| 1. | 2016-2016. Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications. Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 2015-2016. AgroComputing.net ? Digital Infrastructure and Novel Computational Methods for Analyzing and Mining Climate and Remote Sensing Large Databases to improve Agricultural Monitoring and Forecasting Descrição: This project aims at developing a computational platform to integrate climatic and remote sensor data obtained from several databases; and to propose computational methods to consist data, to fill absent data in the series, to identify new and useful patterns in order to improve the agricultural yield monitoring and forecasting models. The challenge for Computer Science comprehends the development of new algorithms to process, store, mine and analyze vast volumes of data (big data), as well as to propose a mechanism to provide autonomy for agricultural meteorologists to access data with parameterized query, to define new research needs, and to reformulate, intercompare and integrate agroenvironmental models. On the other hand, the scientific advance in Agrometeorology depends on a consistent, reliable and complete climatic database with spatial and temporal density (regular grades) for the whole country in order to generate models that can better support decisions in the agricultural business. Considering the climate change scenarios, the integration between computer scientists and agrometeorologists becomes essential, especially due to the increased amount of data generated by simulations of climate models, and from ground-based meteorological stations and remote sensors. In this context, improving computational methods for visual analytics, data mining, pattern recognition and visualization related to scientific workflow will allow upgrading models to analyze data in the current and future agroclimatic perspective. In an effort to better understand Climate Change and its impact on Agriculture, investigators of Embrapa Agricultural Informatics, ICMC-USP (São Carlos), Cepagri/UNICAMP, CPTEC/INPE, UFSCar, UFABC e UFU have been working together for several years, generating important contributions in both Computer Science and Agrometeorology fields. The validation of results will be done with economically and socially relevant agriculture crops in Brazil, such as sugar cane and coffee. Workshops and a virtual environment will be used to facilitate and support the integration, collaboration and communications among researchers in the project.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Integrante / Caetano Traina Jr - Integrante / Humberto L Razente - Integrante / Marcela Ribeiro Xavier - Integrante / Elaine Parros de Sousa - Integrante / Maria Camila N. Barione - Integrante / Luciana Alvim Romani - Coordenador / Jurandir Zullo Jr. - Integrante / Ana Maria H. Avila - Integrante / Robson L. F. Cordeiro - Integrante / Chou Sin Chan - Integrante / Priscila Pereira Coltri - Integrante / Goncalves, Renata R. V. - Integrante / Alan Massaru Nakai - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 2. | 2015-2016. Desenvolvimento de Técnicas para Buscas por Similaridade em Sistemas de Gerenciamento de Bases de Dados Complexos Relacionais Descrição: Os Sistemas de Gerenciamento de Bases de Dados (SGBD) baseados na Teoria Relacional foram desenvolvidos para atender às necessidades de armazenagem e recuperação de grandes volumes de dados representados por valores numéricos, datas e pequenas cadeias de caracteres, chamados genericamente ``dados escalares''. Com a evolução da tecnologia da informação, vem se tornando necessário organizar, armazenar e recuperar outros tipos de dados, a que nos referimos como ``dados complexos'', tais como imagens, vídeo, séries temporais, sequências genômicas, etc. As consultas por identidade ou por relação de ordem (RO), úteis para dados escalares, não são adequadas para dados complexos. Para eles, as consultas por similaridade têm sido a opção mais estudada, mas a sua disponibilidade em SGBD é ainda bastante restrita. Este projeto visa abordar a incorporação de recursos para recuperação de dados complexos por similaridade em SGBD Relacionais, desenvolvendo técnicas que cubram de maneira abrangente as principais necessidades dos módulos que constituem um SGBD, incluindo: a) integração da representação de consultas por similaridade em uma extensão da linguagem SQL; b) definição unificada dos operadores algébricos por similaridade segundo a teoria relacional, como operadores interoperáveis com os tradicionais; c) desenvolvimento de técnicas para otimização lógica e física dos planos de execução de consultas, e d:) desenvolvimento de técnicas para indexação e recuperação eficiente combinando operações de busca por similaridade, por identidade e por RO. O conhecimento e a tecnologia gerados poderão ser aplicados a muitas áreas de atividade humana, mas no projeto serão validadas em aplicações de apoio ao diagnóstico em medicina e em estudos de modelos climáticos, dando continuidade às atividades que já vem sendo realizadas pelo GBdI. Assim, além do grande potencial de inovação em tecnologia da informação inerente ao projeto, sua aplicação nessas áreas trará benefícios imediatos a toda a população.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (6) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Integrante / Caetano Traina Jr - Coordenador / Ives Rene Venturini Pola - Integrante / Elaine Parros de Sousa - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Luciana Alvim Romani - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Robson L. F. Cordeiro - Integrante / Daniel Y. T. Chino - Integrante / Willian Dener de Oliveira - Integrante / Lucio F. D. Santos - Integrante / Glauco Vitor Pedrosa - Integrante / Marcos Vinicius Naves Bedo - Integrante / Safia Brinis - Integrante / Paulo Mazzoncini Azevedo-Marques - Integrante / Luiz Olmes Carvalho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 5 / Número de orientações: 2 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 3. | 2015-2016. Detecção de Multieventos em Fontes de Dados Ativas e Altamente Heterogêneas Descrição: A Internet tem tratado várias fontes de dados ativas e altamente heterogêneas permitindo novas aplicações e acesso a informações valiosas. Duas dimensões da heterogeneidade têm dificultado o acesso pleno e crescente de novas informações. A primeira dimensão é a enorme variedade de fontes de dados e conteúdo incluindo seu formato e estrutura. A segunda dimensão é o crescimento exponencial das fontes de dados ativas e inteligentes, como smartphones, que geram muitos tipos de dados com mais de 20 sensores físicos e com enorme variedade nas mídias sociais. Assim, propomos uma pesquisa para a integração de fontes de dados ativas e altamente heterogêneas para detectar multieventos. Multieventos são sequências de eventos que terminam em um evento principal. Exemplos de multieventos incluem desastres naturais, tais como desliza-mentos de terra e desastres nucleares. Primeiro, vamos construir ferramentas de software para apoiar dois tipos de alta heterogeneidade: fontes mutáveis e muitas fontes de multimídia não-estruturadas incluindo mídia social em línguas estrangeiras. Em seguida vamos utilizar esses conceitos e ferramentas em aplicações para mostrar sua viabilidade e avaliar a sua eficácia.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Calton Pu - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 4. | 2015-2016. Melhoria da produtividade na produção agrícola por meio de métodos, técnicas e análise de bioimagens (RHAE) Descrição: O agronegócio compõe uma considerável fatia do PIB nacional, fato que demonstra sua extrema relevância, caracterizando-se como grande impulsionador da economia brasileira. A cada nova colheita, torna-se cada vez mais vital o emprego de tecnologias que permitam a otimização de produtos e processos pertinentes ao agronegócio, com o intuito de garantir quantidade e qualidade da safra, provendo maior rentabilidade para os produtores e, consequentemente melhores produtos com diminuição do custo aos consumidores finais. Dessa forma, gerando um ganho em toda a cadeia de produtividade. Visando esse objetivo, o presente projeto propõe o desenvolvimento de métodos e técnicas de análise de bioimagens aplicadas no campo, envolvendo especificamente processos intrínsecos ao aumento da produtividade, os quais tratam da análise de sementes para definição dos parâmetros de qualidade das mesmas, bem como do arranjo espacial de cultivares. A determinação dos parâmetros de qualidade de uma semente é uma das etapas primordiais para a tomada de decisão no processo de multiplicação e classificação de sementes. Já a análise de arranjo espacial de cultivares torna possível melhorias nos fatores de crescimento da planta, como a otimização no processo de absorção de nutrientes. Ambos os processos impactam diretamente na qualidade e custo da produtividade em diferentes estágios e granularidades. Como produto final, espera-se a criação de ferramentas que possibilitem a automatização de tais processos, contribuindo para a solução de problemas reais de análise de imagens, gerando impacto direto em diversas esferas. Além disso, o presente projeto promove a integração entre empresa e academia, possibilitando a transferência de tecnologia, fator primordial para o desenvolvimento do país.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Pedro Henrique Bugatti - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante / Priscila Tiemi Maeda Saito - Integrante / Andre Luis Siqueira Marques de Souza - Coordenador / Daniel Aloysio Serrarens - Integrante / Tiago Aparecido Conrado Rodrigues - Integrante / Geovana Veloso Loureiro de Lima - Integrante / Thullyo Radeli Castilho - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 5. | 2015-2016. New Empirical Approaches to Understanding InfoVis (FAPESP 15/50083-5) Descrição: During our exchange visits we will design and pilot a series of novel experiments on the perception of Information Visualizations (InfoVis) aimed at developing theory in Cognitive Science which in turn might lead to improved methods for InfoVis evaluation. Our work will be focused on the ?similarity map? approaches to InfoVis developed in de Oliveira?s group in Sao Paulo (especially under grant: FAPESP 2011/22749-8 ICMC-USP + IC-UNICAMP), and will extend some evaluative empirical work already undertaken on that project. In addition we will consider comparative studies with alternative representations in which dimensions are not mathematically reduced but rather prioritized by the user. The work will thus inform the ongoing research work in De Oliveira?s project with new insights into relevant psychological processes. At the same time it will build on and elaborate work in Payne?s lab on using InfoVis for sensemaking in Engineering projects (EPSRC Programme Grant), The Language of Collaborative Manufacturing).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Stephen James Payne - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 6. | 2015-2016. The use of modern autopsy techniques to investigate human diseases Descrição: Ao longo de toda a história, desde os primeiros estudos anatômicos conhecidos na Idade Média até o uso de modernas técnicas moleculares para o estudo de processos fisiopatológicos, a autópsia mostrou ser um processo importante e fonte de muito material para o avanço do conhecimento científico. Apesar do surgimento de um amplo conjunto de técnicas de imagem vários estudos têm demonstrado que a autópsia continua a ser crucial para a avaliação integrada do processo de doença, a avaliação de novas patologias e controle de qualidade do serviço médico. Neste projeto objetiva-se empregar novas técnicas apoiada pelos serviços computacionais tanto para controle operacional como análise de dados.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Paulo Hilário Nascimento Saldiva - Coordenador / Antonio Carlos Pedroso de Lima - Integrante / Julio da Motta Singer - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 2014-2014. A systematic comparison of supervised classifiers Descrição: Técnicas de reconhecimento de padrões têm sido amplamente empregadas em aplicações industriais, médicas, comerciais e acadêmicas. Para lidar com esta grande diversidade de dados, muitas técnicas têm sido desenvolvidas. Infelizmente, apesar da longa tradição histórica da área de reconhecimento de padrões, não existe ainda uma técnica única capaz de gerar a melhor classificação em todos os cenários. Portanto, a utilização de várias técnicas se apresenta como uma prática fundamental em aplicações onde a máxima qualidade de classificação é desejada. Os trabalhos típicos na literatura comparando classificadores ou enfatizam o desempenho de um dado método em testes de validação ou comparam sistematicamente vários algoritmos, assumindo que o uso prático de métodos é feito por especialistas. Em várias ocasiões, no entanto, pesquisadores não especialistas são enfrentam problemas de classificação práticos sem se preocupar com questões mais complexas a respeito dos mecanismos de funcionamento de parâmetros de tais métodos. Na verdade, a escolha adequada de classificadores e parâmetros em tais contextos práticos ainda hoje representa uma das dificuldades enfrentadas na aplicação de métodos de reconhecimento de autoria. Neste estudo, analisamos o desempenho de nove classificadores famosos, os quais são implementados pelo framework Weka. Em especial, estudamos também a influência da escolha dos parâmetros no desempenho dos classificadores. A análise de desempenho com parâmetros padrões avaliadas em um banco de dados artificial com distribuição gaussiana mostrou que o algoritmo k-nearest-neighbors (kNN) apresenta um desempenho superior aos outros classificadores quando dimensões maiores são analisadas. Quando outras configuações de parâmetros são permitidas, descobrimos ser possível melhorar a qualidade de support vector machines (SVM) em mais de 20% mesmo se os parâmetros são estabelecidos aleatoriamente. As investigações conduzidas neste estudo sugerem que, exceto para o algoritmo SVM, os parâmetros padrões do Weka fornecem um desempenho próximo àquele obtido com a configuração ótima.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Dalcimar Casanova - Integrante / Francisco Rodrigues - Integrante / Diego Raphael Amancio - Integrante / César H Comin - Integrante / Gonzalo Travieso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 2. | 2014-2016. Análise de Imagem de Lignocelulose Descrição: Há algumas décadas a textura tem sido um importante objeto de estudo na comunidade de visão computacional e processamento de imagens. No entanto, ainda são necessárias mais pesquisas para tornar os algoritmos de textura para análise de padrões e classificação aplicável em diferentes áreas. Textura é uma característica fundamental em muitas imagens naturais e sintéticas, e por isso o processo de análise de textura é um passo essencial em diversas aplicações de processamento de imagens, como a inspeção industrial, sensoriamento remoto de recursos terrestres, imagens médicas, reconhecimento de objetos e recuperação de imagens baseada em conteúdo. Numerosos métodos para a análise da textura foram propostos na literatura. Estes métodos envolvem extração de características e utilizam diferentes esquemas para representar as características selecionadas. Eles podem ser divididos em cinco categorias: estrutural, estatístico, baseado em modelo, espectrais e baseados em agentes. Mesmo com essa variedade de métodos para análise de textura, todos eles analisam a textura de maneira global, como se ocorresse apenas um padrão de textura na imagem. Este projeto propõe um modelo de análise de textura com base na heterogeneidade dos padrões de textura na mesma imagem. Para realizar esta tarefa, imagens de madeira serão utilizadas, devido à sua estrutura hierárquica e heterogeneidade adequados para tais análises. As imagens de textura a serem analisadas são seções microscópicas transversais de madeira obtidos por microscopia óptica convencional, bem como a tomografia computadorizada de raios-X , o último em 2D e 3D. O projeto proposto pode ser dividido em três partes principais: Reconhecimento de madeira, orientação de fibras e quantificação de tecidos em 3D. O primeiro diz respeito à classificação das espécies de madeira por imagens microscópicas transversais de compostos de madeira. O segundo trata da análise de madeira, neste caso especificamente destinado à orientação das fibras, o que influencia a densidade da madeira e sua durabilidade. Finalmente, a terceira parte do trabalho diz respeito à quantificação de tecidos em 3D compreendendo análise tridimensional das diferentes estruturas anatômicas da madeira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / SILVA, NÚBIA ROSA DA - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 3. | 2014-2016. Análise Visual Multi-escala de dados Multidimensionais em Redes: Dados biológicos e textuais (Universal 2013 487186/2013-3) Descrição: Este projeto tem como objetivo desenvolver estrat égias multi-escala de visualiza c~ao de dados multidimensionais representados por conjuntos de caracterí sticas individuais associadas a representa çãao em redes de dados. O objetivo e desenvolver novas abordagens ao contexto, e que permitam habilitar an álises dependentes da topologia da rede, bem como de atributos de vértice e de arestas, com forte componente visual. Dados biológicos e conjuntos de documentos estão em foco como aplicações, mas outros dados serão empregados para testes e validação da abordagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Haim Levkowitz - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Alexandru C. Telea - Integrante / Gabriela Vaz Meirelles - Integrante / Adriana Franco Paes Leme - Integrante / Flavia Vischi Winck - Integrante / Rebeca Kawahara - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Rosane Minghim. |
| 4. | 2014-2016. Biologia Sistêmica do Câncer Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador / Dirce M Carraro - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 5. | 2014-2016. Computational Science and Engineering - FAPESP CEPID Descrição: The Center for Computational Engineering Sciences (CCES) at the University of Campinas (UNICAMP) is an interdisciplinary research center established in June 2013 with the support from the State of São Paulo Research Foundation (FAPESP) under the CEPID Program. The Center is dedicated to the development and application of advanced computational modeling techniques to solve a variety of frontier problems in science and engineering that require high-performance and data-intensive computing. The CCES also aims to interact with industry and research institutions outside academia for technological innovation and to carry out outreach activities to promote science education and dissemination of knowledge in the broader area of eScience.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (20) / Doutorado: (30) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Rodolfo Jardim de Azevedo - Integrante / Munir Skaf - Integrante / Guido Costa Souza de Araujo - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 6. | 2014-2014. Descritores fractais de texturas aplicados na identificação foliar e plasticidade anatômicas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Dalcimar Casanova - Integrante / Renato Ramos da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 7. | 2014-2016. Desenvolvimento de técnicas estatístico-computationais para construir, modelar e analisar redes biológicas envolvidas em doenças humanas Descrição: O entendimento dos mecanismos geradores das diversas doenças que acometem a humanidade é um dos grandes objetivos das ciências biológicas. Apesar de todos os esforços, o enorme número de fatores heterogêneos que influenciam na gênese de uma doença torna essa tarefa muito árdua. Um dos desafios para o entendimento das doenças está no desenvolvimento de metodologias computacionais para a análise estatística e manipulação de dados gerados em larga escala. Isso se deve principalmente a grande quantidade, heterogeneidade, multidimensionalidade e presença de ruído intrínseco nos dados biológicos. Neste contexto, este projeto de pesquisa tem como objetivo principal o desenvolvimento de técnicas estatístico-computacionais para inferência dos fenômenos que emergem das interações entre os diferentes componentes biológicos envolvidos numa doença. Em outras palavras, desenvolveremos métodos estatísticos formais para grafos (teste de hipóteses, seleção de modelos, estimador de parâmetros) a fim de comparar redes neurais obtidas da modelagem de dados de ressonância magnética funcional, e estrutural e integrar dados de genômica, transcriptoma e fenótipo em câncer. Isso permitirá modelar, integrar e analisar dados biológicos obtidos em diversas colaborações entre nosso grupo e laboratórios de biologia/medicina (Lab. de Regulação de RNAs e micro RNAs em Doenças (Profa. Massirer) e Lab. de Biologia Molecular (Prof. Bengtson), ambos da UNICAMP; dados de ressonância magnética dos grupos do Prof. Sato da UFABC e Dr. Takahashi da Universidade de Princeton) além também de implantar uma linha de pesquisa inédita (análise estatística formal em grafos) tanto no mundo como também no Dept. de Ciência da Computação do IME-USP. Com isso, esperamos auxiliar biomédicos a elucidar os mecanismos biológicos envolvidos em diversas doenças estudadas neste projeto (câncer, doenças cardiovasculares, diabetes e distúrbios do cérebro).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador / Katlin Brauer Massirer - Integrante / Alexandre Galvao Patriota - Integrante / Joao Ricardo Sato - Integrante / Daniel Yasumasa Takahashi - Integrante / Mário Henrique Bengtson - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 8. | 2014-2016. Desenvolvimento e aplicações de ferramentas computacionais para biologia: de modelagem molecular a pesquisa translacional Descrição: Neste projeto estamos propondo a criação de uma rede de colaborações científicas entre a USP(Capital) e UFPE que promova a interação multidisciplinar entre físicos, químicos, biólogos, farmacêuticos e cientista da computação dentro do um projeto científico que visa o desenvolvimento e aplicação de ferramentas computacionais voltadas para problemas biológicos e induzirá a formação de recursos humanos. As ferramentas computacionais que serão desenvolvidas são bastante diversificadas, cobrindo uma ampla variedade de problemas na área biológica, e atualmente fazem parte dos temas de pesquisa dos docentes envolvidos neste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Kaline Rabelo Coutinho - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 9. | 2014-2016. Documentação e análise de árvores de genealogia acadêmica do Brasil (Projeto MCTI/CNPq/Universal 2014) Descrição: No decorrer do tempo a ciência evolui em diferentes ambientes e ritmos que podem ser dados por incrementos graduais ou por revoluções que permitiram responder os principais desafios de cada época. No ambiente acadêmico, esta evolução é facilitada pelos pesquisadores orientadores ou formadores de recursos humanos nos níveis de graduação, mestrado, doutorado ou pós-doutorado. Sob este aspecto, dada a dedicação à formação de cientistas, muitos pesquisadores acadêmicos tiveram um papel extremamente importante na ciência. Até hoje, com a finalidade de preservar a história acadêmica, poucos empreendimentos foram realizados para registrar e documentar a influência que cada pesquisador têm exercido sobre seus orientandos ao longo dos anos. Nesse contexto, a genealogia acadêmica é utilizada para documentar e organizar, através de uma árvore (ou conjuntos de árvores) de genealogia, pesquisadores por meio de suas relações (linhagem) de orientação ou supervisão acadêmica. No Brasil, a identificação dos pesquisadores ancestrais é uma tarefa desafiadora pois atualmente não existem repositórios que permitam o registro de informações da linhagem acadêmica de pesquisadores associados a diferentes áreas de atuação acadêmica. Este projeto concentra-se no desenvolvimento de uma metodologia computacional para a geração e análise de árvores de genealogia acadêmica para pesquisadores que formaram ou tiveram formação no Brasil.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / Etelvino José Henriques Bechara - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 3 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 10. | 2014-2016. Estudo de camadas finas de plâncton em um ecossistema costeiro utilizando métodos autônomos de detecção e análise comportamental. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 11. | 2014-2016. Feature extraction and recognition methods for biological images understanding Descrição: O objetivo principal deste projeto é a cooperação entre os pesquisadores, permitindo a integração de cada especialista no projeto em vigor. Portanto, o projeto pretende estender os resultados que podem ser alcançados para projetos que ainda estão sendo desenvolvidos em cada uma das instituições participantes. As principais áreas de projetos que podem se beneficiar desta integração são as seguintes: ? Geração de novos conjuntos de dados de imagens que podem permitir a criação de uma base de dados de imagens na web. Este novo conjunto de dados de imagens pode ser usado de maneiras diferentes, por exemplo, em experimentos com outras técnicas, além de que pode ser usado em aulas; ? Desenvolvimento de diferentes extratores que podem ser usados na caracterização de diferentes bases de dados de imagens, podendo, portanto, caracterizar diferentes elementos biológicos e naturais e obter o método de reconhecimento desejado; ? Aquisição de um modelo a partir do conhecimento prévio a respeito de diferentes domínios de imagens biológicas com o intuito de direcionar seu reconhecimento e sua interpretação; ? Análise e avaliação das técnicas de agrupamento e de classificação usadas para encontrar diferenças entres os diversos elementos biológicos no domínio das imagens; e ? Desenvolvimento de uma página na internet na qual os usuários podem baixar algoritmos para a caracterização de imagens e conjuntos de dados de imagens de diferentes domínios de aplicação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Leandro Farias Estrozi - Integrante / Miguel Carrasco - Integrante / Domingo Mery Quiroz - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 12. | 2014-2016. Filmes nanoestruturados de materiais de interesse biológico Descrição: Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador / C. J. L. CONSTANTINO - Integrante / D. GONÇALVES - Integrante / Felippe J Pavinatto - Integrante / Crespilho, Frank N. - Integrante / Balogh, Débora T. - Integrante / Caseli, L. - Integrante. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 13. | 2014-2016. Filogenia, taxonomia, genômica, proteômica e transcriptômica de bactérias simbióticas fixadoras de nitrogênio Descrição: Projeto desenvolvido com 13 instituições de pesquisa: Embrapa Soja, Embrapa Agropecuária Oeste, Embrapa Cerrados, Embrapa Roraima, Embrapa Agrobiologia, Embrapa Meio Ambiente, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, LNCC, UEL, UEPG, UTFPR, UFRJ e IAPAR.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Coordenador / Helton de Azevedo - Integrante / Francismar Corrêa Marcelino - Integrante / Diva de Souza AndradE - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Fabiano L. Thompson - Integrante. Financiador(es): Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 14. | 2014-2016. Interações gênicas na região anterior da blastoderme sincicial de Drosophila melanogaster e do sciarídeo Trichosia pubescens Descrição: No projeto propomos estudar a regulação da expressão gênica e sondar mecanismos evolutivos envolvidos na segmentação dos dípteros. Nosso principal objetivo é investigar a regulação transcricional dos genes gap da cascata de segmentação de Drosophila melanogaster. Focamos a porção anterior da blastoderme sincicial de Drosophila onde os genes gap têm domínios de expressão parcialmente sobrepostos. Investigamos a hipótese de que esse padrão de expressão é responsável por um mecanismo combinado de atividades repressoras da transcrição que delimitam faixas pair-rule mais anteriores, bem como limites dos domínios de expressão entre os genes gap. Dados da literatura e principalmente dados genéticos não publicados do nosso laboratório sustentam essa hipótese. Propomos experimentos genéticos, bioquímicos e a utilização de recursos da área da computação e bioinformática para verificar o papel dos genes gap CG9571 e Tll nesse sistema combinatorial e também, para elaborar um modelo de regulação da expressão gênica envolvida na segmentação da parte anterior da futura cabeça. Paralelamente, nosso objetivo é a identificação de ortólogos da segmentação no díptero Trichosia pubescenes, e mapear o padrão de expressão destes genes. Esses resultados poderão revelar uma situação mais típica para os dípteros, pois a Drosophila parece não ser o modelo mais representativo para o grupo, de acordo com a literatura e dados preliminares do laboratório.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Lauretto, Marcelo S - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador / Luciano A. Digiampietri - Integrante. Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Ariane Machado Lima. |
| 15. | 2014-2016. Mineração de Imagens e Recuperação Perceptual de Imagens por Conteúdo para Sistemas de Apoio ao Diagnóstico Médico Descrição: A proposta deste projeto consiste em promover a aproximação dos sistemas de recuperação de imagens por conteúdo (CBIR) à realidade médica e explorar sua capacidade em Sistemas de Auxílio ao Diagnóstico (Computer-Aided Diagnosis) por imagens integrando essas duas novas abordagens: percepção do especialista e perfil do usuário no processo de recuperação e de mineração de imagens médicas. Para isso, serão disponibilizadas aos sistemas CBIR técnicas e ferramentas que permitam incorporar a perspectiva de análise de imagens e dados do ponto de vista do conhecimento do especialista, diminuindo o gap semântico. A inclusão da percepção do especialista e dos perfis dos usuários na construção de ferramentas CBIR irá aproximar essa tecnologia do especialista médico, quebrando a barreira entre a ciência médica e a ciência da computação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Renato Bueno - Integrante / Elaine Parros de Sousa - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Pedro Bugatti - Integrante / Marcelo Ponciano da Silva - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Carolina Y V Watanabe Silva - Integrante / Sérgio Francisco da Silva - Integrante / Daniel Y. T. Chino - Integrante / Jonathan S Ramos - Integrante / Glauco Vitor Pedrosa - Integrante / AVALHAIS, LETRICIA P. S. - Integrante / CORDEIRO, ROBSON L.F. - Integrante / Safia Brinis - Integrante / Jéssica Andressa de Souza - Integrante / Mirela Teixeira Cazzolato - Integrante / Paulo Duarte Barbieri - Integrante. Número de produções C, T A: 13 / Número de orientações: 5 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 16. | 2014-2016. Modelagem de processos dinâmicos em redes complexas Descrição: Sistemas complexos são formados por partes discretas que interagem de forma não-linear e podem ser representados como redes complexas. A análise de tais sistemas tem importância fundamental no estudo do cérebro, da sociedade, da Internet, da World Wide Web e de cadeias alimentares. Nesse projeto, propomos complementar os trabalhos relacionados com a análise da influência da organização de redes complexas na evolução de processos dinâmicos. Vamos analisar como a presença de ciclos de ordem três influência o espectro de redes, que está diretamente relacionado com processos dinâmicos, tais como sincronização e propagação de epidemias. Vamos complementar os estudos relacionados ao processo de sincronização explosiva em redes complexas, de modo a determinar como propriedades locais de osciladores levam à emergência de tal fenômeno. Processos dinâmicos serão analisados em redes espaciais, de modo a determinar como as propriedades espaciais das redes interferem em tais processos. Desenvolveremos modelos de propagação de rumores baseados em cadeias de Markov e investigaremos como métodos de regressão podem ser usados para prever a evolução de dinâmicas sociais. Finalmente, vamos determinar como padrões de conexões influenciam processos dinâmicos com o uso de ferramentas de mineração de dados. Essas pesquisas permitirão quantificar como a organização de diferentes sistemas complexos afeta processos dinâmicos, de modo a possibilitar um melhor entendimento sobre a relação entre estrutura e dinâmica de redes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (5) . Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 17. | 2014-2016. Novas tecnologias observacionais em oceanografia biológica aplicadas ao estudo de atividades comportamentais do zooplâncton em camadas finas; Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 18. | 2014-2016. Organização espacial de tecidos e análise fractal para a taxonomia automatizada de plantas Descrição: Este trabalho propõe a investigação da identificação de espécies de plantas por métodos de análise de imagens baseados em fractais. As imagens foliares serão obtidas por três modalidades diferentes (superfície escaneada da folha, imagens microscópicas de estômatos e cortes histológicos) e serão analisadas usando-se métodos computacionais inovadores desenvolvidos inicialmente para a análise da arquitetura de tumores e geometria de células cancerosas como proposto pelo supervisor na Universidade de Birmingham. Tais métodos incluem dimensões fractais assintóticas, caracterização morfológica de vizinhanças celulares e dimensão fractal local conectada. Outras abordagens estudadas pelo pesquisador de pós-doutorado em sua instituição de origem serão aplicadas, incluindo os descritores fractais e a dimensão fractal multiescala. A razão deste estudo é que a análise de imagens pode fornecer uma nova perspectiva sobre a identificação taxonômica, integrando a análise do arranjo de micro e macro-texturas na folha, os quais expressam tanto o processo evolucionário quanto as inter-relações entre as estruturas biológicas e o ambiente. Deste modo, a análise proposta pode fornecer uma descrição útil e imparcial de amostras de tecidos de plantas para facilitar uma categorização de espécies mais precisa e confiável. Este trabalho vai contribuir tanto para a comunidade de análise de imagens quanto para pesquisadores em botânica e em cancerologia já que desenvolve metodologias computacionais pouco dispendiosas para extrair dados quantitativos para propósitos de classificação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Joao Batista Florindo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 19. | 2014-2016. Rede de cooperação acadêmica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genômica estrutural e funcional Descrição: Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas inter-unidades de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG (CAPES 6) e da USP (5), o de Biotecnologia da UFPA (CAPES 5) e o de Bioinformática da UFPR (CAPES 3) com a criação de uma rede voltada a aumentar a formação de recursos humanos em Biologia Computacional, em resposta à presente chamada.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 20. | 2014-2016. Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 1. | 2013-2016. Aprendizagem de operadores de imagens - Aplicações em detecção de objetos e segmentação de imagens Descrição: Dado o volume crescente de imagens geradas atualmente, a importância de métodos de processamento e análise que possam ser facilmente adaptados para diferentes t ipos de imagens está cada vez mais evidente. Dentre tarefas comuns em processame nto de imagens destacam-se a segmentação e a detecção de objetos de interesse. De um lado, os operadores morfológicos são ferramentas poderosas que podem ser utilizados na solução dessas tarefas. De outro lado, aprendizagem computacional é uma abordagem que permite a adaptação de métodos de processamento de um contexto para outro. A aliança desses dois vem gerando técnicas de aprendizagem de opera dores morfológicos a partir de imagens de treinamento. No entanto, os resultados satisfatórios ainda estão restritos ao contexto de processamento de imagens binárias. Este projeto de pesquisa visa avanços no estado-da-arte em aprendizagem d e operadores morfológicos para imagens níveis de cinza, e especialmente voltados para os problemas de detecção de objetos e segmentação de imagens. Uma das cont ribuições esperadas desta proposta é a solução de problemas reais de detecção e segmentação de objetos em imagens de diferentes áreas tais como Astronomia, Oceanografia e Biologia, em colaborações multidisciplinares mantidas pelos membros da equipe.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Carlos da Silva dos Santos - Integrante / Hirata, Nina S.T. - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2013-2016. BIODIVERSITY AND MOLECULAR PHYLOGENY OF MARINE MICROBIAL EUKARYOTES; Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 3. | 2013-2016. CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celulkar Descrição: No Instituto Butantan toxinologia e regulação da resposta imune são, tradicionalmente, áreas conexas de pesquisa científica e desenvolvimento biotecnológico, através das quais o Instituto, historicamente, construiu sua reputação internacional de excelência. Na cultura do Instituto, venenos são misturas complexas de toxinas, selecionadas ao longo da evolução para sinergicamente exercerem efeitos biológicos sistêmicos, através de mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares altamente específicos. Portanto, a análise química de venenos tem boas chances de levar à descoberta de novas moléculas de toxinas com potencial terapêutico. Essas premissas foram seguidas com sucesso por pesquisadores do Centro de Toxinologia Aplicada (CAT CEPID-FAPESP), projeto iniciado há 10 anos, que isolaram, caracterizaram quimicamente e patentearam diversas toxinas de natureza proteica, que se tornaram pontos de partida para desenvolvimento de inovação farmacêutica em parceria com indústrias locais. A ênfase em proteínas e peptídeos levou o CAT CEPID a instalar laboratórios no estado da arte para transcriptômica, proteômica, biologia molecular do DNA recombinante e síntese de peptídeos. Mais recentemente, estudos dos mecanismos de ação, bioquímicas, moleculares e celulares, dessas promissoras moléculas foram iniciados com o objetivo de estabelecer provas de conceito. Assim, o CAT estabeleceu, no Instituto Butantan, as condições iniciais para a criação de um centro de toxinas e resposta imune fundamentado nas abordagens atuais da biologia sistêmica. Por conseguinte, 10 pesquisadores, entre os mais competitivos do Instituto Butantan, propõem a criação do novo Centro de Toxinas, Resposta-imune e Sinalização Celular, com aspirações a centro de excelência de classe mundial, aproveitando a histórica reputação internacional do Butantan e o sucesso recente do CAT CEPID. O Plano de pesquisa do Centro Integra subprojetos voltados para a pesquisa científica com subprojetos de vocação para a inovação tecnológica. Um grande grupo de cientistas seniores do Instituto Butantan, de outras instituições brasileiras e de renomadas instituições estrangeiras serão colaboradores do Centro proposto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 4. | 2013-2015. Cortical networks Descrição: Projeto de colaboração internacional com a Aschaffenburg University of Applied Sciences, sendo financiado pale Fapesp e o Ministério de Estado de Ciências, Pesquisa e das Artes do Estado Livre da Baviera (STMWFK).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador / Cristiane Thielemann - Integrante / Robert Bestel - Integrante. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 5. | 2013-2016. Descritores fractais de texturas aplicados na identificação foliar e plasticidade anatômica Descrição: A Geometria Fractal pode ser utilizada para representar estruturas geométricas de grande complexidade, inclusive fenômenos na natureza onde não podem ser utilizadas as geometrias tradicionais. As folhas e suas estruturas, apesar de não serem fractais perfeitos, são um desses fenômenos que podem ser caracterizados e descritos usando a geometria fractal. Nesse sentido pesquisas utilizando fractais na identificação vegetal por análise de textura vem sendo realizada nos últimos anos pelo grupo GCC (Scientific Computing Group) do IFSC-USP. Tais pesquisas vem ganhando destaque nos últimos anos com respeito a sua qualidade como método de análise de texturas. Ainda há, no entanto, muitas formas de se aprimorar tal método computacional, sendo esse um dos objetivos principais de tal projeto de pesquisas. De forma complementar pretende-se investigar a robustez dos descritores fractais no que diz respeito a análise de espécies que apresentam plasticidade anatômica foliar. A plasticidade fenotípica em plantas é definida como a alteração na expressão do genótipo pelas influências ambientais, podendo manifestar-se tanto morfológica como fisiologicamente. Tal investigação é de especial importância uma vez que os sistemas automatizados de identificação foliar devem ser capazes de lidar com tais alterações morfológicas. Resultados de pesquisas recentes são apresentados nesse projeto demostrando a viabilidade de tais objetivos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Dalcimar Casanova - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 6. | 2013-2016. Detecção de camadas finas por veículo autônomo submersível em um ecossistema costeiro; Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / Ettori A. Barros - Integrante. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 7. | 2013-2016. Detecção de camadas finas por veículo autônomo submersível em um ecossistema costeiro; Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 8. | 2013-2016. Detecção do plâncton no oceano superficial por tecnologia de sensores de alta resolução; Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 9. | 2013-2013. Em busca de um melhor entendimento dos sistemas criptográficos utilizando automata celular. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Jan Marcel Baetens - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 10. | 2013-2016. Estruturas Combinatórias, Otimização e Algoritmos em Teoria da Computação Descrição: A área de Ciência da Computação experimenta hoje um crescimento vertiginoso. Novidades tecnológicas surgem e tornam-se obsoletas em um ou dois anos de existência. Novas abordagens surgem com enorme rapidez. Tal desenvolvimento se dá por necessidades criadas em outras áreas do conhecimento de novas técnicas para resolver problemas cada vez mais complexos. Hoje em dia é impossível imaginar um pesquisador de qualquer área do conhecimento que possa desenvolver suas atividades sem o apoio de métodos, técnicas ou tecnologia desenvolvida por pesquisadores de Ciência da Computação. É evidente que os mais bem sucedidos avanços tecnológicos em Ciência da Computação estão fundamentados em resultados teóricos. Áreas como mineração de dados e reconhecimento de padrões, para citar apenas duas, têm seus métodos fortemente baseados em técnicas desenvolvidas em Teoria da Computação. Nosso obje- tivo neste projeto é o estudo de estruturas combinatórias e diversas formas de abordar problemas relacionados com tais estruturas: métodos algébricos, geométricos, probabilísticos, combinatórios, etc. Uma melhor compreensão destes objetos pode resultar em novas estratégias e algoritmos mais eficientes para resolver problemas a eles relacionados. A equipe proponente tem pesquisadores com grande experiência que cobrem uma ampla gama de subáreas de Teoria da Computação, permitindo uma maior sinergia para a solução dos problemas abordados. As principais contribuições esperadas neste projeto são a publicação de artigos científicos em conferências e periódicos bem estabelecidos, com alta circulação e de seletiva política editorial. Desejamos também intensificar o intercâmbio internacional do grupo e a formação de alunos nos vários níveis (de iniciação científica a pós-doutorandos). Pretendemos ainda, durante a execução do projeto, realizar uma Escola Avançada de Ciências na área de Teoria da Computação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Carlos Eduardo Ferreira - Coordenador. Membro: André Fujita. |
| 11. | 2013-2016. FAPESP - CEPID. Center for Mathematics and Statistics Applied for Industry Descrição: The main focus of the Center for Research in Mathematical Sciences Applied to Industry is to promote the use of mathematical knowledge, applied particularly to mathematics, statistics and computer science, as an industry resource. http://www.cemeai.icmc.usp.br/. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador / José Alberto Cuminato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 12. | 2013-2014. Geometria Fractal e Análise de Imagens Aplicadas à Biologia Vegetal Descrição: Este trabalho propõe o desenvolvimento e aplicação de ferramentas matemáticas de análise de imagens derivadas da geometria fractal à análise e identificação de espécies de plantas da flora brasileira. A proposta de usar geometria fractal para essa análise surge da precisão que esta apresenta na modelagem de objetos da natureza, uma vez que elementos como as folhas vegetais possuem propriedades que as aproximam mais de um objeto fractal do que dos objetos da geometria clássica, como o fato de que são altamente complexas e possuem um índice significativo de auto-similaridades em seu aspecto. O trabalho pretende explorar técnicas já conhecidas na literatura como descritores fractais e multifractais, bem como propor novas abordagens para a extração de características da imagem a partir da geometria fractal. Essa combinação de ferramentas matemáticas e computacionais com técnicas biológicas propiciará vantagens tanto para as ciências exatas quanto biológicas, uma vez que permitirá o desenvolvimento de um ferramental que poderá tornar o processo de identificação e análise de plantas mais preciso e mais ágil, ao mesmo tempo em que fomentará o desenvolvimento de técnicas mais avançadas em análise de imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Joao Batista Florindo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 13. | 2013-2016. Grafos de De Bruijn e o problema de reconhecer variações de sequências Descrição: Este projeto visa desenvolver novos algoritmos para o problema de encontrar variações de sequências utilizando dados obtidos pelos sequenciadores de nova geração. Em particular, um estudo sistemático dos Grafos de De Bruijn e suas adaptações será realizado. Esta estrutura de dados é amplamente utilizada em ciência genômica para resolver o problema da montagem em projetos de sequenciamento. Embora a topologia de um grafo de De Bruijn tenha informações com respeito as possíveis variações presentes nas sequências, poucos pro- gramas que exploram estas informações foram implementados. O diferencial deste projeto consiste em desenvolver e implementar um conjunto de algoritmos para diferentes problemas de interesse biológico, por exemplo, identificação de polimorfismos de nucleotídeos, reconhecimento de variações de splicing (sem a utilização de uma sequência de referência), e reconhecimento de variações que não necessariamente estão na sequência de referência e por isso podem não ser identificados por técnicas de mapeamento.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 14. | 2013-2016. Graph Spectra and Complex Nework Evolution Descrição: One of the reasons for the current interest in networks comes from the realization that many complex systems in the real world can be represented as heterogeneous networks of interaction between their elements (e.g. [13]). Among the many different approaches to the subject, it is statistical and computational physics that play a prominent role. Complex networks has emerged as a recent distinct sub-discipline in Physics. However, although their study commenced ten years ago, there is still a critical remaining challenge, that is to transform a largely descriptive and empirical theory into a predictive one. The aim of this project is precisely to advance in this direction by taking on the challenging problem of how to reveal the relationship between network topology and the dynamics or functionality in complex systems. Within the scope of this project, it is not possible to exhaustively examine every different type of dynamics. Instead we will focus on a few key systems and try to elucidate more general rules connecting network properties or characteristics, to dynamics. The vast majority of published work is this area is based on simulations, which attempt to show how the collective behavior of a complex network changes by tuning the different parameters that characterize it. However, from a theoretical perspective much less has been investigated or achieved. The main reason for this resides in the difficulty of the mathematical techniques involved. In fact, until very recently it was not even known how to begin to address such problems. Most natural networks are very noisy, both in terms of nodes and links. Stochastic network models can help understanding internal noise instead of focusing on average behaviour and losing essential information.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Coordenador / Edwin Hancock - Integrante. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 15. | 2013-2016. NAP - eScience Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para imagem e estudos genômicos o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu processamento, análise, armazenamento e transferência. Esse cenário levou ao desenvolvimento de novas metodologias matemáticas e de ciência da computação para o tratamento de grande volume de dados, conhecidas hoje como e-Science. Entre os recursos mais importantes para e-Science estão a computação em nuvem e o uso de ferramentas de análise on-line. É também imperativo que a aquisição e inclusão de dados oriundos de plataformas de alto desempenho em bancos, para posterior análise e transferência, obedeçam a critérios estabelecidos ex ante por uma curadoria (data engineering). Essa nova arquitetura de tratamento de dados é essencial para que a descoberta científica nos principais domínios do conhecimento não venha a ser detida pelo dilúvio de dados (Baraniuk RG, Science.2011. 331:717-8). A presente proposta centra-se na criação do Núcleo de e-Science da USP como uma resposta institucional para a formação de uma rede de laboratórios da Universidade de São Paulo capaz de: i) liderar iniciativas em desenvolvimento e difusão de metodologias computacionais aplicáveis à captura, armazenamento, manutenção e análise de dados gerados por plataformas de alto desempenho em domínios como medicina e biologia; ii) organizar a formação de recursos humanos nessa área ; iii) gerar, difundir e transferir tecnologia em e-Science.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 16. | 2013-2016. Netuno ? Rede de Pesquisa, Desenvolvimento e Inovação em Computação, Instrumentação, Automação e Robótica Subaquáticas Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 17. | 2013-2016. NUVEM - Núcleo Estratégico de Universos Virtuais, Entretenimento e Mobilidade Descrição: O Núcleo Estratégico de Universos Virtuais, Entretenimento e Mobilidade (NUVEM) tem o objetivo de produzir novos conhecimentos, formar recursos humanos de alto nível e gerar soluções inovadoras e interdisciplinares em áreas relacionadas com as Tecnologias de Informação e Comunicação (TICs) e suas interações com demandas da sociedade, como melhoria da qualidade de vida dos cidadãos e sustentabilidade.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Integrante / João Paulo Gois - Integrante / Ronaldo Cristiano Prati - Integrante / Carlos Alberto Kamienski - Coordenador / André Guilherme Balan - Integrante / Celso Setsuo Kurashima - Integrante / Claudio de Camargo Penteado - Integrante / Denise Hideko Goya - Integrante / Fabiana Soares Santana - Integrante / Fabricio Olivetti de França - Integrante / Gustavo Sousa Pavani - Integrante / Harlen Costa Batagelo - Integrante / Helio Waldman - Integrante / Itana Stiubiener - Integrante / João Henrique Kleinschmidt - Integrante / Juliana Cristina Braga - Integrante / Luiz Henrique Bonani - Integrante / Sergio Amadeu de Oliveira - Integrante. Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 18. | 2013-2016. Reconhecimento de padrões em sequências genômicas: um estudo de caso utilizando redes complexas Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a descoberta de padrões (conhecimento) a partir da avalanche de dados biológicos produzidos diariamente. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo o estudo de sequências genômicas e o desenvolvimento de métodos de reconhecimento de padrões para identificação e posterior caracterização de fenômenos biológicos de interesse. A primeira etapa concentra-se na representação das sequências genômicas como redes complexas. Em seguida, as redes serão utilizadas na extração de características, as quais serão obtidas por meio de medidas das redes. Essas características em conjunto formam um vetor de características, um para cada sequência, que representam a sumarização dos dados da sequência. Em seguida, com base nas características extraídas, é proposto o desenvolvimento de um modelo computacional para reconhecer padrões e classificá-las de acordo com os objetivos de interesse. Outras fontes de informação que podem ser exploradas nas sequências genômicas são características baseadas na teoria da informação, como entropia e informação mútua. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gesiele Almeida Barros de Carvalho - Integrante / Mariangela Hungria da Cunha - Integrante / Laurival Antonio Vilas-Boas - Integrante / Bruno Mendes Moro Conque - Integrante / Helton de Azevedo - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 6 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 19. | 2013-2016. Técnicas de aprendizagem de máquina para o estudo high-throughput das interações sociais em primatas Descrição: Interações sociais são centrais nas vidas de humanos e de outros primatas. Muitas das interações ocorrem em, e são influenciados por, um contexto muito maior: a rede social. A estrutura da rede social é baseada nas interações passadas entre os indivíduos do grupo social e também das interações em tempo real que estão constantemente modificando a estrutura da rede. Assim, para entender como os indivíduos se comportam e interagem, é necessário investigar seus comportamentos in situ, ou seja, como uma função da rede social. Contudo, a influência da rede social nas interações é impossível de ser medida pois o rastreamento simultâneo e análise do comportamento de mais de dois indivíduos é muito difícil. Além disso, mesmo uma vez obtido os dados das interações de diversos indivíduos, devido a seu imenso volume, multidimensionalidade e heterogeneidade, a análise se torna extraordinariamente complexa. Devido a esses fatores, o objetivo do presente projeto de pesquisa que será realizado em conjunto com o grupo do Prof. Asif Ghazanfar da Universidade de Princeton consiste em desenvolver metodologias para a coleta e monitoramento do comportamento de dez ou mais indivíduos simultaneamente ao longo do tempo e também de métodos computacionais para sua análise, a fim de entender melhor as interações sociais entre indivíduos dentro do seu contexto de um grupo maior. Para este projeto, usaremos macacos saguis como nosso modelo de estudo, o que nos permitirá realizar experimentos de intervenção no sistema para responder perguntas específicas. Com o desenvolvimento deste projeto, construiremos o maior e mais completo conjunto de dados longitudinal de saguis interagindo entre eles até o momento além também de um pipeline computacional para analisar os dados massivos de áudio e vídeo gerados pelo registro contínuo dos saguis, o que permitirão que outros grupos de pesquisa iniciem estudos de interações high-throughput entre primatas não-humanos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Membro: André Fujita. |
| 20. | 2013-2016. Técnicas de reconhecimento de padrões aplicadas ao estudo de imagens biológicas e de nanoestruturas Descrição: Este é um projeto teórico e aplicado na área de visão artificial e reconhecimento de padrões. O projeto possui duas frentes principais: desenvolvimento teórico e aplicações. As aplicações são em: imagens de biologia vegetal e imagens de nanoestruturas. Dentre, estas frentes, a principal linha de pesquisa é a identificação, caracterização e análise de plantas por meio de imagens de folhas. A caracterização e análise de imagens de folhas apresenta importantes contribuições para a biologia vegetal, fisiologia, ecologia e para o mapeamento e entendimento da biodiversidade. Neste projeto, a principal característica foliar a ser estudada é a textura. A textura é investigada em diferentes escalas de análise, indo de uma visão global, onde toda a superfície da folha é considerada, até uma análise microscópica, onde é considerado o arranjo celular do órgão foliar. Os padrões complexos encontrados nas superfícies das folhas e em sua composição celular apresentam certas similaridades com imagens de nanoestruturas. Deste modo, métodos desenvolvidos para uma determinada área podem ser expandidos para outra. O grupo já conta com alguns resultados de sucesso envolvendo esta abordagem no estudo de fenômenos em nanoestruturas. Em relação ao desenvolvimento teórico, este projeto aborda três metodologias principais: fractais, autômatos e redes complexas. O proponente atua com a investigação de métodos relacionados a sistemas complexos e teoria do caos aplicada a análise de imagens e reconhecimento de padrões há cerca de uma década, sendo a principal motivação a natureza não linear das imagens destas aplicações e sua forte relação com a geometria fractal.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Mauricio Falvo - Integrante / Alexandre Souto Martinez - Integrante / Davi Rodrigo Rossatto - Integrante / Kolb, Rosana M. - Integrante / Joao Batista Florindo - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 21. | 2013-2015. Visual text analytics (FAPESP 2013//50380-4) Descrição: Esta proposta é vinculada ao projeto temático "Desafios na Visualização Exploratória de Dados Multidimensionais" (FAPESP 2011/227498) desenvolvida no ICMC-USP, e ao projeto "Visual Text Analytics" desenvolvido na Dalhousie University, no Canadá (https://projects.cs.dal.ca/visualtextanalytics/), em que o parceiro industrial é a empresa Aerolnfo Systems (Boeing Canada Operations Ltda.). Ambos os projetos tem, entre os seus objetivos, o desenvolvimento e melhoria de técnicas de apoio à análise visual de coleções de documentos textuais, o que demanda investigações em como integrar técnicas de mineração de texto com técnicas interativas de visualização para propor ferramentas que apoiem as pessoas em tarefas que demandam o entendimento de um cenário para tomada de decisão. Os desafios a serem enfrentados para obter ferramentas mais eficazes incluem: a busca por metáforas visuais adequadas para texto; a investigação de técnicas alternativas de pré-processamento de texto capazes de gerar modelos de representação semanticamente mais informativos; a extração e visualização de conceitos, nomes e relações em coleções de documentos grandes e ruidosas; a visualização de relações entre conceitos em texto como estruturas de grafo; o suporte à visualização e interação em tempo real, o que requer um cuidadoso compromisso entre processamento on-line e off-line; novas técnicas de visualização e de interação com texto que ajudem os especialistas de domínio a navegar pelo conteúdo do corpus ajustando a mineração e/ou a visualização. Duração: Novembro de 2013 a Outubro de 2015.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Alneu de Andrade Lopes - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Axel Soto - Integrante / Evangelos Milios - Integrante. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 22. | 2013-2015. XML-based Geo-Climate Approximate Pattern Search and Pattern Discovery in Large Databases (CAPES SticAMSUD) Descrição: The goal of our project is to develop efficient techniques for i) approximate pattern search, and ii) approximate pattern discovery of spatio-temporal climate (and related agronomic) data in large databases. On one hand, the huge amount of heterogeneous geo-climate data originating from diverse sources (e.g., climate forecasting models, satellite imagery, GISs) underlines an increasing need in interoperability, and efficient data exchange and retrieval. On the other hand, XML has been gaining importance as the backbone for scientific data description formats (e.g., XSIL, XDF, CML, etc.) as well as geographic data (namely GML ? Geography Mark-up Language), and complex multimedia data descriptions (SVG, X3D, etc.) on the Web. Hence, providing XML-based solutions to handle geo-climate (and related) data seems a promising step toward achieving highly flexible and extensible solutions for geo-climate data mining systems. By combining the efforts of researchers from the LE2I-CNRS laboratory, Dijon, France (specialized in XML similarity-related studies), ICMC-USP laboratory, Sao Carlos, Brazil (specialized in similarity search, access methods and mining of complex data), II-FCM-UNMSM laboratory, Lima, Peru (specialized in Semantic Web technologies as XML, RDF, OWL and JADE), SI-UPC laboratory, Lima, Peru (specialized in information system methods and techniques), and GRyDs-USB laboratory in Caracas-Venezuela (specialized in semantic web technologies), we aim at: i) investigating the use and/or combination of XML-based formats to describe agronomic/meteorological measurements, and related geo-climate data, ii) investigating the use of domain specific knowledge bases (thesauri, taxonomies and/or ontologies) to handle the semantics of geo-climate and related agronomic data, iii) introducing dedicated XML-based similarity measures, considering both data structure (hierarchical organization) and semantics (meaning), for approximate geo-climate data search and pattern discovery,. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Monica Ribeiro Porto Ferreira - Integrante / Luciana Alvim Romani - Integrante / Richard Chbeir - Integrante / Joe Tekli - Integrante / Nestor Adolfo Mamani Macedo - Integrante / Carlos Arturo Raymundo Ibañez - Integrante / Yudith C. Cardinale Villarreal - Integrante / Eliana Raad - Integrante / Kokou Yetongnon - Integrante / Regina Ticona - Integrante. Financiador(es): CAPES - Centro Anhanguera de Promoção e Educação Social - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 / Número de orientações: 1 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 1. | 2012-2016. Agentes, redes complexas e equações diferenciais parciais: integrando modelos matemáticos para análise de textura Descrição: Técnicas para descrever texturas são importantes em análise de imagens e visão computacional. Grande parte das técnicas tradicionais existentes na literatura são baseadas em abordagens estatísticas ou em modelos pré-estabelecidos, e normalmente, falham em descrever diferentes padrões de textura. Além disso, as técnicas existentes não realçam a riqueza de detalhes presente nas imagens. Neste projeto, pretende-se desenvolver uma abordagem que caracterize os padrões por meio de modelos baseados em agentes combinados com redes complexas. Esta abordagem torna-se inédita quando integramos aos agentes e às redes a representação das imagens em múltiplas escalas usando equações diferenciais parciais (EDPs).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Bruno Brandoli Machado - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 2. | 2012-2016. Desafios em Visualização Exploratória de Dados Multidimensionais: Novos Paradigmas, Escalabilidade e Aplicações Descrição: Este projeto visa desenvolver novas técnicas e paradigmas que contribuam para o avanço da área de visualização de dados científicos e abstratos, com ênfase no tratamento e manipulação de dados de alta dimensão, multimodais e variantes no tempo. Os novos paradigmas a serem desenvolvidos deverão fornecer metáforas visuais criadas a partir de técnicas de projeção multidimensional e árvores filogenéticas, buscando facilitar a compreensão, exploração e mineração visual de, entre outros, dados textuais, coleções de imagens ou músicas e dados de sensoriamento em nanoescala. Além de primitivas geométricas como unidade de representação visual, propomos usar estruturas de árvores e combinações de entidades geométricas com entidades abstratas a fim de criar um arcabouço unificado de manipulação e representação visual de dados de alta dimensão. Este projeto também inova na proposta de trazer métodos de visualização e exploração visual para o contexto de dispositivos portáteis. Os desenvolvimentos aqui propostos permitirão manter os grupos de pesquisa envolvidos na vanguarda da pesquisa na área, em nível mundial, fomentando a criação de propriedade intelectual nacional e a transferência tecnológica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Rosane Minghim. Descrição: Projeto temático. Ag. Financiadora: FAPESP. Processo 2011/22749-8. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Coordenador / Rosane Minghim - Integrante / João do Espírito Santo Batista Neto - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. Descrição: Este projeto visa desenvolver novas técnicas e paradigmas que contribuam para o avanço da área de visualização de dados científicos e abstratos, com ênfase no tratamento e manipulação de dados de alta dimensão, multimodais e variantes no tempo. Os novos paradigmas a serem desenvolvidos deverão fornecer metáforas visuais criadas a partir de técnicas de projeção multidimensional e árvores filogenéticas, buscando facilitar a compreensão, exploração e mineração visual de, entre outros, dados textuais, coleções de imagens ou músicas e dados de sensoriamento em nanoescala. Além de primitivas geométricas como unidade de representação visual, propomos usar estruturas de árvores e combinações de entidades geométricas com entidades abstratas a fim de criar um arcabouço unificado de manipulação e representação visual de dados de alta dimensão. Este projeto também inova na proposta de trazer métodos de visualização e exploração visual para o contexto de dispositivos portáteis. Os desenvolvimentos aqui propostos permitirão manter os grupos de pesquisa envolvidos na vanguarda da pesquisa na área, em nível mundial, fomentando a criação de propriedade intelectual nacional e a transferência tecnológica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (15) / Doutorado: (12) . Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Alneu Andrade Lopes - Integrante / Guilherme P. Telles - Integrante / Minghim, Rosane - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Oliveira, Maria C. F. - Integrante / Nonato, Luis G. - Coordenador / Moacir Ponti Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 3. | 2012-2016. Desenvolvimento de sistemas de monitoramento da água de lastro com avaliação de forçantes hidrodinâmicas, operacionais e biológicas Descrição: O objetivo deste projeto é avaliar processos relevantes para a determinação da qualidade da água de lastro de navios. Serão estudados os seguintes aspectos: Avaliação do impacto do enchimento, esvaziamento e movimentação da água dos tanques de lastro durante as operações de desembarque, embarque e navegação, incluindo o efeito da mistura ou estratificação da água de lastro sobre organismos e parâmetros físico-químicos e sedimentos; Análise da mortalidade, persistência e potencial invasivo de espécies aquáticas nos tanques sob diferentes condições simuladas e validadas em laboratório; Influência de aspectos operacionais e da arquitetura de navios sobre os parâmetros citados anteriormente; Aprimoramento de um protótipo de sistema remoto georreferenciado de coleta de dados em múltiplos tanques, com foco em parâmetros físico-químicos, bem como na posição geográfica da coleta da água de lastro; e Análise crítica das diretrizes internacionais da IMO sobre o monitoramento de embarcações.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 4. | 2012-2016. Determinação de mutações somáticas e germinativas em pacientes jovens com câncer de mama Descrição: nº 2012/12306-4 - Programas Regulares: "Determinação de mutações somáticas e germinativas em pacientes jovens com câncer de mama". - Vigência: 01/10/2012 a 30/09/2014. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / Mitzi Brentani - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 5. | 2012-2012. EBEB XI - Encontro Brasileiro de Estatística Descrição: Auxílio organização de evento CNPq Projeto nº 455203/2011-3. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / Julio Michael Stern - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 6. | 2012-2012. Elipsometria com reflexão interna total aplicada em sensores e biossensores Descrição: Fapesp/ Prof. Visitante Exterior 2012/04224-8. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 7. | 2012-2016. Filmes de Langmuir e automontados de moléculas de interesse biológico Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 8. | 2012-2013. Implementação da técnica de atividade óptica Raman para o estudo de filmes nanoestruturados Descrição: Fapesp/ Prof. Visitante do Brasil 2012/09077-3. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 9. | 2012-2015. Integração de dados na biologia sistêmica: um estudo de caso em Arabidopsis Thaliana Descrição: Um dos problemas mais desafiadores na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos públicos, provenientes de diversas naturezas para a inferência de GRNs, considerando como escopo deste projeto o estudo de caso na Arabidopsis Thaliana. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma e estrutura topológica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para a geração de vetores de características que representem a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrutura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desafios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: modelagem computacional de sistemas complexos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Gabriel Rubino - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Leandro Takeshi Hattori - Integrante / Euler Angelo de Menezes Junior - Integrante / Juliana de Oliveira - Integrante / André Rocha Barbosa - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 24 / Número de orientações: 9 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 10. | 2012-2016. Investigação de Circuitos Neuronais e Marcadores Biológicos Envolvidos no Transtorno Obsessivo-Compulsivos por meio de Paradigmas Comportamentais de Medo e Ansiedade Descrição: nº 2011/21357-9 - Projeto Temático: "Investigação de Circuitos Neuronais e Marcadores Biológicos Envolvidos no Transtorno Obsessivo-Compulsivos por meio de Paradigmas Comportamentais de Medo e Ansiedade" - Vigência: 01/12/2012 a 30/11/2017 um dos Pesquisadores Principais do temático.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / Helena Bretani - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel - Integrante / Diniz, J. - Integrante / Ana Gabriela Hounie - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Outra. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 11. | 2012-2016. Modelos e metodos de E-Science para Ciências da Vida e Agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesqui sadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessaslinhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto. (AU). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (7) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Carlos Moreira - Integrante / Cláudia Bauzer Medeiros - Integrante. Membro: Luciano da Fontoura Costa. Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Vigência: 01 de fevereiro de 2012 - 31 de janeiro de 2016. Coordenador Geral Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Membro: João Eduardo Ferreira. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto. Projeto temático Financiado pela Fapesp. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Integrante / Luciano da F. Costa - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Claudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. Descrição: Auxílio Pesquisa - Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Bando, Silvia Yumi - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junio - Coordenador / André Fujita - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: André Fujita. |
| 12. | 2012-2015. MuZoo: Ferramentas e modelos computacionais para busca exploratoria de dados em biodiversidade (R$ 135.000,00) Descrição: O objetivo global do projeto MuZOO (Museu virtual de ZOOlogia) é especificar novos algoritmos e estruturas de dados para dar apoio a mecanismos inovadores de acesso, análise e visualização de grandes volumes dados heterogêneos de biodiversidade. As ferramentas desenvolvidas serão disponibilizadas na Web, permitindo acesso aos dados (textuais, imagens, sons) do Museu de Zoologia da UNICAMP, que tem uma das principais coleções brasileiras na área. Museus virtuais estão se tornando cada vez mais importantes no apoio à pesquisa científica e disseminação do conhecimento, pois viabilizam o acesso remoto às suas coleções, facilitando pesquisas colaborativas e criando novas oportunidades de aprendizado. Serão contemplados dois tipos de usuário: (a) pesquisadores em biologia, ecologia e biodiversidade, para que possam explorar o acervo do museu usando múltiplos algoritmos e desenvolver modelos ecológicos e de interação entre espécies, de forma colaborativa; e (b) alunos do ensino fundamental e médio, e seus professores, para apoio ao ensino de ciências, em particular biologia e biodiversidade. Assim, além de servirem de base para produzir informação para pesquisa cooperativa em biodiversidade, as ferramentas e dados gerados e manipulados dentro do projeto serão usados para dar apoio a iniciativas de educação multidisciplinar. Este projeto se insere na grande area de pesquisa multidisciplinar denominada eScience, envolvendo desafios de gerenciamento e processamento de grandes volumes de dados de coletas de biodiversidade, incluindo registros textuais, imagens e sons. Este projeto dá continuidade ao projeto BioCORE, financiado pelo CNPq (2007-2010), de gerenciamento de dados de biodiversidade, estendendo-o para contemplar novos tipos de dados (como sons) e, principalmente, novos tipos de busca exploratória no acervo que está sendo digitalizado e que já tem mais de 1Tbyte de sons e imagens. Exigirá pesquisa em gerenciamento de uma massa de dados de alta heterogeneidade e multim. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (3) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Gilberto Zonta Pastorello Jr - Integrante / Eliane Martins - Integrante / André Santanchè - Integrante / Carla Geovana do Nascimento Macario - Integrante / Cecilia Mary Fischer Rubira - Integrante / Rodolfo Jardim de Azevedo - Integrante / Antonia Cecilia Zacagnini Amaral - Integrante / Luis Felipe de Toledo - Integrante / Michela Borges - Integrante. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 13. | 2012-2016. NAP-USP eScience Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Análise e nodelagem de fenômenos naturais mensuráveis por técnicas matemático computacionais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Proreitoria de Pesquisas da USP - Cooperação. Membro: Junior Barrera. Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Integrante / CESAR JUNIOR, R. M. - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 14. | 2012-2015. NAVSCALES - Navegando através de Escalas no Espaço e no Tempo e Domínios do Conhecimento. (FAPESP-MICROSOFT - R$ 350.000,00) Descrição: Research on climate change necessarily involves integration of data collected at multiple scales on space and time, as well as interaction and cooperation of people from very many disciplines, scientific profiles and backgrounds. The same kind of scenario occurs in many other research initiatives -- e.g., in health (where integrated studies require analysis from molecule to human and back). The goal of this project is to look at these problems from a data point of view, investigating mechanisms that allow presenting such heterogeneous data in a coherent manner, thereby facilitating data sharing and reuse, and scientific collaboration across fields. The algorithms and tools developed within the project will be tested against two real case multiscale scenarios, in agriculture and biodiversity.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Jansle Vieira Rocha - Integrante / André Santanchè - Integrante / Rodolfo Jardim de Azevedo - Integrante / Luis Felipe de Toledo - Integrante. Financiador(es): Microsoft Research - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 15. | 2012-2016. Núcleo de Apoio à Pesquisa de Aprendizado de Máquina em Análise de Dados (NAP-AMDA) Descrição: Nome do Projeto: Projeto NAP - PRP/USP "Núcleo de Apoio à Pesquisa de Aprendizado de Máquina em Análise de Dados". Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Integrante / Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho - Coordenador / Eduardo Raul Hruschka - Integrante / Zhao Liang - Integrante / Ricardo Campelo - Integrante / Rodrigo Fernandes de Mello - Integrante. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 16. | 2012-2016. Núcleo de Pesquisa em e-Science da USP - USP e-Science Descrição: Edital Programa de Incentivo à Pesquisa da USP - 2a. fase (Pr´-reitoria de Pesquisa, USP). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 17. | 2012-2016. Núcleo e-Science de Apoio a Pesquisa da Universidade de São Paulo Descrição: Projeto financiado pela Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de Sáo Paulo. vigência 30/06/2012 a 30/05/2016. Coordenador Geral: Roberto Marcondes Cesar Jr.. Coordenador da área de Banco de Dados: João Eduardo Ferreira.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Marcelo Camacho Souza - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Mina Cintho - Integrante / João Marcelo Borovina Josko - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 18. | 2012-2014. Processamento Perceptual de Consultas por Similaridade Integrando Perfil do Especialista em Imagens Apoiando o Diagnóstico Médico Descrição: Este projeto visa o desenvolvimento de um sistema robusto de apoio ao diagnóstico por imagens (CliniCAD) que busca a aproximação dos sistemas CBIR à realidade médica por meio da inclusão de parâmetros perceptuais do especialista médico nas etapas de processamento de imagens, extração de características, consulta por similaridade e a etapa opcional de Realimentação por Relevância. Tais parâmetros são obtidos por meio de entrevistas com os especialistas e acompanhamento das atividades de análise e laudo dos exames. Serão utilizados perfis dos especialistas de modo a tornar o sistema mais próximo do que o especialista busca, conseguindo desse modo contornar o problema de lacuna semântica (?semantic gap?). Serão desenvolvidas técnicas de mineração de imagens e de textos (para integrar os laudos às imagens), e serão utilizadas técnicas de visualização de informação como uma ferramenta de apoio à calibração dos algoritmos e métodos implementados. Os resultados serão avaliados por meio de um protótipo que será utilizado no Centro de Ciências de Imagens e Física Médica do Hospital das Clínicas de Ribeirão Preto. O sistema será disponibilizado para utilização pela comunidade da área.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (4) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Renato Bueno - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Elaine Parros M de Sousa - Integrante / Carolina Yukari Veludo Watanabe - Integrante / Ives Rene Venturini Pola - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Pedro Bugatti - Integrante / Marcelo Ponciano da Silva - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Sérgio Francisco da Silva - Integrante / Letrícia Pereira Soares Avalhais - Integrante / Renato Fileto - Integrante / Robson L. F. Cordeiro - Integrante / Daniel Y. T. Chino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 8 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 19. | 2012-2014. Reconhecimento de Padrões Heterogêneos e suas Aplicações em Biologia e Nanotecnologia Descrição: Este projeto tem como objetivo propor a análise de padrões heterogêneos, desenvolver métodos para este novo conceito e aplicá-los em problemas reais de reconhecimento de padrões. O conceito é inspirado na Química, com as definições de misturas. Algumas misturas apresentam aparência homogênea quando vistas a olho nu, no entanto, ao observá-las em nanoescala é possível perceber a heterogeneidade de seus componentes, como por exemplo colóides tais como, leite, sangue e gelatina. Neste trabalho, o mesmo conceito é aplicado no reconhecimento de padrões. Em determinadas classes de imagens é possível perceber padrões heterogêneos, que nem sempre, podem ser visualizados em escala padrão. Os métodos atuais de análise de textura não descrevem de forma adequada tais padrões heterogêneos. A abordagem comumente utilizada pelos pesquisadores analisa as informações contidas na imagem de uma maneira global, tomando todas as suas características de forma integrada. A abordagem multi-escala, amplamente difundida na literatura, analisa os padrões em diferentes escalas, mas ainda assim, preservando a análise homogênea, ou seja, considerando as características globalmente. Portanto, torna-se necessário desenvolver métodos capazes de identificar os diferentes padrões observados em diferentes escalas, onde percebe-se sua heterogeneidade, definindo desta forma o conceito de padrão heterogêneo em imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / SILVA, NÚBIA ROSA DA - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 20. | 2012-2016. Sao Paulo- Minas Gerais Neglected Tropical Disease Research Center for Biomarker Discovery Descrição: Chagas disease remains one of the most neglected diseases in the world, with recent estimates indicating 8-10 million infected people in Latin and Central America and only one marginally effective therapeutic. The lack of good biomarkers for active infection or clinical end-points poses a problem both for individual patient prognosis and for assessing the performance of new drugs or therapeutic interventions. In this project the main computer challenge is the development of database system in order to integrate data clinical and data tests from patients.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester C. Sabino - Coordenador / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Helves Domingues - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 21. | 2012-2016. Sequenciamento de alto rendimento de RNA (RNA Seq) em Coffea arabica para formação de rede gênicas e identificação de polimorfismos Descrição: Visando tanto propiciar ferramentas que realizem a integração da biologia molecular com aplicações no melhoramento vegetal por meio de marcadores moleculares como buscar um entendimento maior da interação de genes durante a maturação de frutos, este trabalho busca a identificação SNPs em genótipos de população de C. arabica proveniente do centro de origem da espécie e a caracterização de redes gênicas durante o processo de desenvolvimento e maturação de frutos de café. Será feito o sequenciamento de bibliotecas de cDNA de frutos de quatro genótipos do centro de origem de C. arabica através da tecnologia Illumina HiSeq. Em um dos genótipos também será realizada a analise transcriptômica temporal a cada 60dias do desenvolvimento do fruto. As sequências serão comparadas com banco de dados de transcriptoma pré-existentes de Coffea spp. para busca de SNPs e para os trabalhos de Inferência de Redes Gênicas. Os resultados deste trabalho, além de representar um avanço significativo no conhecimento genético e molecular do desenvolvimento de frutos de C. arabica, e propiciar um grande número de SNPs para genotipagem, irá integrar os grupos de pesquisa, do Laboratório de Biotecnologia Vegetal do IAPAR e da Engenharia de Computação da UTFPR, visando a formação de recursos humanos em bioinformática, aumentando a competência do estado nessa área estratégica. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Fábio Fernandes da Rocha Vicente - Integrante / Bruno Hideki Arabori - Integrante / Douglas Silva Domingues - Integrante / Luiz Filipe Protasio Pereira - Coordenador / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Andre Yoshiaki Kashiwabara - Integrante / Gabriel Marcos Domingues de Souza - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 22. | 2012-2016. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Matheus Montanini Breve - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 23. | 2012-2014. Topologias de redes de regulação de miRNA Descrição: Protocolo nº 23.466 - Aprovado via Chamada de Projetos 05/2011 - Programa Universal Pesquisa Básica e Aplicada - Fundação Araucária. A proposta é aplicar as metodologias de redes complexa para reconhecimento de padrões, focado em topologia, em redes de regulação de miRNA-mRNA (gene). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Coordenador / Francis Morais Franco Nunes - Integrante. Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 24. | 2012-2016. Transactional Model and Performance Analysis for Business Processes and e-Science Applications. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Marcio K Oikawa - Integrante / Kelly R. Braghetto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Luciano Vieira de Araújo. Descrição: In modern science and business process studies the main challenge is not anymore in data acquisition but mainly in data processing, analysis, storage and transfer. To treat these challenges, work ow and business process systems have received increased attention from research and industry communities. Despite of the signi cant eorts and software tools developed, the work ows and business processes still oer a scenario with several research challenges, mainly related to the scalability and reliability of their execution in the new collaborative and high-performance computing platforms. In this pro ject, we are focusing in two important issues (called axes) belonging to this scenario: transaction processing and prediction of performance related to dierent phases of the work ow life cycle. The rst axis is related to transaction processing aiming to grant a exible and reliable environment for the modeling and execution of work ows. The second research axis is related to prediction of performance of work ows by means of formal modeling, in order to support a better provisioning of resources and a better scheduling of tasks in such type of applications. To validate the results obtained in these two research axes, we will use two real-world case studies that are important examples of both work ows and e-Science applications. In addition to the academic results provided in this project, we also hope to increase the research capability of the DATA group through two important research axes and also the validation of academic results based on two important case studies.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Marcio Katsumi Oikawa - Integrante / Osvaldo Kotaro Takai - Integrante / Kelly Rosa Braghetto - Integrante / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / André Luis schwerz - Integrante / Marcela Ortega Garcia - Integrante / Rafael Liberato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 25. | 2012-2013. Tratamento de Problemas Críticos e Aplicações Inovadoras de Visualização em Larga Escala (Universal 481436/2011-1) Descrição: Este projeto se insere no campo de Visualização de Dados e Analítica Visual, ambos os campos preocupados em propor alternativas para análise de dados complexos, multivalorados, e volumosos. Do ponto de vista da Visualização Computacional, nosso grupo de pesquisa vem desenvolvendo, ao longo de muitos anos, técnicas cujo objetivo é apoio à análise de dados multidimensionais, isto é, aqueles definidos por muitas variáveis ou atributos. O progresso da área levou a novas técnicas que são capazes de tratar dados cada vez mais numerosos com precisão. Muitos dos problemas relacionados a esta área, entretanto, ainda representam desafios em aberto. Este projeto também envolve problemas em vários outros campos, tais como análise de imagens, bioinformática, nanotecnologia e análise de redes sociais. Um objetivo objetivo do projeto é avançar o estágio de desenvolvimento de técnicas previamente desenvolvidas para o problema de forma a apoiar a solução de três problemas críticos: a escalabilidade do número de elementos tratados, o paradigma de visualização e a adaptabilidade para dados não numéricos. O segundo objetivo do projeto é adaptar tais técnicas para aplicões estratégicas para as quais nenhuma solução até o momento é satisfatória para o usuário final, isto é, o analista que precisa extrair conhecimento relevante dos dados. Este projeto pretende apresentar soluções computacionais para avançar no tratamento desses problemas, e testar as abordagens para dados de imagens, bio-sensores, sequências genéticas, redes sociais, comércio eletrônico e patentes, vários deles fornecidos através de parcerias em início ou mais avançadas. Este projeto também envolve problemas em vários outros campos, tais como análise de imagens, bioinformática, nanotecnologia e análise de redes sociais. O objetivo principal do projeto é avançar o estágio de desenvolvimento de técnicas previamente desenvolvidas para o o tratamento de dados multidimensionais complexos e de natureza variada, de forma a apoia. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Alneu de Andrade Lopes - Integrante / Guilherme Pimentel Telles - Integrante / Anton Heijs - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Alejandro C Frery Orgambide - Integrante / Alexandru C. Telea - Integrante / Lars Linsen - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Rosane Minghim. |
| 26. | 2012-2016. Uso de espectroscopia Raman e fluorescência para caracterizar filmes orgânicos nanoestruturados e detecção de moléculas isoladas Descrição: CNPq/ Visitante Especial 401261/2012-3. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 27. | 2012-2016. Uso de interfaces naturais de usuários NUI para prevensão de doenças Descrição: As interfaces naturais também conhecidas por NUI (Natural User Interface) tem se tornado popular com o surgimento de dispositivos como o Kinect e TV com reconhecimento de gestos. Tais dispositivos oferecem processamento especialiizado de movimenteação e voz a custo baixo. O que tem estimulado o seu uso em diferente áreas incluindo a de infomática médica. Esse projeto tem como objetivo desenvolver softwares baseado em interfaces NUI para prevensão de doenças.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Coordenador. Membro: Luciano Vieira de Araújo. |
| 28. | 2012-2016. USP e-Science Research Network Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr. - Coordenador. Membro: André Fujita. |
| 1. | 2011-2013. Análise e síntese de faces e expressões faciais em 3D Descrição: O projeto prevê o desenvolvimento de métodos e aplicações de Computação Gráfica, Visão Computacional e Reconhecimento de Padrões para a análise (estudo/caracterização) e síntese (geração/criação) de faces e expressões faciais em 3D. Neste projeto serão estudados o problemas de análise e síntese de faces 3D considerando tanto um banco de dados de faces 3D reais, quanto modelos de faces sintéticos. O principal foco do projeto reside no desenvolvimento de técnicas para a reconstrução e caricaturização facial 3D a partir de amostras de treinamento de faces reais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 1 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 2. | 2011-2013. Autômatos Celulares e Redes Complexas e suas Aplicações em Reconhecimento de Padrões e Criptografia Descrição: Sistemas complexos é uma área que têm recebido um crescente interesse nas mais diversas áreas do conhecimento. Os autômatos e as redes complexas apresentam dois casos fundamentais de interseção nos quais as duas metodologias se combinam, estes estudos serão baseados em sistemas que utilizam apenas a metodologia de autômatos e redes complexas isoladamente e também abordagens híbridas. Este projeto propõe o estudo de redes complexas e autômatos celulares aplicados em reconhecimento de padrões e criptografia. Duas abordagens são propostas: no primeiro caso, os autômatos podem percorrer redes complexas, nesta abordagem pode ser utilizado para caracterização de redes. Na segunda opção, os autômatos podem gerar grafos para serem analisados por técnicas de redes complexas. Além disso, a proposta também pode ser aplicada na criptografia, já que um modelo híbrido apresenta caractéristicas dos sistemas complexos e caóticos, pudendo gerar sequências de números pseudoaleatórios para serem utilizadas no cifrado de mensagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Marina Jeaneth Machicao Justo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 3. | 2011-2013. Caracterização, análise, simulação e classificação de redes complexas Descrição: A teoria das redes complexas é uma área relativamente nova da Ciência, inspirada por dados empíricos tais como os obtidos de interações sociais e biológicas. Esta área apresenta uma natureza altamente interdisciplinar, de modo que tem unido cientistas de diferentes áreas, tais como matemática, física, biologia, ciência computação, sociologia, epidemiologia e muita outras. De fato, muitos problemas da natureza podem ser modelados como redes, tais como o cérebro, interações proteicas, organizações sociais, o mercado financeiro, a Internet e a World Wide Web. Todos esses sistemas podem ser representados por grafos, isto é, vértices conectados por arestas. A organização desses sistemas tem uma influencia fundamental sobre muitos processos dinâmicos. Por exemplo, roteadores altamente conectados são fundamentais para manter o tráfego na Internet, enquanto que pessoas que possuem um grande número de amigos apresentam uma alta taxa de transmissão de doenças. Ao mesmo tempo, estudos têm mostrado que a estrutura do cérebro esta relacionada com doenças neurológicas, como a epilepsia, que está ligada à fenômenos de sincronização. Nesse projeto, apresentamos uma metodologia para estudar a relação entre topologias de redes complexas e processos dinâmicos. Tal estudo será realizado com a simulação de fenômenos de sincronização, falhas em cascata, propagação de epidemias e transporte de dados em redes. A estrutura de redes será caracterizada através de métodos de mineração de dados, que permitirão classificar redes de acordo com um conjunto de modelos e determinar padrões de conexões presentes na organização de diferentes tipos de sistemas complexos. As análises serão realizadas com aplicações em neurociências, biologia de sistemas, economia, meteorologia e cadeias alimentares.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 4. | 2011-2013. Causalidade de Granger entre grupos de séries temporais: desenvolvimento de metodologias para seleção de modelos e extensões no domínio da frequência com aplicações em Biologia Molecular e Neurociência. Descrição: Wiener (1956) e Granger (1969) introduziram um conceito intuitivo de causalidade (causalidade de Granger) entre duas variáveis que é baseada na ideia de que um efeito nunca ocorre antes de sua causa. Apesar da causalidade de Granger não ser uma "causalidade efetiva" no sentido Aristotélico, este conceito é muito útil para identificar direcionalidade e fluxo de informação em dados observados (biológicos, econômicos, financeiros, etc). Geweke (1984) generalizou esse conceito de causalidade para o caso multivariado, ou seja, quando m séries temporais Granger-causam uma série temporal, enquanto Fujita et al. (2010) generalizaram para o caso entre grupos de variáveis, isto é, quando m séries temporais Granger-causam n outras séries temporais. Apesar da técnica para a identificação da causalidade de Granger entre grupos ser útil para explicar certos eventos naturais, ainda existem algumas limitações a serem superadas. Por exemplo, para sua identificação em dados reais, é necessário definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos quando nenhuma informação a priori sobre a estrutura dos grupos é fornecida. Além disso, pouco (ou nada) se é conhecido sobre a causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Assim, neste projeto, propõe-se desenvolver um critério para seleção de modelos, isto é, uma maneira de definir de forma objetiva quais variáveis pertencem a quais grupos; e também um conceito e metodologia para a identificação de causalidade de Granger entre grupos de séries temporais no domínio da frequência. Propõe-se, ainda, aplicar as técnicas desenvolvidas aqui em dados de expressão gênica relacionados com o câncer e também em dados de ressonância magnética funcional, afim de obter uma melhor compreensão da intrincada rede de interações gênicas no câncer e também da conectividade do cérebro sob diferentes estímulos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 5. | 2011-2016. Chaos and Cellular automata applied to Pattern Recognititon and Information Theory Descrição: Colaboração internacional entre a Universidade de São Paulo e a Ghent University - Bélgica, este projeto visa estiudos multidisciplinares da teoria do caos e automatas, envolvendo áreas como Matemática Aplicada, Ciência da Computação, Física, Bioinformática e Ciência dos Materias. O principal foco do projeto é o estudo e a investigação de métodos baseados na Teoria do Caos e Automatos, visando o desenvolvimento teorico da área, bem como suas aplicações em Reconhecimento de padrões e Teoria da Informação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (4) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Alexandre Souto Martinez - Integrante / Ernesto Chaves Pereira - Integrante / Marina Jeaneth Machicao - Integrante / Joao Batista Florindo - Integrante / SILVA, NÚBIA ROSA DA - Integrante / Bernard De Baets - Integrante / Jan Baetens - Integrante / Pieter Van der Weeën - Integrante. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 6. | 2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 7. | 2011-2016. Efeito de diferentes modelos de treinamento de força nas adaptações neuromusculares e funcionalidade de idosos Descrição: Esse projeto visa identificar modelos de treinamento que maximizem as adaptações neuromusculares e funcionais decorrentes dos mesmos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 8. | 2011-2013. Estudo de propriedades ópticas de filmes finos nanoestruturados de copolímeros dibloco Descrição: FAPESP-CONICET. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 9. | 2011-2016. Fenômenos Dinâmicos em Redes Complexas: Fundamentos e Aplicações Descrição: Ao longo da última década, o enfoque de rede entre agentes dinâmicos com topologias complexas tem se tornado uma poderosa e eficaz metodologia a ser usada para entender sistemas elaborados, envolvendo um número muito elevado de agentes que interagem entre si. Esse enfoque vem sendo utilizado em várias áreas, desde Neurociência e Engenharia, até Sociologia e Economia. Contudo, até agora, a maior parte dos estudos tem se concentrado em situações onde a topologia é fixa, o que restringe sobremaneira sua utilização em cenários mais elaborados e próprios dos sistemas reais. Este projeto tem por objetivo estudar os princípios e fundamentos da auto-organização em redes complexas mais gerais, onde a topologia não é simples e a complexidade é muito elaborada. Visando aplicações em situações atuais de interesse, pretende-se, por conseguinte, compreender o papel que a heterogeneidade da estrutura, os atrasos em múltiplas escalas de tempo e espaço e a estocasticidade têm na dinâmica da rede. Esses estudos teóricos estarão interconectados a investigações experimentais da dinâmica de redes naturais com complexidade crescente, partindo de sistemas que envolvem alguns lasers, passando pela interação entre neurônios híbridos e chegando-se no sistema Terra. Esse último representa um formidável desafio para a teoria das redes complexas e será um dos tópicos centrais no âmbito desta iniciativa. Assim, via utilização do enfoque de redes complexas, tenciona-se entender a dinâmica de interação entre os vários subsistemas da Terra diante de condições variantes, em especial no que se refere ao aquecimento global e ao desmatamento da Amazônia. Este projeto é uma iniciativa internacional de colaboração envolvendo pesquisadores brasileiros e alemães do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE), da Humboldt University at Berlin, do Potsdam Institute for Climate Impact Research (PIK) and da Universidade de São Paulo (USP).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Integrante / Luciano da F. Costa - Integrante / Elbert Einstein Nehrer Macau - Coordenador / Zhao Liang - Integrante / Tiago Pereira da Silva - Integrante / Manoel Ferreira Cardoso - Integrante / Paulo Regis Caron Ruffino - Integrante / Henrique de Melo Jorge Barbosa - Integrante / Pedro Jose Catuogno - Integrante / Iberê Luiz Caldas - Integrante / Domingos Humberto Urbano Marchetti - Integrante / Carla Goldman - Integrante / Roland Koberle - Integrante / Gilvan Sampaio de Oliveira - Integrante / Reynaldo Daniel Pinto - Integrante / Alexandre Hiroaki Kihara - Integrante / Jose Antonio Marengo Orsini - Integrante / Antonio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 10. | 2011-2013. Filmes nanoestruturados contendo enzimas encapsuladas em lipossomos: ênfase na otimização de biossensores usando métodos de visualização de informação Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 11. | 2011-2014. Integração de dados biológicos na inferência de GRNs Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus perfis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integração de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especificamente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 16 / Número de orientações: 3 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 12. | 2011-2013. Investigações da cascata de segmentação na região anterior do embrião de Drosophila melanogastere do sciarídeo Trichosia pubescens Descrição: A cascata de segmentação na região anterior do embrião da Drosophila melanogaster, correspondente a futura cabeça, foi pouco estudada e seu funcionamento é pouco conhecido em relação à outras partes. Dados recentes da literatura indicam a existência de uma rede gênica complexa regulando esta parte do embrião. Nossa hipótese é de que desta rede façam parte atividades repressoras necessárias para posicionar corretamente faixas de expressão pair-rule, e impedir que estas faixas sejam formadas na região anterior da cabeça onde elas normalmente não ocorrem. Nosso objetivo é investigar a regulação transcricional dos promotores modulares dos genes pair-rule com a finalidade de identificar os fatores trans-reguladores e os mecanismos moleculares de repressão atuando nos alvos cis-reguladores. Para isto propomos experimentos genéticos e de expressão ectópica para analisar in vivo, por meio de hibridações in situ de todo embrião, os efeitos desencadeados por candidatos reguladores dos genes pair-rule. Paralelamente, propomos estudar a segmentação do sciarídeo Trichosia pubescens. Aspectos moleculares da segmentação foram investigados em poucas espécies, contudo, as evidências já obtidas indicam diferenças fundamentais entre o funcionamento da cascata na região anterior do embrião de Drosophila e de outros insetos e mesmo de outros dípteros. A Drosophila é uma espécie derivada entre os dípteros, portanto, somente estudos com outras espécies revelariam formas da cascata de segmentação mais comuns dentro do grupo, e possibilitariam um entendimento do processo evolutivo da segmentação nos dípteros e em insetos de uma forma geral. Nossa opção pela Trichosia reside no fato de que esta é uma espécie da base do grupo, diferentemente da Drosophila. Além disso, a Trichosia reúne características favoráveis para estudos de embriogênese que pretendemos explorar. Para esta solicitação propomos a clonagem e determinação de padrões de expressão de ortólogos de genes gap da cabeça, que fornec. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 13. | 2011-2016. Modelos e Métodos de eScience para Ciências da Vida e Agrárias (R$ 380.000,00) Descrição: Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa ? biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante / Alexandre Xavier Falcao - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Luciano Fontoura Costa - Integrante / Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Outra. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 14. | 2011-2012. Métodos de Visão Computacional Aplicados à Identificação e Análise de Plantas Descrição: Este projeto está focado em duas temáticas: plasticidade e espécies com dificuldades taxonômicas e/ou identificação. No primeiro caso de estudo, a plasticidade vegetal esta ́ presente na variabilidade das folhas de uma mesma planta e se acentua quando diferentes indivíduos são considerados, especialmente em espécimes localizados em diferentes regiões geográficas. No segundo caso, são abordados indivíduos que apresentem grande similaridade intra-espécies representando, portanto, um grande problema em termos de classificação taxonômica, inclusive para especialistas da área. Exemplos de gêneros que apresentam tais problemas são: Mirtacea, Passiflora e a Melastomataceae. Portanto, esta proposta visa estudar e desenvolver métodos computacionais de análise de imagens e reconhecimento de padrões para a caracterização, identificação e estudo das diferentes espécies de plantas, por meio de imagens de suas folhas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (6) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Giancarlo Conde Xavier Oliveira - Integrante / Mauricio Falvo - Integrante / André Ricardo Backes - Integrante / Luís Carlos Bernacci - Integrante / João Batista Florindo - Integrante / Dalcimar Casanova - Integrante / Alexandre Souto Martinez - Integrante / Rosana Marta Kolb - Integrante / Wesley Nunes Gonçalves - Integrante / Alvaro Gomez Zuniga - Integrante / Pedro Henrique de Cerqueira Luz - Integrante / Valdo Rodrigues Herling - Integrante / Fernanda de Fátima da Silva - Integrante / Liliane Maria Romualdo - Integrante / Bruno Brandoli Machado - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 15. | 2011-2014. Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas e biomédicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para (i) operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, (ii) melhorar as interações em colaborações multidisciplinares/multi-institucionais e (iii) permitir o reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para a formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado profissional: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina S. T. Hirata - Coordenador / Roberto Hirata Jr - Integrante / Marcel P. Jackowski - Integrante / Anderson Brilhador - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 4 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 16. | 2011-2011. Novos desafios para dispositivos de eletrônica orgânica Descrição: Auxílio Prof. Visitante Exterior. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 17. | 2011-2011. Propriedades elétricas e espectroscópicas de filmes nanoestruturados Descrição: Auxílio Pesquisador Visitante do Exterior. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 18. | 2011-2016. Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa eScience que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo dilúvio de dados . Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadasquestões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperabilidade permeiam todo o projeto. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Alexandre Xavier Falcão - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Cláudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 19. | 2011-2013. Tratamento de Problemas Críticos e Aplicações Inovadoras de Visualização em Larga Escala (Universal) Descrição: Este projeto se insere no campo de Visualização de Dados e Analítica Visual, ambos os campos preocupados em propor alternativas para análise de dados complexos, multivalorados, e volumosos. Do ponto de vista da Visualização Computacional, nosso grupo de pesquisa vem desenvolvendo, ao longo de muitos anos, técnicas cujo objetivo é apoio à análise de dados multidimensionais, isto é, aqueles definidos por muitas variáveis ou atributos. O progresso da área levou a novas técnicas que são capazes de tratar dados cada vez mais numerosos com precisão. Muitos dos problemas relacionados a esta área, entretanto, ainda representam desafios em aberto. Este projeto também envolve problemas em vários outros campos, tais como análise de imagens, bioinformática, nanotecnologia e análise de redes sociais. Um objetivo objetivo do projeto é avançar o estágio de desenvolvimento de técnicas previamente desenvolvidas para o problema de forma a apoiar a solução de três problemas críticos: a escalabilidade do número de elementos tratados, o paradigma de visualização e a adaptabilidade para dados não numéricos. O segundo objetivo do projeto é adaptar tais técnicas para aplicões estratégicas para as quais nenhuma solução até o momento é satisfatória para o usuário final, isto é, o analista que precisa extrair conhecimento relevante dos dados. Este projeto pretende apresentar soluções computacionais para avançar no tratamento desses problemas, e testar as abordagens para dados de imagens, bio-sensores, sequências genéticas, redes sociais, comércio eletrônico e patentes, vários deles fornecidos através de parcerias em início ou mais avançadas. Este projeto também envolve problemas em vários outros campos, tais como análise de imagens, bioinformática, nanotecnologia e análise de redes sociais. O objetivo principal do projeto é avançar o estágio de desenvolvimento de técnicas previamente desenvolvidas para o o tratamento de dados multidimensionais complexos e de natureza variada, de forma a apoia. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Alneu Andrade Lopes - Integrante / Guilherme P. Telles - Integrante / Rosane Minghim - Coordenador / Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Anton Heijs - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Lars Linsen - Integrante / Alex C. Telea - Integrante. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 20. | 2011-2016. Visualização de Informação baseada em Formas e Imagens (CAPES/NUFICC) Descrição: Este projeto tem por objetivo viabilizar a cooperaração e o intercâmbio com pesquisadores e estudantes da Universidade de Groningen - Holanda no estudo e aplicação de técnicas de processamento e análise de imagens na área de visualização de informações, buscando um melhor paradigma de representação no plano de mapeamentos de dados multidimensionais contendo um grande número de dimensões e de itens de dado. Técnicas de imagem multiescala deverão permitir a análise visual em vários níveis ajudando a absorver os aspectos globais e locais dos conjuntos de dados. A abordagem deve ser comparada com as atuais formas discretas de representação que possuem várias desvantagens na análise de conjuntos de dados atuais. Um conjunto de aplicações-teste será utilizado para validar a proposta. Como resultado primário, espera-se obter um conjunto inovador e eficiente de técnicas que permitam melhor percepção do conteúdo e distribuição de dados multidimensionais do que as alternativas disponíveis atualmente, e que exeçam o mesmo papel representativo em análises globais e locais. Um grande número de aplicações em todas as áreas de atuação profissional e de pesquisa podem se beneficiar desse resultado. Como resultados adicionais espera-se desenvolver um conjunto de aplicações envolvendo análise de dados de desempenho de software, coleções de imagens, coleções de texto e outros conjuntos de dados desafiadores.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Helio Pedrini - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Netherlands Organisation for International Cooperation in Higher Education - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Rosane Minghim. Descrição: Este projeto tem por objetivo viabilizar a cooperaração e o intercâmbio com pesquisadores e estudantes da Universidade de Groningen - Holanda no estudo e aplicação de técnicas de processamento e análise de imagens na área de visualização de informações, buscando um melhor paradigma de representação no plano de mapeamentos de dados multidimensionais contendo um grande número de dimensões e de itens de dado. Técnicas de imagem multiescala deverão permitir a análise visual em vários níveis ajudando a absorver os aspectos globais e locais dos conjuntos de dados. A abordagem deve ser comparada com as atuais formas discretas de representação que possuem várias desvantagens na análise de conjuntos de dados atuais. Um conjunto de aplicações-teste será utilizado para validar a proposta. Como resultado primário, espera-se obter um conjunto inovador e eficiente de técnicas que permitam melhor percepção do conteúdo e distribuição de dados multidimensionais do que as alternativas disponíveis atualmente, e que exeçam o mesmo papel representativo em análises globais e locais. Um grande número de aplicações em todas as áreas de atuação profissional e de pesquisa podem se beneficiar desse resultado. Como resultados adicionais espera-se desenvolver um conjunto de aplicações envolvendo análise de dados de desempenho de software, coleções de imagens, coleções de texto e outros conjuntos de dados desafiadores.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante / Rosane Minghim - Coordenador / Helio Pedrini - Integrante. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 21. | 2011-2012. Web-based systems for bio-image analysis and interpretation Descrição: An important goal in image analysis is to classify and recognize objects of interest in digital images. This information is of prime importance for decision making problems such as diagnosis or classification in medical images or biological images. In images, at the perceptual leval, objects can be characterized by several ways, e.g. by identifying their colors, textures, shapes, movements, and position within images. No ubiquitous approach is currently available to solve object recognition problems for different application domains of images. In order to construct a model for object characterization and posterior classification, one needs to do a previous analysis of the domain of images, and feature analysis [18]. The model can also be built by using a priori knowledge on the application domain [16]. Some applications of pattern recognition and image analysis for biological problems, specifically for diagnosis purposes, have been reported in the literature. These approaches can be divided into two groups : (1) top down approaches based on a priori knowledge [16], (2) bottom-up approaches based on features extracted from image without explicit prior knowledge [21]. Among the first family, we can cite [24] for pollen recognition, [15] for insect recognition and [16] for fungi and insect recognition. Various work have been proposed in the second family. Comaniciu et al. [9] developed an image retrieval system to discriminate between malignant lymphomas and chronic lymphocytic leukemia, using descriptors for textural and shape characterization. A similar work, developed by Sabino et al. [26] for Leukemia diagnosis, was based on textural identification through gray level co-occurrence matrices. Jalba et al. [20] proposed another interesting approach for automatic diatom identification, based on contour analysis by constructing a morphological curvature scale space for feature extraction. Another example, using curvature as a feature was reported by Riggs [25]. Other wo. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Cesar Beltran Castanon - Integrante / Céline Hudelot - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Ecole Centrale Paris - Cooperação. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 1. | 2010-2013. AMIB - Algorithms for Managing Images for Biodiversity Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver pesquisa conjunta entre grupos de pesquisa do Brasil e da França, dentro da área de gerenciamento de imagens para biodiversidade. Este é um campo multidisciplinar, que combina pesquisa no estado da arte em Ciência da Computação e em Estudos Ambientais. Nesta área existe uma grande demanda por pesquisadores treinados, dada sua importância estratégica no mundo e, em particular, no Brasil. Ambas equipes, do Brasil e da França, possuem especialistas em banco de dados e processamento de imagens. O AMIB tem três objetivos principais: treinar jovens pesquisadores (alunos de doutorado em ambos os lados) na realização de pesquisa em um ambiente multidisciplinar; produzir novos resultados na área de gerenciamento de imagens aplicado a estudos de biodiversidade, resultando em publicações e teses de doutorado; desenvolver novas ferramentas computacionais para o gerenciamento de imagens em estudos de biodiversidade. O AMIB irá se concentrar particularmente no estudo e desenvolvimento de (1) descritores de imagem de baixo nível para consultar imagens em bancos de dados de imagens de espécies (2) modelos para descrever relacionamentos espaciais entre objetos em imagens, principalmente imagens de satélites (3) métodos de acesso para gerenciamento de dados volumosos de bancos de dados de imagens e (4) especificação de uma abordagem metodológica para gerenciar imagens baseadas em um novo paradigma de abstração por modificação de escala. CAPES-COFECUB, valor concedido aprox R$ 40.000,00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (4) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Genevieve Jomier - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Maude Manouvrier - Integrante / André Santanchè - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Helio Pedrini - Integrante / Roberto Hirata - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 2. | 2010-2013. Características do aquecimento e performance humana Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Coordenador. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 3. | 2010-2011. CNPq - 475051/2009-2 - Análise Global da Expressão Gênica no Hipocampo e Correlações Historadiológicas em Pacientes com Epilepsia do Lobo Temporal Mesial Refratária Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 4. | 2010-2012. CNPq 478861/2010-9 - Associação entre Lupus Eritematoso Sistêmico Juvenil e Imunodeficiências Primárias Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Magda Carneiro-Sampaio - Coordenador / Bernadete de Lourdes Liphaus - Integrante / Clovis Arthur A. Silva - Integrante / Luis Eduardo Andrade Coelho - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 5. | 2010-2016. Criação e análise de indicadores de dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-AIDS Descrição: Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais, bem como a Implementação do Teste de Genotipagem para detecção de mutações que geram resistência ao Inibidor de Entrada ? Enfuvirtida ? em pacientes submetidos ao HAART, mas sem tratamento prévio com esta classe de drogas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Luciano V Araújo - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Leonardo Tadashi Kamaura - Integrante. Financiador(es): Ministéria da Saúde - Programa Nacional Doenças Sexualmente Transmissíveis - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 6. | 2010-2012. Detecção de Movimento e Cálculo de Trajetória via técnica de Fluxo Ótico e aplicação envolvendo Inteligência Artificial Descrição: O presente projeto desenvolver-se-á com base no estudo e aplicação da Visão Computacional (VC), que se refere ao emprego de técnicas humanas de visão em computadores, ou grosso modo, a ensiná-los a ver. Este ramo da ciência da computação pode ser relacionado a diversos outros, tais como: Processamento de Imagens, Inteligência Artificial (IA) e Geometria Computacional. Desses ramos, assim como da própria VC, surgem diversos algoritmos que podem ser usados para formar sistemas de visão computacional. A partir da aquisição de sólidos conhecimentos nas ciências até aqui citadas, pretende-se interconectá-las ao desenvolver aplicativos de simulação que, por meio da detecção de movimentos e previsão de trajetórias, permitam o projeto e construção de máquinas inteligentes capazes de desenvolver por si só técnicas que auxiliem no alcance de objetivos específicos, tais como os exemplificados anteriormente. Essas máquinas possuirão limitações peculiares, é claro, devidas à abrangência deste projeto.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Anderson Gonçalves Marco - Integrante / José Arildo Gobbo Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 7. | 2010-2016. Engenharia fisiológica da biomassa lignocelulósica da cana-de-açúcar Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 8. | 2010-2012. Estudo da interação de modelos de membranas celulares com quitosana para a regeneração neuronal Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 9. | 2010-2012. Estudo e Desenvolvimento de Métodos de Visão Computacional Aplicados à Identificação e Análise de Plantas Descrição: Este projeto tem como objetivo desenvolver e aplicar métodos computacionais com a finalidade de identificar, caracterizar e analisar plantas por meio de imagens de folhas. A motivação principal deste estudo é contribuir com as técnicas de morfologia já desenvolvidas, facilitando e agilizando a tarefa de identificação de espécies vegetais. Para tanto, características morfológicas e texturais das folhas são consideradas, em ambas imagens naturais e de microscopia, promovendo assim uma melhor identificação da espécie. A natureza da biologia vegetal e suas características de grande variação intra-espécie e pequena diferença entre espécies, aliada a platicidade foliar, tornam o problema da caracterização e identificação foliar um grande desafio científico. Motivado pela resolução deste problema o grupo proponente estuda o problema e desenvolve métodos para sua solução a quase uma década, caracterizando uma abordagem simbiótica, na qual são beneficiadas as ciências biológicas e exatas. Em biologia vegetal, o uso de matemática sofisticada e computação, favorecem o surgimento de ferramentas que permitem aprimorar o estudo das plantas. Já na computação e na matemática, o problema em questão motiva o desenvolvimento e aprimoramento metodológico.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (4) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Mauricio Falvo - Integrante / João Batista Florindo - Integrante / Dalcimar Casanova - Integrante / Alexandre Souto Martinez - Integrante / Davi Rodrigo Rossatto - Integrante / Rosana Marta Kolb - Integrante / Wesley Nunes Gonçalves - Integrante / Alvaro Gomez Zuniga - Integrante. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 10. | 2010-2011. FAPESP - 2005/56.446-0 - Estudo de Ressonância Magnética de Alta Resolução e Imagem de Receptores em Epilepsia Refratária de Lobo Temporal: Análises in vivo e ex vivo. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Coordenador / Edson Amaro Junior - Integrante / Rodrigo Bressan - Integrante / Ming Chi Shih - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. Descrição: Auxílio Pesquisa - Programa CInAPCe - Projeto Temático. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Silvia Yumi Bando - Integrante / Edson Amaro Junior - Integrante / Alexandre Valotta da Silva - Integrante / Roseli de Deus Lopes - Integrante. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 11. | 2010-2012. FAPESP 2009/53.863-0 - EMU - Aquisição de Plataforma Automatizada de Análise Genética para Pesquisa e Diagnóstico - Programa de Equipamentos Multiusuários Descrição: Programa Equipamentos Multi-Usuários. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Silvia Yumi Bando - Integrante / S K Marie - Integrante / Mittzi Brentani - Integrante / Luiz F. Onuchic - Integrante / FEDERICO, Miriam Hatsue Honda - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 12. | 2010-2015. FAPESP-FAPEMIG 2009/53443-1 - Neuroimunologia, Genômica Funcional e Neurimagem: uma abordagem integrada no estudo da fisiolpatologia e tratamento da Epilepsia Refratária. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Integrante / Edson Amaro Junior - Coordenador / Marco Romano-Silva - Integrante. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 13. | 2010-2016. FAPESP/FAPEMIG - 2009/53.443-1 - Neuroimunologia, Genômica Funcional e Neuroimagem: uma abordagem integrada no estudo da fisiopatologia e tratamento da epilepsia refratária (FAPESP-FAPEMIG) Descrição: Auxílio Pesquisa - Projeto Temático. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Silvia Yumi Bando - Integrante / Edson Amaro Junior - Integrante / Rodrigo Bressan - Integrante / Ming Chi Shih - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 14. | 2010-2016. Ferramentas para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do DN-DST-Aids Descrição: Projeto busca o desenvolvimento de indicadores criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do PN-DST-Aids. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante / Ester Cerdeira Sabino - Integrante. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro. Membro: Luciano Vieira de Araújo. |
| 15. | 2010-2015. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol Descrição: Esta proposta une um conjunto de 30 laboratórios de 5 estados brasileiros para desenvolver as bases tecnológicas necessárias para viabilizar a produção de etanol celulósico a partir de cana-de-açúcar no Brasil. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 16. | 2010-2016. Mecanismos de hidrólise de polissacarídeos de parede celular de cana de açúcar Descrição: Visa estudara estrura fina dos arabinoxilanos e beta-glucanos de gramíneas com foco na cana-de-açúcar. Hidrolases, como celulases, xilanases, alfa/arabinofuranosidases, xiloglucano transglicosilase-hidrolase (XTH) e feruloil esterases são utilizadas com o objetivo de determinar astrutura fina dos polissacarídeos e com isto abrir caminho para a produção de etanol de segunda geração (etanol celulósico). As enzimas utilizadas são tando de microorganismos como da própria planta.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 17. | 2010-2016. Meta-análise de dados de expressão gênica e sua aplicação ao estudo da fisiopatologia de transtornos psiquiátricos Descrição: Projeto PNPD. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / H Brentani - Integrante / Paulo Cilas Marques F - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 18. | 2010-2016. Predição computacional de alvos de microRNAs Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena P. Brentani - Integrante / Patrícia Severino - Integrante. Número de orientações: 6 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 19. | 2010-2016. Uso da abordagem de biologia de sistemas para desenvolver um modelo de funcionamento em plantas Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Cooperação. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 20. | 2010-2016. Utilização de gramáticas em reconhecimento de padrões em imagens Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante. Número de orientações: 2 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 21. | 2010-2012. Visualização Exploratória de Dados Volumétricos Multidimensionais (CAPES PROBRAL/DAAD) Descrição: (Projeto de pesquisa em conjunto com o grupo de pesquisa liderado pelo Prof. Lars Linsen, da Jacobs University, Alemanha - CAPES/DAAD n. 344/10 Diversos domínios de aplicação geram volumes de dados multidimensionais, i.e., dados multivariados vinculados a um posicionamento espacial. É o caso de diversos fenômenos físicos que são medidos ou simulados em áreas como física ou química computacional, geociências, e medicina, em que múltiplos valores escalares, vetoriais ou tensoriais são adquiridos ou coletados sobre um domínio espacial definido, ao longo do tempo. Por outro lado, os métodos clássicos de visualização científica tratam, predominantemente, da exploração de dados volumétricos unidimensionais, i.e., as técnicas geram visualizações de um único campo escalar, ou de um campo vetorial ou tensorial. Caso múltiplos campos de dados estejam envolvidos no problema, o usuário precisa explorar múltiplos volumes de dados, interagindo com múltiplas representações visuais de natureza distinta. Nosso objetivo é tratar essa limitação, abordando o problema da análise exploratória de volumes de dados multidimensionais, i.e., em que múltiplas variáveis devem ser analisadas conjuntamente. Para isso, utilizaremos resultados recentes em ´visual analytics´, que considera a integração entre técnicas de visualização e técnicas analíticas para apoiar tarefas exploratórias de análise de dados. As equipes, brasileira e alemã, já tem investigado esse problema. Resultados recentes sinalizam que a integração de técnicas de mineração visual de dados a abordagens clássicas de visualização científica podem ampliar significativamente os recursos oferecidos a usuários para a análise de dados científicos multivariados. Problemas específicos a serem tratados com essa abordagem integrada incluem tarefas de classificação de imagens médicas e de segmentação de volumes de dados médicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Rosane Minghim - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 22. | 2010-2012. Visualização Exploratória de Dados Volumétricos Multidimensionais (CAPES/DAAD) Descrição: Projeto de pesquisa em conjunto com o grupo de pesquisa liderado pelo Prof. Lars Linsen, da Jacobs University, Alemanha - CAPES/DAAD n. 344/10 Diversos domínios de aplicação geram volumes de dados multidimensionais, i.e., dados multivariados vinculados a um posicionamento espacial. É o caso de diversos fenômenos físicos que são medidos ou simulados em áreas como física ou química computacional, geociências, e medicina, em que múltiplos valores escalares, vetoriais ou tensoriais são adquiridos ou coletados sobre um domínio espacial definido, ao longo do tempo. Por outro lado, os métodos clássicos de visualização científica tratam, predominantemente, da exploração de dados volumétricos unidimensionais, i.e., as técnicas geram visualizações de um único campo escalar, ou de um campo vetorial ou tensorial. Caso múltiplos campos de dados estejam envolvidos no problema, o usuário precisa explorar múltiplos volumes de dados, interagindo com múltiplas representações visuais de natureza distinta. Nosso objetivo é tratar essa limitação, abordando o problema da análise exploratória de volumes de dados multidimensionais, i.e., em que múltiplas variáveis devem ser analisadas conjuntamente. Para isso, utilizaremos resultados recentes em ´visual analytics´, que considera a integração entre técnicas de visualização e técnicas analíticas para apoiar tarefas exploratórias de análise de dados. As equipes, brasileira e alemã, já tem investigado esse problema. Resultados recentes sinalizam que a integração de técnicas de mineração visual de dados a abordagens clássicas de visualização científica podem ampliar significativamente os recursos oferecidos a usuários para a análise de dados científicos multivariados. Problemas específicos a serem tratados com essa abordagem integrada incluem tarefas de classificação de imagens médicas e de segmentação de volumes de dados médicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 1. | 2009-2012. AgroDataMine: Desenvolvimento de Métodos e Técnicas de Mineração de Dados para apoiar Pesquisas em Mudanças Climáticas com Ênfase em Agrometeorologia Descrição: O aquecimento global e suas conseqüências trazem novos desafios para os pesquisadores do Século XXI. Apesar da comunidade científica não ter dúvidas sobre o aquecimento do planeta, é premente a identificação das causas do aumento da temperatura média global, bem como a quantificação desse aquecimento e suas consequências para os ecossistemas. Modelos matemáticos e estatísticos têm sido empregados para analisar os possíveis cenários futuros e consequentemente uma grande quantidade de dados tem sido gerada. Além disso, o avanço tecnológico tem propiciado melhorias nos diversos sensores utilizados para medições de dados climáticos e de imageamento da superfície terrestre, contribuindo para o aumento na quantidade e complexidade dos dados gerados. As pesquisas envolvendo grande volume e diversidade de dados remete a dois dos Grandes Desafios da Computação: a gestão da informação em grandes volumes de dados e a modelagem computacional de sistemas complexos. Neste contexto, este projeto de pesquisa propõe investigar e desenvolver técnicas e métodos computacionais para analisar os conjuntos de dados complexos utilizados por meteorologistas e agrometeorologistas, para auxiliá-los na pesquisa de impactos das mudanças climáticas na agricultura brasileira. Em linhas gerais, o objetivo deste projeto é desenvolver métodos para analisar os resultados dos modelos regionais de prognóstico de mudanças climáticas e compará-los com medidas reais coletadas pelas estações de superfície, a fim de avaliar a qualidade dos dados gerados e dar subsídios para a calibração dos modelos de previsão. Adicionalmente, pretende-se desenvolver novos métodos para filtrar, analisar e extrair padrões da associação entre dados climáticos e dados extraídos de sensores remotos para auxiliar nas pesquisas agrícolas. O projeto embasa-se na parceria de pesquisadores do Grupo de Bases de Dados e Imagens (GBdI) do ICMC-USP, da Embrapa Informática Agropecuária, do Centro de Pesquisas Meteorológicas e Climáticas. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (5) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Renato Bueno - Integrante / Humberto Luiz Razente - Integrante / Ives Rene Venturini Pola - Integrante / Elaine Parros de Sousa - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Monica Ribeiro Porto Ferreira - Integrante / Pedro Bugatti - Integrante / Luciana Alvim Romani - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Maria Camila Nardini Barioni - Integrante / Daniel Kaster - Integrante / Jurandir Zullo Jr. - Integrante / Ana Maria H. Avila - Integrante / Letrícia Pereira Soares Avalhais - Integrante / Robson L. F. Cordeiro - Integrante / Daniel Y. T. Chino - Integrante / Santiago Augusto Nunes - Integrante / Tamires Tessarolli de Souza - Integrante / Chou Sin Chan - Integrante / Renata Ribeiro do Valle Gonçalves - Integrante / Bruno Ferraz do Amaral - Integrante / Priscila Pereira Coltri - Integrante / Willian Dener de Oliveira - Integrante. Financiador(es): Instituto Microsoft Research-FAPESP de Pesquisas em TI - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 15 / Número de orientações: 4 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 2. | 2009-2013. Centro de Projetos Biológicos e Industriais para Biocombustíveis - CeProBIO Descrição: O CeProBIO está propondo um modelo industrial de produção de etanol celulósico que seja passível de integração ao arranjo produtivo já existente em regiões desenvolvidas do Brasil ou, alternativamente, que possa ser implementado em áreas cuja infra-estrutura agro-industrial esteja ainda em fase de implementação e consolidação. Este modelo inovador prevê a diminuição drástica e eventual eliminação total da necessidade de qualquer insumo de origem fóssil através do reaproveitamento dos resíduos, efluentes e emisões na geração de energia e produção de produtos químicos de valor.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Integrante / Igor Polikarpov - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 3. | 2009-2016. Classificação multiclasse de RNAs codificantes e não codificantes Descrição: Até os anos 80 apenas três classes de RNAs eram conhecidas: mensageiros (mRNAs), transportadores (tRNAs) e ribossomais (rRNAs). Os mRNAs codi cam proteí nas, então chamados RNAs codi cantes. Por sua vez, os dois últimos são considerados RNAs não codi cantes (ncRNAs). Desde então, in úmeros outros ncRNAs foram identi cados, e acredita-se que ainda muitos outros estão por serem descobertos. De fato, enquanto 2% do genoma humano e anotado como sendo genes codi cantes, estudos recentes demonstram que na verdade grande parte do genoma humano e transcrito. Os RNAs não codi cantes conhecidos at é o momento desempenham diversas atividades importantes e muitos deles estão associados a diversas doen ças. A descoberta de novos ncRNAs e de seus pap éis moleculares não s ó traz avan ços no conhecimento da biologia molecular como tamb ém pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias de doenças associadas. No entanto, identifi car genes de RNAs não codi cantes nos genomas é um problema em aberto. Uma alternativa é j á partir de sequências transcritas e então classifi c á-las em RNAs codi cantes ou não codi cantes. Essa alternativa tem se tornado ainda mais atraente agora com as novas técnicas de sequenciamento usadas por sequenciadores como o 454 e Solid. Mas mesmo esse processo não e trivial, pois h á fatores confundidores que prejudicam essa classi fica ção. Este projeto visa ao desenvolvimento de um classi ficador de RNAs que não apenas lide com esses problemas mas tamb ém que realize uma classifi ca ção multiclasse que auxilie o pesquisador na caracteriza ção do transcrito.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Lauretto, Marcelo S - Integrante. Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 4. | 2009-2011. CNPq - 475051/2009-2 - Análise Global da Expressão Gênica no Hipocampo e Correlações Historadiológicas em Pacientes com Epilepsia do Lobo Temporal Mesial Refratária Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Silvia Yumi Bando - Integrante / Edson Amaro Junior - Integrante / Alexandre Valotta da Silva - Integrante / Luiz Henrique Martins Castro - Integrante / Wen Hung-Tzu - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 5. | 2009-2011. Consultas por Similaridade em Imagens Médicas: Da Viabilidade Clínica à Prática do Auxílio ao Diagnóstico Médico: Aplicações em um Hospital Escola - 476520/2009-6 CNPq - Universal - Edital MCT/CNPq 14/2009 Descrição: Os sistemas de informação para medicina têm por objetivo disponibilizar a informação necessária ao médico de modo rápido e preciso visando assim melhorar a qualidade do cuidado e tratamento de pacientes. Em radiologia, a aplicação de técnicas de recuperação de imagens por conteúdo (Content-based Image Retrieval- CBIR) incorporadas aos Sistemas de Comunicação e Armazenamento de Imagens (Picture Archiving and Communication Systems - PACS) proporciona um avanço na recuperação de imagens armazenadas, antes vinculadas a um identificador do paciente ou de um exame. Com essa nova abordagem as buscas passam a ser realizadas por meio de comparações diretas entre imagens por meio de seus descritores pictóricos, possibilitando efetuar buscas por similaridade e abrindo novos caminhos para utilização do computador e das imagens médicas em atividades de auxílio ao diagnóstico. Este projeto visa permitir integrar a percepção do especialista do que é similar, no processo de recuperação de imagens baseada em seu conteúdo. Assim, deve-se diminuir um dos principais problemas dos sistemas CBIR, quando aplicados em ambientes de apoio ao diagnóstico (Computer-Aided Diagnosis - CAD), que é a lacuna semântica (semantic gap). Tal lacuna origina-se do fato que medidas de similaridade sobre os descritores das imagens, baseados na distribuição de cores/níveis de intensidade, textura e formas, em geral não possuem correlação direta com a semântica subjetiva humana. A idéia principal é desenvolver um mecanismo automático de otimização de consulta por similaridade baseado em parâmetros de percepção levantados pelos próprios radiologistas. Esse método fará uma escolha automática de quais os parâmetros perceptuais deverão ser considerados relevantes no processamento da consulta. Esses parâmetros serão detectados automaticamente, através de mineração de palavras-chave nas justificativas do pedido de exame, dos dados contidos no cabeçalho DICOM das imagens sob processamento. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (5) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Elaine Parros M de Sousa - Integrante / Joaquim Cézar Felipe - Integrante / André Guilherme Ribeiro Balan - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Pedro Bugatti - Integrante / Marcelo Ponciano da Silva - Integrante / Luciana Alvim Romani - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Carolina Y V Watanabe Silva - Integrante / Cristina Dutra Aguiar Ciferrii - Integrante / Sérgio Francisco da Silva - Integrante / Letrícia Pereira Soares Avalhais - Integrante / Fredy Edgar Carranza Athó - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 29 / Número de orientações: 5 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 6. | 2009-2011. Controle molecular em filmes nanoestruturados: aplicação em biossensores Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 7. | 2009-2011. Development of Computational Methods for Large Scale Gene Regulatory Networks: Construction and Structural Analysis. Descrição: The main goal pursued by this project is to develop innovative computational methods using supercomputer to construct large scale gene regulatory networks and to design algorithms to mine properties related to diseases in network´s structure.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Coordenador. Financiador(es): RIKEN - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 8. | 2009-2013. FAPESP - 2008/58.238-4 - Autoimunidade na Criança: Investigação das Bases Celulares e Moleculares da Autoimunidade de Início Precoce Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Integrante / Carlos Alberto Moreira-Filho - Integrante / Magda Carneiro-Sampaio - Coordenador / Bernadete de Lourdes Liphaus - Integrante / Clovis Arthur A. Silva - Integrante / Cristina Miuki Abe Jacob - Integrante / Maria Notomi Sato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Silvia Yumi Bando - Integrante / Magda M S Carneiro Sampaio - Coordenador / Cristina Miuki Abe jacob - Integrante / Maria Notomi Sato - Integrante / Clovis Artur Almeida da Silva - Integrante / Bernadete de Lourdes Liphaus - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 9. | 2009-2012. Filmes Nanoestruturados com materiais de interesse biológico: ênfase em modelos de membrana e biossensores Descrição: Edital 04/CII-2008 (CAPES), REDE NANOBIOTEC - BRASIL, da Diretoria de Programas e Bolsas no País, que visa apoiar a pesquisa científica e a formação de recursos humanos altamente qualificados na área da Nanobiotecnologia. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Osvaldo Novais de Oliveira Jr. - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Rosane Minghim. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. Descrição: Edital 04/CII-2008 (CAPES), REDE NANOBIOTEC - BRASIL, da Diretoria de Programas e Bolsas no País, que visa apoiar a pesquisa científica e a formação de recursos humanos altamente qualificados na área da Nanobiotecnologia. Financiamento: R$ 2.254.531,80. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Osvaldo Novais de Oliveira Jr. - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 10. | 2009-2012. INCT - MACC Medicina Assistida por Computação Científica Descrição: Realizar pesquisa e desenvolvimento em computação científica e suas aplicações na medicina, em especial a modelagem e simulação computacional dos sistemas fisiológicos que integram o corpo humano; promover o desenvolvimento do processamento de imagens médicas, da visualização científica e da realidade virtual no desenvolvimento de aplicativos médicos orientados para a diagnose auxiliada por computador, tratamento, planejamento cirúrgico, treinamento e credenciamento médico; empregando as mais modernas técnicas de comunicação e transmissão multimídia desenvolver e gerenciar ambientes computacionais de alto desempenho que atendam às necessidades da medicina assistida por computação científica do País; formar recursos humanos e promover transferência de tecnologia e inovação para a área da saúde assistida por computação científica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Gustavo Buscaglia - Integrante / Raul Antonino Fejoo - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 1 Membro: Rosane Minghim. |
| 11. | 2009-2010. Modelagem do ciclo celular Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 12. | 2009-2015. Modelagem e analálise estratégica/tática de esportes coletivos Descrição: Esse projeto visa desenvolver modelos de análise da estratégia e tática utilizada em esportes coletivos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Integrante / Leonardo Lamas - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 13. | 2009-2015. Modelagem e analálise estratégica/tática de esportes coletivos Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Integrante / Leonardo Lamas - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 14. | 2009-2015. Modelagem e analálise estratégica/tática de esportes coletivos Descrição: Esse projeto visa desenvolver modelos de análise da estratégia e tática utilizada em esportes coletivos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Integrante / Leonardo Lamas - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 15. | 2009-2014. Sistemas Automáticos de Monitoramento Biológico e Ambiental - SAMBA Descrição: O objetivo geral deste projeto é desenvolver e avaliar a eficiência de sistemas automáticos e semi-automáticos de análise da qualidade da água de lastro de navios. Serão contemplados instrumentos para a análise de nutrientes dissolvidos e de organismos planctônicos, estes últimos por meio de técnicas ópticas. Os sistemas a serem desenvolvidos e testados serão também utilizáveis para o monitoramento ambiental marinho em geral, a partir de adequações específicas para cada aplicação. Os objetivos específicos são os seguintes: ? Projetar, desenvolver e validar instrumentação óptica dedicada à varredura de água em alto fluxo de vazão, simulando a descarga de água de lastro, para a detecção, contagem e identificação de organismos planctônicos viáveis e não viáveis; ? Projetar um protótipo de instrumentação dedicada ao monitoramento da concentração de organismos em água de lastro em escala adequada à instalação em navios comerciais; ? Projetar, desenvolver, construir e testar um protótipo de instrumento que permita o monitoramento contínuo de elementos nutrientes da água do mar (fosfato, silicato, nitrito e amônia) acoplado a registrador eletrônico temporal (datalogger); ? Formar um banco de imagens de organismos planctônicos, utilizando técnicas variadas de aquisição, para avaliação de programas de classificação; ? Testar diferentes corantes vitais para a marcação e detecção de organismos planctônicos, viáveis e não viáveis, através de imagens estáticas; ? Comparar o desempenho dos instrumentos e softwares utilizados; ? Apresentar recomendações de caráter gerencial visando a implementação das melhores técnicas para o monitoramento da qualidade da água de lastro, no que se refere aos padrões D-2 da Convenção Internacional da IMO (Organização Marítima Internacional).. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / MATUSZEWSKI, DAMIAN J. - Integrante / BALDASSO, LUIS F. - Integrante. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 16. | 2009-2012. Uso de técnicas espectroscópicas para o estudo de interações moleculares em filmes de Langmuir, LB e automontados Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 17. | 2009-2012. Visualização Exploratória de Dados Volumétricos Multidimensionais (CAPES/DAAD) Descrição: Projeto de pesquisa em conjunto com o grupo de pesquisa liderado pelo Prof. Lars Linsen, da Jacobs University, Alemanha - CAPES/DAAD n. 344/10 Diversos domínios de aplicação geram volumes de dados multidimensionais, i.e., dados multivariados vinculados a um posicionamento espacial. É o caso de diversos fenômenos físicos que são medidos ou simulados em áreas como física ou química computacional, geociências, e medicina, em que múltiplos valores escalares, vetoriais ou tensoriais são adquiridos ou coletados sobre um domínio espacial definido, ao longo do tempo. Por outro lado, os métodos clássicos de visualização científica tratam, predominantemente, da exploração de dados volumétricos unidimensionais, i.e., as técnicas geram visualizações de um único campo escalar, ou de um campo vetorial ou tensorial. Caso múltiplos campos de dados estejam envolvidos no problema, o usuário precisa explorar múltiplos volumes de dados, interagindo com múltiplas representações visuais de natureza distinta. Nosso objetivo é tratar essa limitação, abordando o problema da análise exploratória de volumes de dados multidimensionais, i.e., em que múltiplas variáveis devem ser analisadas conjuntamente. Para isso, utilizaremos resultados recentes em ´visual analytics´, que considera a integração entre técnicas de visualização e técnicas analíticas para apoiar tarefas exploratórias de análise de dados. As equipes, brasileira e alemã, já tem investigado esse problema. Resultados recentes sinalizam que a integração de técnicas de mineração visual de dados a abordagens clássicas de visualização científica podem ampliar significativamente os recursos oferecidos a usuários para a análise de dados científicos multivariados. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Coordenador / Fernando Vieira Paulovich - Integrante. Membro: Rosane Minghim. |
| 1. | 2008-2008. 28th International Workshop on Bayesian Inference and Maximum Entropy Methods in Science and Engineering Descrição: Organização de congresso internacional CNPq Projeto nº 451635/2008-6. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / Julio Michael Stern - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 2. | 2008-2009. Atualização, Capacitação Técnica e Automatização do Algoritmo Brasileiro Descrição: O Programa Nacional de DST/AIDS (PNDST/AIDS) assiste a mais de 130.000 portadores de AIDS com consultas médicas, realização de exames e distribuição de medicamentos. Porém, muitos pacientes adquirem vírus resistentes à determinadas drogas usadas no tratamento, o que implica em falha de resposta à terapêutica e agravamento do quadro clínico. Para atender tais pacientes, o PNDST/AIDS criou a rede nacional de genotipagem (RENAGENO) que oferece testes de genotipagem aos pacientes em falha terapêutica, para que através da informação do nível de resistência do HIV, o médico ajuste a terapêutica desses pacientes. A cada ano são realizados 15.000 exames de genotipagem nos 14 laboratórios espalhados pelo Brasil. O exame de genotipagem, através de um software para análise das mutações encontradas no HIV, avalia nível de resistência do vírus às drogas usadas no tratamento. O crescente número de drogas usadas no tratamento e de mutações associadas à resistência às drogas torna a tarefa de inferência de resistência muito complexa e demanda uma abordagem computacional avançada e que permita constante atualização. Esse projeto visa adaptar o HIVdag, software para geração automática do software para análise de resistência às drogas usadas no tratamento de AIDS, apra a geração automática dos Algoritmo Brasileiro de Genotipagem. O HIVdag apresenta uma inovadora abordagem matemática que permite gerenciar a complexidade tanto das relações entre mutações e níveis de resistência quanto do desenvolvimento e da atualização do software. Além disso, o HIVdag permite a comparação entre diferentes algoritmos de genotipagem e a avaliação imediata do impacto no tratamento dos pacientes da descoberta de novas mutações relacionadas a resistência. A velocidade e precisão dessa avaliação são de extrema importância para definições de estratégias para o tratamento dos pacientes e para compra e distribuição de medicamentos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro. Membro: Luciano Vieira de Araújo. |
| 3. | 2008-2010. Continuidade na Consolidação das linhas de pesquisa do mestrado em Ciência da Computação do DCT/UFMS Descrição: Edital CNPq ´Casadinho´ - Processo 620080/2008-6 - Edital nº 16/2008 - Faixa A Coordenador: Marcelo Heniques de Carvalho (UFMS) Valor Total: R$ 180.000,00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Henrique Mongelli - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 4. | 2008-2012. Estudo de propriedades ópticas de materiais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 5. | 2008-2016. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (5) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 6. | 2008-2016. INCT - Web Science Descrição: Instituto Nacional de Ciencia na Web -- membro do projeto, coordenadora na UNICAMP. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Integrante / Marco Antonio Casanova - Integrante / Carlos Jose Pereira de Lucena - Integrante / Maculan - Coordenador. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 7. | 2008-2009. MICAD - Mineração de Imagens Médicas por Conteúdo apoiando CAD: Aplicações em um Hospital Escola Descrição: O volume de dados e imagens gerados nos hospitais e clínicas médicas cresce a um ritmo cada vez mais acelerado, devido ao barateamento do custo de coletar e armazenar tais informações. O diagnóstico baseado em imagens pode ser grandemente aprimorado se o especialista da área médica puder recuperar de modo rápido e pertinente informações que o apoiem na tomada de decisão. Por exemplo, recuperar casos parecidos com o que está sendo analisado, verificar o inter-relacionamento entre itens de dado e tratamentos/resultados alcançados, bem como visualizar num piscar de olhos a evolução de casos semelhantes e já diagnosticados por colegas especialistas. Este projeto visa o desenvolvimento de técnicas e algoritmos que constituirão o arcabouço teórico e prático para o desenvolvimento de ferramentas que possibilitem compreender o inter-relacionamento entre as características das imagens (que as representam) e seu significado semântico, de modo a obter os dados mais relevantes para serem utilizados para responder consultas por similaridade para apoiar o processo de decisão na elaboração de diagnósticos médicos. Os resultados alcançados por este projeto serão aplicados a sistemas de arquivamento e recuperação de imagens médicas (PACS), permitindo alcançar um patamar mais elevado em tais sistemas. Ou seja, sistemas PACS que já organizam as imagens e dados e pacientes, passarão a apoiar a tomada de decisão para suporte ao diagnóstico médico por imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (7) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Renato Bueno - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Elaine Parros M de Sousa - Integrante / André Guilherme Ribeiro Balan - Integrante / Humberto Luiz Razente - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Monica Ribeiro Porto Ferreira - Integrante / Pedro Bugatti - Integrante / Marcelo Ponciano da Silva - Integrante / Luciana Alvim Romani - Integrante / Alceu Ferraz Costa - Integrante / Carolina Y V Watanabe Silva - Integrante / Júlio César Fradico - Integrante / Cristina Dutra Aguiar Ciferrii - Integrante / Maria Camila Nardini Barioni - Integrante / Sérgio Francisco da Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 10 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 8. | 2008-2010. Mineração Visual de Dados Multidimensionais: Tratamento do Componente Temporal e de Tópicos Descrição: : A evolução dos sistemas de mineração visual para apoiar tarefas de análise de dados de alta dimensionalidade e variantes no tempo representa um grande desafio, em vista da onipresença de tais tipos de dados. Esta proposta aborda o desenvolvimento de técnicas e ferramentas interativas de mineração visual para apoiar a análise de dois tipos de dados multidimensionais, a saber, coleções de documentos textuais e séries temporais. Temos pesquisado recentemente o desenvolvimento de técnicas para criar mapas visuais de coleções de documentos, nos quais estes são dispostos no plano com base na similaridade do seu conteúdo. Os mapas são gerados por técnicas de projeção multidimensional, ou de posicionamento de pontos, que permitem criar representações visuais interativas na forma de grafos, árvores, superfícies 3D, etc. Essas técnicas oferecem um arcabouço aplicável não apenas a documentos textuais, mas a dados multidimensionais em geral, tendo sido utilizadas, por exemplo, na visualização exploratória de coleções de séries temporais. No âmbito deste projeto pretendemos estender e refinar as técnicas já desenvolvidas para mineração visual de séries temporais, bem como tratar explicitamente o aspecto da evolução temporal na visualização de dados multidimensionais em geral, e de coleções de textos em particular. Nesse contexto, investigaremos o uso de tópicos extraídos automaticamente dos documentos textuais para apoiar a interação do usuário com mapas de documentos, bem como para favorecer a identificação de variações temporais no conteúdo de uma coleção. Pretende-se validar as técnicas e soluções por meio de sua aplicação a alguns domínios de interesse: laudos médicos (textuais); bancos de patentes e coleções de artigos científicos; e séries temporais oriundas de três domínios diversos, a saber, séries históricas de vazões registradas no sistema hidroelétrico brasileiro, séries associadas a estudos de propagação de doenças e séries financeiras.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / J. E. S. Batista Neto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 9. | 2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 10. | 2008-2010. Respostas fisiológicas e bioquímicas de três espécies de leguminosas tropicais às mudanças climáticas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 11. | 2008-2010. Uma Proposta para Consolidação e Expansão do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação do DCT-UFMS Descrição: Projeto de Cooperação Acadêmica - Procad/NF da CAPES Instituições: DCT/UFMS (principal), ICMC-USP, IME-USP, POLI-USP e IC-UNICAMP (colaboradoras) Edital Procad N° 01/ 2007 Varlor Total: R$ 240.000,00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Antonio Castelo Filho - Integrante / Marcelo Ferreira Siqueira - Integrante / Renata Pontin de Mattos Fortes - Integrante / Solange Oliveira Rezende - Integrante / Marcelo Henriques de Carvalho - Coordenador / Luis Gustavo Nonato - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / Marcelo Augusto dos Santos Turine - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 1. | 2007-2008. "Efeito agudo do exercício de força máxima e resistência de força no consumo de oxigênio durante corrida de caráter contínuo e intermitente" Descrição: A combinação de treinamento de força e resistência aeróbia é comum na rotina de atletas e indivíduos envolvidos em atividade física que precisam desenvolver tanto a força muscular quanto à potência aeróbia. Devido a suas programações e seus objetivos específicos, essas populações realizam o treinamento simultâneo de ambas as capacidades motoras durante um período de treino. Esse modelo de treino é chamado de treinamento concorrente (TC) e alguns estudos têm demonstrado que o treinamento de ambas as capacidades motoras pode produzir o chamado "efeito de interferência", reduzindo a magnitude das adaptações. Dentre as hipóteses que tentam explicar esse efeito de interferência estão: (a) a incapacidade do sistema neuromuscular se adaptar otimamente aos dois estímulos; (b) a freqüência, o volume e a intensidade do exercício, (c) a ordem na qual o exercício de força e o aeróbio são realizados; (d) e a fadiga proveniente da modalidade que é realizado primeiro. O efeito da fadiga resultante do exercício que é realizado primeiro na modalidade subseqüente é conhecido como hipótese aguda. Muitos estudos investigaram a influência que o exercício aeróbio exerce na produção de força, no entanto poucos estudos analisaram a interferência aguda que o exercício de força exerce no desempenho aeróbio. Visando analisar as possíveis alterações agudas no consumo de oxigênio e na concentração de lactato durante corrida de caráter contínuo (CONT) e intermitente (INT) após exercícios de força máxima (FMAX) e resistência de força (FRES), será realizado o estudo com aproximadamente 12 sujeitos do sexo masculino, com idade entre 18 e 30 anos fisicamente ativos. O consumo de oxigênio será avaliado em seis diferentes condições, duas condições controle (CONT) e (INT) e as quatro condições experimentais (FMAX + CONT, FMAX + INT, FRES + CONT, FRES + INT) durante corrida de 5 km na esteira. Cada condição experimental consistirá de exercícios de força para membros inferiores realizados no aparelho Leg. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Coordenador / Valmor Tricoli - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 2. | 2007-2009. Análise de imagens por sensoriamento remoto Descrição: A geometria dos elementos urbanistas de uma cidade e sua disposição, tais como: edificações, malha viária, áreas de lazer e áreas verdes, combinados com a forma de utilização e exploração dos recursos naturais pré-existentes na região, são atributos que interferem na qualidade de vida de seus moradores. Embora esses elementos definam as propriedades urbanistas de uma cidade ou uma região, sua determinação é subjetiva, ou seja não existe métodos qualitativos para aferi-los. A criação de uma ferramenta ou metodologia capaz de impor meios quantitativos a estas características urbanistas, permitirá novas possibilidades para a investigação em arquitetura e urbanismo. Deste modo, pretende-se neste trabalho, investigar a relação entre atributos subjetivos relacionados a qualidade de vida com características matemáticas, aferidas nas regiões. O estabelecimento desta relação permitirá a quantificação destes atributos urbanistas, tratados, até então, somente subjetivamente. O objetivo é correlacionar a análise de complexidade de imagens de sensoriamento remoto, por meio da estimativa da dimensão fractal, com características urbanísticas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Adriana Bortoleto Bruno - Integrante / Anderson Gonçalves Marco - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 3. | 2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 4. | 2007-2010. Análise Visual de Dados Complexos: Técnicas e Processos Descrição: Este projeto mantém o foco da pesquisadora em Mineração Visual de Dados, linha em que vem atuando desde 2001, até o momento bastante orientada ao desenvolvimento de técnicas de visualização exploratória e de mineração visual de uso geral. Nesta nova etapa, nossa meta é avançar na busca por soluções efetivas de análise de dados apoiadas por representações visuais interativas, explorando a rede de colaborações que vem sendo estabelecida nos últimos anos. Pretendemos atuar prioritariamente no tratamento dos seguintes problemas: o desenvolvimento de uma plataforma extensível de serviços de visualização de informação e mineração visual; a integração entre técnicas de mineração e de visualização de modo a ampliar a escalabilidade das últimas; bem como investigar o uso de representações visuais interativas para apoiar usuários em processos de mineração de dados, e de regras de associação em particular; e adaptações e extensões de técnicas de mineração visual de dados para aplicações específicas. (Processos CNPq 305861/2006-0 e 501777/2007-5.). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (3) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Haim Levkowitz - Integrante / Rosane Minghim - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6 Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 5. | 2007-2011. Banco de Dados para as pesquisas do programa Transtornos do Espectro Obsessivo-Compulsivo do Instituto de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP Descrição: A articulação e o cruzamento das informações geradas a partir dos diversos módulos do projeto temático FAPESP "CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA, GENÉTICA E NEUROBIOLÓGICA DO TRANSTORNO OBSESSIVO-COMPULSIVO E SUAS IMPLICAÇÕES PARA O TRATAMENTO" requerem uma infra-estrutura eficiente de armazenamento e recuperação de informação. Este projeto tem o objeivo de desenvolver um banco de dados para apoiar às necessidades de busca e recuperação de informações geradas neste projeto temático, atendendo os desafios computacionais nele envolvidos. Coordenadores: João Eduardo Ferreira e Ariane Machado Lima. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Beny Lafer - Integrante / Rodrigo da Silva Dias - Integrante / Rodrigo Müller de Carvalho - Integrante / Mina Cintho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 6. | 2007-2010. Bio-CORE -Biodiversity and COmputing Research (Edital Grandes Desafio, R$ 508 mil, 12 participantes - Computação e Biologia) Descrição: O objetivo do BIO-CORE (BIOdiversity and COmputing REsearch) é especificar e desenvolver ferramentas computacionais que permitam aos cientistas deste domínio gerenciar e compartilhar seus dados, auxiliando-os na construcao de modelos complexos e na análise e modelagem de ecossistemas, incluindo a descoberta de novos relacionamentos e interacoes entre espécies. O projeto se encaixa nos desafios 1 (gerenciamento de grandes volumes de dados) e 2 (modelos complexos). Participam pesquisadores da UNICAMP e da USP, em Computacao e Biologia.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (3) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Alexandre Xavier Falcao - Integrante / Thomas Michael Lewinsohn - Integrante / André Santanchè - Integrante / Cecilia Mary Fischer Rubira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Rodolfo Jardim de Azevedo - Integrante / Antonia Cecilia Zacagnini Amaral - Integrante / André Victor Lucci Freitas - Integrante / Paulo Inácio de Knegt López do Prado - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 7. | 2007-2007. Composição, estrutura e implicações filogenéticas da parede celular de pteridófitas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 8. | 2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 9. | 2007-2010. eFARMS - A two-way road into the networked world for small farms (Instituto Virtual FAPESP-Microsoft Research, R$ 193000,00, 6 pesquisadores em Computacao e Ciencias Agrarias.) Descrição: O e-Farms é um projeto multidisciplinar de P D em Computação e Ciências Agrárias. Visa resolver problemas teóricos e aplicados motivados por 2 necessidades da população brasileira (a) investigar soluções de baixo custo, usando redes sem fio, para permitir a comunicação de dados em áreas rurais com infra-estrutura limitada; e (b) desenvolver modelos, métodos e algoritmos para o gerenciamento, integração e análise de dados provenientes de sensores (no solo e a bordo de satélites), para apoio à decisão no planejamento agrícola. Os usuários-alvo são pequenos agricultores e suas cooperativas. A "estrada de mão dupla" do título denota que as fazendas serão incorporadas ao mundo em rede não só para receber informação (e melhorar a lavoura), mas também para fornecer dados (via sensores) e feedback de agricultores, com isto ajustando modelos e influenciando decisões regionais e nacionais. O projeto será acompanhado e validado por especialistas de uma cooperativa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (5) / Doutorado: (3) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Rubens Augusto Camargo Lamparelli - Integrante / Jansle Vieira Rocha - Integrante / Sandro Rigo - Integrante / Omar Carvalho Branquinho - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 10. | 2007-2009. Estudo de Filmes de Langmuir e automontados Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 11. | 2007-2009. Estudos de métodos de análise de complexidade em imagens utilizando caminhadas deterministas Descrição: A complexidade é uma característica relevante nos processos de reconhecimento de padrões, em especial envolvendo imagens biológicas. Este projeto tem como objetivo propor o estudo de métodos que realizam a análise de imagens por meio de sua complexidade. Os métodos a serem estudados são: dimensão fractal e caminhadas deterministas. Estes métodos realizam a análise e segmentação de formas ou texturas contidas em uma imagem com base na variação da sua complexidade. Enquanto que a dimensão fractal vem sendo utilizada com êxito para esta finalidade, o método de caminhadas deterministas faz parte de estado da arte em complexidade. Os trabalhos a serem desenvolvidos visam comparar e analisar os métodos selecionados por meio de experimentos com imagens de forma e texturas. Com base no conhecimento adquirido no decorrer da pesquisa, os seguintes objetivos são propostos: 1) desenvolver novas técnicas voltadas para a análise de imagens e reconhecimento de padrões e 2) realizar experimentos com estas metodologias em aplicações de Bioinformática visando a caracterização de macro e micro imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / André Ricardo Backes - Integrante / Dalcimar Casanova - Integrante / Alexandre Souto Martinez - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 12. | 2007-2016. FAPESP - 2006/61.333-3 - Núcleo de pesquisa em neuroimagem pré-clínica (Centro de Neuroimagem Experimental). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Integrante / Edson Amaro Junior - Coordenador / Rodrigo Bressan - Integrante / Luiz A Franco de Andrade - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 13. | 2007-2009. Genome Network Project Descrição: Construção de uma plataforma computacional para análise de dados biológicos em larga escala.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: André Fujita - Integrante / Satoru Miyano - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Educação, Cultura, Esportes, Ciência e Tecnologia do Japão - Auxílio financeiro. Membro: André Fujita. |
| 14. | 2007-2011. Gerenciamento na Web de bancos de dados de imagens de satelite para monitoramento agro-ambiental (binacional, Alemanha) R$ 43.000,00, 6 pesquisadores Descrição: O objetivo do projeto é estabelecer cooperação de pesquisa entre o Instituto de Computação da UNICAMP, a UNIFACS e a International University of Bremen (IUB) para a integração de grandes volumes de imagens de satélite, para sistemas de informação online, aplicados ao planejamento agro-ambiental. Este projeto multidisciplinar combina vários aspectos de pesquisa em Tecnologia da Informação, visando uma área social e economicamente relevante em todo o mundo -- a agricultura. A pesquisa se baseia na experiência dos participantes em projetar e desenvolver grandes bancos de dados científicos. Do lado brasileiro, o projeto está relacionado ao WebMAPS II, projeto recém aprovado no edital Universal do CNPq, que visa resolver problemas no gerenciamento de dados científicos para a agricultura. Faz parte de uma atividade continuada de pesquisa, coordenada na UNICAMP pela proponente brasileira, juntando pesquisadores em computação e em Ciências Agrárias, com vários alunos de mestrado e doutorado. Um dos problemas em aberto é encontrar mecanismos eficientes para construir e organizar grandes bancos de dados de imagens de satélite e dados de redes de sensores. Este é o problema alvo do projeto binacional. Do lado alemão, os proponentes têm muita experiência em pesquisa envolvendo estes tipos de dados. A IUB há anos explora servicos avancados para gerenciamento de dados multidimensionais, como colecões de imagens 2D, séries temporais de imagens 3D (x/y/t), e dados oceanográficos e atmosféricos em 4D (x/y/z/t). A plataforma tecnológica usada, Rasdaman ("raster data manager"), desenvolvida na IUB, permite o gerenciamento desses dados em bancos de dados convencionais, facilitando interoperabilidade. O Rasdaman já recebeu vários prêmios de inovação e é usado por agências européias de mapeamento e pela indústria de mineração. O grupo da IUB é também ativo no consórcio mundial de padronização de dados geográficos Open GeoSpatial Consortium Fi. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / André Santanchè - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 15. | 2007-2009. IDENTIFICAÇÃO DE RNAS NÃO CODIFICANTES EM TRANSTORNOS NEUROPSIQUIÁTRICOS E DOENÇAS RELACIONADAS AO ENVELHECIMENTO CEREBRAL Descrição: Projeto de pesquisa envolvendo uma pos doc e uma pesquisadora CNPq Projeto nº 479742/2007-3. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto de Braganca Pereira - Coordenador / Helena Bretani - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Carlos Alberto de Braganca Pereira. |
| 16. | 2007-2011. Identificação de RNAs não codificantes em transtornos psiquiátricos e envelhecimento cerebral Descrição: RNAs não codificantes (ncRNAs) são RNAs funcionais que, ao invés de serem traduzidos para proteínas, desempenham eles mesmos diversas atividades importantes. Muitos deles exercem um papel regulatório do mecanismo de expressão gênica, controlando a atividade de diversos genes, codificantes ou não. Mutações ou a má regulação desses ncRNAs estão relacionadas com diversas doenças como enfarto, câncer e transtornos neurológicos e transtornos neuropsiquiátricos (TNPs). Um transtorno neuropsiquiátrico de relevância mundial é conhecido como Transtorno Obsessivo-Compulsivo (TOC). O TOC é um transtorno que causa acentuado sofrimento e/ou prejuízo funcional e que afeta aproximadamente 1 a 3\% da população mundial. A exemplo de outros TNPs, ainda não foi identificado nenhum ncRNA associado ao TOC. No entanto, recentes e constantes descobertas têm revelado o envolvimento dessas moléculas em muitos TNPs. Dentre esses TNPs estão Alzheimer, epilepsia, X frágil, Parkinson, ataxia espinocerebelar, doenças de príons, esquizofrenia, síndrome de Tourette e de Prader-Willi, sendo que as três últimas apresentam comorbidade com TOC. Além de associação com transtornos, vários ncRNAs exercem importantes papéis no desenvolvimento normal do sistema nervoso central e de várias outras atividades celulares. É esperado que muitos ncRNAs ainda não tenham sido identificados. Desta forma, novos ncRNAs envolvidos em TNPs podem estar ocultos nas regiões ``intergênicas'' e intrônicas. Considerando essas evidências, acreditamos que devam existir ncRNAs envolvidos não só em TOC como também em um amplo espectro de TNPs. A descoberta desses ncRNAs e de seus envolvimentos com os vários TNPs pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias. A fim de iniciar esse processo de descoberta, este projeto propõe a realização de uma seleção de ncRNAs já conhecidos e de uma busca por novos ncRNAs, ambos potencialmente relacionados com TNPs, incluindo TOC. O projeto também inclui uma validação inicial de candida. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) . Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Carlos Alberto de Bragança Pereira - Integrante / Helena P. Brentani - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Ana G. Hounie - Integrante / Carolina Cappi - Integrante / Lea Grindberg - Integrante / Wilson Jacob Filho - Integrante / Kátia Oliveira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T A: 1 Membro: Ariane Machado Lima. |
| 17. | 2007-2010. INFLUÊNCIA DOS TREINAMENTOS DE FORÇA E DE POTÊNCIA NAS ADAPTAÇÔES NEURAIS, MORFOLÓGICAS, DE RIGIDEZ E NA REALIZAÇÃO DAS ATIVIDADES DA VIDA DIÁRIA EM IDOSOS Descrição: A sarcopenia interfere na funcionalidade de idosos, provocando diminuição da força e da velocidade dos movimentos, ocasionando muitas quedas, principal causa de morbidade. Porém, o sistema neuromuscular mantém parte da sua plasticidade; exemplos são os ganhos adquiridos com o treinamento de força (TF).Mas, algumas pesquisas demonstram que, apesar dos ganhos morfológicos e neurais produzidos pelo TF, estes não são suficientes para aumentar a funcionalidade de idosos. A literatura sugere maior eficiência do treinamento de potência (TP) no aumento do stiffness (produzindo assim, melhorias em tarefas que envolvem a utilização do ciclo alongamento e encurtamento, como a marcha), na melhoria da funcionalidade e na diminuição do risco de quedas. Entretanto, as adaptações decorrentes do TP no sistema neuromuscular ainda não estão completamente elucidadas. Dessa forma, objetivamos investigar os efeitos dos treianmentos de força e potência nas adaptações neuromusculares (neurais e morfológicas) e no stiffness de estruturas corporais em idosos submetidos ao treinamento de força e potência. Além de avaliar como as adaptações decorrentes estão associadas ao grau de deficiência, às alterações cinéticas e cinemáticas na marcha e à capacidade de executar atividades da vida diária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Coordenador / André Luis Félix Rodacki - Integrante / Valmor Alberto Augusto Tricoli - Integrante / Eduardo Kokubum - Integrante / Gleber Pereira - Integrante / Cláudia Forjaz - Integrante / André Fábio Kohn - Integrante / Marco Túlio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 18. | 2007-2009. MultiVis: Múltiplo Mapeamento Visual de Dados Complexos de Alta Dimensionalidade Descrição: Os dois problemas específicos que pretendemos tratar dentro deste contexto referem-se: 1) aos aspectos de coordenação entre as várias técnicas e as várias modalidades de visualização e mineração; e 2) aos aspectos da análise de evolução nos tempo de dados de diversos tipos, principalmente das coleções de documentos. Com este projeto desejamos viabilizar a disponibilização de um servidor confiável com todas as técnicas já desenvolvidas e as futuras, equipar o laboratório para os atuais e próximos trabalhos do grupo, e viabilizar os dois intercâmbios internacionais estabelecidos no grupo, um com a Holanda (envolvendo a Technological University Delft e uma firma, em Delft, chamada Treparel) e outro com a University of Massachusetts Lowell - EUA, para expandir a discussão dos problemas tratados pelo grupo. Financiamento CNPq R$ 74500,00. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) . Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Haim Levkowitz - Integrante / Alneu de Andrade Lopes - Integrante / Sérgio Furuie - Integrante / Charl P. Botha - Integrante / Anton Heijs - Integrante. Membro: Rosane Minghim. Descrição: O avanço da tecnologia da informação tem disponibilizado uma enorme quantidade de dados, oriundos das mais diversas fontes. A carência de técnicas adequadas para analisá-los gera um grande acúmulo e uma grande demanda por soluções computacionais para a interpretação das informações neles contidas. Além disso, estima-se que aproximadamente 85% de toda a informação corporativa está disponível em forma não estruturada, em arquivos de texto, sendo que diversas aplicações se baseiam em texto como forma central de representação de informação. Pesquisadores do grupo de visualizaçãodo ICMC têm investigado a integração de técnicas de vários domínios para possibilitar a análise de ados multi-dimensionais (tabulares e textuais) em diversos projetos de desenvolvimento e aplicação de técnicas de análise de dados com forte componente visual (mineração visual de dados) (http://infoserver.lcad.icmc.usp.br/infovis2). Recentement, este trabalho tem focalizado em técnicas de projeçãoo e posicionamento de pontos para tratamento de dados multi-dimensionais. Em especial, a pesquisa em mineração visual de coleções de documentos vem obtendo resultados expressivos, com produção de protótipos, publicação de artigos científicos, e apresentação de palestras e tutoriais. Este projeto dá continuidade à atuação do grupo em análise visual de dados complexos, abordando principalmente a maior integração de técnicas de mineraçãoao processo visual de análise de dados, e o interfaceamento da análise de dados tabulares e textuais com outras modalidades de apresentação, como visualizações a partir de imagens. Dois problemas específicos serão tratados neste contexto: 1) a coordenação entre as várias técnicas e as várias modalidades de visualização e mineração; e 2) a análise da evolução no tempo de dados de diversos tipos, principalmente das coleções de documentos. (Projeto Universal CNPq, Processo 484256/2007-6). Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (4) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Alneu de Andrade Lopes - Integrante / Rosane Minghim - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. Descrição: Descrição: Os dois problemas específicos que pretendemos tratar dentro deste contexto referem-se: 1) aos aspectos de coordenação entre as várias técnicas e as várias modalidades de visualização e mineração; e 2) aos aspectos da análise de evolução nos tempo de dados de diversos tipos, principalmente das coleções de documentos. Com este projeto desejamos viabilizar a disponibilização de um servidor confiável com todas as técnicas já desenvolvidas e as futuras, equipar o laboratório para os atuais e próximos trabalhos do grupo, e viabilizar os dois intercâmbios internacionais estabelecidos no grupo, um com a Holanda (envolvendo a Technological University Delft e uma firma, em Delft, chamada Treparel) e outro com a University of Massachusetts Lowell - EUA, para expandir a discussão dos problemas tratados pelo grupo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Vieira Paulovich - Integrante / Alneu Andrade Lopes - Integrante / Haim Levkowitz - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Charl P. Botha - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Fernando Vieira Paulovich. |
| 19. | 2007-2010. O efeito do CO2 sobre a biomassa de açaí e mata pasto e suas consequências para produção de energia elétrica em sistemas isolados na Amazônia Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Centrais Elétricas do Norte do Brasil - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 20. | 2007-2010. Redes complexas: uma abordagem por mineração de dados Descrição: A partir de resultados empíricos obtidos de redes sociais, sistemas biológicos e redes de informação, surgiu a teoria das redes complexas, que tem sido largamente estendida com o desenvolvimento de um considerável conjunto de medidas e modelos para caracterizar, comparar e representar sistemas complexos. Apesar de tais progressos, a caracterização, análise e classificação de redes complexas têm se restringido a um limitado número de medidas, implicando em resultados muitas vezes incorretos. Por isso, os modelos existentes atualmente não são precisos o suficiente para representar a maioria das redes reais. Para uma análise mais profunda, e portanto um aperfeiçoamento dessa área de pesquisa, nós propomos a utilização de técnicas de mineração de dados na análise de redes a fim de utilizarmos diferentes métodos de classificação para obtermos melhor compreensão a respeito da estrutura e dinâmica das redes, bem como modelos mais precisos. Este estudo permitirá a construção de uma taxonomia para redes complexas e analisar diferentes métodos de classificação. A importância das medidas de redes na discriminação de sua estrutura e dinâmica também será analisada via mineração de dados. Finalmente, pretendemos aplicar os progressos obtidos na análise de redes reais, como a rede de interação de proteínas, considerando aspectos relacionados à letalidade e função da proteínas, redes semânticas, redes de computação distribuída, além da Internet e World Wide Web.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Francisco Aparecido Rodrigues - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Francisco Aparecido Rodrigues. |
| 21. | 2007-2016. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador / Pedro Paulo de Souza Bento da Silva - Integrante / Pedro L. Takecian - Integrante. Financiador(es): National Institure of Health- USA - Cooperação. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 22. | 2007-2016. TREINAMENTO CONCORRENTE - identificação de mecanismos responsáveis pela competição entre as adaptações. Descrição: Diversos atletas incorporam em suas rotinas de treinamento exercícios de força motora e resistência aeróbia simultaneamente, essa combinação é conhecida como treinamento concorrente (TC). Contudo esse modelo de treinamento tem demonstrado uma queda no desempenho de força. A queda na produção de força tem sido chamada de ?fenômeno da interferência?, e tem sido atribuída a diversos fatores. Uma opção para determinar o fator responsável pela ocorrência da interferência seria através de uma análise envolvendo diferentes níveis hierárquicos do processo adaptativo. Um bom candidato seria as adaptações em nível muscular. As adaptações moleculares que regulariam essas alterações nos diferentes componentes da fibra em resposta ao treinamento de força (TF) e ao treinamento de resistência aeróbia (TRA) isoladamente, apesar de pouco compreendidos, começam a ser elucidados. Existe evidência demonstrando que a resposta a um dos estímulos isoladamente TF ou TRA, resultaria em adaptações específicas, e que uma das quinases fosforilada durante o TRA (AMPK) inibiria as quinases (AKT) que regulam a síntese protéica durante o TF. Desta maneira, este projeto pretende investigar as adaptações morfológicas nas miofibrilas, retículo sarcoplasmático (RS), mitocôndrias e a expressão das quinases que regulam essas adaptações.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Coordenador / Valmor Tricoli - Integrante / Anselmo S. Moriscot - Integrante / Marcelo S. Aoki - Integrante / Patricia Chakar Brum - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 1. | 2006-2016. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2006-2010. Controle molecular das propriedades de filmes orgânicos e aplicação em dispositivos luminescentes e sensores Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Osvaldo Novais de Oliveira Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro. Membro: Osvaldo Novais de Oliveira Junior. |
| 3. | 2006-2008. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2006-2011. Coordenador: Projeto Temático FAPESP: Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 5. | 2006-2010. Early-Onset Parkinson s Disease: an integrated genetic, neuroimaging and neuropsychological approach - Fundação Edmund Safra, Genebra, Suiça Descrição: .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 6. | 2006-2008. Efeito da combinação dos métodos de treinamento de força e vibração sobre a economia de corrida Descrição: Economia de corrida é uma variável que determina o desempenho em provas de longa distância e que é fortemente dependente do stiffness neuromuscular. Os métodos de treinamento de força convencional e de pliometria são intervenções que melhoram o stiffness neuromuscular e, conseqüentemente, a EC. Outra intervenção eficiente em melhorar o stiffness neuromuscular é o treinamento de vibração, que consiste em submeter os músculos a movimentos oscilatórios de intensidade controlável, através do uso de uma plataforma vibratória, por exemplo. A combinação dos métodos de treinamento de vibração e de força convencional provoca melhoras ainda mais expressivas no stiffness em comparação àquelas produzidas pelo treinamento de força convencional isolado. Não se sabe, no entanto, se essa melhora adicional, produzida pelo método de vibração, pode ser refletida em um maior ganho na EC. Portanto, o objetivo desse estudo será verificar se o treinamento de força realizado sobre a plataforma vibratória é mais eficiente em aumentar a EC do que o treinamento de força realizado fora da plataforma (treinamento de força convencional).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Integrante / Valmor Tricoli - Coordenador / Júlio Cerca Serrão - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 7. | 2006-2008. Estrutura genética das amostras de Escherichia coli enteropatogênica atípica e suas relações genéticas com outros patotipos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 8. | 2006-2009. MIRVisIM - Mineração, Indexação, Recuperação e Visualização de Dados em Sistemas de Arquivamento de Imagens Médicas Descrição: Este projeto visa propor e implementar novas técnicas e ferramentas que permitam extrair o conhecimento inerente a exames médicos por imagens, aumentando a funcionalidade de um sistema PACS em desenvolvimento (cbPACS). O ferramental a ser desenvolvido depende de quatro vertentes de pesquisa, desde o suporte básico do desenvolvimento de técnicas de extração de características de imagens de modo a propiciar sua recuperação por conteúdo e efetuar consultas por similaridade; o desenvolvimento e aprimoramento de métodos de acesso eficientes para processar tais consultas de modo rápido e efetivo; o desenvolvimento de técnicas de mineração de dados através de regras de associação e seleção de atributos. Todas as vertentes anteriores serão suportadas por técnicas de visualização de dados que serão propostas e implementadas visando auxiliar o desenvolvimento e afinamento dos algoritmos das vertentes anteriores. A recuperação de imagens por conteúdo vale-se da extração de características das imagens, porém as características extraídas individualmente têm pouco significado de forma isolada para a busca de imagens específicas. Assim, para que as consultas por similaridade recuperem imagens significativas em aplicações destinadas ao usuário final, é necessário que as consultas especifiquem detalhadamente como as características devem ser comparadas, integrando diversas características na mesma consulta. Este projeto objetiva também disponibilizar ferramental para auxiliar o preparo das consultas que serão embutidas em aplicativos para o usuário final. Para atingir tal meta, o projeto deve explorar a utilização de maneira integrada de quatro recursos: sistemas de bancos de dados relacionais; indexação de dados em domínios métricos; consultas por similaridade; e mineração de imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (9) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Renato Bueno - Integrante / Paulo Mazzoncini de Azevedo Marques - Integrante / Elaine Parros M de Sousa - Integrante / Joaquim Cézar Felipe - Integrante / Natália Abdala Rosa - Integrante / Gisele Busichia Baioco - Integrante / Carolina Yukari Veludo Watanabe - Integrante / Ana Paula Appel - Integrante / André Guilherme Ribeiro Balan - Integrante / Humberto Luiz Razente - Integrante / Adriano Arantes Paterlini - Integrante / Ives Rene Venturini Pola - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / Cristina Ciferri - Integrante / José Fernando Rodrigues Jr. - Integrante / Maria Camila N. Barione - Integrante / Thiago Galbiatti Vespa - Integrante / Ana Lucia Filardi - Integrante / Monica Ribeiro Porto Ferreira - Integrante / Rodrigo Fálico Teodoro de Faria - Integrante / Rodrigo Nishihara Adão - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 47 / Número de orientações: 13 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 9. | 2006-2011. Modelagem por redes e tecnicas de reconhecimento de padroes. Descrição: Desenvolvimento e aplicacoes de redes e teorias dos grafos, sob os pontos de vista de estrutura, dinamica e acpliacoes, para representacao e modelagem de imagens e sistemas biologicos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 10. | 2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 11. | 2006-2012. Producing and publishing component-based digital content building blocks (HP) - US$ 50.000 Descrição: Communities are discovering the benefits of strategies to promote digital content distribution, reuse and customization, help spatially distributed groups to work together. This project received a grant from HP -USA to develop new techniques based on Digital Content Components for Digital Publishing.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / André Santanchè - Integrante. Financiador(es): Hewllet Packard Co. - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 12. | 2006-2013. Projeto Cinapce Descrição: Neste projeto, caberá ao nosso grupo desenvolver novos métodos para análise e processamento de imagens 3D obtidas por ressonância magnética na pesquisa da epilepsia.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Integrante / A Tannus - Coordenador / L Mello - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Universidade Federal de São Paulo - Cooperação / Instituto de Fisica de Sao Carlos - Cooperação. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 13. | 2006-2010. Reconstrução de faces 3D através de espaços de componentes principais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante / VELHO, L. - Integrante. Número de produções C, T A: 10 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 14. | 2006-2011. Redes gênicas artificiais Descrição: No contexto biológico, as células podem ser vistas como redes de moléculas conectadas por reações químicas. O desenvolvimento de técnicas massivas para coleta de dados, como microarrays de cDNA e SAGE, permitem a verificação simultânea dos estados dos genes em múltiplos instantes de tempo. Uma questão importante na biologia computacional é como os genes são regulados e como eles interagem por meio de redes gênicas. Alguns métodos computacionais já foram desenvolvidos para identificar essas redes a partir de dados de expressão gênica. No entanto, existe uma questão importante continua em aberto: como validar tais redes recuperadas? Este trabalho apresenta uma nova abordagem para validar redes identificadas por métodos computacionais, considerando três aspectos principais: geração de redes gênicas artificiais (AGNs); métodos computacionais para identificação de redes gênicas; validação das redes identificadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / David Corrêa Martins Jr - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Evaldo Araújo de Oliveira Filho - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa. Número de produções C, T A: 25 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 15. | 2006-2011. Respostas Fisiológicas de plantas às Mudanças Climáticas Globais Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa do Agronegócio - Auxílio financeiro. Membro: Marcos Silveira Buckeridge. |
| 16. | 2006-2008. Treinamento força com vibração: Análise dos fatores determinantes da melhora no desempenho do salto vertical Descrição: O salto vertical é uma habilidade importante para muitos esportes. Há fortes evidências de que seu desempenho é determinado pela força muscular e pelo controle motor. Deste modo, a fim de promover melhoras no desempenho do salto é preciso utilizar métodos de treinamento que atuem sobre ambos componentes. Estudos demonstraram que a melhor estratégia, para esse propósito, é utilizar um método de treinamento de força combinado com o treinamento de saltos. Recentemente, no entanto, demonstrou-se que o treinamento de vibração pode produzir melhoras no desempenho da força e do salto vertical, comparáveis às obtidas com o método de treinamento de força isolado. O treinamento de vibração é realizado sobre uma plataforma que produz pequenos e rápidos movimentos oscilatórios que se propagam pelo corpo todo. Essa estratégia de treinamento está causando grande interesse na comunidade científica e motivando uma série de estudos. Entretanto, até o momento nenhum estudo analisou o efeito de combinar o treinamento de força sobre a plataforma vibratória com o treinamento de saltos. A realização do treinamento de força sobre a plataforma vibratória poderia produzir ganhos mais expressivos na força muscular, enquanto a combinação com o treinamento de saltos promoveria o ajuste necessário do controle motor exigido quando novos níveis de força são adquiridos. Portanto, essa estratégia deveria produzir ganhos mais expressivos no desempenho do salto em comparação ao treinamento convencional de força e saltos e ao treinamento de força sobre a plataforma isolado.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Carlos Ugrinowitsch - Integrante / Mark D Ricard - Integrante / Valmor Alberto Augusto Tricoli - Coordenador / André Fábio Kohn - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Carlos Ugrinowitsch. |
| 17. | 2006-2008. WebMAPS II - (Universal CNpq, R$ 48.000,00, 8 docentes, em Computação e Eng. Agricola) Descrição: O WebMAPS II é um projeto multidisciplinar em Computação e em Ciências Agrárias, de 2 anos de duração. Visa atacar problemas teóricos e de implementação, na área de gerenciamento de dados científicos, especialmente os produzidos por sensores (satélites e redes meteorológicas). Envolve pesquisa em dois dos Grandes Desafios do seminário organizado pela Sociedade Brasileira de Computação: (1) Gestão da Informação em grandes volumes de dados multimídia distribuídos e (2) Modelagem Computacional de Sistemas Complexos Artificiais, Naturais, sócio-culturais e da interação homem-natureza A pesquisa proposta dá continuação ao projeto WebMAPS apoiado por um edital Universal em Computação (set. 2003 - mar 2006), cujos resultados foram: software (protótipo Web), publicações (10 artigos revistas internacionais, 25 artigos em congresso - 10 internacionais) e formação de 11 mestres e 2 doutores em Computação e em Ciências Agrárias. Durante este primeiro projeto, foram descobertos vários novos problemas de pesquisa multidisciplinar, que serão atacados nesta continuação. O WebMAPS II disponibilizará, na Web, o resultado do processamento de dados científicos heterogêneos de diversas fontes, a partir da especificação de serviços Web que gerenciem estes dados. O objetivo final é o estabelecimento de uma plataforma base para a formulação, implementação e avaliação de políticas integradas de planejamento agrícola. Haverá interação com iniciativas de pesquisa do mesmo tipo, na América do Norte e Europa, com contatos já estabelecidos durante a realização do primeiro projeto. Os problemas a resolver exigem pesquisa de ponta multidisciplinar combinando trabalho em aspectos básicos e aplicados de Computação, motivados por problemas em Ciências Agrárias. Serão especialmente estudados pontos em aberto nas áreas de grandes bancos de dados multimídia e algoritmos para manipulá-los, engenharia de software de grandes sistemas, processamento digital de imagens, redes de alto desempenho, e. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Maria Cecilia Calani Baranauskas - Integrante / Neucimar Jeronimo Leite - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Jurandir Zullo Jr - Integrante / Rubens Augusto Camargo Lamparelli - Integrante / Jansle Vieira Rocha - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 1. | 2005-2014. ANTARES Descrição: ANTARES é uma rede sul-americana criada em 2003 com o apoio do IOCCG (International Ocean-Colour Coordinating Group), do POGO (Partnership for the Observation of the Global Oceans) e com financiamento inicial de um projeto pelo IAI (Inter American Institute for Global Change Research). O objetivo principal da rede ANTARES é o estudo de mudanças de longo período nos ecossistemas costeiros em torno da América do Sul, para distinguir aqueles devidos à variabilidade natural daqueles devidos a perturbações externas (efeitos antrópicos). Para alcançar este objetivo se propõe padronizar e aperfeiçoar uma série de medições realizadas em estações de séries temporais existentes. isto permitirá a criação de uma base de dados consistente em escala continental que poderá servir para o desenvolvimento e validação de algoritmos usados na obtenção de informações oceanográficas por satélites, tais como, a temperatura da superfície do mar e a concentração de clorofila a. Esta base de dados integrada com dados in situ da zona costeira que rodeia a América do Sul não será somente utilizada pelos pesquisadores da rede empenhados em alcançar seus objetivos científicos, mas também, pelo público em geral com propósitos educacionais e de gerenciamento ambiental. Espera-se que esta iniciativa contribua para o desenvolvimento social e econômico das áreas envolvidas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Integrante / Salvador Airton Gaeta - Integrante / M Kampel - Coordenador. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 4 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 2. | 2005-2007. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 3. | 2005-2008. FAPESP 2004/14.029-1 - Obtenção de Biomarcadores para Diagnóstico, Prognóstico e Identificação de Alvos Terapêuticos em Tumores por Estudo de Expressão Gênica Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Beatriz Costa Aguiar Alves - Integrante / Patrícia Severino - Integrante / Patricia Locosque Ramos - Integrante / Oswaldo Keith Okamoto - Integrante / Helena Brentani - Integrante. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 4. | 2005-2008. Influencia do Valo Grande nas condições hidrográficas e o na comunidade planctônica da região norte do sistema estuarino-lagunar de Cananéia-Iguape Descrição: O Sistema Estuarino-Lagunar de Cananéia-Iguape, localizado a 25ºS no estado de São Paulo, é um ecossistema altamente complexo apresentando duas conexões principais com o oceano, ao sul - Barra de Cananéia - e ao norte - Barra de Icapara -, sendo que nesta última localiza-se o maior aporte de água doce do sistema, o canal artificial do Valo Grande. Os aportes de água doce provenientes deste canal influenciam significativamente a dinâmica da região e transportam materiais que interferem no metabolismo e processos físicos do sistema (material em suspensão - assoreamento; metais pesados - bioacumulação). Apesar da problemática que representa, existem poucos estudos na região norte. No presente estudo pretende-se quantificar os aportes derivados do Valo Grande para o interior do sistema, determinando a influência quanto aos nutrientes, material em suspensão, comunidade fitoplanctônica e bacterioplanctônica, produtividade primária e secundária, partículas exopoliméricas transparentes, metais pesados. Assim como quantificar o transporte de propriedades entre o sistema e o oceano adjacente.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Integrante / Daniela Rimoldi Cunha - Integrante / Newton Aquino - Integrante / Sônia Maria Flores Gianesella - Coordenador / Juan Alba - Integrante / Flávia Marisa P Saldanha Correa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 5. | 2005-2008. MineVisD: Plataforma Extensível para Mineração Visual de Dados: Desenvolvimento e Aplicações Descrição: Visualização de Informação e Mineração Visual de Dados tratam do uso de metáforas visuais para apoiar as pessoas em tarefas de análise e exploração de dados. Modelos gráficos e estratégias de interação podem apoiar a exploração dinâmica de dados de natureza abstrata, que não possuem necessariamente uma representação espacial inerente. O incessante aumento no tamanho dos volumes de dados coletados/simulados, bem como a sua crescente complexidade, introduzem grandes desafios para os processos de análise e de extração de conhecimento a partir desses dados. Técnicas de Visualização Multidimensional podem apoiar a representação dos vários estágios de um processo de extração de conhecimento, inclusive na etapa de mineração. A evolução e barateamento dos recursos gráficos e o amadurecimento da Visualização de Informação, permitem repensar os algoritmos de mineração, que podem agora incorporar representações visuais interativas que transmitam significado aos usuários nas diversas etapas de sua execução. A grande vantagem é a inserção do ser humano nesse processo. Representações visuais interativas podem, dessa forma, contribuir para a execução de processos de extração de conhecimento (a partir de dados) mais acessíveis e interpretáveis (pelos seus usuários 'finais'), com conseqüentes ganhos de efetividade. Esse projeto dá continuidade à atuação desta pesquisadora nessa linha, focalizando em alguns problemas específicos associados a técnicas de visualização e ao seu uso. (Edital CNPq Universal 019/2004, Processo CNPq. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Haim Levkowitz - Integrante / Rosane Minghim - Integrante / José Carlos Maldonado - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 6. | 2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 7. | 2005-2007. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L Velho - Coordenador. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 8. | 2005-2010. Produtividade, Sustentabilidade e Utilização do Ecossistema do Banco de Abrolhos (PRO-ABROLHOS) Descrição: O Banco de Abrolhos abrange alguns dos mais importantes ecossistemas marinhos do Brasil, apresentando a maior biodiversidade do Atlântico Sul e abrigando diversas espécies de animais ameaçados de extinção. Tais ecossistemas exercem profunda influência na dinâmica econômica e social da costa leste brasileira. O Banco dos Abrolhos foi recentemente classificado como "Área de Extrema Importância Biológica" pelo Ministério do Meio Ambiente. A manutenção dessa biodiversidade depende da interação entre processos oceanográficos com três escalas espaciais diferentes: de plataforma continental, de talude e regiões oceânicas, e de estuários. Fenômenos climáticos, associados a mudanças globais, adicionam complexidade a esses processos. O objetivo geral da proposta é a investigação do funcionamento e manutenção do ecossistema marinho sobre o Banco de Abrolhos, visando o entendimento de possíveis variações bem como o gerenciamento racional de seus recursos biológicos. A meta principal é a aquisição de informações sobre a estrutura e o funcionamento dos ecossistemas do Banco de Abrolhos e áreas adjacentes, gerando subsídios para a gestão sustentável de seus recursos naturais. Tal abordagem enfatizará a conservação da diversidade biológica dessa importante região em seus três níveis: diversidade genética, específica e ecossistêmica. A metodologia inclui cruzeiros oceanográficos de diversos tipos, com navio oceanográfico e embarcações menores, sensoriamento remoto da superfície do mar e modelagem numérica. Ao término do projeto serão disponibilizadas ferramentas para o aprimoramento da discussão sobre limites de exploração de recursos e o estabelecimento de zonas de amortecimento ambiental das unidades de conservação da área. O projeto está em fase final, de redação de artigos científicos. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (2) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 9. | 2005-2006. RECOS - Recursos Costeiros Descrição: O projeto avaliou a variação espacial e sazonal da estrutura da comunidade planctônica na superfície ao longo do gradiente de salinidade em dois transectos amostrais. O primeiro abrange áreas controle, com condições ambientais bem preservadas, e o segundo sob impacto direto da poluição antropogênica no eixo leste-oeste da Baía de Paranaguá propriamente dita, oriunda de atividades portuárias e despejo urbano.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / Frederico Pereira Brandini - Integrante / José Eduardo Martinelli Filho - Integrante / Leonardo Kenji Miyashita - Integrante. Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 10. | 2005-2007. Software de Alto Desempenho para Aplicações em Educação Baseada em Realidade Virtual Descrição: Este projeto tem por objetivo modelar, desenvolver e integrar um software para aplicação em treinamento médico realista e simulado baseado em realidade virtual (RV). As rotinas envolvem visualização 3D, interação háptica (força + tato), deformação de modelos e avaliação online. Tais rotinas deverão ser desenvolvidas sob plataforma livre (Linux) com ferramentas de domínio público visando a redução dos custos de aplicações desta natureza, permitindo difundir tecnologia. Como produtos serão gerados: a) um conjunto de bibliotecas para a aplicação da tecnologia a outros procedimentos em educação que demandem realismo devido ao seu caráter crítico; b) sistema de treinamento em coleta de medula óssea usando as bibliotecas desenvolvidas. O Projeto está sob responsabilidade de pesquisadores da UFPB, sob a coordenação da Profa. Liliane dos Santos Machado, em parceria com pesquisadores do ICMC-USP. A Coordenadora local da equipe do ICMC é a Profa. Rosane Minghim, o coordenador geral é o Prof. Ronei Marcos de Moraes. (Número do Convênio FINEP 01.04.1054.00 / Ref. 1898/04). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Liliane dos Santos Machado - Integrante / Ronei Marcos de Moraes - Coordenador / Rosane Minghim - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 11. | 2005-2008. WebBios (edital eScience Microsoft Research US$ 46000, 5 docentes) Descrição: O objetivo do projeto é desenvolver um toolkit de ferramentas para gerenciamento de dados de biodiversidade, utilizando servicos Web. O projeto estã sendo realizado em conjunto por 5 docentes do IC-UNICAMP e do Instituto de Biologia da UNICAMP, junto com o Nucleo de Planejamento Ambiental, UNICAMP.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Alexandre Xavier Falcao - Integrante / Paulo Inacio Prado - Integrante / Andre Freitas - Integrante / Thomas Michael Lewinsohn - Integrante. Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 1. | 2004-2008. A influência do complexo estuarino da Baixada Santista sobre o ecossistema de plataforma continental adjacente (ECOSAN): Utilização de um sistema de digitalização e reconhecimento de imagens para o estudo da abundância e produção secundária do zooplâncton Descrição: O projeto ECOSAN envolve um estudo oceanográfico integrado, de forma multi- e interdisciplinar, sobre a influência continental remota e local na plataforma continental adjacente à Baixada Santista. O Sistema Estuarino de Santos representa um dos mais significativos exemplos brasileiros de degradação ambiental. Informações sobre os processos que regem o sistema e os efeitos que causam sobre a biota são imprescindíveis para o entendimento da estrutura e a dinâmica do ecossistema da região centro-sul paulista como um todo. O objetivo geral do projeto é avaliar a influência dos aportes continentais do complexo estuarino da Baixada Santista sobre a plataforma continental interna, compreendida entre Itanhaém e São Sebastião. O objetivo específico referente à área de atuação do pesquisador é conhecer a estrutura da comunidade zooplânctônica (composição, abundância), sua distribuição, condição nutricional e produção secundária, correlacionando estas informações com os dados a serem obtidos no projeto sobre estoques pesqueiros regionais. A amostragem dos organismos será feita durante dois cruzeiros oceanográficos, utilizando rede Multinet MPS (Hydrobios) em 20 estações. A região estuarina será estudada em amostragens mensais com redes bongô ou cônico-cilíndricas. Serão feitas as identificações e as medidas de biomassa dos táxons zooplanctônicos por meio de digitalização utilizando o equipamento ZOOSCAN, dotado de software de reconhecimento de imagens baseado em redes neurais. O software permite o cálculo da biomassa zooplanctônica a partir das configurações morfométricas, previamente calibradas a partir de um ?training set?. Os resultados serão apresentados sob a forma de mapas de distribuição das espécies e grupos taxonômicos. A condição nutricional de espécies dominantes de copépodes será estudada a partir de estimativas da razão RNA/DNA nos tecidos totais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / Mario Katsuragawa - Integrante / June F Dias - Integrante / Newton Aquino - Integrante / Adriana R M Crété - Integrante / Ana Maria Pires Setubal Vanin - Integrante. Número de produções C, T A: 5 / Número de orientações: 2 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 2. | 2004-2006. AgroFlow - Workflows Cientificos para Planejamento Agricola (R$ 70,000, 6 docentes) Descrição: O objetivo do projeto é o desenvolvimento de um sistema de informação baseado em software livre - AgroFlow - que permitirá especificação e implementação de processos cooperativos via Web para acompanhamento e planejamento de safras agrícolas no Brasil. Este trabalho combina os seguintes tipos de tecnologia base a serem utilizadas dentro da filosofia de software livre: (i) uso de workflows científicos distribuídos para especificação de processos cooperativos ; (ii) bancos de dados espaciais, para armazenamento e gerenciamento dos dados utilizados; (iii) algoritmos de processamento de imagens; e (iv) geoprocessamento voltado ao domínio da agricultura. O sistema integrará, em rede, dados heterogêneos de diversas fontes, fornecendo uma base para a formulação e implementação de processos integrados de atividades cooperativas associadas ao planejamento agrícola. Edital Software Livre, CNPq.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Maria Cecilia Calani Baranauskas - Integrante / Neucimar Jeronimo Leite - Integrante / Renato Fileto - Integrante / Eduardo Delgado Assad - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Jurandir Zullo Jr - Integrante / Rubens Augusto Camargo Lamparelli - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Cooperação. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 3. | 2004-2005. Análise comparativa do nível de expressão de proteínas envolvidas na invasão, escape e disseminação de Escherichia coli enteroinvasora e Shigella flexneri nas células do hospedeiro Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 4. | 2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 5. | 2004-2016. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 6. | 2004-2007. Consultas por Similaridade em um Sistema de Arquivamento de Imagens Médicas: Indexação, Recuperação e Visualização das Informações através de seu Conteúdo Descrição: Quando é necessário manipular informações complexas e volumosas, como são as imagens de exames médicos, um dos problemas a serem tratados é o de como armazenar e recuperar tais informações de maneira rápida e precisa. Uma técnica usual é a extração de características (parâmetros) da imagem, que idealmente possibilitem a identificação da mesma de forma inequívoca, ou com a menor ambiguidade possível. Muitas vezes esse processo é baseado na redução da dimensionalidade dos dados: parâmetros são extraídos das imagens e a seguir utilizados para indexá-las agilizando sua busca e recuperação. As estruturas de indexação são ferramentas fundamentais nos sistemas de gerenciamento de bancos de dados, pois habilitam os sistemas gerenciadores de dados a armazenar e recuperar eficientemente os dados de interesse dentre um grande volume de dados. Este projeto propõe construir um Subsistema de Recuperação de Imagens Baseada em Conteúdo (SiRIC), utilizando duas grandes frentes de atuação. Esse subsistema servirá como base para um sistema de armazenagem e recuperação de imagens médicas que será utilizado no núcleo de um protótipo de um sistema PACS, chamado cb-PACS. A primeira frente de atuação corresponde à construção do módulo de indexação de imagens, o qual utilizará uma estrutura de indexação métrica adequada. Para isso iremos utilizar a Slim-tree, devido às suas características de ser dinâmica e possibilitar a otimização de acessos a disco necessários para responder consultas por similaridade. Um tratamento adicional, para minimizar também o cálculo de distâncias na Slim-tree, deverá ser realizado no escopo do projeto proposto. A segunda grande frente de atuação refere-se ao desenvolvimento do módulo de extração de características (parâmetros) das imagens a serem indexadas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Joaquim Cézar Felipe - Integrante / Carolina Yukari Veludo Watanabe - Integrante / Joselene Marques - Integrante / Marcela Ribeiro Xavier - Integrante / Gisele Busichia - Integrante / Elaine Parros de Sousa - Integrante / Marcela Xavier Ribeiro - Integrante / Marcos Vieira - Integrante / Éderson Antônio Gomes Dorileo - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 15 / Número de orientações: 2 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 7. | 2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 8. | 2004-2007. InfoVis 2 - A Repository of Visual Mining Information Visualization and Sonification Techniques Descrição: Visual support for data interpretation is a very promising research areas in computing due to the large demand generated by the dimensionality and volume of data sets and the current maturity stage of the subject of graphical mappings to help data interpretation. Building on previous results of a first InfoVis Project and also of the post-doctorate work of the two main researchers of this project, this research plan proposes to develop a repository of data visualization, sonification and visual mining techniques that will make available a number of techniques aimed at supporting the analysis of complex data. These techniques will be created as a result of extensions and concept application of results obtained in recent research of the team members. Also planned are the adaptation of such repository to a Peer-to-Peer Web Services architecture and the adaptation for use and test of the techniques developed and extended in various areas of applications. (Processo FAPESP 2004/09888-5). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Haim Levkowitz - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante / Rosane Minghim - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 9. | 2004-2007. InfoVis+ - Visualização para apoio à Extração de Informação de Grandes Volumes de Dados Descrição: A explosão dos volumes de dados representa hoje um enorme desafio para quem precisa extrair conhecimento dessas informações. A tendência atual é, cada vez mais, a de apoiar o processo de análise e interpretação por meio de representações gráficas interativas, adotando metáforas visuais que permitam a um usuário formular consultas e analisar resultados dinamicamente. Esse tema é objeto de estudo de áreas como Visualização de Informação (também conhecida como Visualização Exploratória, ou Multidimensional) e Mineração Visual de Dados. Neste projeto, damos continuidade à pesquisa iniciada em Visualização de Informação e Mineração Visual de Dados durante estágio de pós-doutoramento realizado na UMass, Lowell, USA, em 2001. Em particular, nossas metas genéricas são: (i) investigar estratégias para ampliar a usabilidade de técnicas de visualização multidimensional, de forma que estas venham a apoiar efetivamente a visualização de dados caracterizados pela heterogeneidade, grande volume e alta dimensionalidade; e (ii) investigar mecanismos para a integração de estratégias de mineração de dados - tradicionalmente usadas em processos de descoberta de conhecimento em dados - e de visualização, de maneira a aumentar a usabilidade dos processos de descoberta de informação em dados. No âmbito dos projetos de iniciação propostos, pretende-se estudar modelos e mecanismos para a coordenação entre múltiplas visualizações simultâneas; investigar a aplicação de técnicas de visualização científica em domínios tradicionalmente tratados com técnicas de visualização de informação; e estudar como mecanismos de análise visual podem ser integrados em processos convencionais de análise de dados no domínio de Engenharia de Software Experimental. (Processo CNPq 502324/2004-0 - Cota IC). Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Haim Levkowitz - Integrante / Rosane Minghim - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 10. | 2004-2006. InfoVis2 - A Repository of visual mining and information visualization techniques Descrição: Pretende desenvolver um repositório de técnicas já desenvolvidas e novas de interpretação e exploração de conjuntos de dados complexos. Valor do Projeto: R$ 58.800,00.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Haim Levkowitz - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / University of Massachusetts Lowell - Cooperação. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 5 Membro: Rosane Minghim. |
| 11. | 2004-2010. Projeto Internacional em Bioinformática e Análise de Imagens Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, onde aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Integrante / J BARRERA - Integrante / S J Souza - Integrante / L Ohno Machado - Coordenador. Financiador(es): Instituto de Matemática e Estatística Usp - Cooperação / Massachusetts Institute of Technology - Cooperação / National Institute Of Health - Auxílio financeiro / Harvard University - Cooperação. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 12. | 2004-2007. SOFTWARE DE ALTO DESEMPENHO PARA EDUCAÇÃO BASEADA EM REALIDADE VIRTUAL Descrição: Trata-se do desenvolvimento de técnicas e modelos para auxiliar a educação em disciplinas que encontrem na realidade virtual uma ferramenta de apoio importante. Valor: R$ 350.000,00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Ronei Marcos de Moraes - Coordenador / Liliane do Santos Machado - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Integrante. Financiador(es): Financiadora de estudos e Projetos - Auxílio financeiro / Universidade Federal da Paraíba - Cooperação. Número de produções C, T A: 1 Membro: Rosane Minghim. |
| 13. | 2004-2006. Treinamento Médico por Simulação em Realidade Virtual Descrição: Envolve o desenvolvimento de técnicas e software para treinamento em medicina e prevê a transferência de tecnologia. Valor total: R$ 45000,00. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Ronei Marcos de Moraes - Integrante / Liliane do Santos Machado - Coordenador / Luis Gustavo Nonato - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Federal da Paraíba - Cooperação. Membro: Rosane Minghim. |
| 14. | 2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 1. | 2003-2007. CitrusVis Descrição: A citricultura brasileira destaca-se mundialmente em importância econômica e em número de plantas. No entanto, a produtividade média apresenta índices baixos devido a uma estratégia de expansão acelerada e sem muita preocupação quanto aos problemas que essa estratégia poderia causar. O ataque de pragas e doenças, uma grande parte da produção sem irrigação, a utilização de uma estreita base genética e a falta de suporte tecnológico são fatores que estão associados a esse baixo índice de produtividade. O manejo de pragas e doenças é um fator significativo na produção de citros. A doença da mancha preta (MPC), causa grande impacto devido à depreciação do fruto in natura e por seu controle aumentar os custos da produção. Essa doença é causada pelo fungo Guignardia citricarpa, infectando folhas e frutos por meio de esporos. Esses esporos podem ser disseminados tanto pela chuva, irrigação e orvalho, como pelo vento a quilômetros de distância. O problema pode ser contornado se os esporos do fungo forem detectados tão logo quanto possível, pois o produtor poderá obter resultados aplicando quantidades menores de fungicidas, possibilitando, dessa forma, redução de custos e de efeitos nocivos ao meio ambiente causados pelo excesso de agrotóxicos. O mecanismo utilizado atualmente para detecção dos esporos nos pomares é composto por um disco transparente e aderente que retém apenas as partículas sólidas em suspensão. Periodicamente os discos são coletados no campo e são analisados visualmente com o uso de microscópios por operadores treinados em busca dos esporos do fungo, levando em média duas horas para analisar cada disco. O objetivo deste trabalho é desenvolver métodos computacionais para auxiliar no processo de análise e identificação dos esporos do fungo Guignardia citricarpa caracterizando um sistema de visão artificial.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Mário Augusto Pazoti - Integrante / José Dalton Cruz Pessoa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T A: 9 / Número de orientações: 1 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 2. | 2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 3. | 2003-2005. Classificação de espécies arbóreas através da forma externa das folhas Descrição: Estudo e desenvolvimento de métodos para prover a caracterização de espécies vegetais através da forma externa das folhas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 1 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 4. | 2003-2005. Estruturas de Dados Topológicas e Geração de Malhas em Domínios Definidos a partir de Amostras Descrição: No contexto das aplicações científicas da visualização, a demanda por aplicações mais precisas e mais avançadas (como simulação de fluidos em domínios 3D em tempo real e cirurgia virtual), têm necessitado da abordagens para solução de problemas em aberto, como a forma de representação, armazenamento e manipulação, bem como as técnicas de visualização de malhas irregulares. Nesse contexto, o projeto visa contribuir com métodos de definição, representação e visualização de volumes definidos de várias formas, em continuidade a trabalho de cooperação existente há vários anos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (6) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (4) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Antônio Castelo Filho - Integrante / Luis Gustavo Nonato - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Rosane Minghim. |
| 5. | 2003-2005. Identificação de regiões codificantes de proteína através da transformada modificada de Gabor/Morlet Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Jesús Pascual Mena Chalco - Coordenador / CARRER, H. - Integrante / CESAR JUNIOR, R. M. - Integrante. Número de produções C, T A: 2 Membro: Jesús Pascual Mena Chalco. |
| 6. | 2003-2005. Implementação paralela da transformada exata da distância euclideana Descrição: A transformada da distância euclideana é a operação que aplicada sobre uma imagem binária computa para cada ponto desta imagem a sua distância em relação aos pontos de interesse (elementos do(s) objeto(s) ou forma(s) em análise). Muito utilizada nas áreas de processamento de imagens e visão computacional, o resultado da EDT é uma imagem, usualmente referenciada como mapa das distâncias euclideanas, ou simplesmente transformada da distância euclideana, onde cada ponto contém um dado que corresponde à distância euclideana deste ponto até um objeto, o que em outras palavras significa a distância deste ponto até o ponto com valor 1 mais próximo. Uma das características da técnica é ser computacionalmente custosa, implicanto em elevado tempo de execução. O objetivo deste projeto é o estudo e implementação paralela da transformada exata da distância Euclideana. A paralelização será realizada sobre duas organizações paralelas distintas:(1) SMPs (multiprocessadores simétricos) - arquiteturas MIMD de memória compartilhada e (2) sistemas distribuídos, arquiteturas MIMD de memória distribuída.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Julio Cesar Torelli - Integrante. Número de produções C, T A: 1 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 7. | 2003-2006. Informe nacional sobre espécies exóticas invasoras, subprojeto: Organismos que afetam o ambiente marinho Descrição: A utilização direta ou indireta dos biomas costeiros e oceânicos para o desenvolvimento de atividades econômicas tem provocado importantes mudanças ambientais na estrutura e no funcionamento dos ecossistemas marinhos. Segundo a Organização das Nações Unidas, entre os diversos impactos antropogênicos sobre os oceanos, a introdução de espécies exóticas é considerada um dos mais preocupantes atualmente. Como a opção de erradicação das espécies invasoras é virtualmente inexistente, todos os esforços devem ser empreendidos para a implementação de mecanismos de prevenção de novas introduções e de controle dos organismos introduzidos. O presente trabalho representa uma contribuição para subsidiar tais ações no que se refere aos ecossistemas marinhos brasileiros. Este subprojeto, que faz parte de um projeto do PROBIO/MMA para a produção de um Informe Nacional sobre espécies exóticas invasoras, prevê a execução de um levantamento minucioso e extensivo de informações sobre organismos marinhos introduzidos na costa brasileira. Trata-se de uma tarefa complexa em função da amplitude das variáveis (riqueza específica, densidade, biomassa, etc) e dos processos (ciclo de vida, comportamento alimentar, padrões de dispersão e distribuição geográfica, etc) a serem abordados. Os oceanos possuem alta diversidade específica, associada à complexidade filogenética dos grandes grupos taxonômicos que neles ocorrem. Além disto, devido à sua extensão latitudinal (4°N-33°S) e à heterogeneidade dos processos geomorfológicos que levaram à sua configuração recente, a costa brasileira é particularmente rica em biomas costeiros (manguezais, marismas, recifes de coral, costões rochosos, praias arenosas, etc) e oceânicos (áreas de convergência e divergência, giros oceânicos, etc). Ambos os aspectos devem ser considerados detalhadamente na produção deste Informe.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / Irma Rivera - Integrante / Flavio Costa Fernandes - Integrante / June F Dias - Integrante / José Eduardo Martinelli Filho - Integrante / Daniela Rimoldi Cunha - Integrante / Andrea Junqueira - Integrante / Marcos Tavares - Integrante / Eurico Cabral de Oliveira - Integrante / Maria Célia Villac - Integrante / Patricia Cunningham - Integrante. Financiador(es): Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira - Cooperação / Ministério do Meio Ambiente e da Amazonia Legal - Auxílio financeiro / Universidade de Taubaté - Cooperação / Universidade Federal do Rio de Janeiro - Cooperação. Número de produções C, T A: 10 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 8. | 2003-2003. Reserch for development of HIV Bioinformatics tools. Descrição: A cooperação entre o Programa Nacional de DST/AIDS do Ministério da Saúde do Brasil, Laboratório de Banco de Dados do IME-USP e o Los Alamos National Laboratory - University of California foi formada para viabilizar pesquisas junto ao LANL em Los Alamos - New Mexico - EUA para o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática que permitesse a avaliação, em larga escala, de seqüência do HIV. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro / Los Alamos National Lab - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 Membro: Luciano Vieira de Araújo. |
| 9. | 2003-2005. Segmentação de Imagens Digitais Descrição: O objetivo é utilizar técnicas simples de segmentação de imagens, as quais são indicadas a sistemas de tempo real. Integrar um banco de imagens com suas respectivas características "features" e percepções humanas, sendo estas informações utilizadas como entrada de um modelo baseado em funções de base radial (RBFN), no qual pretende-se modelar os limiares de imagens em função de seus atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Coordenador / Luís Augusto Consularo - Integrante / Graziela Cristina do Vale Pascoal Rodrigues - Integrante / Alberto Luiz da Silva - Integrante. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 1 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 10. | 2003-2006. Web-MAPS - Sistema baseado na Web Semântica para Planejamento Agro-ambiental (Edital UNIVERSAL, R$ 100 mil, 8 docentes) Descrição: Projeto aprovado no edital universal 2002, vigência 2003-2005. Oito docentes da UNICAMP - Instituto de Computação, Faculdade de Engenharia Agrícola e CEPAGRI. O objetivo do projeto é a especificação e desenvolvimento de um sistema de informação WEB - Web-MAPS - que sirva de apoio ao monitoramento e planejamento de safras agrícolas no Brasil. O sistema integrará em rede dados heterogêneos de diversas fontes, fornecendo uma base para a formulação, implementação e avaliação de políticas integradas de planejamento agrícola. Já há iniciativas de sistemas com características similares na América do Norte e União Européia, mas não há nada semelhante na América do Sul. Os problemas a resolver exigem pesquisa de ponta multidisciplinar combinando trabalho em Ciências Agrárias e em aspectos básicos e aplicados de Computação. Um diferencial para os demais sistemas similares é que buscar-se-á utilizar a filosofia de software livre. Isto possibilitará a disseminação da tecnologia desenvolvida e a integração com outros sistemas. Envolve 6 docentes do IC, 1 da FEAGRI, 2 do CEPAGRI. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (2) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Maria Cecilia Calani Baranauskas - Integrante / Neucimar Jeronimo Leite - Integrante / Ricardo da Silva Torres - Integrante / Edmundo Roberto Mauro Madeira - Integrante / Eliane Martins - Integrante / Alexandre Xavier Falcao - Integrante / Jurandir Zullo Jr - Integrante / Rubens Augusto Camargo Lamparelli - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 1. | 2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 2. | 2002-2005. Caracterização e modelagem físico-matemática da expressão gênica na formação do coração de quatro espécies de vertebrados. Descrição: Nosso grupo é responsável pela carcterização e modelagem físico-matemática da expressão gênica durante o desenvolvimento embrionário, devendo obter, ao longo do projeto, métodos e medidas originais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Juan Carlos Izpisua Belmonte - Coordenador / Gehrard B Mueller - Integrante / Diego Rasskin Gutman - Integrante. Financiador(es): Universitat Wien - Cooperação / Human Frontier Science Program - Auxílio financeiro / Salk Institute for Biological Studies - Cooperação. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 6 Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 3. | 2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hernando A del Portillo Obando - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 4. | 2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1 Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro. Membro: Luciano Vieira de Araújo. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 5. | 2002-2008. Dinâmica do Ecossistema de Plataforma da Região Oeste do Atlântico Sul (DEPROAS) Descrição: O projeto abrange um importante setor pesqueiro da plataforma continental brasileira, caracterizado por capturas anuais em torno de 265-290 mil toneladas. Acredita-se que as intrusões da ACAS, uma massa de água fria e rica em nutrientes, sejam parcialmente responsáveis pelos estoques elevados de peixes pelágicos e demersais, assim como pela variabilidade interanual destes estoques. A relação entre o aporte de nutrientes via ACAS e a produção pesqueira é controlada por processos complexos na teia alimentar pelágica, associados à transferência de uma fração da energia fixada pela atividade fotossintética algal para os níveis tróficos superiores da teia alimentar - incluindo os predadores pelágicos exploráveis comercialmente - através da atividade metabólica dos protistas e metazoários do zooplâncton. Propomos o estudo da composição, abundância, biomassa e taxas de produção do fitoplâncton e do zooplâncton metazoário na PCSE. Além disto, será avaliado o impacto da atividade alimentar do micro- e mesozooplâncton sobre a variabilidade do estoque algal no ecossistema pelágico da região. Examinaremos também as interações tróficas na teia alimentar microbiana e entre a alça microbiana e o zooplâncton metazoário. Estes processos serão investigados em dois períodos do ano com características climatológicas e hidrográficas constrastantes: os períodos de máxima (verão) e mínima (inverno) freqüência de intrusão da ACAS na área de estudo. As amostragens e experimentos serão desenvolvidos durante os chamados cruzeiros de mesoescala do projeto DEPROAS, que prevêm coletas em vários transectos perpendiculares à costa, desde águas ao largo do talude continental até águas costeiras da plataforma interna. Esta estratégia amostral representa uma excelente oportunidade para caracterizar a estrutura e a função das associações planctônicas, assim como as interações na teia alimentar pelágica, ao longo de gradientes espaciais e em duas situações sazonais distintas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Integrante / Salvador Airton Gaeta - Coordenador / Mario Katsuragawa - Integrante / June F Dias - Integrante / Adriana Crete - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 4 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 6. | 2002-2006. FAPESP - 2002/05.880-4 - Imunodeficiências primárias em pacientes pediátricos de risco: relações entre manifestações clínicas e alterações genéticas. Descrição: .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Antonio Condino - Integrante / Magda M S Carneiro Sampaio - Integrante. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 7. | 2002-2004. FAPESP 2002/01.870-4 - Estudo de componentes do hospedeiro e do fungo envolvidos na resposta imune à infecção paracoccidiomicótica. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Vera L Calich - Integrante. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 8. | 2002-2006. FAPESP-VGDN Projeto especial da FAPESP - Estudo da diversidade genética dos vírus HCV, HIV e RSV. Projeto conjunto IEPAE-HIAE e CPB-USP Descrição: .. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Carlos Alberto Moreira Filho - Coordenador / Patricia Locosque Ramos - Integrante / Maria de Fátima Azevedo - Integrante / Vanda P Magalhães - Integrante. Membro: Carlos Alberto Moreira Filho. |
| 9. | 2002-2004. Identificação de espécies vegetais através da análise da forma interna de órgãos foliares Descrição: A grande variedade de espécies vegetais, com suas inúmeras características taxonômicas, torna a problemática da identificação morfológica de vegetais um dos principais desafios para ciência contemporânea.O levantamento de espécies arbóreas em florestas, além de ser um dos alicerces para o estudo e pesquisa científica em diversas áreas da ciência associadas à botânica, apresenta ainda importância vital para a manutenção e preservação ecológica, assim como para a economia florestal (cultivo, explorativismo, matéria prima para remédios, etc.). Sua importância se acentua nas florestas tropicais e equatoriais, que se caracterizam pela grande divergência de famílias e espécies de árvores, muitas das quais ainda não foram exploradas e se mantém objeto de pesquisa científica. Neste projeto serão considerados algoritmos de visão computacional e análise de imagens para identificação de espécies vegetais através de características da sua forma interna. Serão estudads as seguintes características para a identificação: complexidade da forma do conjunto de nervuras e esqueleto das folhas; análise morfométrica do conjunto de nervuras; estudo do esqueleto das formas das folhas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Rodrigo de Oliveira Plotze - Integrante. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 1 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 10. | 2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. Membro: Junior Barrera. |
| 11. | 2002-2004. Paralelização da Transformada de Hough Descrição: Neste projeto será estudada a implementação paralela da transformada de Hough em arquiteuras MIMD compartilhada e MIMD distribuída.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Christian Cesar Bones - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 12. | 2002-2006. Produtividade pelágica na plataforma continental sudeste do Brasil e sua relação com as intrusões da Água Central do Atlântico Sul Descrição: A presente proposta é um componente do projeto DEPROAS (Dinâmica do Ecossistema de Plataforma da Região Oeste do Atlântico Sul), desenvolvido sob a coordenação do IOUSP com o objetivo geral de estudar os mecanismos físicos que controlam a intrusão sazonal da Água Central do Atlântico Sul (ACAS) sobre a Plataforma Continental Sudeste (PCSE) entre Cabo de São Tomé e Ilha de São Sebastião e o impacto destes mecanismos físicos sobre os processos biológicos do ecossistema da região. A relação entre o aporte de nutrientes via ACAS e a produção pesqueira é controlada por processos complexos na teia alimentar pelágica, associados à transferência de uma fração da energia fixada pela atividade fotossintética algal para os níveis tróficos superiores da teia alimentar ? incluindo os predadores pelágicos exploráveis comercialmente ? através da atividade metabólica dos protistas e metazoários do zooplâncton. Apesar da importância trófica destes organismos, pouca atenção tem sido dada à caracterização dos estoques e processos metabólicos do zooplâncton na plataforma continental brasileira. O objetivo central do projeto é analisar a variabilidade espacial (horizontal e vertical) da densidade, biomassa e produção secundária do zooplâncton e suas relações com a produtividade primária, a distribuição do fitoplâncton e do ictioplâncton, em dois cenários sazonais (verão e inverno) visando compreender a influência da intrusão da ACAS sobre os processos ecológicos no ambiente pelágico da PCSE. Os objetivos específicos do projeto são: - Correlacionar os padrões de produtividade zooplanctônica com os mecanismos de intrusão e retração da ACAS sobre a plataforma continental e - Realizar o mapeamento das áreas de maior atividade biológica na PCSE nos períodos de verão e inverno no que diz respeito à biomassa e produtividade do zooplâncton, focalizando suas interações com a distribuição de presas (fitoplâncton) e de predadores pelágicos (zooplâncton carnívoro, incluindo larvas de peixes.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Coordenador / Salvador Airton Gaeta - Integrante / Hans G Dam - Integrante / Sylvia Maria Susini Ribeiro - Integrante / George Mc Manus - Integrante / Mario Katsuragawa - Integrante / Adriana Crete - Integrante / Eliane Gonzalez Rodrigues - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / University Of Connecticut - Cooperação / Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira - Cooperação. Número de produções C, T A: 12 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 13. | 2002-2004. VisIR - Indexação, Recuperação e Visualização de Dados Multimídia em um Sistema de Arquivamento de Imagens Médicas Descrição: O objetivo direto desse projeto é o desenvolvimento de um ferramental teórico e prático para a análise e indexação de imagens, que permita a visualização das análises feitas sobre os conjuntos de imagens de forma multi-modal, isto é, segundo abordagens diferentes (por atributo em linhas, por pixels e cores, por projeção e mapeamento). É importante ressaltar desde o início que os processos de visualização a que se refere este projeto correspondem à visualização dos conjuntos de imagens, seus relacionamentos, agrupamentos, etc., e não à visualização de cada imagem individual (por exemplo de um exame médico). A recuperação de imagens por conteúdo vale-se da extração de características das imagens, porém as características extraídas individualmente têm pouco significado de forma isolada para a busca de imagens específicas. Assim, para que as consultas recuperem imagens significativas em aplicações destinadas ao usuário final, é necessário que as consultas especifiquem detalhadamente como as características devem ser comparadas, integrando diversas características na mesma consulta. Este projeto tem por objetivo a disponibilidade desse ferramental para auxiliar o preparo das consultas que serão embutidas em aplicativos para o usuário final. Para atingir esse objetivo, o projeto deve explorar a utilização de maneira integrada de quatro recursos: sistemas de bancos de dados relacionais; indexação de dados em domínios métricos; consultas por similaridade; e mineração visual interativa de dados. Como a idéia é integrar a capacidade de processamento dos computadores com a capacidade humana de interpretação de informações representadas graficamente, para "afinar" as consultas feitas sobre conjuntos de imagens, serão utilizadas as consultas por similaridade, apoiadas por estruturas de indexação métricas (aproveitando a capacidade de processamento dos computadores), juntamente com operaçtes de seleção visual, onde o usuário interage com visualizações geradas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Josiane Maria Bueno - Integrante / Fábio Jun Takada Chino - Integrante / José Fernando Rodrigues Junior - Integrante / Mário Jorge Beloti Avelino - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 7 / Número de orientações: 3 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 14. | 2002-2007. Água de Lastro: Análise de Risco, Plano de Manejo Ambiental e Monitoramento de Espécies Exóticas no Porto de Paranaguá, Paraná (ALARME) Descrição: O transporte de microrganismos, plantas e animais através de água de lastro de navios representa um vetor significativo de invasão de espécies exóticas e nocivas. Este fenômeno tem atingido proporções alarmantes à medida que os navios tornaram-se mais numerosos, velozes e com maior volume de casco e carga, necessitando de maior lastreamento. Lagos, rios, estuários e regiões costeiras de todo o mundo têm sido profundamente impactados por esta forma de distúrbio ecológico, especialmente desde a década de 1970. Após sua instalação, as espécies invasoras podem causar modificações complexas em diferentes compartimentos do ecossistema, alterando as relações tróficas da cadeia alimentar, competindo com espécies nativas por espaço, ou introduzindo substâncias tóxicas ou novas doenças, que afetam os organismos residentes e as populações humanas. Desta forma, as invasões biológicas têm consequências negativas de alta relevância para a saúde pública, a cultura e a economia das regiões afetadas. Este projeto tem como meta principal contribuir para o estabelecimento de mecanismos de vigilância ecológica e epidemiológica da água de lastro em portos brasileiros. Para tanto, propomos um estudo da água de lastro de navios atracados no Porto de Paranaguá, um dos mais importantes do país e predominantemente importador de água de lastro. Será analisada a ocorrência e a abundância de microalgas e zooplâncton, determinando a origem e as características biológicas dos organismos estudados, quanto à toxicidade e efeitos nocivos ao ambiente e à saúde humana. Entre os resultados esperados deste projeto destacamos: 1) a elaboração de um Plano de Manejo Ambiental e Inspeção Permanente da água de lastro no Porto de Paranaguá, aplicável a outros portos brasileiros; 2) documentação de eventuais invasões de organismos exóticos ou nocivos através da água de lastro; 3) Artigos a serem submetidos à publicação em revistas internacionais; 4) Produção de material de divulgação sobre bioinvasões.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Rubens Mendes Lopes - Integrante / Luciano Felício Fernandes - Coordenador / José Eduardo Martinelli Filho - Integrante / Daniela Rimoldi Cunha - Integrante / Luis Proença - Integrante. Financiador(es): Fundo Nacional do Meio Ambiente - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Paraná - Cooperação / Universidade do Vale do Itajaí - Cooperação. Número de produções C, T A: 4 Membro: Rubens Mendes Lopes. |
| 1. | 2001-2002. Análise de Imagens Baseada em Conhecimento Descrição: Projeto de Pesquisa Recém-Doutor - Kit-Enxoval Modalidade Fixação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Fabrício Martins Lopes - Integrante / Luís Augusto Consularo - Coordenador. Número de produções C, T A: 6 Membro: Fabrício Martins Lopes. |
| 2. | 2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hernando A del Portillo, - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Isabelle Bloch - Integrante. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2001-2004. Ferramenta de programação paralela CVMP Descrição: Desenvolviemnto de Ferramentas amigável para a programação paralela. Implementação paralela de algoritmos e métodos de processamento de imagens e visão computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador. Número de produções C, T A: 1 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 5. | 2001-2004. InfoVis - Visualização de Informação Aplicada a Dados de Comércio Eletrônico e Climatologia Descrição: O uso de técnicas de visualização exploratória ainda é bastante limitado em contextos práticos, particularmente no cenário nacional, devido à ausência tanto de conhecimento sobre as mesmas como de sistemas de domínio público que suportem a sua efetiva utilização sem demandar um esforço considerável do usuário. A proposta deste projeto é oferecer uma plataforma acessível que viabilize o uso dessas técnicas em contextos reais, permitindo que se estabeleça um relacionamento cooperativo com potenciais usuários para estudar e tratar os problemas e limitações que impedem a sua efetiva utilização.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Coordenador / Haim Levkowitz - Integrante / Rosane Minghim - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 2 Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 6. | 2001-2003. InfoVis: Visualização de Informação e Mineração Visual de Dados Descrição: O projeto inclui o desenvolvimento de uma plataforma de Visualização de Informação e Mineração Visual de Dados, bem como o tratamento de problemas específicos da área, como escalabilidade, representação, interação e distribuição, além de sua aplicação a dados climatológicos e de comércio eletrônico.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Rosane Minghim - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Coordenador / Milton Hirokazu Shimabukuro - Integrante / Haim Levkowitz - Integrante / Eduardo Tejada Gamero - Integrante / Almir Olivette Artero - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: Rosane Minghim. |
| 7. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 8. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 9. | 2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (3) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / L. da F. Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 10. | 2001-2003. Sistemas de Indexação de Imagens para Busca por Conteúdo: Aplicações em Imagens Médicas Descrição: Os chamados Sistemas de Informaçtes Médicas (SIM) armazenagem informaçtes textuais (nome, idade, tratamento, etc.) e em alguns casos permitem a associaçno das informaçtes textuais com informaçtes gráficas, provenientes de exames como Raio-X, tomografia (CT ou RM), ultrasson, etc. Recentemente, com a introduçno dos sistemas PACS (Picture Archiving and Communication Systems), cresceu o interesse por integrar num sistema só todas as informaçtes dos pacientes (textos, imagens, gráficos temporais, etc). Em sistemas PACS pode-se recuperar também informaçtes baseadas apenas no conteúdo das próprias informaçtes. Por exemplo, pode-se querer recuperar "todas as imagens obtidas em exames de CT de coraçno similares a uma imagem dada". Nesse caso, o cruzamento das informaçtes é independente das chaves de busca tradicionais baseadas em informaçtes numéricas e textuais, as quais associam exames e pacientes em um SIM tradicional. A facilidade de recuperaçno de dados baseada em seu conteúdo é um dos pontos altos dos sistemas PACS. Um sistema PACS deve entno ser capaz de responder consultas por similaridade, isto é, questtes do tipo: 'quais sno as 10 imagens mais próximas de uma dada imagem' ou 'quais sno as imagens que diferem de até 5 unidades de uma imagem padrno'. Note que tanto as imagens quanto a funçno de dissimilaridade (distância) entre elas devem ser definidas. O presente projeto trata do desenvolvimento de um dos módulos principais de um sistema PACS, que é o Sub-Sistema de Recuperaçno de Imagens por Conteúdo (SiRIC). Esse sub-sistema integra um módulo gerenciador de indexaçno e um módulo de extraçno de parâmetros de imagens, os quais serno utilizados para o armazenamento e a recuperaçno das imagens no banco de dados da aplicaçno.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Caetano Traina Jr - Integrante / Fábio Jun Takada Chino - Integrante / Roberto Figueira Santos Filho - Integrante / Myrian Renata Barros Araújo - Integrante / Natália Abdala Rosa - Integrante / Camilo Yamauchi Campo - Integrante / Luis Marcelo Bortolotti - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 25 / Número de orientações: 6 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 11. | 2001-2016. TreeVis Descrição: TreeVis - Tree Vision System Desenvolvimento de sistemas e algoritmos de visão, análise e processamento de imagens para promover o estudo e reconhecimento de espécies vegetais.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Coordenador / Rodrigo de Oliveira Plotze - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa. Número de produções C, T A: 15 Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 1. | 2000-2004. Avaliação da diversidade genética e análise filogenética de Escherichia coli diarreiogênicas usando RAPD e MLST Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 2. | 2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 3. | 2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Hugo Aguirre Armelin - Integrante. Membro: Junior Barrera. |
| 4. | 2000-2006. Desenvolvimento de métodos originais para análise de formas e imagens em visão computacional. Descrição: Projeto Temático em conjunto com 3 outros grupos de pesquisa, onde desenvolvemos diversas técnicas originais para processamento e análise de imagens validadas por aplicações a problemas reais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (5) . Integrantes: Luciano da Fontoura Costa - Coordenador / R M FARIA - Integrante / V OBAC RODA - Integrante / R M Cesar Jr - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 85 / Número de orientações: 19 Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 5. | 2000-2005. IMiMD - Indexing and Data Mining in Multimedia Databases Descrição: Este projeto envolve cooperação científica entre instituições de pesquisa brasileiras coordenadas pelo Instituto de Ciências Matemáticas e Computacionais - ICMC da USP em São Carlos e a Carnegie Mellon University - CMU. A duração do projeto é de 4 anos, e pretende enfocar dois problemas relacionados: a indexação de informações multimídia, tratadas como conjuntos de dados em espaços métricos; e o desenvolvimento de técnicas de ?data mining ? para a visualização e descoberta de padrões nesses conjuntos. Uma consulta típica envolvendo esses tipos de dados poderia ser: ?encontre todos os rostos de pessoas que estejam dentro de determinado grau de similaridade de um rosto dado?. Já uma consulta cuja resposta necessita o emprego de técnicas de data mining seria: ?encontre todos os pares de impressões digitais dentro de determinado grau de similaridade?. A função de dissimilaridade é específica para o domínio de dados em questão, e sempre que ela for comutativa e respeitar a desigualdade triangular, o conjunto de dados será considerado em um espaço métrico. Técnicas já desenvolvidas pelo coordenador americano mostraram como mapear objetos de um espaço métrico para um espaço vetorial de características (?features?). Assim, espaços vetoriais (ou espaciais), métricos e espaços multimídia são conceitos estreitamente ligados. Para as tarefas de indexação dos dados multimídia, este projeto propõe: prover técnicas de estimativa de seletividade e de acessos a disco para responder esses tipos de consultas; e tornar mais eficientes as estruturas de indexaçno em espaços métricos existentes, melhorando os algoritmos e estruturas de dados empregadas. Nosso otimismo em atingir esses objetivos são baseados em trabalhos conjuntos já realizados, que indicaram que a distribuição de distâncias em espaços métricos e espaciais frequentemente segue uma razão de potíncias. Essa é a primeira e ainda única evidência de alguma regularidade observada em conjuntos de dados métricos reais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (6) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (6) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Integrante / Caetano Traina Jr - Coordenador / Josiane Maria Bueno - Integrante / Mauro Biajiz - Integrante / João E Ferreira - Integrante / Maria Camila Nardini Barione - Integrante / Humberto L Razente - Integrante / Roberto Figueira Santos Filho - Integrante / Elaine Parros M de Sousa - Integrante / Myrian Renata Barros Araújo - Integrante / Joaquim Cézar Felipe - Integrante / Natália Abdala Rosa - Integrante / Maria Carolina Monard - Integrante / Camilo Yamauchi Campo - Integrante / Roseli Aparecida Francelin Romero - Integrante / Gisele Busichia Baioco - Integrante / José Fernando Rodrigues Junior - Integrante / Júnior Barrera - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Cooperação. Número de produções C, T A: 40 / Número de orientações: 9 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 6. | 2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Caetano Traina Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 1. | 1999-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: Luciano Vieira de Araújo - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Luciano Vieira de Araújo. Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Integrante / Hugo H Armelin - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2 Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 2. | 1999-2001. Synergos - Synergetic Vision Research Descrição: The project aims the development of a powerful and versatile laboratory for vision research, namely Synergos, which is being developed and implemented under Delphi/Windows in a distributed systems of microcomputers. The main paradigm underlying the whole approach consists in integrating several concepts and techniques into a single computing environment, i.e. Synergos, in such a way that the requisites and possibilities of each of the constituent components complement one another and the thus obtained result becomes greater than the sum of its parts. The components of Synergos include distributed system capabilities and a number of libraries containing algorithms for: computer vision, modeling and simulation of biological visual systems, data and classification analysis, software validation and comparative evaluation, Internet, off-the-shelf application, image databases, artificial intelligence, data mining, and visualization resources.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Odemir Martinez Bruno - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Luís Augusto Consularo - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Odemir Martinez Bruno. |
| 3. | 1999-2001. Visualização no Suporte a Atividades odontológicas Descrição: Este projeto teve por objetivos investigar a utilização de técnicas de visualização científica, e o desenvolvimento de técnicas para vizualização de dados dentários. US$ 13000,00 + R$ 5000,00. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) . Integrantes: Rosane Minghim - Coordenador / Paulo Licciardi - Integrante / Maria Cristina Ferreira Oliveira - Integrante / Milton Hirokazu Shimabukuro - Integrante / Igor Prata Soares - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Faculdade de Odontologia de Araraquara - Cooperação. Número de produções C, T A: 3 / Número de orientações: 1 Membro: Rosane Minghim. |
| 1. | 1998-2000. Aplicações de Informática para Engenharia Descrição: Desenvolvimento de técnicas de apoio à Engenharia baseadas em processamento de imagens e visão computacional.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Coordenador / Fábio Jun Takada Chino - Integrante / Adilson Gonzaga - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 2. | 1998-1999. Caracterização molecular das bactérias Escherichia coli enteroinvasora e Shigella utilizando a técnica de RAPD Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Silvia Yumi Bando Takahara - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Membro: Silvia Yumi Bando Takahara. |
| 3. | 1998-2000. Coordenador: Auxílio FAPESP: Análise multi-escala de formas Descrição: Desenvolvimento de métodos para análise multiescala de formas.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 1998-2002. Midia Lab Descrição: MIDIALAB possui três áreas básicas de pesquisa: Animação, Edição Digital e Multimídia. A área de Edição Digital possui um papel central para todas as pesquisas científicas que serão realizadas, e a grande vantagem do MIDIALAB é sua capacidade de, através da área de Edição Digital, integrar todas as demais áreas. Sendo assim, toda administração e "coordenação" dos projetos de pesquisa deverá ocorrer a partir da área de Edição Digital. O modelo Single Master "Domain" Model foi adotado. Neste modelo temos 03 (três) "Domains" de recursos ("Resource Domains"): "Domain" Multimídia, "Domain" Ensino e "Domain" Animação. O "Master Domain" é representado pelo "Domain" Edição Digital (para edição, montagem e administração). As setas representam as relações de trust, cuja função principal é permitir que os usuários de um determinado "Domain" possam acessar recursos de outros "Domains". Este tipo de relação é implementada pelo administrator através de ferramentas administrativas do Windows NT ("User Manager for Domains" - "Trust Relationship"). Assim, por exemplo, um pesquisador poderá gerar uma sequência de animação em equipamentos do "Domain" Animação e acessar esta sequência a partir de estações do "Domain" Edição Digital para pós-produção acrescentando a trilha sonora. Caberá ao administrador do "Domain" manter a integridade da estrutura do modelo, facilitando a utilização cotidiana de aplicativos e consequentemente o desenvolvimento dos projetos de pesquisa. Cabe salientar que devido a distribuição de recursos e as características interdisciplinares dos projetos de pesquisa, um determinado projeto poderá aparecer em mais de um "Domain".. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Agma Juci Machado Traina - Integrante / Eduardo Leone - Coordenador / Marcello G. Tassara - Integrante / Heitor Capuzo - Integrante / Ricardo Defaveri Murer - Integrante / Daniela Troya M. Murer - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 1 Membro: Agma Juci Machado Traina. |
| 5. | 1998-2004. Projeto PRONEX - SAI - R$ 1 milhao, com 20 docentes (UNCAMP, UFMS) Descrição: Sistemas Avançados de Informaçao, em conjunto com a UFMS e a EMBRAPA.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (22) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (20) / Mestrado profissional: (3) / Doutorado: (12) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
| 6. | 1998-2001. Visualização no Suporte à Atividades Odontológicas Descrição: Em Odontologia, a aplicação de técnicas de Visualização Científica não tem acompanhado o desenvolvimento observado em outras áreas, como a de Medicina. Este projeto visa dar continuidade a esforços iniciados anteriormente no sentido de levar o potencial da Visualização para a área odontológica. Em continuidade a trabalhos já desenvolvidos, este projeto multi-disciplinar pretende investigar, desenvolver e implementar técnicas de visualização volumétrica e exploração tridimensional a dados dentários coletados a partir de dentes reais, com o objetivo de apoio ao estudo, treinamento e ilustração de procedimentos de odontologia, de forma integrada à WWW. Acredita-se que a demanda por esses resultados é bastante ampla, e que a pesquisa envolvida virá a contribuir na solução de problemas de exploração interativa de objetos de visualização científica dependentes da aplicação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (4) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) . Integrantes: Maria Cristina Ferreira de Oliveira - Integrante / Rosane Minghim - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 5 / Número de orientações: 2 Membro: Maria Cristina Ferreira de Oliveira. |
| 1. | 1994-1997. GeoTEC - Geoprocessamento - Metodologias e Técnicas. PROTEM-CC, US$ 1 milhao dolares. Descrição: Projeto conjunto de 10 grupos de pesquisa e desenvolvimento visando resultados científicos e tecnológicos na área de geoprocessamento. Principais resultados - formação de recursos humanos (mestres e doutores), dezenas de artigos científicos e software. Participação de cerca de 60 pesquisadores, além de mestrandos e doutorandos. Coordenação Claudia Bauzer Medeiros, vice-coordenador Gilberto Câmara. Financiamento CNPq. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (30) / Mestrado acadêmico: (25) / Doutorado: (12) . Integrantes: Claudia Maria Bauzer Medeiros - Coordenador / Gilberto Camara - Integrante / Marco Antonio Casanova - Integrante / Juliano Lopes de Oliveira - Integrante / Ana Carolina Salgado - Integrante / Marcelo Gattass - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Membro: Claudia Maria Bauzer Medeiros. |
Data de processamento: 29/03/2016 16:30:32