Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP - NPB


A missão do NPB é o desenvolvimento de modelos matemáticos e ferramentas computacionais para armazenamento, manipulação, análise e visualização de dados experimentais em biologia e medicina.

Total de orientações em andamento



Número total de itens: 156

2011

1.   Bruno Machado Della Vecchia. Bioinformática na espectrometria de massas aplicada à metabolômica. Iniciação científica (Graduando em Farmácia - Bioquímica) - Universidade de São Paulo, . Início: 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2.   Cleber Silva Ferreira da Luz. Uma solução paralela para o problema da subsequência máxima em GPU. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2011.
Orientador: Siang Wun Song.
3.   Cleonice Conceição Caro de Souza. Computação bioinspirada em análise de expressões genicas. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2011.
Orientador: David Corrêa Martins Junior.
4.   Dalila Milena Lemes. Bioinformática: aplicação de computadores à biologia para entender a Malária. Iniciação científica (Graduando em Ensino Médio) - Escola Estadual Profa. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. Início: 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
5.   Deise Maiara Lemes. Para que serve esse gene? Anotação genômica usando o computador. Iniciação científica (Graduando em Ensino Médio) - Escola Estadual Profa. Eugênia Vilhena de Morais, Pró-Reitoria de Pesquisa da Universidade de São Paulo. Início: 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
6.   Estefhan D. Wandekokem. Grafos e SVMs. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
7.   Felipe Breve Siola. Análise Exploratória em Segmentação de Imagens. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2011.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
8.   Marcos Abraão de Souza Fonseca. Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para anotação funcional genômica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
9.   Sandra Regina Vargas Fernandes. Análise de expressões gênicas através de GPUs. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, . Início: 2011.
Orientador: David Corrêa Martins Junior.

2010

1.   Ana Carolina Simões. Segmentação do Hipocampo em Imagens de Ressonância Magnética. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
2.   André Luiz de Oliveira. GenSeed-HMM: desenvolvimento de uma plataforma para a reconstrução de sequências e aplicação na descoberta de novos vírus. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Arthur Gruber.
3.   Bruna Renata Silva Corrêa. Biologia Sistêmica de Plasmodium vivax: análise computacional do genoma e transcritoma do parasita. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4.   Cristiano Perez Garcia. Segmentação de imagens de CT (provisório). Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
5.   Danillo Cunha de Almeida e Silva. Anotação Genômica Probabilística de organismos de interesse a Bioenergia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
6.   Deyvid Emanuel Amgarten. Desenvolvimento de um componente de anotação automática de vias metabólicas (KEGG) para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2010.
Orientador: Arthur Gruber.
7.   Diego Martinez Salvanha. Métodos estatísticos e computacionais de análise em larga-escala da variabilidade genética humana. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
8.   Elisa Rennó Donnard Moreira. Análise de Biomarcadores em Tumores Colorretais através da utilização de Sequenciadores de Nova Geração. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
9.   Fabio Cassarotti Parronchi Navarro. Desenvolvimento de métodos computacionais para detecção de variações estruturais genômicas usando sequenciamento de segunda geração. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
10.   Felipe Amado. Predicao de Genes e Bioinfomatica. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
11.   Frank Dennis Julca Aguilar. Reconhecimento online de expressões matemáticas manuscritas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
12.   Herbert J. L. Laricano. Aperfeiçoamento de máquinas de busca para imagens. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
13.   Igor Bonadio. Predicao de Genes utilizando Modelos de Covariancia. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
14.   Joel Edu Sanchez Castro. Decomposições Sequenciais a partir da Sup-Decomposição. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
15.   Jorge Luis Guevara Dias. Cliques de genes como marcadores moleculares para câncer. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
16.   Leissi Margarita Castañeda León. Busca de objetos em vídeos baseada em modelos obtidos a partir de um conjunto de imagens. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
17.   Liliane Santana de Oliveira. Anotacao de Sequencias Biologicas. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
18.   Lucas Vicente da Silva. Quantificação de Angiogênese em imagens de membranas corioalantóicas (CAM) de embriâo de galinha. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
19.   Luiz Felipe Franco Belussi. A ser definido. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
20.   Marcela Ortega. Implementação de transaçoes assíncronas para o tratamento de eventos no processamento de requisições em larga escala. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
21.   Marcelo Camacho. Banco de dados para Redes Gênicas. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
22.   Marcos E. B. Broinizi. Recuperação de Informação em banco de dados WEB. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
23.   Maria Jaislanny Lacerda e Medeiros. Análise Fisiológica Bioquímica e de Expressão Genica de Plantas de Cana-de-açúcar Transformadas com o gene AtBi-1. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
24.   Martha Chaddad. Estudo da utilização de cultura de meristemas para limpeza de Leifsonia xyli em Cana-de-açucar. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
25.   Monica Guimarães Campiteli. . Instituto de Matematica e Estatistica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2010.
Supervisor: Roberto Marcondes Cesar Junior.
26.   Márcia B. C. Pereira. Evolucao de banco de dados. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
27.   Natália Silveira Virgili. Análise da expressão diferencial de genes que codificam proteínas de superfície celular em linhagens e tecidos normais e tumorais. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, . Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
28.   Pedro Ivo Gomes de Faria. Bioinformatica. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
29.   Rafael de O. L. Gonçalves. A importância dos atributos de cores em PDI e CBIR. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
30.   Ricardo Roberto da Silva. Bioinformática aplicada à Bioenergia: anotação probabilística na metabolômica de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
31.   Silvia Cristina Dias Pinto. . Instituto de Matematica e Estatistica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.. Início: 2010.
Supervisor: Roberto Marcondes Cesar Junior.
32.   Tales Pinheiro de Andrade. Interações Gênicas usando Redes Booleanas Restritas no Contexto de Problema de Satisfação de Restrições. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
33.   William Mizuta. Registro espacial de imagens histológicas com imagens de ressonância magnética. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.

2009

1.   Alexandre Dermargos Oliveira. . Instituto de Química USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2009.
Supervisor: Hugo Aguirre Armelin.
2.   Alexandre Yukio Harano. Implementação eficiente de operadores morfológicos usando técnicas de pré-processamento. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Ana Paula Hidalgo. Anãlise econömica de um projeto de pesquisa institucional. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Bernardo Magri. Criptografia em cartões do padrão ISO. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . Início: 2009.
Orientador: Routo Terada.
5.   Bruno Klava. Construção de hierarquias de partições de imagens usando técnicas de aprendizagem computacional. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
6.   Bruno Milan Perfetto. Binarização de imagens digitais. Iniciação científica (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.   Carolina Cappi. Análise de CNVs em TOC. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
8.   Charles Iury Oliveira Martins. Segmentação estrutural de imagens a partir do aprendizado de modelos de grafos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
9.   Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Bioinformática para a identificação de vias de sinalização importantes para a pluripotencialidade celular. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
10.   Diego Raphael Amancio. Uso de redes complexas em processamento de línguas naturais. Dissertação (Mestrado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, . Início: 2009.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
11.   Diogo Patrão. Mapeamento semântico de informação clínica heterogênea de pacientes oncológicos. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . Início: 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
12.   Edwin Delgado Huaynalaya. Segmentação de ovos de Schistossoma mansoni em imagens microscópicas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
13.   Flávia Akemi Miyazaki. Desenvolvimento e Aplicação de Ontologias na Integração de Ferramentas de Análise de Expressão Gênica. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, . Início: 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
14.   Gabriela Felix Persinoti. Busca e validação de alvos de drogas em Trichophyton rubrum. Orientação de outra natureza. Universidade de São Paulo. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
15.   Giseli de Araujo Ramos. Deteção de lábios usando dispositivos móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
16.   Henrique Morimitsu. Uma abordagem estrutural para detecção de placas em ambientes internos por dispositivos móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
17.   Jorge J. Gomes Leandro. Reconhecimento estrutural de estruturas de ramificação. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
18.   José Eduardo Kroll. Eventos de Splicing Alternativo nos Genes do Surfaceoma Humano: busca por novas Moléculas Imunoterapêuticas Câncer-Específicas. Tese (Doutorado em Doutorado) - Ime- Universidade de Sao Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2009.
Orientador: Sandro José de Souza.
19.   Lucas Americo da Silva. Micropropagação massal de genótipos superiores de Tectona grandis. Iniciação científica (Graduando em Engenharia Florestal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Comissão de Bolsas e Estágios/ESALQ/USP. Início: 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
20.   Luiz Fernando Corte Real. Simulação do Movimento Browniano de Moléculas de Água em Estruturas Biológicas Complexas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
21.   Luiz Thibério Lira Diniz Rangel. Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha domestica. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Arthur Gruber.
22.   Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contextona Dinâmica da Expressão Gênica na Linhagem Industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
23.   Pedro Losco Takecian. Controle de transações para processos transformações e limpeza de dados. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. Início: 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
24.   Renato Callado Borges. Simulador de Imagens de Ressonância Magnética de Difusão. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
25.   Roberto de Almeida Camargo. Regulação da Eficiência Fotossintética em Cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Internacional Biologia Celular e Molecular Vegetal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
26.   Rosario Alejandra Medina Rodriguez. Aspectos Teóricos e Práticos do Classificador Baseado em Segmentos de Retas em Problemas de Multiclassificação. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
27.   Vinicius Rafael Neris dos Santos. Detecção e Classificação Automática de Interferências no Subsolo com GPR Utilizando Redes Neurais Artificiais (RNAs): Estudo no SCGR do IAG/USP. Tese (Doutorado em Geologia Geral e Aplicacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
28.   Vitor Hugo Louzada Patricio. Identificando Genes Canalizadores usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
29.   Vitor Onuchic. Utilizando GHMM em alinhamento multiplo.. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
30.   Willian Yukio Honda. Classificação de padrões em problemas com grande número de classes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.

2008

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Diferenciaçao entre doença de alzheimer sintomatica e assintomática por meio da técnica de tissue microarray em cerebros humanos post-mortem. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Ana Cecilia Feio dos Santos. Anãlise de danos de DNA e expressao de genes supressores de tumor em tecidos post-mortem em paciaentes com doenca de Alzheimer. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de sequências de vídeo usando morfologia matemática. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
4.   Choukri Mekkaoui. Visualização e Representação de Campos Tensoriais de Difusão. A A Martinos Center for Biomedical Imaging Harvard., . Início: 2008.
Supervisor: Marcel Parolin Jackowski.
5.   Cleber M Okida. Autenticação de dispositivos móveis. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: Routo Terada.
6.   Dionathan Nakamura. Criptografia com curvas elípticas. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . Início: 2008.
Orientador: Routo Terada.
7.   Débora Cristina Corrêa. Caracterização e Avaliação de Qualidade em Composições Musicais Contextualizadas por Estilos. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
8.   Evaldo Araújo de Oliveira Filho. . Instituto de Matematica e Estatistica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2008.
Supervisor: Roberto Marcondes Cesar Junior.
9.   Fabio V. R. Vicente. Caracterização in Silico de Promotores de Cana de Açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Co-orientador: Alan Mitchell Durham.
10.   Felipe Fedel Silva. Identificação e análise de genes fotossintéticos em cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Início: 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
11.   Gustavo Luiz Duarte. Controle de transações no ambiente de computação móvel. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Juliana Galvão da Silva. Ação de FGF2 em células humanas HEK293 e HEK-tTSV40-ucTh transformadas por H-RasV12. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
13.   Marcelo Reis. Análise de redes de expressão gênica modeladas por redes genéticas probabilísticas (PGN). Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2008.
Orientador: Junior Barrera.
14.   Marcelo Rogalski. Alteração da Biossíntese de ácidos graxos por transformação de cloroplastos. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2008.
Supervisor: Helaine Carrer.
15.   Nestor Walter Trepode. . Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp., . Início: 2008.
Supervisor: Junior Barrera.
16.   Olehg Isaac Aguilar Rojas. Integração do metabolismo de Carbono e Nitrogenio em Cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . Início: 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
17.   Renato Aparecido Pimentel da Silva. Dinâmica de Ising Potts e reacão-difusão em redes complexas corticais e neuronais. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
18.   Rodrigo Bernardo Pimentel. Estimação de pose em dispositivos móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2008.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
19.   Rodrigo Fernandes Ramalho. Estudo do Efeito da Seleção Natural em Ativadores de Splicing Exônico (eses) de Populações Humanas Através de Análise de Frequência. Tese (Doutorado em Doutorado) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
20.   Rogério de Rizzio. Modelagem e simulação de tecidos por modelos multi-resolução. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . Início: 2008.
Orientador: Junior Barrera.
21.   Talita Perciano C. Leite. Reconhecimento de estruturas finas em imagens. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientadores: Roberto Hirata Junior, Roberto Marcondes Cesar Junior.
22.   Ubiratan Augusto Lima. Análise de uma Rede Genética Probabilística que representa o controle do ciclo celular. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . Início: 2008.
Orientador: Junior Barrera.
23.   Walter Nestor Trepode. Bioinformática. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.. Início: 2008.
Supervisor: Helaine Carrer.
24.   Wellington Souza. Criptografia em smart cards. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . Início: 2008.
Orientador: Routo Terada.

2007

1.   Alexander de Andrade. Análise Proteômica de Raízes de eucalipto submetidas ao Estresse Hídrico. Orientação de outra natureza. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Instituto Uniemp/Suzano Papel e Celulose, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Alexandre Rossi Paschoal. Predição de genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.   Ana Beatriz Vicentim Graciano. Casamento de grafos em estruturas 3D. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.   Camila Corrêa Morais. Extensão do Protocolo EPP para o sistema de registro de nomes domínio Brasil. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
5.   Carlos Henrique Aguena Higa. Modelando Processos Biológicos através de Redes Modelando Processos Biológicos através de Redes Booleanas Probabilísticas. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
6.   César Seragiotto. Segurança em dispositivos sem fio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Routo Terada.
7.   Daniel de Oliveira Dantas. Análise de vídeos digitais. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Junior Barrera.
8.   Daniela Defávari do nascimento. Identificação de promotores tecido-específicos em Eucalipto. Orientação de outra natureza. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
9.   David da Silva Pires. Rastreamento de componentes conexas em vídeo 4D. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.   David Henry Moon. Análise da expressão gênica em árvores de Eucalipto. Orientação de outra natureza. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Instituto Uniemp/Suzano Papel e Celulose, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
11.   Denise H Goya. Criptografia sem Certificado Digital. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Routo Terada.
12.   Diane Rizzotto Rossetto. Métodos ótimos para otimização. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
13.   Eduardo Nakano. Decisões de um nariz eletronico. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
14.   Fabio Roberto de Miranda. Processos evolutivos em visão computacional. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
15.   Fernanda Nascimento. Procedência de dados em segurança transfusional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
16.   Fábio Nakano. . Instituto de Química USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2007.
Supervisor: Hugo Aguirre Armelin.
17.   Helves Domingues. Evolução de Banco de Dados em Métodos Ágeis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
18.   Jean Fabian Tavares Barreto. Simulação de tecidos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
19.   Jihan Zoghbi. Segmentação de Tumores Cerebrais em Imagens de Ressonância Magnética. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
20.   José Matheus Camargo Bonatto. Identificação de proteínas diferencialmente expressas e proteínas fosforiladas em raízes de plantas de eucalipto submetidas ao estresse hídrico.. Iniciação científica (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
21.   Julianna Dias Zeidles. Efeitos de FGF-2 em queratinócitos humanos imortalizados apresentando fenótipo tumoral. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
22.   Lilian Tais de Gouveia. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.. Início: 2007.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
23.   Lucas Antiqueira. Análise de estrutura e dinâmica em redes complexas. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
24.   Luis Roberto P. Paula. Bull´s Eye Morfológico. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
25.   Marcelo Hashimoto. Detecção de objetos por casamento de grafos. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
26.   Maria Juliana Calderon Rodrigues. Isolamento e Identificação de proteínas da parede celular de plantas de cana-de-açúcar.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
27.   Marta Magda Dornelles Bertoldi. O uso de algoritmos genéticos para projeto dois-níveis de operadores morfológicos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
28.   Matheus Palhares Viana. Análise de Redes Geográficas Biológicas. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
29.   Mauricio Chui Rodrigues. Serviços Web e a NPDL. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Início: 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
30.   Mauro Miazaki. Estudo de expressão gênica e anatomia em neurociências. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
31.   Maysa Malfiza Garcia de Macedo. Caracterização de Árvores Vasculares em Imagens de Ressonância Magnética. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
32.   Mônica Tereza Venziano Labate. Clonagem de genes e produção de plantas transgênicas de Eucalipto. Orientação de outra natureza. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. Instituto Uniemp/Suzano Papel e Celulose, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
33.   Osvaldo Vargas Jacques. Sintese de estruturas neuronais. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
34.   Pablo Cesar Calcina CCore. Uma linguagem de scripts para ambientes multicore. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
35.   Paulo Marques Filho. Prioris não informativas de Jeffreys. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
36.   Thiago Falda Leite. Identificação de genes e proteínas diferencialmente expressas em plantas de Eucalipto resistentes e suscetíveis à ferrugem.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
37.   Valdson S Cleto. Emparelhamento bilinear. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Routo Terada.

2006

1.   André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo sistematiczo de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Edenilson Rabello. Bioinformática aplicada à análise de informações de transcriptoma, proteômica e metabolômica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Eduardo Leal Oliveira Camargo. Análise do proteoma da madeira de Eucalyptus grandis. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Fisiologia de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
4.   Elcio Koiti Nakamura. Otimização aplicada à busca de genes principais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2006.
Orientador: Carlos Humes Jr.
5.   Kelly Rosa Braghetto. Identificação Não-Supervisionada de Padrões de Fluxos em Workflow Científicos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientadores: João Eduardo Ferreira, Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.   Luis Felipe Boaretto. Análise do proteoma de folhas de Eucaliptus grandis apresentado os sintomas da ferrugem. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Fisiologia de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
7.   MATHEUS HENRIQUE DOS SANTOS DIAS. INVESTIGAÇÃO DA EXPRESSÃO DO GENE MRAP (MELANOCORTIN-2 RECEPTOR ACCESSORY PROTEIN) POR RT-PCR EM CÉLULAS TUMORAIS DE CÓRTEX ADRENAL DE CAMUNDONGO, LINHAGEM Y-1, E FIBROBLASTOS 3T3 DE CAMUNDONGO. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
8.   Rogério Antônio de Oliveira. Modelos Bayesianos na Presença de Dados Omissos. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
9.   Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e sua correlação com o câncer.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2006.
Orientador: Sandro José de Souza.

2005

1.   Fernanda Salvato. Análise do proteoma durante a formação de madeira de tensão em Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2005.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Giovane Cesar da Silva. Métodos eficientes para detecção de curvas baseados em Gauss-Newton. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual de Campinas, . Início: 2005.
Co-orientador: Paulo José da Silva e Silva.
3.   Ursula Castro de Oliveira. Caracterização molecular e funcional do genoma mitocondrial de Toxoplasma gondii. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2005.
Orientador: Arthur Gruber.

2004

1.   Elier Broche Cristo. Gene Regulation Networks. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2004.
Orientador: Eduardo Jordao Neves.
2.   Gunta Gutmanis. Modulação da composição da parede celular de Nicotiana tabacum através da superexpressão do gene que codifica a enzima ugpase. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2004.
Orientador: Carlos Alberto Labate.

2003

1.   Gilson M. Murata. Definição da rede de interações proteína-proteína das espécies moleculares de FGF2. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2003.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
2.   Gustavo Henrique Esteves. Ambiente computacional para an?lise de Sistemas de Express?o g?nica. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2003.
Orientador: Eduardo Jordao Neves.

*itens sem ano

1.   . Isolamento de Promotor Específico de Xilema para expressar os genes PR5K e bO em Catharanthus roseus e Citrus para controle da Xylella fastidiosa.. . Início: 0.
Supervisor: Helaine Carrer.
2.   . Genoma Funcional: Knockout de genes relacionados à patogenicidade em Xylella fastidiosa-CVC.. . Início: 0.
Supervisor: Helaine Carrer.
3.   . Estudo Filogenetico do Cloroplasto da Cana-de-açúcar.. . Início: 0.
Supervisor: Helaine Carrer.
4.   . Clonagem e Análise da Expressão do gene que confere Resistencia aos Herbicidas Inibidores da Enzima Acetolactato Sintase em Plantas.. . Início: 0.
Supervisor: Helaine Carrer.
5.   Cecília Sella Fonseca. Seleção de células adrenais de camundongo Y1 resistentes a vasopressina. . Início: 0.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
6.   Eduardo Lopes da Silva. Receptores de FGF e FGF2 em queratinócitos humanos. . Início: 0.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
7.   Natany Bissiato Fernandes da Silva. Isoformas de FGF2 em células adrenais de camundongo Y!. . Início: 0.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.


(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26