Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP - NPB


A missão do NPB é o desenvolvimento de modelos matemáticos e ferramentas computacionais para armazenamento, manipulação, análise e visualização de dados experimentais em biologia e medicina.

Tese de doutorado



Número total de itens: 70

2011

1.   Estefhan D. Wandekokem. Grafos e SVMs. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Marcos Abraão de Souza Fonseca. Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para anotação funcional genômica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

2010

1.   Diego Martinez Salvanha. Métodos estatísticos e computacionais de análise em larga-escala da variabilidade genética humana. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2.   Elisa Rennó Donnard Moreira. Análise de Biomarcadores em Tumores Colorretais através da utilização de Sequenciadores de Nova Geração. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
3.   Fabio Cassarotti Parronchi Navarro. Desenvolvimento de métodos computacionais para detecção de variações estruturais genômicas usando sequenciamento de segunda geração. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
4.   Jorge Luis Guevara Dias. Cliques de genes como marcadores moleculares para câncer. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
5.   Marcelo Camacho. Banco de dados para Redes Gênicas. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
6.   Marcos E. B. Broinizi. Recuperação de Informação em banco de dados WEB. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Maria Jaislanny Lacerda e Medeiros. Análise Fisiológica Bioquímica e de Expressão Genica de Plantas de Cana-de-açúcar Transformadas com o gene AtBi-1. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
8.   Márcia B. C. Pereira. Evolucao de banco de dados. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.   Natália Silveira Virgili. Análise da expressão diferencial de genes que codificam proteínas de superfície celular em linhagens e tecidos normais e tumorais. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química - USP, . Início: 2010.
Orientador: Sandro José de Souza.
10.   Ricardo Roberto da Silva. Bioinformática aplicada à Bioenergia: anotação probabilística na metabolômica de cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Genética USP-RP) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

2009

1.   Ana Paula Hidalgo. Anãlise econömica de um projeto de pesquisa institucional. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Bruno Klava. Construção de hierarquias de partições de imagens usando técnicas de aprendizagem computacional. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.   Carolina Cappi. Análise de CNVs em TOC. Tese (Doutorado em psiquiatria) - Instituto de Psiquiatria da FMUSP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Bioinformática para a identificação de vias de sinalização importantes para a pluripotencialidade celular. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
5.   Diogo Patrão. Mapeamento semântico de informação clínica heterogênea de pacientes oncológicos. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A C Camargo, . Início: 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
6.   Jorge J. Gomes Leandro. Reconhecimento estrutural de estruturas de ramificação. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2009.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
7.   José Eduardo Kroll. Eventos de Splicing Alternativo nos Genes do Surfaceoma Humano: busca por novas Moléculas Imunoterapêuticas Câncer-Específicas. Tese (Doutorado em Doutorado) - Ime- Universidade de Sao Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2009.
Orientador: Sandro José de Souza.
8.   Pedro Losco Takecian. Controle de transações para processos transformações e limpeza de dados. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. Início: 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.   Roberto de Almeida Camargo. Regulação da Eficiência Fotossintética em Cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Internacional Biologia Celular e Molecular Vegetal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
10.   Vinicius Rafael Neris dos Santos. Detecção e Classificação Automática de Interferências no Subsolo com GPR Utilizando Redes Neurais Artificiais (RNAs): Estudo no SCGR do IAG/USP. Tese (Doutorado em Geologia Geral e Aplicacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2009.
Co-orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.

2008

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Diferenciaçao entre doença de alzheimer sintomatica e assintomática por meio da técnica de tissue microarray em cerebros humanos post-mortem. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Ana Cecilia Feio dos Santos. Anãlise de danos de DNA e expressao de genes supressores de tumor em tecidos post-mortem em paciaentes com doenca de Alzheimer. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . Início: 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de sequências de vídeo usando morfologia matemática. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
4.   Débora Cristina Corrêa. Caracterização e Avaliação de Qualidade em Composições Musicais Contextualizadas por Estilos. Tese (Doutorado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Fabio V. R. Vicente. Caracterização in Silico de Promotores de Cana de Açúcar. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Co-orientador: Alan Mitchell Durham.
6.   Juliana Galvão da Silva. Ação de FGF2 em células humanas HEK293 e HEK-tTSV40-ucTh transformadas por H-RasV12. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
7.   Marcelo Reis. Análise de redes de expressão gênica modeladas por redes genéticas probabilísticas (PGN). Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2008.
Orientador: Junior Barrera.
8.   Olehg Isaac Aguilar Rojas. Integração do metabolismo de Carbono e Nitrogenio em Cana-de-açúcar. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . Início: 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
9.   Renato Aparecido Pimentel da Silva. Dinâmica de Ising Potts e reacão-difusão em redes complexas corticais e neuronais. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
10.   Rodrigo Fernandes Ramalho. Estudo do Efeito da Seleção Natural em Ativadores de Splicing Exônico (eses) de Populações Humanas Através de Análise de Frequência. Tese (Doutorado em Doutorado) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2008.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
11.   Rogério de Rizzio. Modelagem e simulação de tecidos por modelos multi-resolução. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . Início: 2008.
Orientador: Junior Barrera.
12.   Talita Perciano C. Leite. Reconhecimento de estruturas finas em imagens. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2008.
Orientadores: Roberto Hirata Junior, Roberto Marcondes Cesar Junior.

2007

1.   Alexandre Rossi Paschoal. Predição de genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Ana Beatriz Vicentim Graciano. Casamento de grafos em estruturas 3D. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.   Carlos Henrique Aguena Higa. Modelando Processos Biológicos através de Redes Modelando Processos Biológicos através de Redes Booleanas Probabilísticas. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   Daniel de Oliveira Dantas. Análise de vídeos digitais. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Junior Barrera.
5.   David da Silva Pires. Rastreamento de componentes conexas em vídeo 4D. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.   Denise H Goya. Criptografia sem Certificado Digital. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Routo Terada.
7.   Diane Rizzotto Rossetto. Métodos ótimos para otimização. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
8.   Eduardo Nakano. Decisões de um nariz eletronico. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
9.   Fabio Roberto de Miranda. Processos evolutivos em visão computacional. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
10.   Fernanda Nascimento. Procedência de dados em segurança transfusional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
11.   Helves Domingues. Evolução de Banco de Dados em Métodos Ágeis. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Julianna Dias Zeidles. Efeitos de FGF-2 em queratinócitos humanos imortalizados apresentando fenótipo tumoral. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
13.   Lucas Antiqueira. Análise de estrutura e dinâmica em redes complexas. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
14.   Marcelo Hashimoto. Detecção de objetos por casamento de grafos. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
15.   Maria Juliana Calderon Rodrigues. Isolamento e Identificação de proteínas da parede celular de plantas de cana-de-açúcar.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
16.   Marta Magda Dornelles Bertoldi. O uso de algoritmos genéticos para projeto dois-níveis de operadores morfológicos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
17.   Matheus Palhares Viana. Análise de Redes Geográficas Biológicas. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
18.   Mauro Miazaki. Estudo de expressão gênica e anatomia em neurociências. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
19.   Maysa Malfiza Garcia de Macedo. Caracterização de Árvores Vasculares em Imagens de Ressonância Magnética. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
20.   Osvaldo Vargas Jacques. Sintese de estruturas neuronais. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
21.   Paulo Marques Filho. Prioris não informativas de Jeffreys. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
22.   Thiago Falda Leite. Identificação de genes e proteínas diferencialmente expressas em plantas de Eucalipto resistentes e suscetíveis à ferrugem.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.

2006

1.   André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo sistematiczo de predição de genes. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Edenilson Rabello. Bioinformática aplicada à análise de informações de transcriptoma, proteômica e metabolômica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Kelly Rosa Braghetto. Identificação Não-Supervisionada de Padrões de Fluxos em Workflow Científicos. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientadores: João Eduardo Ferreira, Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.   MATHEUS HENRIQUE DOS SANTOS DIAS. INVESTIGAÇÃO DA EXPRESSÃO DO GENE MRAP (MELANOCORTIN-2 RECEPTOR ACCESSORY PROTEIN) POR RT-PCR EM CÉLULAS TUMORAIS DE CÓRTEX ADRENAL DE CAMUNDONGO, LINHAGEM Y-1, E FIBROBLASTOS 3T3 DE CAMUNDONGO. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2006.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
5.   Rogério Antônio de Oliveira. Modelos Bayesianos na Presença de Dados Omissos. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . Início: 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
6.   Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e sua correlação com o câncer.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2006.
Orientador: Sandro José de Souza.

2005

1.   Fernanda Salvato. Análise do proteoma durante a formação de madeira de tensão em Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2005.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Giovane Cesar da Silva. Métodos eficientes para detecção de curvas baseados em Gauss-Newton. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade Estadual de Campinas, . Início: 2005.
Co-orientador: Paulo José da Silva e Silva.
3.   Ursula Castro de Oliveira. Caracterização molecular e funcional do genoma mitocondrial de Toxoplasma gondii. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Início: 2005.
Orientador: Arthur Gruber.

2004

1.   Elier Broche Cristo. Gene Regulation Networks. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2004.
Orientador: Eduardo Jordao Neves.
2.   Gunta Gutmanis. Modulação da composição da parede celular de Nicotiana tabacum através da superexpressão do gene que codifica a enzima ugpase. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2004.
Orientador: Carlos Alberto Labate.

2003

1.   Gilson M. Murata. Definição da rede de interações proteína-proteína das espécies moleculares de FGF2. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Início: 2003.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
2.   Gustavo Henrique Esteves. Ambiente computacional para an?lise de Sistemas de Express?o g?nica. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2003.
Orientador: Eduardo Jordao Neves.

*itens sem ano

1.   . Isolamento de Promotor Específico de Xilema para expressar os genes PR5K e bO em Catharanthus roseus e Citrus para controle da Xylella fastidiosa.. . Início: 0.
Supervisor: Helaine Carrer.


(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26