Grupo de Visão e Processamento de Imagens - IME

Grupo de Visão e Processamento de Imagens - IME - USP

Total de projetos de pesquisa

Número total de itens: 79

2016

2016-2016. Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Coordenador / Andre Fujita - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2016-2016. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications.
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: João Eduardo Ferreira.

2015

1.	2015-2016. Combinação de características locais e globais em aprendizagem de operadores de imagens Descrição: O problema de projeto de operadores morfológicos pode ser modelado no contexto de aprendizagem de máquina como um problema de aprendizado de uma função local que mapeia o padrão observado em cada ponto da imagem para um valor de saída. Uma característica interessante dos operadores morfológicos é o fato de eles permitirem uma interpretação intuitiva de seus efeitos, uma vez que sua concepção é fortemente baseada em explorar informação de forma e de topologia. Além disso, eles são formalmente bem caracterizados por fundamentos teóricos sólidos. Porém, por construção, operadores morfológicos não possuem propriedades interessantes como invariância à escala e à rotação e também não levam em consideração informações globais ou de contexto. Neste projeto, o objetivo principal é avançar os métodos existentes para projeto de operadores morfológicos para que estes sejam capazes de tratar objetos de diferentes escalas e levem em consideração informações globais e de contexto. Para tanto, a principal ideia a ser explorada é o uso de descritores de características diversas citados na literatura da área, de forma acoplada ao arcabouço de combinação de operadores. Deverão ser investigados os aspectos teóricos, estatísticos e práticos associados. Aplicações em processamento de imagens de documentos são planejadas como meio para validação dos métodos a serem desenvolvidos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Igor dos Santos Montagner - Integrante / Ana Lucia Lima Marreiros Maia - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2015-2016. Detecção de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogêneas Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2015-2016. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.

2014

1.	2014-2016. Biologia Sistêmica do Câncer Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador / Dirce M Carraro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante. Membro: Junior Barrera.
2.	2014-2016. Classification of Gender and Ethnicity using 3D Modeling and Multi-resolution Operators Descrição: Pesquisa e desenvolvimento de metodologias para classificação de gênero e raça em vídeos de câmeras de segurança.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Roberto Hirata Júnior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Hitachi - Central Research Laboratory - Cooperação. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
3.	2014-2016. Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2013

1.	2013-2016. Aprendizagem de operadores de imagens - Aplicações em detecção de objetos e segmentação de imagens Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. De um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser utilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens binárias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Oceanografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros da equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante / Hirata, Nina S.T. - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. D e um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser ut ilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens bin árias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Ocea nografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros d a equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2013-2016. Aquisição, gerenciamento, aprimoramento, análise e visualização de imagens de tomografia biomagnética. Descrição: Esse projeto faz parte de um projeto maior chamado: "Implantação de Infraestrutura em Engenharia Biomédica na Unifesp para Desenvolvimento de Inovação Tecnológica na Saúde: Tomografia Biomagnética". Valor total: até R$ 2.462.525,00, sendo: R$ 2.347.325,00 destinados ao Acordante por meio de aporte direto, R$ 115.200,00 destinados a Bolsas de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, a serem transferidos pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq; Fonte: Saúde.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / IDE, JAIME S. - Integrante / CAPPABIANCO, FABIO A. M. - Integrante / Carlos Marcelo Gurjão de Godoy - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Previdência Complementar - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
3.	2013-2016. Busca inteligente em laudos e imagens de ultrassonografia Descrição: Este projeto tem como objetivo a pesquisa e desenvolvimento de uma ferramenta de software capaz de realizar pesquisas em laudos e imagens de exames de ultrassonografia feitos através do Sistema Único de Saúde (SUS). Este projeto será realizado em parceria com o Instituto de Pesquisa e Ensino em Medicina Diagnóstica e Terapêutica (IPmed), que disponibilizará a base de dados. O desenvolvimento desta ferramenta possibilitará a extração de informações sobre a situação da saúde dessa parcela da população que utiliza os serviços do SUS.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / LÚCIO VALENTIN - Integrante. Financiador(es): IPMED - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
4.	2013-2016. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celulkar Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
5.	2013-2016. NAP - eScience Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para imagem e estudos genômicos o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu processamento, análise, armazenamento e transferência. Esse cenário levou ao desenvolvimento de novas metodologias matemáticas e de ciência da computação para o tratamento de grande volume de dados, conhecidas hoje como e-Science. Entre os recursos mais importantes para e-Science estão a computação em nuvem e o uso de ferramentas de análise on-line. É também imperativo que a aquisição e inclusão de dados oriundos de plataformas de alto desempenho em bancos, para posterior análise e transferência, obedeçam a critérios estabelecidos ex ante por uma curadoria (data engineering). Essa nova arquitetura de tratamento de dados é essencial para que a descoberta científica nos principais domínios do conhecimento não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados? (Baraniuk RG, Science.2011. 331:717-8). A presente proposta centra-se na criação do Núcleo de e-Science da USP como uma resposta institucional para a formação de uma rede de laboratórios da Universidade de São Paulo capaz de: i) liderar iniciativas em desenvolvimento e difusão de metodologias computacionais aplicáveis à captura, armazenamento, manutenção e análise de dados gerados por plataformas de alto desempenho em domínios como medicina e biologia; ii) organizar a formação de recursos humanos nessa área ; iii) gerar, difundir e transferir tecnologia em e-Science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
6.	2013-2016. NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / David C Martins - Integrante / Célia Regina da Silva Garcia - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.	2013-2016. Novas Técnicas de Processamento e Análise de Imagens usando Grafos e suas Implementações em uma Ferramenta Online para Processamento 2D e 3D de Imagens Médicas e Naturais Descrição: Matemática discreta fornece uma estrutura elegante para o processamento de imagens, sendo rica em algoritmos eficientes, com provas de corretude. Como consequência, muitos métodos recentes de processamento de imagem têm sido modelados como problemas de busca e otimização em grafos. Métodos tradicionais podem também ser reformulados com base em grafos, levando a implementações mais eficientes, e/ou favorecendo análises teóricas, o que possibilita o desenvolvimento de novas extensões. Por outro lado, as peculiaridades do processamento de imagem exigem adaptações específicas, o que gera novos desafios de pesquisa e oportunidades, visto a crescente quantidade de publicações na área. Alguns dos tópicos a serem investigados compreendem: Restrições topológicas, automação, sinergia entre operadores de imagem, funções de conexidade não suaves no arcabouço da transformada imagem-floresta (IFT), métodos híbridos, e reconhecimento de padrões por grafos. Como resultado desta pesquisa, visamos a implementação de uma ferramenta online em HTML5, WebGL e Node.JS, que favoreça a divulgação científica dos resultados de pesquisa e a sua visibilidade externa. A ferramenta irá permitir vários modos de visualização, edição, e segmentação, de modo integrado, com recursos de colaboração em tempo real na Web, e com especial atenção para imagens médicas multimodais e tridimensionais (ex: ressonância magnética (RM) para a pesquisa em neurologia).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (5) . Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / CIESIELSKI, KRZYSZTOF C. - Integrante / Fabio Augusto Menocci Cappabianco - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.

2012

1.	2012-2016. Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira.
2.	2012-2016. NAP LabCosmos Descrição: Nucleo de Estudos do Cosmos da Universidade de São Paulo. Coordenado pela profa. Dra. Claudia Lucia Mendes de Oliveira (IAG/USP). Parte do projeto está relacionada à análise de imagens multiespectrais, a serem obtidas por um moderno telescópio em construção. Para tanto será necessário o desenvolvimento de técnicas de tratamento e análise de imagens multidimensionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Claudia Lucia Mendes de Oliveira - Coordenador. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.	2012-2016. NAP-USP eScience Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Proreitoria de Pesquisas da USP - Cooperação. Membro: Junior Barrera.
4.	2012-2016. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
5.	2012-2016. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
6.	2012-2014. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
7.	2012-2016. Um método computacional para a análise de alterações microvasculares e teciduais de órgãos na sepse usando a técnica de imagens Sidestream Dark Field (SDF) Descrição: Novos métodos diagnósticos e terapêuticos no suporte do paciente séptico pouco vem modificando o cenário da evolução com elevado índice de mortalidade. O comprometimento progressivo da microcirculação, relacionado com o aumento da intensidade da resposta inflamatória sistêmica na sepse, tem sido considerado o "motor" da gênese da Síndrome de Disfunção de Múltiplos Órgãos que frequentemente evolui para o óbito. No entanto, apesar da reconhecida importância da disfunção microcirculatória, ainda carece de método de análise capaz de correlacionar a gravidade da sepse com o grau de comprometimento da microhemodinâmica capturada pelo microscópio portátil Sidestream Dark Field Imaging (SDF). A classificação da gravidade da sepse por meio da análise da disfunção microcirculatória seria de grande contribuição no diagnóstico da gravidade e na conduta terapêutica. Neste contexto, este projeto tem como objetivo desenvolver uma metodologia computacional para a determinação do grau de comprometimento microvascular e tecidual na sepse. Métodos: As imagens da microcirculação de órgãos abdominais foram capturadas com SDF após a indução da sepse com letalidades conhecidas mediante a inoculação IV de 3 de E.coli em ratos Wistar-EPM, 250 a 300 gramas. As imagens coletadas in vivo serão submetidas à análise com variados métodos computacionais que possam mensurar o grau de comprometimento da microhemodinâmica em fases distintas de gravidade da sepse. Após a escolha do método de análise, a sua validação será realizada comparando-se com a análise histológica dos respectivos órgãos de onde foram geradas as imagens in vivo. Ao final do projeto espera-se produzir um meio de diagnóstico rápido, em tempo real, contribuindo como um método de monitoramento da sepse.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Jihan Zoghbi - Integrante / IVAN HONG JUN KOH - Integrante. Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2011

1.	2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2011-2016. Integração de Dados na Biologia Sistêmica: Caracterização de Fenômenos Biológicos a partir de Informações Estruturais e Funcionais Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.	2011-2016. Investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de interação baseada no olhar Descrição: Interfaces baseadas no olhar utilizam rastreadores de olhar (\textit{Eye Gaze Trackers}) como dispositivo de entrada. Tais dispositivos informam ao computador a posição sobre o monitor observada pelo usuário a cada instante. Ao associar o cursor à posição do olhar, o apontamento de objetos da interface pode ser feito de forma bastante natural, porém a seleção dos objetos (``clicar'' com o olhar) continua um problema que ainda não foi resolvido satisfatoriamente. Dentre os métodos sugeridos podemos citar o piscar do olho, gestos do olhar e tempo de latência (ou \textit{dwell time}). Essa última alternativa, talvez devido a sua simplicidade, é a mais utilizada até o momento. A ideia é que o usuário precisa manter o olhar fixo sobre um objeto (por um período de latência), para selecioná-lo. Apesar de simples, utilizando um tempo de latência muito curto temos o problema conhecido como ``toque de Midas'', onde todo o objeto observado pelo usuário é ativado. Caso o tempo seja longo, a interação se torna lenta. Este projeto propõe a investigação da alternância entre contextos como novo paradigma de ativação em interfaces baseadas no olhar \cite{Morimoto:10}. Tal paradigma, proposto recentemente por nosso grupo, oferece maior conforto (pois elimina o problema do toque de Midas) e velocidade (pois associa a seleção a um movimento rápido do olhar). Como resultado dessa pesquisa, serão criados aplicativos computacionais controlados pelo olhar mais eficientes e genéricos que os atuais. Essa tecnologia deve facilitar a comunicação de pessoas portadoras de deficiências físicas, permitindo-lhes uma maior integração social, e todos os aplicativos serão disponibilizados como software livre.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
4.	2011-2014. Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.	2011-2013. Representação Supertoroidal do Tensor de Difusão: Análise da Substância Branca Cerebral no Transtorno Bipolar Descrição: A substância branca (SB) tem importância fundamental na compreensão das funções ce- rebrais tendo em vista a rede de comunicação neural que ela estabelece. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos, incluindo o transtorno afetivo bipolar (TAB), estão associados a anormalidades sutis de SB que demandam métodos robustos e eficientes de análise. A imagem por tensor de difusão (DTI) é uma modalidade promissora de imagens capaz de caracterizar alterações estruturais em SB. No entanto, a sua natureza multidimensional e multivariada faz com que o estudo neuropatológico em TAB torne-se uma tarefa desafia- dora. Assim, faz-se necessário o uso de métodos de análise de DTI que sejam robustos e apropriados para entendermos o papel destas anormalidades. Este projeto visa o desen- volvimento e a avaliação de uma nova metodologia de análise utilizando a representação supertoroidal do tensor de difusão. O objetivo desta representação é aprimorar a caracte- rização da SB de forma visual e quantitativa através de novos índices de difusividade e anisotropia. Experimentos utilizando phantoms revelaram que estes índices são sensíveis à mudanças estruturais e que podem descrever alterações no cérebro. Resultados prelimi- nares utilizando DTI de um cérebro humano normal mostraram que tratos de SB podem ser identificados sem ambiguidades pelo modelo supertoroidal. Para avaliar a eficácia desta nova metodologia, imagens DTI de pacientes com transtorno bipolar e de indiví- duos saudáveis serão analisadas e comparadas estatisticamente. Desta forma, esperamos que esta abordagem possa avançar o conhecimento da neurofisiologia do TAB e trazer informações inéditas para a caracterização da SB em ou. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (1) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Coordenador / Mekkaoui, Choukri - Integrante / Sheila Caetano - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
6.	2011-2016. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa ? eScience ? que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo ?dilúvio de dados?. Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa ? biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadasquestões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Cláudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.

2010

2010-2016. Criação e análise de indicadores de dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-AIDS
Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação.
Membro: João Eduardo Ferreira.

2010-2016. Discriminação Diagnóstica e Avaliação Longitudinal de Alterações Cerebrais, Imunológicas e Moleculares Estado-Dependentes em Indivíduos com Primeiro Episódio Psicótico
Descrição: O presente projeto propõe-se a estudar pacientes com primeiro episódio psicótico e de mania (transtorno bipolar tipo I) provenientes de uma região circunscrita da cidade de São Paulo combinando parâmetros de neuroimagem, medidas de atividade inflamatória (dosagem de citocinas e expressão genética) e biologia molecular (determinação de atividade de enzima fosfolipase A2) através de um desenho longitudinal, intra-sujeito. Seus objetivos compreendem: avaliar a capacidade de discriminação diagnóstica entre pacientes apresentando seu primeiro episódio psicótico, primeiro episódio de mania e controles saudáveis utilizando métodos de classificação de padrões morfológicos complexos; confirmar a existência de alterações morfométricas, de anisotropia e difusividade cerebrais estado-dependentes na esquizofrenia e transtorno bipolar, a fim de investigar a hipótese de que os estados psicóticos e maníacos agudos estariam associados a alterações cerebrais volumétricas e microestruturais agudas, e ponderar a influência destes estados na acurácia do classificador por ressoância magnética; avaliar a atividade inflamatória sistêmica dos pacientes em relação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão através de medidas de citocinas e expressão de genes relacionados às respostas imunes Th1, Th2 e Th17; e dosar a atividades das enzima PLA2 responsável pela metabolização de fosfolipídeos de membrana celular, nos pacientes em comparação aos controles na fase aguda e após 2 meses de remissão. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / ZANETTI, M. V. - Integrante / BUSATTO, G. F. - Coordenador / Paulo Rossi Menezes - Integrante / Marcia Scafzufca - Integrante / Wagner Gattaz - Integrante / Luiza Guilherme Guglielmi - Integrante / Leda Leme Talib - Integrante / Simone Regina dos Santos - Integrante / Christos Dvatzikos - Integrante.
Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2009

2009-2010. Modelagem do ciclo celular
Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador.
Membro: Junior Barrera.

2008

1.	2008-2013. CinAPCe: Centro Multimodal de Neuroimagens para estudos em Epilepsia Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede de pesquisa multidisciplinar para adquirir tecnologia de ponta e estudar a dinâmica cerebral associada a epilepsias e outras doenças degenerativas. O projeto envolve pesquisadores de várias instituições do Estado de São Paulo. Eu listo alguns dos pesquisadores principais. Minha colaboração está em técnicas de segmentação de imagens médicas, visando a análise de assimetrias cerebrais, as quais possam ser exploradas no estudo, detecção e tratamento de várias doenças neurológicas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Bergo, Felipe P. G. - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / Fernando Cendes - Coordenador / Li Min - Integrante / Roberto Covolan - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
2.	2008-2016. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
3.	2008-2013. Métodos de Aproximação para Computação Visual Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de algoritmos, técnicas matemáticas e ferramentas de software para problemas de computação visual (processamento de imagens, computação gráfica e visão computacional). Minha colaboração será em técnicas de segmentação de imagens e vídeos. O projeto envolve vários pesquisadores da UNICAMP. Eu cito alguns.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Jorge Stolfi - Coordenador / Neucimar Jerônimo Leite - Integrante / Siome Goldenstein - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
4.	2008-2012. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.	2008-2011. Processamento, Visualização e Análise de Imagens Médicas Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de processamento de imagens, com ênfase em duas aplicações: imagens de ressonância magnética do cérebro humano e imagens de microscopia óptica de parasitos intestinais. No primeiro caso, o projeto visa a análise de assimetrias cerebrais e sua relação com doenças degenerativas, tais como epilepsia, auxiliando à pesquisa em neurologia. No segundo caso, o projeto visa a automatização completa do diagnóstico de enteroparasitoses por análise de imagens. O projeto envolve a transformada imagem-floresta como metodologia principal; técnicas de otimização para registro de imagens; técnicas de rendering; e análise de padrões em imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Paulo André Vechiatto de Miranda - Integrante / Alexandre Xavier Falcão - Coordenador / Felipe P.G. Bergo - Integrante / João Paulo Papa - Integrante / Favretto, F. - Integrante / CAPPABIANCO, Fábio - Integrante / Guilherme C. S. Ruppert - Integrante / T.V. Spina - Integrante / Luiz Fernando Pinto - Integrante / Leonardo Marques da Rocha - Integrante / Giovani Chiachia - Integrante / Maíra Saboia - Integrante / Cesar Castelo Fernandez - Integrante / Jefersson Alex dos Santos - Integrante / André Tavares da Silva - Integrante / Jan Carlo Ferreira Gomes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 11 Membro: Paulo André Vechiatto de Miranda.
6.	2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.

2007

1.	2007-2009. Abordagens hierárquicas para classificação de dados Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Não informado. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira.
3.	2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interação via dispositivos de escrita Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.	2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
6.	2007-2009. Redes de interação gênica semeadas por cliques Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.	2007-2016. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira.

2006

1.	2006-2016. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2006-2008. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.	2006-2016. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior.
4.	2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.

2005

1.	2005-2007. Combinação de Classificadores Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2 Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.	2005-2007. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.	2005-2010. FAPESP Tidia-Ae - Ferramentas de Aprendizado Eletrônico para a internet avançada Descrição: Participação do Laboratório de Tecnologias de Interação do Departamento de Ciência da Computação do IME-USP no projeto TIDIA-Ae para o desenvolvimento de ferramentas de aprendizado eletrônico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / José Augusto Soares - Integrante / Leonidas de Oliveira Brandao - Integrante / Crisinta Cerri - Integrante / Leliane Nunes de Barros - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Francisco Reverbel - Integrante / Jose Coelho de Pina Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
4.	2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador. Membro: Junior Barrera.
5.	2005-2007. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L Velho - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2004

1.	2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2004-2016. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante. Financiador(es): Texas A M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.	2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
5.	2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.
6.	2004-2009. Segmentação e busca de informação visual em vídeo Descrição: A revolução digital vem tornando disponível através da Internet uma enorme quantidade de informação, cujo acesso só se torna possível através de avançadas técnicas de busca e organização de dados. Essas técnicas em geral são apropriadas apenas para as informações do tipo texto e embora seja significativa a quantidade de informação disponível na forma de vídeo, imagens e áudio, a busca desse tipo de mídia é apenas possível através de anotações. O objetivo desse projeto é desenvolver formas eficientes de organização e indexação da informação visual em vídeos para tornar mais eficientes as ações de busca, visualização, armazenamento e transmissão de vídeo. Como resultado desse projeto serão desenvolvidos vários filtros para a detecção de atributos de vídeo em vários níveis semânticos diferentes, e uma plataforma onde tais filtros poderão ser integrados para formar um protótipo de um sistema para exploração em grandes bases de vídeo digital, baseado apenas em informações visuais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Thiago Teixeira Santos - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
7.	2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior.
8.	2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Membro: Marcel Parolin Jackowski.

2003

2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador.
Membro: Roberto Hirata Junior.

2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática
Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1
Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2002

1.	2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
2.	2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera.

2001

1.	2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
2.	2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.	2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.	2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2000

1.	2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior.
2.	2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante. Membro: Junior Barrera.
3.	2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira.
4.	2000-2006. Interfaces homem máquina baseadas em técnicas de visão computacional Descrição: Uso de técnicas de visão computacional para o desenvolvimento de interfaces não convencionais. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Márcio Raul Medeiros Mimica - Integrante / Thiago Schumacher Barcelos - Integrante / Flavio Luis Coutinho - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 9 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.
5.	2000-2005. Magic Pointer Descrição: Projeto de Estudos Conjuntos com a IBM, para o desenvolvimento e teste do Magic Pointer, uma técnica de interação que utiliza rastreadores de olhar para facilitar tarefas de apontamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Hitoshi Morimoto - Coordenador / Myron Flickner - Integrante. Financiador(es): Ibm Coorporation - Cooperação. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 7 Membro: Carlos Hitoshi Morimoto.

1999

1999-2003. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE
Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hugo H Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
Membro: João Eduardo Ferreira.

1998

1998-2000. Coordenador: Auxílio FAPESP: Análise multi-escala de formas
Descrição: Desenvolvimento de métodos para análise multiescala de formas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior.

Data de processamento: 31/03/2016 13:38:38