (4) . Integrantes: Fabio Kon - Integrante / Roy H Campbell - Coordenador / Dilma M. Silva - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro. Membro: Fabio Kon.
2.	1998-2016. Ambiente Java baseado em Reutilização Descrição: A abordagem de desenvolvimento de sistemas computacionais orientado a objetos tem reutilização como princípio, desde projeto à codificação. Este projeto de pesquisa tem como objetivo principal dar suporte à reutilização de projetos e código de sistemas desenvolvidos na linguagem Java. Na reutilização de projeto, a pesquisa está centrada no desenvolvimento de técnicas de suporte à reutilização de "frameworks" Java. Estas técnicas vão desde classificação de busca de framewors, até a composição de frameworks existentes para a construção de novos frameworks. Como os frameworks são componentes que embutem tanto design quanto código, a reutilização dos mesmos proporciona também a reutilização de código. Contudo, aém das técnicas de para a reutilização de frameworks, este projeto também desenvolve técnicas de classificação e busca de classes Java. Outro problema fundamental no desenvolvimento e reutilização de sistemas orientados a objetos diz respeito ao teste, dada a dificuldade de sua execução. Este projeto propõe ainda um estudo da viabilidade do uso de verificação formal de alguma propriedades de sistemas desenvolvidos na linguagem Java para diminuir o esforço de teste do sistema.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.Número de orientações: 2 Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
3.	1998-2004. Complexity of Discrete Structures Descrição: Projeto ProNEx 107/97 - MCT/CNPq. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Cristina Gomes Fernandes - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador. Membro: Cristina Gomes Fernandes.
4.	1998-2000. Coordenador: Auxílio FAPESP: Análise multi-escala de formas Descrição: Desenvolvimento de métodos para análise multiescala de formas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.	1998-2000. DECAFF-KB Descrição: Projeto de pesquisas internacional e multi-institucional, co-financiado pela CAPES e pelo Conselho Britânico. O objetivo do projeto foi o estudo de técnicas e métodos computacionais e formais para a cooperação entre sistemas baseados em conhecimento construídos com base em formalismos heterogêneos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Coordenador / Marcelo Finger - Integrante / David Stuart Robertson - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Jaume Agusti Cullell - Integrante / Wamberto Vasconcelos - Integrante. Financiador(es): Conselho Britanico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 2 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
6.	1998-2002. DECaFf-KB - Distributed Environment for Cooperation among Formalisms for Knowledge Bases Descrição: Vários sistemas baseados em conhecimento foram desenvolvidos até o presente momento. Cada um deles é especializado para responder a um conjunto de questões dados a informação e mecanismos de construção de conhecimento inerentes aos mesmos. Contudo, para responder a questões mais elaboradas, precisams muitas vezes da ação conjunta de vários desses sistemas especialistas. Este projeto é um estudo de como integrar sistemas baseados em conhecimento para que questões que envolvam conhecimentos provenientes de mais de um sistema sejam respondidas. Este estudo é de caráter teórico e prático.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Coordenador / JAUME AGUSTI - Integrante / DAVID ROBERTSON - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Wamberto W Vasconcelos - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / British Council Uk - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
7.	1998-2004. Proj. Pronex CNPq/MCT - Complexidade de Estruturas Discretas Descrição: Projeto coordenado por Y. Kohayakawa, com 24 pesquisadores da USP, UNICAMP, UFMS, UFPE e UFPR.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Integrante / Yoshiharu Kohayakawa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
8.	1998-2000. Projeto Sidam - Projeto Temático Fapesp num 98/06138-2 Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Alan Mitchell Durham - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Alan Mitchell Durham.
9.	1998-2003. PRONEX/CNPq: Métodos para Otimização Contínua Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcelo Gomes de Queiroz - Integrante / Carlos Humes Jr - Integrante / Paulo Silva - Integrante / Alfredo Iusem - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcelo Gomes de Queiroz.
10.	1998-2001. SIDAM Descrição: SIDAM - Sistema de Informações Distribuídas para Agentes Móveis. Projeto temático FAPESP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Fábio Kon - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador / Alan Mitchel Durham - Integrante / Alfredo Goldman Vel Lejbman - Integrante / Dilma Menezes da Silva - Integrante / Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / Hernan Astudillo - Integrante / João Eduardo Ferreia - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Markus Endler - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 1 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.
11.	1998-2001. SIDAM - Sistema de Informações Distribuídas de Agentes Móveis Descrição: Os sistemas de agentes móveis têm-se expandido no mercado, dado o uso extensivo de dispositivos móveis, tais como: telefones celulares, PDAs e Notebooks. Os sistemas computacionais para a troca de informações entre tais dispositivos é aind um objeto de estudo. O projeto SIDAM (Sistema de Informações Distribuídas de Agentes Móveis) está centrado no desenvolvimento de técnicas e ferramentas de suporte a sistemas de informação com agentes móveis. Uma das preocupações principais é o fornecimento de serviços aos dispositivos móveis de forma segura e que atendam às necessidades da nova tecnologia. Com o objetivo de fornecer serviços confiáveis aos agentes móveis, este projeto estuda técnicas formais para agentes móveis. Estes estudos vão desde o estudo de teorias e linguagens que dêem suporte à especificação, quanto ao desenvolvimento de novas técnicas de verificação formal de agentes móveis.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Siang Song - Coordenador / Markus Endler - Integrante / Alan M Durham - Integrante / Alfredo G vel Lejbman - Integrante / Francisco R Reverbel - Integrante / Dilma M da Silva - Integrante / Hernan E Astudillo - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ana Cristina Vieira de Melo.
12.	1998-2001. SIDAM - Sistemas de Informação Distribuídos para Agentes Móveis Descrição: O objetivo do projeto SIDAM (Sistemas de Informação Distribuídos para Agentes Móveis) é estudar os principais problemas relacionados com a implementação de sistemas de informação distribuídos para consulta por agentes móveis, fazer um levantamento das metodologias e tecnologias existentes e desenvolver novos algoritmos, teoria e métodos nessa área.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / Siang Wun Song - Coordenador / Fabio Kon - Integrante / Alan M. Durham - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Dilma Menezes da Silva - Integrante / Flávio Soares Correa da SIlva - Integrante / Hernán Astudillo - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Marcelo Finger - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Markus Endler - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Francisco Carlos da Rocha Reverbel.

1996

1.	1996-1997. CNPq Auxílio Integrado - Projeto Pesquisa em Computação Paralela (R$ 35.000,00) Descrição: O projeto tem o objetivo de investigar três importantes tópicos da Computação Paralela: 1) Análise do desempenho de sistemas paralelos; 2) Desenvolvimento de algoritmos paralelos; e 3) Redes de interconexão e suas propriedades.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
2.	1996-2016. Modelos de Sinalização Celular Descrição: Sinalização celular engloba importantes mecanismos e processos de controle e regulação. Os sistemas de sinalização baseados no contato célula-célula participam ativamente de diversos mecanismos e eventos relacionados ao processo de desenvolvimento, à apoptose e à diferenciação, entre outros. O projeto tem por objetivos estudar, propor e validar modelos matemáticos e/ou computacionais para sistemas de sinalização celular baseados em interações do tipo célula-célula... Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Luiz Carlos Rozante - Coordenador. Membro: Marco Dimas Gubitoso.
3.	1996-1998. Reasoning with Uncertainty Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Renata Wassermann - Integrante / Michiel van Lambalgen - Coordenador. Financiador(es): Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek - Auxílio financeiro / Universidade de Amsterdã - Cooperação. Membro: Renata Wassermann.

1995

1.	1995-1997. FAPESP Auxílio Pesquisa - Projeto Desenvolvimento de software orientado a aplicações para um sistema paralelo (US$ 45.800,00) Descrição: Este auxílio da FAPESP viabiliza a importação da máquina paralela obtida da União Européia, bem como a aquisição de software especializado para a máquina paralela Parsytec PowerExplorer, doada pela União Européia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (1) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
2.	1995-1996. FAPESP Infraestrutura - Projeto Modernização da Rede Local de Pesquisa do IME/USP (R$ 141.243,00 e US$ 60.684,00) Descrição: O projeto visa a modernização e completação da rede local existente no IME/USP, e que serve de suporte básico para toda a atividade de pesquisa do Instituto. O auxílio solicitado abrange a substituição do ``backbone'' que interliga os vários andares dos Blocos A e B por uma fibra ótica de 100 Mbits/s, a reconfiguração da topologia da rede, a adição de vários servidores dedicados e de equipamentos para aumentar o número de pontos de acesso aos servidores da rede, e demais acessórios tais como concentradores, pontes, cabos, conectores, bandejas, etc.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.
3.	1995-1997. Proj. CNPq- ProteM-CC-II - ProComb: Problemas Combinatórios: teoria, algoritmos e aplicações Descrição: Projeto de âmbito nacional envolvendo 20 pesquisadores da USP, UNICAMP, UFRJ e PUC-RJ.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
4.	1995-1997. TeleMed - Sistema de telemedicina que implementa um registro virtual de paciente Descrição: O TeleMed produziu um sistema de telemedicina que permite acesso uniforme a dados clínicos (incluindo imagens radiográficas e/ou tomográficas) armazenados em repositórios heterogêneos e geográficamente distribuídos. Este foi um dos projetos do Los Alamos National Laboratory que utilizaram o Object Database Adapter escrito por Francisco Reverbel.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / David W. Forslund - Coordenador / Richard L. Phillips - Integrante / Jim Cook - Integrante / John Newell - Integrante / Robert D. Tomlinson - Integrante / Jonathan Greenfield - Integrante / Pat Kelly - Integrante / Allen L. McPherson - Integrante / Jonathan Bradley - Integrante / Steve Tenbrink - Integrante / Mohamad Ijadi - Integrante / David G. Kilman - Integrante / James E. George - Integrante / Juhnyoung Lee - Integrante. Financiador(es): Los Alamos National Lab - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 6 Membro: Francisco Carlos da Rocha Reverbel.
5.	1995-1997. União Européia ? Projeto Application Oriented Software Development for Highly Parallel Systems (US$ 211.950,00) Descrição: O programa ITDC'94 (Information Technologies for Developing Countries) é uma iniciativa da União Européia em prover infraestrutura de pesquisa nos países em desenvolvimento mais avançados. A iniciativa tem como meta o estabelecimento de colaboração, num contexto de pesquisa, entre a indústria de tecnologia em informática européia e instituições acadêmicas dos países em desenvolvimento. O presente projeto intitulado ``Application Oriented Software Development for Highly Parallel Systems'' foi um dos vinte e poucos projetos, dentre de um total de mais de duzentos projetos submetidos no mundo inteiro, e recebeu a verba de 157.000 ECU (Unid. Monet. Européia), correspondentes a aproximadamente US$ 211.950,00, para a aquisição de uma máquina paralela Parsytec PowerExplorer de 16 nós, cada um com um processador de aplicação e um processador de comunicação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (8) / Doutorado: (1) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Commission of European Communities - Auxílio financeiro. Membro: Siang Wun Song.

1994

1.	1994-1999. PLENA: Parallel and Flexible Environmental Analysis Descrição: The proposed project aims at investigating and developing methods and techniques that support the development and the parallel execution of environmental modeling, analysis, and simulation systems. Such systems are becoming more and more important for estimating and detecting environmental pollution and supporting political and management decisions concerning the use of natural resources. The main emphasis of the project is on the development of parallel programming models and execution environments that support the development of efficient and flexible environment modeling, simulation and analysis systems. A common characteristic of analytical environmental control and simulation systems is that they consist of several interoperating modules each of which implements the model of one environmental component, e.g. meteorology, orography, chemistry etc. One of the problems in such systems is that modules have usually been adapted from existing software packages for sequential machines. Consequently, in many cases their algorithms either are not or are only insufficiently parallelized. In order to support an efficient parallel execution of these systems, one has not only to find suitable parallelization techniques for the existing software but also has to search for intrinsic parallel solutions for the analytical models underlying these systems. On the other hand, many technical applications in the environmental domain cannot be described analytically and are characterized by numerous data and qualitative, heuristic knowledge. An example are water purification plants. Data can be gathered from control protocols of the past, and it is possible to formulate fuzzy rules which reflect the impact of internal and external parameters. On the other hand, an exact mathematical model of the processes cannot be given. Artificial neural networks have proved to be a valuable tool for data driven system modeling and handling informal domain descriptions such as those found in. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Markus Endler - Coordenador / Joerg Cordsen - Integrante / Achim Sydow - Integrante / André de Carvalho - Integrante / Silvio de Oliveira - Integrante / Thomas Becher - Integrante / Michael Hortman - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 Membro: Marco Dimas Gubitoso.
2.	1994-1998. Proj. PROBRAL (Brasil-Alemanha) - Problemas de Empacotamento e Problemas de Partição em Grafos e Hipergrafos Descrição: Projeto de cooperação bilateral (Brasil-Alemanha) coordenado por Y. Wakabayashi e M. Grötschel.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Yoshiko Wakabayashi - Coordenador / Martin Grötschel - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / Deutscher Akademischer Austauschdienst - Cooperação. Membro: Yoshiko Wakabayashi.
3.	1994-1995. Sunrise - Prototipação de utilizações avançadas da infraestrutura nacional de informações americana Descrição: O projeto Sunrise foi um conjunto integrado de esforços motivados pelo novo cenário da information highway, com o objetivo de pesquisar a aplicabilidade de novas tecnologias a esse cenário. CORBA foi uma das tecnologias empregadas. O problema da persistência de objetos CORBA ficou sob a responsabilidade de Francisco Reverbel, que desenvolveu trabalho pioneiro de integração entre ORBs CORBA e bancos de dados orientados a objetos. O módulo de software produzido por este trabalho (um Object Database Adapter) foi usado em vários projetos do Los Alamos National Laboratory.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / David W. Forslund - Coordenador / Richard L. Phillips - Integrante / Jonathan Greenfield - Integrante / Pat Kelly - Integrante / Allen L. McPherson - Integrante / Jonathan Bradley - Integrante / Steve Tenbrink - Integrante / Mohamad Ijadi - Integrante / David G. Kilman - Integrante / James E. George - Integrante / Juhnyoung Lee - Integrante. Financiador(es): Los Alamos National Laboratory - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 6 Membro: Francisco Carlos da Rocha Reverbel.
4.	1994-1996. VERASS Descrição: VERASS - Verificação de Assinaturas. Projeto financiado pela Olivetti do Brasil, com o objetivo de construir um sistema capaz de reconhecer e verificar assinaturas em documentos.. Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Flavio Soares Correa da Silva - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Routo Terada - Coordenador. Financiador(es): Olivetti do Brasil - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 / Número de orientações: 2 Membro: Flavio Soares Correa da Silva.

1993

1993-1993. Estudo de pré-viabilidade para implantação de um programa de industrialização de software no Estado de São Paulo
Descrição: O Objetivo do estudo foi formular um programa, no âmbito do Estado de São Paulo, que vise a produtividade no desenvolvimento de software e a qualidade dos produtos desenvolvidos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Integrante / Fábio Luiz Mariotto - Coordenador / Abraham Sin Oih Yu - Integrante / Ana Lucia Bueno - Integrante / Roque Rabechini Júnior - Integrante / Shih Li Chung - Integrante / Ely Bernardi - Integrante / Gilberto Camasmie - Integrante / Tomio Kusano - Integrante / Fontinele Andrade da Silva - Integrante / Daniela Kram Baumohl - Integrante / Lilyana Yang - Integrante / Melissa Helena Marson - Integrante. Financiador(es): Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2
Membro: Marco Dimas Gubitoso.

1993-1995. FAPESP Auxilio Pesquisa - Projeto Aspectos Fundamentais da Ciência da Computação (US$ 96.814,00)
Descrição: O projeto engloba investigações em várias importantes áreas da Ciência da Computação e abrange os seguintes subprojetos. 1) Autômatos e Algoritmos: Teoria e Prática; 2) Computação Paralela; 3) Combinatória, Teoria dos Grafos e Otimização Combinatória; 4) Sistemas de Programaas d ee PrSistemas Numéricos em Paralelo. O projeto visa o fornecimento de infraestrutura moderna de computação aos pesquisadores do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (14) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Siang Wun Song.

1992

1992-1993. SUNMOS e Puma - Sistemas operacionais para máquinas massivamente paralelas
Descrição: O projeto SUNMOS/Puma, desenvolvido conjuntamente pelo Sandia National Laboratories e pela University of New Mexico, produziu os sistemas operacionais SUNMOS e Puma, usados em produção nas maiores máquinas massivamente paralelas do Sandia Labs: um nCUBE-2 com 1024 nós e um Intel Paragon com 1904 nós. Uma aplicação rodando sobre o Puma venceu o Gordon Bell Award de 1994, na categoria desempenho, com 140 Gflops num Intel Paragon de 1904 nós.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / Arthur B. Maccabe - Coordenador / Stephen R. Wheat - Integrante / Rolf Riesen - Integrante / David W. van Dresser - Integrante / T. Mack Stallcup - Integrante / Kenneth Ingham - Integrante / Clint Kaul - Integrante / Michael Levenhagen - Integrante. Financiador(es): Sandia National Laboratories - Cooperação / University of New Mexico - Cooperação. Número de produções C, T A: 2
Membro: Francisco Carlos da Rocha Reverbel.

1990

1990-1992. BID/USP Recursos Humanos - Projeto Pesquisa em Computação Paralela (US$ 159.303,00)
Descrição: O projeto visa o aperfeiçoamento e capacitação em pesquisa dos pesquisadores em Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da USP. Os recursos financeiros viabilizam a participação de pesquisadores do grupo em reuniões científicas, realização de visitas de pesquisa, estágios e intercâmbio de pesquisadores com o exterior.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Banco Interamericano de Desenvolvimento - Auxílio financeiro.
Membro: Siang Wun Song.

Data de processamento: 31/03/2016 13:54:45