Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP - NPB


A missão do NPB é o desenvolvimento de modelos matemáticos e ferramentas computacionais para armazenamento, manipulação, análise e visualização de dados experimentais em biologia e medicina.

Total de orientações concluídas



Número total de itens: 392

2011

1.   Andréa Britto Mattos. Animação de faces tridimensionais baseada em registro estrutural. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Ariane Morassi Sasso. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Neurospora crassa. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
3.   Ellen Hidemi Fukuda. Tópicos em penalidades exatas diferenciáveis. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
4.   Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.   Julio Cesar Oliveira Garcia. Reconhecimento Estatístico de Padrões na busca por marcadores em câncer de próstata e bexiga. (Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
6.   Leonardo Rippel Salgado. Anotação funcional probabilística do transcritoma da Seringueira (Hevea brasiliensis). (Pós-Graduação em Genética) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
7.   Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Complexação Molecular de Proteínas. Cid de Oliveira Leite, Universidade de São Paulo. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

2010

1.   Alexandre Noma. Casamento de grafos, MRF e propagação de crenças. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Alexandre Ouno Atoji. Implementação de uma grade BOINC no CEC com aplicações para codificação de vídeos. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
3.   Andre Luiz Barbosa. Regeneração de Plantas de Cana-de-Açúcar. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
4.   Daniel Ribeiro. Emparelhamentos hiperelípticos em criptografia. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . 2010.
Orientador: Routo Terada.
5.   Eduardo Yoshio Nakano. Soluções bayesianas para alguns problemas clássicos com dados discretos. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
6.   Elisa Pereira Kameda. Redução de dimensionalidade em modelos de bancos de dados multidimensionais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Evandro Vagner Tambarussi. Desenvolvimento de metodologias biotecnológicas pra micropropagacao, regeneracao e transformacao genetica de teca visando reisistencia a Hyblaea puera. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
8.   Fabio Filocomo. Seleção de atributos e desenvolvimento de classificador para determinação de status tumoral em pacientes do Hospital A. C. Camargo. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Fundação Antônio Prudente. 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
9.   Fernanda Salvato. Identificação de proteínas diferencialmente expressas na região cambial de Eucalyptus grandis durante a indução da formação da madeira de reação. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
10.   Frederico Almeida de Jesus. Estudo de genes da família SnRK relacionados ao acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Helaine Carrer.
11.   Fábio Tebaldi Siqueira Nogueira. . Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Supervisor: Helaine Carrer.
12.   Gabriel Haeser. . Universidade de São Paulo, . 2010.
Supervisor: Paulo José da Silva e Silva.
13.   Gustavo Di Giovanni Bernardo. Uma abordagem do (FBST) em testes de simetria em tabelas de contingência. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Julio Michael Stern.
14.   Jesus pascual Mena Chalco. Reconstrução de faces 3D através de espaços de componentes principais. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matematica e Estatistica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
15.   José Matheus Camargo Bonatto. Consequências da expressão constitutiva do gene Lhcb1*2 de Pisum sativum em plantas de Nicotiana tabacum: impactos no proteoma foliar, montagem dos fotossistemas e influência no desenvolvimento vegetal. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
16.   Mina Cintho. Classificação das mutações de vírus HIV. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
17.   Márcio de Mendonça Mancine Dantas. Desenvolvimento do módulo de gerência de SMS ubíquo para sistema de suporte ao tratamento preventivo de crianças portadoras de diabetes tipo 1. (Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Instituto Edumed. 2010.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
18.   Pedro Pais Lopes. Análise de benefícios do paralelismo por comunicação unilateral em aplicações com grades não estruturadas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Siang Wun Song.
19.   Rafael Inhasz. Programação genética: operadores de crossover, blocos construtivos e emergência semântica. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2010.
Orientador: Julio Michael Stern.
20.   Wonder Alexandre Luz Alves. Localização de Texto em Imagens de Cenas por meio de Operadores Morfológicos. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2010.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2009

1.   Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
2.   Ana Crolina Zakir. Cultura de Tecidos e Transformação Genética de Jatropha curcas (pinhão manso). (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   André Luiz Teixeira Vinci. Análise estatística e computacional do transcritoma de cepas geneticamente idênticas pré e pós tratamento de um paciente chagásico com Benznidazol. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4.   André Shoji Asato e Rafael de O. Lopes Gonçalves. Acessibilidade para deficientes visuais para cores. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
5.   Antônio Carlos Santos. Métodos de Penalidade e Barreira para Programação Semidefinida. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
6.   Ariane Machado Lima. Caracterização fenotípica, genética e neurobiológica do transtorno obsessivo-compulsivo e suas implicações para o tratamento. Universidade de São Paulo, . 2009.
Supervisor: Helena Paula Brentani.
7.   Barbara P Melo. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
8.   Beatriz Stransky. Modelagem multi-resolução de tecidos. Instituto de Matemática e Estatística da USP, Fundação de Apoio à Pesquisa do Estado da Paraíba. 2009.
Supervisor: Junior Barrera.
9.   Bruno Klava. Segmentação Interativa de Imagens via Transformação Watershed. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
10.   Bruno Yoiti Ozahata. Análise estrutural de expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
11.   Daniel Antonio Fernandes Bojczuk. Interatômica: estudo em larga-escala de interação/complexação de proteínas. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
12.   Daniel Augusto Cortez. HTself2: combinando p-valores para melhorar a classificação de genes diferencialmente expressos no HTself. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
13.   Daniel Ferreira Santos e Eduardo B. Mascarenhas Apolinário. Reconstrução e Síntese de Cenários Tridimensionais a partir de Imagens Estereoscópicas. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
14.   Daniel Hanna Leite El Ottra. Previsão e prevenção de falhas em sistemas computacionais. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Siang Wun Song.
15.   Daniel Onofre Vidal. Identificação em larga escala de transcritos antisenso e genes com expressão alélica diferencial utilizando bancos de dados de SAGE e MPSS. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
16.   Danila Montewka Melotto. Transformação genética de cana-de-açucar pro biolística e Agrobaceterium tumefaciens visando estudar o mecanismo de morte celular programada. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
17.   Edson Kenji Ninomiya e José Antonio Cardoso Marum Jr. Visualizador de Múltiplos Vídeos. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
18.   Fabio Filocomo. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Arabidopsis thaliana.. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
19.   Guilherme Tozo de Carvalho. Aplicação de práticas ágeis na construção de data warehouse evolutivo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
20.   Gustavo Vrech Rigo. Atencão seletiva e saliência visual. Dissertação (Mestrado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
21.   Jacqueline Salotti. Mecanismos moleculares e celulares de citotoxicidade FGF2 parácrinoem células tumorais dependentes de Ras. Tese (Doutorado em Porgrama de Pós-Graduaçaõ em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
22.   Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
23.   Joice Bissoloti Brigati. Análise Anatômica e molecular do albedo de frutos de Citrus sinensis (L.) Osbeck "Pera"na interação com Guignardia citricarpa. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
24.   João Fernando Serrajordia Rocha de Mello. Modelo preditivo para perda de crédito e sua aplicação em decisão de spread. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
25.   Leandro Lima. Identificação de redes de expressão gênica no contexto de malária. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Junior Barrera.
26.   Luiz Fernando Corte Real. Simulação do Movimento Browniano em 3D em Tempo Real. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
27.   Marcela Ortega. Indexação de Dados Semi-estruturados para o Sistema de Informação CEGH. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
28.   Marcos Bonci. Medsquare: Plataforma Modular Para Exploração de Imagens Tomográficas. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
29.   Mateus Augusto Silva Santos. Análise comparativa de protocolos de segurança para redes de sensores sem fio. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . 2009.
Orientador: Routo Terada.
30.   Maurício Egidio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
31.   Omar Mahmoud Abou e Otavio Moura do Nascimento. Criação de portais renderizados em mundos 3D. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
32.   Pedro Paulo de Souza Bento da Silva. Atualização Incremental de Data Warehouses. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
33.   Rafael Bassi Stern. Diagramas de Influência e Teoria Estatística. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
34.   Rafael Moreira Neves. Desenvolvimento de um sistema de distribuição de tarefas em redes de computadores para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas. (Graduando em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Arthur Gruber.
35.   Renato Callado Borges. Criação de Imagens Sintéticas de Ressonância Magnética de Difusão. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
36.   Ricardo Alexandre Bastos. Reconhecimento de caracteres em expressões matemáticas manuscritas. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
37.   Ricardo Cacheta Waldemarin. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Escherichia coli. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
38.   Rodrigo Luiz Marques Flores. BOINC + R: Executando rotinas de bioinformática em grades oportunistas. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
39.   Rogério Antonio de Oliveira. Modelos bayesianos para dados categorizados com censura. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
40.   Simone Guidetti. Identificação de genes envolvidos na defesa contra patógenos no banco de dados do CitEST e em macroarranjos da interação Citrus sinensis-Guignardia citricarpa. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
41.   Thiago Miranda Ferreira. Previsão e prevenção de falhas em sistemas computacionais. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Siang Wun Song.
42.   Vilc Q. Rufino. Acordo de Chaves Hierárquico sem Certificado. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, . 2009.
Orientador: Routo Terada.

2008

1.   Aderbal Ruy Teodoro da Silva. Avaliação da expressão gênica na doença de alzheimer atraves da técnica de cdn microarray em amostras de cerebro post-mortem humano. Dissertação (Mestrado em Fisiopatologia experimental) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Helena Paula Brentani.
2.   Anderson Fraiha Machado. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
3.   Breno Flesch Franco. Aperfeiçoamento de um software para reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
4.   Bruno Augusto Nassif Travencolo. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Caio Lucidius Naberezny Azevedo. Modelos longitudinais de grupos multiplos multiníveis na teoria da resposta ao item: métodos de estimação e seleção estrutural sob uma perspectiva bayesiana. Tese (Doutorado em Doutorado em Estatistica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
6.   Celina Maki Takemura. Análise de posição relativa de objetos usando formas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
7.   Chang Yu Fang. Estimação Intervalar para os parâmetros das Distribuições Discretas Usuais. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
8.   Cristiano Perez Garcia. Uma abordagem hierárquica para o reconhecimento de caracteres em expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
9.   David Corrêa Martins Junior. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientadores: Junior Barrera, Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.   Diego Mira David. Casamento de formas com o descritor shape context. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
11.   Eduardo da Cruz Maduro Picelli. Estudo de peptídeos hormonais na regeneração de plantas e transformação genética em Cana-de-Açúcar com o gene ddm1. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
12.   Eduardo Leal Oliveira Camargo. Análise proteômica da região cambial de árvores adultas de Eucalyptus grandis. Dissertação (Mestrado em Fisiologia Bioquímica de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
13.   Grace Anne Pontes Borges. Fluxo de dados em redes de Petri coloridas e em grafos orientados a atores. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Guilherme Otranto e Thomaz Rodrigues Gomes. Projeto e desenvolvimento de um simulador para jogos de futebol. (Graduação em CIência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Junior Barrera.
15.   Gunta Gutmanis. Modulação do gene ugp e análise das alterações na composição dos carboidratos da parede celular primária e secundária de Nicotiana tabacum e Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
16.   Henrique Stagni. Modelando Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
17.   J. J. G. Leandro. Análise e classificação de formas de estruturas de ramificação. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
18.   João Luiz Bunoro Batista. Ambiguidade em Redes Complexas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
19.   Julio César Nunes. Analise correlacional entre a expressao dos fatores de splicing e a ocorrencia de splicing alternativo em tecidos humanos e de camundongos.. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Sandro José de Souza.
20.   Keini Dressano. Transformação Genética de Tabaco com o Gene als. (Graduação em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
21.   Keini Dressano. Expressão do gene ALS em fumo. (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Comissão de Bolsas e Estágios/ESALQ/USP. 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
22.   Leonardo Varuzza. Métodos estatísticos e computacionais para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
23.   Linder Cândido da Silva. Simulações por dinâmica molecular aplicadas ao estudo de defeitos em cristais coloidais bidimensionais. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
24.   Luciano Vieira de Araújo. Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
25.   Luis Felipe Boaretto. Identificação de proteínas diferencialmente expressas e avaliação da composição química da parede celular da folha de clones de Eucalyptus grandis em resposta à ferrugem (Puccinia psidii Winter). Dissertação (Mestrado em Fisiologia Bioquímica de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
26.   Luiz Carlos Rozante. Modelos para Especialização Celular. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
27.   Luiz Henrique Rorato Decaro. Foundation: facilitando a implementacao de operacoes do tipo CRUD em aplicacoes JavaEE.. Dissertação (Mestrado em Pro- grama de Mestrado Pro#64257;ssional em Engen- ha) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
28.   Marcelo Ris. Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . 2008.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Junior Barrera.
29.   Marcelo Ris. Representaç;ão de sistemas biológicos a partir sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
30.   Marcio Alves Diniz. Um Teste Preciso para Raízes Unitárias e Co-Integração. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Julio Michael Stern.
31.   Maria Rangel. Identificação de marcadores moleculares emcâncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
32.   Milene Ferro. Desenvolvimento e validação de protocolos para a anotação automática de sequências ORESTES de Eimeria spp. de galinha doméstica. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Arthur Gruber.
33.   Márcio Katsumi Oikawa. Geração de expressões algébricas para processos de negócio usando reduções de digrafos série-paralelo. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
34.   Paulino Ribeiro Villas Boas. . Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
35.   Paulino Ribeiro Villas Boas. Efeito da amostragem nas propriedades topológicas de redes complexas. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
36.   Pedro Alexandre Favoretto Galante. A Large scale gene expression analysis of the human and mouse brain.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
37.   Pedro Losco Takecian. ACP e LOTOS: um estudo comparativo baseado em conceitos de BPEL e padrões de controle de fluxo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, National Institutes of Health. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
38.   Rafael Carvalho de Oliveira. Análise nutricional de frangos de corte. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
39.   Renato da Silva Ramalho. Implementação de esquemas de criptografia e de assinatura sob o modelo de criptografia de chave pública sem certificado. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Routo Terada.
40.   Ricardo Sider. Análise Estrutural de Expressões Matemáticas Manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
41.   Suzane Mayumi Massato. Proposição de uma estratégia de inspeção de software. Dissertação (Mestrado em Informática) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2008.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
42.   Tiago José P Sobreira. Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: Uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
43.   Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2007

1.   A. Mello, E. Y. Komatsu, F. Okuda e L. Hing. Math-Picasso: Segmentação e reconhecimento de caracteres em expressões matemáticas manuscritas. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   Alexandre Dermargos Oliveira. FGF2: estudo de estrutura e função. Tese (Doutorado em Curso de Bioquímica) - Instituto de Química, Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
3.   Alexandre dos Santos Cristino. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
4.   Ana Beatriz Vicentim Graciano. Rastreamento de objetos baseado em reconhecimento estrutural de padrões. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.   Ana Letícia Ferreira Bertolo. Alteração da composição dos polissacarídeos da parede celular de Nicotiana tabacum, pela modulação da expressão do gene uxs que codifica a enzima UDP-D-glucuronato descarboxilase (EC 4.1.1.35). Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
6.   Andre de M. Folli e Bruno H. Yoshimura e Gustavo A. Nery. Adequabilidade do Kepler para pacotes de Bioinformática do R. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
7.   André Yoshiaki Kashiwabara. MYOP: Um ar cabouço para a predição de genes ab-initio. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
8.   Barbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Orientador: Helena Paula Brentani.
9.   Barbara Pereira de Mello. Identificação de novos transcritos humanos através da exploração racional do banco de dados do Projeto Genoma do Câncer Humano (HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
10.   Berenice Kussumoto de Alcântara. Biologia Molecular. (Graduando em Engenharia Florestal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
11.   Bruno Augusto Nassif Travençolo. Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
12.   Carlos Francisco Ragassi. Caracterização do gene Snf I em cana-de-açúcar. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
13.   Catia Yumi Nagae. Amostragem Intensional. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
14.   Cátia Petri. Relação entre níveis de significância Bayesiano e frequentista: e-value e p-value em tabelas de contingência. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
15.   César Armando Beltrán Castañón. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientadores: Arthur Gruber, Luciano da Fontoura Costa.
16.   Danielle Gregório Gomes Caldas. Análise do Transcritoma da região cambial de Eucalyptus grandis e identificação de genes diferencialmente expressos em árvores juvenis e adultas.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
17.   Daves Aparecido Miguel. CULTURA DE TECIDOS E CONSTRUÇÃO DE VETOR DE TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA DE TOMATE (Lycopersicon esculentum Mill.). (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
18.   David da Silva Pires. Rastreamento de componentes conexas em vídeo 4D. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
19.   Douglas Vasconcelos Cancherini. Estrutura e evolução das redes de interação entre as proteínas.. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Sandro José de Souza.
20.   Eduardo da Cruz Maduro Picelli. Transformação genética de Citros. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, SESU/MEC/PET. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
21.   Eduardo Takeo Ueda. Uma versão mais forte do algoritmo RC6 contra criptanálise qui-quadrado. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Routo Terada.
22.   Ellen Hidemi Fukuda. O Algoritmo do Volume e Otimização Não-Diferenciável. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
23.   Elza Helena Andrade Barbosa Durhan. Mapeamento do uso alternativo dos sitios de splicing 5'e 3'emproteinas - estudo de caso por métodos teórico s e experimentais. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Sandro José de Souza.
24.   Ernesto Coutinho Colla. Aplicação de Técnicas de Fatoração de Matrizes Esparsas para Inferência em Redes Bayesianas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Julio Michael Stern.
25.   Fabio Passetti. Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
26.   Felipe Augusto Gasparotto. Isolamento de DNA de Cloroplasto de Café (Coffea arábica). (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
27.   Fernando Valvano Cerezetti. Seleção de Modelos Econométricos não Aninhados: J-teste e FBST. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Julio Michael Stern.
28.   Filipi Nascimento Silva. Dinâmica de múltiplos agentes em redes complexas. Dissertação (Mestrado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
29.   Florencia Graciela Leonardi. Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das sequencias de proteínas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Co-orientador: Hugo Aguirre Armelin.
30.   Francisco Aparecido Rodrigues. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
31.   Francisco Aparecido Rodrigues. Caracterização, classificação e análise de redes complexas. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
32.   Francisco Martins Moreira. Teste de credibilidade para a determinação da região em que as caudas de distribuições são aproximadas por funções Pareto, com aplicações em análise de risco. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Julio Michael Stern.
33.   Gabriela Conti. Efeito da superexpressão do gene miox2 de Arabidopsis, na composição de carboidratos de parede celular secundária de plantas transgênicas de tabaco. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
34.   Gustavo Bianchi Maia. Ferramenta para integração de banco de dados multidimensionais e softwares de visualização de séries temporais. Dissertação (Mestrado em Pós graduação Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
35.   Gustavo Starvaggi França. Mapeamento dos eventos de EXON-SHUFFLING em Eucariotos.. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sandro José de Souza.
36.   Janaina de Santana Borges. Uso de marcadores para identificação de clones de Eucaliptus. (Graduando em Engenharia Florestal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Copener, Bahia Pulp. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
37.   José Matheus Camargo Bonatto. Identificação e análise de proteínas diferencialmente expressas da raiz de Eucalyptus grandis em resposta ao déficit hídrico.. (Graduação em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
38.   Juliano Bragatto. Avaliação da composição química da parede celular de plantas de tabaco (Nicotiana tabacum) que superexpressam o gene ugdh de soja, que codifica a enzima UDP-glicose desidrogenase (EC 1.1.1.22). Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
39.   Júlia Pinheiro Chagas da Cunha. Estudo funcional de variantes de Splicing com expressão diferencial em tecidos tumorais baseados em mutações em sitios enhancers e silenciadores de Splicing encontrados em bancos de dados de tumores.. Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Sandro José de Souza.
40.   Luciano Borges Censoni. Análise de seqüência de amino ácidos. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
41.   Luis Enrique Correa da Rocha. Redes Acopladas: estrutura e dinâmica. Dissertação (Mestrado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
42.   Marcelo de Souza Lauretto. Selecao de Modelos Atraves de um Teste de Hipotese Genuinamente Bayesiano. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Julio Michael Stern.
43.   Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de marcadores moleculares em câncer de mama através da tácnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
44.   Marlon Wisner Valgas. Métodos de Projeção Ortogonal Diagonalmente Relaxados com Aplicação em Reconstrução de Imagens. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
45.   Matheus Palhares Viana. Metodologia das redes complexas para caracterização do sistema de Havers. Dissertação (Mestrado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
46.   Mauricio Chui Rodrigues. Encapsulando a NavigationPlanTool como Serviços Web. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
47.   Mayra Costa da Cruz Gallo de Carvalho. Caracterização de perfis transcricionais de folhas e da região cambial de Eucalyptus grandis usando o SAGE. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
48.   Nestor Walter Trepode. Modelagem do Controle Gênico do Ciclo Celular por Redes Genéticas Probabilísticas. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientadores: Hugo Aguirre Armelin, Junior Barrera.
49.   Noboru Jô Sakabe. Estudo computacional de elementos reguladores de splicing alternativo em larga escala e identificação de novos elementos candidatos.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sandro José de Souza.
50.   Philipe Dalla Bernardina. PCA-tree: uma proposta de indexação multidimensional. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2007.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
51.   Raphael Tozelli Carneiro. Análise serial da expressão gênica do caule de plantas de Eucalyptus grandis com 6 meses de idade.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
52.   Roberta Magalhães Chagas. Alterações Bioquímicas e respostas oxidativas em plantas de cana-de-açúcar (Saccharum officinarum L.) tratadas com Paraquat.. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
53.   Robson Francisco de Souza. Identificação de novas proteínas componentes do septo de divisão celular usando genômica comparativa.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
54.   Rodrigo Marques Flores. R-GeneCliques. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
55.   Rodrigo Rueda. Ferramenta para Segmentação Interativa de Imagens. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
56.   TATIANA GUIMARÃES DE FREITAS MATOS. Mecanismos anti-proliferativos disparados por FGF2 e éster de forbol em células de camundongos transformadas por Ras. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
57.   Thiago Afonso de André. Penalidades Exatas para Desigualdades Variacionais. Dissertação (Mestrado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
58.   Thiago M. Paixão. Rastreamento de objetos baseado em atualização de modelos em imagens de fundo dinâmico. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
59.   Thiago Meireles Paixão. Atualização de modelos e fundos dinâmicos para rastreamento. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Co-orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
60.   Yossi Zana. Análise de faces em coordenadas polares. Instituto de Matematica e Estatistica, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Supervisor: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2006

1.   Adão de Melo Neto. Multiplicação Eficiente em Curvas Elípticas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Routo Terada.
2.   Alexander de Andrade. Sequenciamento, identificação e análise de proteínas do caule de mudas de Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Alexandre Eiki Onishi. Técnicas de Reuso de Software aplicadas na Elaboração de Arquiteturas Corporativas. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Siang Wun Song.
4.   Alexandre Proietti Viotti. Desenvolvimento de marcadores microssatélite para a diferenciação de cepas de Eimeria tenella e E. acervulina. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Apoio à Universidade de São Paulo. 2006.
Orientador: Arthur Gruber.
5.   Andre Rodrigo Sanches. Sistema de gerenciamento e análise de dados por bioinformática. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2006.
Orientadores: Nina Sumiko Tomita Hirata, Luciano da Fontoura Costa.
6.   Bruno Klava. Ferramenta interativa para segmentação de imagens digitais. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.   Carlos Henrique Aguena Higa. Coeficiente de Determinação, Predição Intrinsicamente Multivariada e Genética. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
8.   Daniel André Vaqueri. Projeto multi-resolução de operadores morfológicos a partir de exemplos. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Junior Barrera.
9.   Denise H Goya. Proposta de esquemas de criptografia e de assinatura sob modelo de criptografia de chave pública sem certificado. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Routo Terada.
10.   Devanir Zuliani. Projeto Conceitual de Workflow. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Software) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
11.   Eduardo Pires, Pedro Oliveira e Ricky Chow. Sistema Titanium de Reconhecimento de Escrita Online - SisTREO. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
12.   Filipi Nascimento Silva. Aplicações de redes complexas hierárquicas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
13.   Francisco Sobreira Netto. Medição de desempenho do gerenciamento de processos de negócio -BPM no PNAFE: uma proposta de modelo. Tese (Doutorado em Administração) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Fábio Mazete Reaes. Reconhecimento de faces em imagens: projeto Beholder. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
15.   Fábio Nakano. Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade - concepção e implementação. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2006.
Orientadores: Hugo Aguirre Armelin, Carlos Alberto de Braganca Pereira.
16.   Guilhermo Rafael Salvatierra. Identificação de genes diferencialmente expressos em árvores de Eucalyptus grandis susceptíveis e resistentes à Puccinia psidii. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
17.   Henrique Sérgio Alves. Sequenciamento completo do genoma cloroplastidial de Eucalyptus grandis.. Dissertação (Mestrado em Fisiologia Bioquímica de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Helaine Carrer.
18.   Jane Silveira Fraga. Caracterização Molecular e Estudo Comparativo de Vírus de Eimeria spp. de Galinha Doméstica. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Arthur Gruber.
19.   João Vitor Baldini Soares. Um novo método de segmentação de imagens de retina usando wavelets. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
20.   Karem Guimarães Xavier Meireles. Identificação de proteínas expressas na região cambial de Eucalyptus grandis, por espectrometria de massa. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
21.   Kelly Rosa Braghetto. CONTROLE DE PADRÕES DE FLUXOS DE PROCESSOS EM BANCOS DE DADOS RELACIONAIS. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
22.   Marconi Soares Barbosa. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
23.   Marcos Eduardo Bolelli Broinizi. Validacao Agil e Precisa de Projetos Conceituais de Banco de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
24.   Maria Rangel. Câncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2006.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
25.   Milene Ferro. Desenvolvimento de componentes de anotação de seqüências para o sistema EGene de geração de pipelines . (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Arthur Gruber.
26.   Nelson Takashi Omori. Algumas Ferramentas e Conceitos Utilizados em GED. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Siang Wun Song.
27.   Paola A F Celedon. Identificação de proteínas da região cambial de Eucalyptus grandis por eletroforese bidimensional e espectrometria de massas. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
28.   PAULA FONTES ASPRINO. Análise de expressão gênica por microarranjos de cDNA em linhagens de células adrenais tumorigênicas tratadas com FGF2 e ACTH. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
29.   RICARDO DA SILVA CARVALHEIRO. Integração de estruturas de endereçamento para viabilizar a automatização do georreferenciamento de cadastros: Um estudo de caso. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
30.   Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. Análise estatística de imagens: microarranjos de DNA e Ressonância Magnética Funcional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
31.   Silvio Rodrigues de Faria Junior. Um ambiente computacional para um teste de significância bayesiano. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2006.
Orientador: Julio Michael Stern.
32.   Valesca Pandolfi. Análise transcricional do fitopatógeno Fusarium graminearum Schwabe na interação antagonista com a bactéria Pantoea agglomerans Gavini. Tese (Doutorado em Ciências) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura-CENA/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Helaine Carrer.
33.   Vera Nagamuta. Um Arcabouço para Composição, Teste e Simulação de Protocolos de Handover Suave. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Siang Wun Song.
34.   Willian Waiteman Rodrigues. Testes de significância em tabelas de contingência 2x2 usando o modelo logístico-normal. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
35.   Wilson César Machado da Rocha. Ferramenta de rede para processamento distribuído/paralelo. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2006.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.

2005

1.   Adolpho da Costa Pacheco e Camila Pacheco Marques. Combinação de Classificadores. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   Adriano Polpo de Campos. Analise de Sobrevivencia de um Sistema em Paralelo: Uma Perspectiva Bayesiana Não-paramétrica. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
3.   Alfredo Roberto Júnior. Criação de núcleos específicos para determinados problemas de classificação usando maquinas de suporte vetorial. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
4.   André Thomas Kowaltowski. Sistema Cápere. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Siang Wun Song.
5.   Antônio Carlos Santos. Máquinas de suporte vetorial e sua aplicanção na detecção de spam. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2005.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
6.   Arnaldo Câmara Lara. Segmentação de sequências de vídeo usando morfologia matemática. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
7.   Ben Thomson. Segmentation of Vasculature from CT images. Orientação de outra natureza - Yale University - School of Medicine, . 2005.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
8.   Carlos da Silva dos Santos. Técnicas de classificação no diagnóstico cardíaco baseado em quantificação de movimento de imagens nucleares. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
9.   Célia Martins Cortez. . Instituto de Física de São Carlos, Human Frontiers. 2005.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
10.   Daniela Defavari do Nascimento. Clonagem do cDNA que codifica a enzima Mio-Inositol oxigenase (EC 1.13.99.1) de Arabidopsis thaliana e modulação da expressão do gene via anti-sense em plantas de Nicotiana tabacum L.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
11.   Dilson Silva. . Instituto de Física de São Carlos, Human Frontiers. 2005.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
12.   Edgar Kenji Yamamoto. Projeto Nukenin. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Siang Wun Song.
13.   Edson Koiti Nakamura. Um sistema de bases de dados para investigações em neurociências. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
14.   Eduardo da Cruz Maduro Picelli. Transformação genética de Citros. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . 2005.
Orientador: Helaine Carrer.
15.   Elisa Napolitano e Ferreira. Identificação de variantes de splicing sob influência da alta expressão do oncogene ERBB2 em câncer de mama. Tese (Doutorado em Doutorado) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
16.   ERICO TOSONI COSTA. Ações antagônicas de FGF2 em células tumorais de camundongo: disparo de mitogênese e de morte celular.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
17.   Irving Joseph Berger. Transformação de genomas plastidiais de tomate e fumo visando a modificação do metabolismo de tocoferóis. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Co-orientador: Helaine Carrer.
18.   Jefferson Schoenfeld. Bagging e Boosting Aplicados ao Projeto de Operadores Morfológicos de Imagens. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
19.   Jesus Mena-Chalco. Identificação de Regiões Codificantes de Proteína através da Transformada Modificada de Morlet. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
20.   Jishu Ashimine. Definição de uma nova função critério baseada em distâncias nebulosas com múltiplos protótipos para seleção de características. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
21.   Julio Cesar Mila. Utilização de ontologias na especificacao de processos e regras de negocio. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2005.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
22.   Luis Anibal Diambra. . Instituto de Física de São Carlos, Human Frontiers. 2005.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
23.   Luiz Gustavo Martins. Uma ferramenta interativa para análise de padrões baseada em entropia.. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2005.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
24.   Marco Antonio Oliveira da Silva. Simulação da dinâmica de um quimiostato via autômato-celular.. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
25.   Maria Dulcetti Vibranovski. Comparação da estrutura terciária de proteínas: Implicações na evolução dos genes e origens dos domínios proteicos.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Sandro José de Souza.
26.   Natanja Sara Kirschbaum Salger. Desenvolvimento de um sistema em larga escala para o estudo computacional de formas de Splicing alternativo diferencialmente expressos em tumores e sua validação experimental. . Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Sandro José de Souza.
27.   Ney Barros Luz. Análise Automática de desempenho de Classificadores e Técnicas de Classificação na Plataforma R. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
28.   Pedro Roberto Rodrigues Prado. Metodologias para análise de morfologia e sinais sonoros na discriminação de grupos de organismos. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, . 2005.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
29.   Rafael Crivellari Saliba Schouery. Computador Hipo. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
30.   Raphael Bessa Parmigiani. Caracterização de um novo antígeno tumoral: CTSP-1. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
31.   Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
32.   Roberto Seiti Yamashiro. Projeto Nukenin. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Siang Wun Song.
33.   Rodrigo Assirati Dias. Arquiteturas em grade para aprendizado estatístico e computacional. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
34.   Rogerio Fonseca. Avaliação das ORESTES no-match geradas pelo projeto HCGP. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Helena Paula Brentani.
35.   Rosianni de Oliveira Cruz. Modularização da Coleta de Lixo na Máquina Virtual de Pesquisa Jikes. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
36.   Silvia Cristina Dias Pinto. Análise de formas 3D usando wavelets 1D, 2D e 3D. Tese (Doutorado em IFSC-USP - São Carlos) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientadores: Roberto Marcondes Cesar Junior, Luciano da Fontoura Costa.
37.   Ulisses Kendi Hayashida. Desenvolvimento de Algoritmos Paralelos para Aglomerados com a Técnica de Paralelização de Laços. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Siang Wun Song.
38.   Wilma Regina Barrionuevo. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, Human Frontiers. 2005.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.

2004

1.   Abel Dionizio Azeredo. . Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
2.   Adriano Reis Lucheta. Clonagem e Análise do Gene Codificador da Enzima Acetolactato Sintase (ALS) em Amaranthus quitensis e Bidens pilosa. Dissertação (Mestrado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2004.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Bianca Bacci Fernandes. Design Patterns for DIP. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, . 2004.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
5.   Bruno Costa de Paula. Um Modelo de Previsão de Inadimplência Relevância das Informações Contábeis na Concessão de Créditos a Empresas. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
6.   Caetano Giminez Carezato. Análise de classificadores de seqüências projetados por aprendizado computacional supervisionado e não supervisionado.. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientadores: Junior Barrera, Sandro José de Souza.
7.   Camila Malta Romano. Caracterização molecular e análise comparativa de genomas mitocondriais de Eimeria spp. de galinha doméstica. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Arthur Gruber.
8.   Cristiano Garcia Costa. FatorLex - Compilador para a Linguagem FatorRW/H. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2004.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
9.   Daniel André Vaquero. Projeto Multirresolução de Operadores Morfológicos a Partir de Exemplos. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Co-orientador: Roberto Hirata Junior.
10.   Daniel O. Dantas. Uma técnica automática para medida de sinal de imagens de cDNA. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Junior Barrera.
11.   Daniel Vieira. Geração de Classificadores de Seqüências Genéticas Utilizando Inferência de Linguagens Regulares. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
12.   Daniela de Moraes e Silva Granja. Modelo de Inferência Não Linear para Alocação de Carteira. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Julio Michael Stern.
13.   Daniela Mayumi Ushizima. Diagnóstico de Leucemia Linfóide Auxiliado por Computador. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
14.   Danila Montewka Melotto-Passarim. Estudo Evolutivo do Cloroplasto nas Espécies de Cana-de-açúcar (Saccharum spp.). Dissertação (Mestrado em Fisiologia Bioquímica de Plantas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Helaine Carrer.
15.   David Corrêa Martins Junior. Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e de processamento de imagens. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
16.   Ellen Hidemi Fukuda. Álgebra linear computacional aplicada a recuperação de informações. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
17.   Erbe Pandini Rodrigues. Lacunaridade para caracterização de formas de dimensão finita. Dissertação (Mestrado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
18.   Eric Rodrigo Ramos. Design Patterns for DIP. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, . 2004.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
19.   Fernando da Conceição Lourenço. Dimensionamento e Alocação de Linhas em Portfólios de Crédito. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Julio Michael Stern.
20.   Fábio Correa Xavier. Sistema de autorização baseado em infra-estrutura de privilégios. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Routo Terada.
21.   Guilherme Pereira Vanni. List Ranking: Um Estudo Experimental. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Siang Wun Song.
22.   Gunta Gutmanis. Clonagem do cDNA que codifica a enzima UDP-glicose pirofosforilase de batata (Solanum tuberosum L.). Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2004.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
23.   Gustavo P. Esteves. Validação de medidas de expressão gênica em imagens de microarray. Dissertação - Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Co-orientador: Junior Barrera.
24.   Gustavo Tadao Okida. Índices para consultas por conteúdo em bancos de dados heterogêneos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
25.   Jorge Tonami. Implementação e análise de protocolos de Katz e Yung. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Routo Terada.
26.   José Marcelo Biagioni Baroni. Evidência em testes de hipóteses: Alguns casos relacionados à distribuição binomial. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
27.   Maarten Rudolph Leerkes. Desenvolvimento de uma abordagem in silico para a identificacao de genes diferencialmente expressos em tumores.. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Sandro José de Souza.
28.   Marcos Antônio Coque Junior. Fatores competitivos de risco sob o Modelo Weibull: Uma perspectiva bayesiana. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
29.   Matheus Palhares Viana. Análise de Imagens Biológicas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
30.   Mauro Kendi Noda. Sistema de Monitoração de Temperatura em Laboratório. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, . 2004.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
31.   Michelle Matos Horta. Processamento de imagens e processos estocásticos (título preliminar). Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
32.   Paula Akemi Nishimoto. A dotNet Grid Computer. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, . 2004.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
33.   Raqueline Cunha Cordeiro. Caracterização de plantas transgênicas de tabaco (Nicotiana tabacum L.) que expressam o gene Lhcb1*2 de ervilha quanto aos impactos no desenvolvimento dos cloroplastos e formação do fotossistema II. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
34.   Renata Antonia Tadeu Arantes. Análise de Imagens em Biologia. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
35.   Ricardo Nishikido Pereira. BlastPhen - agrupamento por similaridade com genomas completos.. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
36.   Ricardo Vêncio. Análise estatística de expressão gênica por SAGE. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
37.   Rodrigo Assirati Dias. A dotNet Grid Computer. (Graduação em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, . 2004.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
38.   Sandra Fernandez. Desenvolvimento de marcadores moleculares para a diferenciação de cepas e espécies de Eimeria spp. de galinha doméstica. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Arthur Gruber.
39.   Tamar Rudnick. Neuropathological Abnormalities of the Corpus Callosum in Bipolar Disorder: A Diffusion Tensor Imaging Study. (Graduação em Bachelor in Psychology) - Yale University, . 2004.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
40.   Victor Samuel Zago Alves. Avaliação de uma Modalidade de Plano VGBL Composto Através de um Processo de Ramificação e Gerenciamento da Reserva do Fundo pelo Modelo de Markowitz. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
41.   Vitor Michele Ziruolo. Modelagem de Passivo de Fundos de Pensão. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Julio Michael Stern.
42.   Élcio Koiti Nakashima. Reconhecimento Automático de Placas de Veículos. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.

2003

1.   Alex Minoru Kusano. Projeto de Classificadores Lineares para Reconhecimento de Padrões em Amostras Pequenas. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.   Altamir Frederico Guidolin. Regeneração de plantas de Phaseolus vulgaris L. a partir de calos e transformação genética via Agrobacterium. Tese (Doutorado em Energia Nuclear na Agricultura) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Co-orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Andrea Gomes de Campos Bianchi. Caracterizacao, Modelagem e Simulacao matematico-computacional de dinamica do crescimento e conexoes de celulas neurais. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
4.   André T. Kowaltowski. IDE Python/Jython para Eclipse. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
5.   Antonio Mathias Rudiger Verona. Bioinformática em Cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências da Computação) - Universidade Metodista de Piracicaba, Fundação de Estudos Agrários Luiz de Queiroz. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
6.   Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
7.   Bruno Augusto Nassif Travençolo. Análise Automática de Imagens. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação para o Incremento da Pesquisa. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
8.   Carlos Alberto Rodrigues. Aplicacoes de processamento e analise avancada de imagens para a caracterizacao de imagens de microscopia de forca atomica. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
9.   Celina Maki Takemura. Análise de formas representadas por marcos utilizando características mono e multiescala. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.   Cesar Alison Monteiro Paixão. Implementação e análise comparativa de variações do criptossistema RSA. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Routo Terada.
11.   Elcio Yukio Nanba. Escalonamento de tarefas em clusters de servidores SMP heterogeneos para aplicacoes de biologia molecular. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
12.   Elier Broche Cristo. M?todos estat?sticos na an?lise de experimentos de microarray. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Eduardo Jordao Neves.
13.   Francisco Pereira Lopes. Métodos para análise física do desenvolvimento embrionário. (Fisica Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação para o Incremento da Pesquisa. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
14.   Giancarlo Mutinari. Simulação e Métodos para Análise em Biologia. (Graduando em Informática) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
15.   Gilberto Medeiros Nakamura. Entropia e transferência de informações em bioinformática. (Graduando em Fisica Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
16.   IVAN TADEU REBUSTINI. EXPRESSÃO DE FATORES PEPTÍDICOS DE CRECIMENTO E REGULAÇÃO DO CICLO CELULAR EM CÉLULAS ADRENOCORTICAIS. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
17.   João Vitor Baldini Soares. Segmentação de imagens de retina usando wavelets. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
18.   Katia Cristina de Andrade Waldemarin. Morfometria de núcleo de células neoplásicas como método de diagnóstico de histiocitoma, mastocitoma e tumor venéreo transmissível em cães. Dissertação (Mestrado em Ciências Veterinárias) - Universidade Federal de Uberlândia, . 2003.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
19.   Leandro Carrijo Cintra. Modelagem e simulação de métodos para bioinformática (título preliminar). Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
20.   Leandro Farias Estrozi. Estudo e Desenvolvimento de Técnicas para o Cálculo de Curvaturas e Eixos de Simetria.. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
21.   Leonardo Bellini Coelho. Visualização aplicada a Neurociência Computacional. (Graduando em Fisica Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
22.   Letícia Barbieri. Projeto: Genoma AEG (Seqüenciamento do Eucalipto). (Graduando em Biologia) - Instituto Uniemp, Fundação Uniemp. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
23.   Luiz Henrique Mariano de Araújo. Ferramenta Interativa de Desenho de Redes de Regulação Gênica. (Graduação em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
24.   Marcelo Camacho de Souza. Componente de controle transacional para integracao assincrona de bases de dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
25.   Marcelo Emilio Beletti. Avaliação do sêmen de touro através de análise de imagem por computador. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
26.   Marcio Katsumi Oikawa. Integracao para dados e aplicacoes em biologia molecular computacional. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
27.   Marcos Eduardo Bolelli Broinzi. Genflow: um ambiente para integração de dados e processos em aplicações de bioinformática. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
28.   Murillo Rodrigo Petrucelli Homem. Reconstrucao tridimensional de neuronios com o uso de deconvolucao a partir de secoes opticas bidimensionais obtidas em microscopia optica. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
29.   Naara Lilian Santiago Porfírio. Cultura de tecidos de Tomate. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de Piracicaba, Fundação de Estudos Agrários Luiz de Queiroz. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
30.   Nancy Christiane Ferreira. Modelo de Análise R/S: Aplicações a Séries Temporais de Arritmias Cardíacas. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
31.   Ricardo Fabbri. Técnicas de Análise de Imagens: Integração, Implementação e Aplicação a Bioinformática. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
32.   Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2003.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
33.   Terence Augusto Guimarães. Implementação do Método de Distribuição de Perdas para Risco Operacional. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática Em Finanças) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Julio Michael Stern.
34.   Tiago José Paschoal Sobreira. Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para o estudo comparativo de genomas extracromossômicos de Eimeria, Theileria, Neospora e Toxoplasma. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Arthur Gruber.
35.   Victor Yuji Maehira. Estágio na empresa Serasa S/A - MAC-499 Trabalho de Formatura Supervisionado. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
36.   Vincent Coupez. Métodos para caracterização neuromorfométrica.. (Graduação em Engenharia Eletrônica) - Universidade de Orleans, . 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
37.   Vivian Cristina Pietrobon. Transformação de cloroplastos de tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
38.   Waldyr Benits Jr. Sistemas criptográficos baseados em identidades pessoais. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Routo Terada.
39.   Weslley Emmanuel Martins Lima. Uma biblioteca para simulação de protocolos de entrega de mensagens em redes móveis. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2002

1.   A B V Graciano. Rastreamento em Vídeo Baseado em Contornos. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Ariane Machado Lima de Oliveira. Laboratorio de geracao de classificadores de sequencias. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
3.   Bianka M. M. Teixeira Goncalves. Alternativas para propagacao das atualizacoes de um banco de dados operacional para um data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
4.   Carlos Eduardo Rodrigues Alves. Algoritmos Paralelos CGM/BSP para Comparação de Cadeias. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Siang Wun Song.
5.   Cleber Alves Costa. Cultura de tecidos de tomate e tabaco. Transformação genética de cloroplastos dessas espécies. (Graduando em Ciências dos Alimentos) - Universidade de São Paulo, Comissão de Bolsas e Estágios/ESALQ/USP. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
6.   Danielle Passos de Ruchkys. Um Algoritmo de Aproximação Paralelo para Transversal Mínima com Aplicação em Análise da Expressão Gênica. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Siang Wun Song.
7.   David Martins Jr. Redução de dimensionalidade baseada na entropia condicional média. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Co-orientador: Junior Barrera.
8.   Edson Tadeu Monteiro Manoel. Desenvolvimento de Projetos em Processamento e Análise de Imagens. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação para o Incremento da Pesquisa. 2002.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
9.   Emerson L N Tozette. Métodos de extração de esqueletos de vasos da retina. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
10.   Esteban Roberto González. Transformação genética de Eucalyptus grandis e do híbrido E. grandis x E. urophylla via agrobacterium. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
11.   Fernando Augusto de Abreu. Expressão, purificação e determinação da estrutura tridimensional de fragmentos da proteína antigênica B13 de Trypanosoma cruzi por espectroscopia de ressonância magnética nuclear. Dissertação (Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Arthur Gruber.
12.   Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
13.   Guilhermo Rafael Salvatierra. Superexpressão do gene nia-2 em plantas transgênicas de tabaco (Nicotiana tabacum L. cv. Petit Havana SR1) que expressam a proteína Lhcb1*2 constitutivamente: Efeitos no metabolismo do carbono e nitrogênio. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
14.   Henrique Sérgio Alves. Cultivo in vitro e transformação de cana-de-açúcar. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade Federal de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
15.   Isabel Italiano. Um Modelo hibrido para atualizacao de dados em projetos de data warehouse. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
16.   Isvi Correa Jr. Uma implementação do protocolo TLS. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Routo Terada.
17.   Jorge Estefano Santana de Souza. Estudo em larga escala de ocorrência de SNPs em elementos reguladores de Splicing e sua possível relação com doenças hunanas.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Sandro José de Souza.
18.   João Carlos Neto. Criptografia - uma implementação do protocolo de micropagamento PayWord. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Routo Terada.
19.   Leandro Carrijo Cintra. Automatização do processo de geração de cariótipos. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
20.   Leonardo Rangel Carraro. Sequenciamento de ESTs de citros, transformação genética nuclear de tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
21.   Leonardo Souza Cavalcanti. Preparo de meio de cultura para plantas in vitro. Transformação genética de plantas de Catharantus roseus e tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
22.   Luciano Vieira de Araujo. CCICLO: Componente para cruzamento e integracao de objetos classificados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
23.   Luiz Henrique Mariano de Araujo. Ferramenta Interativa de Desenho de Redes de Regulação Gênica. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2002.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
24.   Marcel Brun. Projetos de operadores morfológicos multi-escala por otimização estatística. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Junior Barrera.
25.   Marcelo Emilio Beletti. . Instituto de Fisica de Sao Carlos, . 2002.
Supervisor: Luciano da Fontoura Costa.
26.   Maria Clara Pestana-Calsa. Identificação de genes de defesa em Citrus para o controle da Xylella fastidiosa em Catharanthus roseus via transformação genética.. Tese (Doutorado em Ciências) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura-CENA/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
27.   MARIA REGINA MADRUGA. Teste de Significância: Uma proposta Genuinamente Bayesiana. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
28.   Meena Kishore Sakharkar. A large-scale analysis of intron sliding in eukaryotic genomes.. Tese - National University of Singapore, . 2002.
Orientador: Sandro José de Souza.
29.   Michel Koji Mizusaka. Uma aplicação de aprendizado não-supervisionado para desembaralhar imagens. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
30.   MIRIAM SANTOS DE MORAES. O PAPEL DAS PROTEÍNAS RAS EM CÉLULAS ADRENOCORTICAIS Y1 E NA TRANSDUÇÃO DO SINAL DE ACTH. Dissertação (Mestrado em mestrado em bioquímica) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
31.   Nestor Walter Trepode. Identificação de sistemas dinâmicos finitos: aplicações para a modelagem de redes genéticas. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Junior Barrera.
32.   Paula Akemi Nishimoto. O uso do Mathcad para o auxílio no ensino de programação. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
33.   Rita Helena Antonelli Cardoso. Um Modelo de Risco para Pacientes internados em UCI. Tese (Doutorado em Saúde Pública) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
34.   Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
35.   Rui Alberto Gomes Junior. Transformação genética do tabaco (Nicotiana tabacum) via Agrobacterium tumefaciens, com o gene Lhcb1*2 de ervilha. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
36.   Thiago Afonso de André. Otimização Contínua e Aplicações. (Graduando em Ciências Muleculares) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.

2001

1.   A Andrade. Avaliação de parâmetros que influenciam a transformação genética do Eucalyptus grandis via Agrobacterium. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Adriano Malosso. Projeto: Genoma da cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto Uniemp, Fundação Uniemp. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   Adriano Reis Lucheta. Clonagem do gene que confere resistencia aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase em Amaranthus quitensis e Bidens pilosa. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
4.   Adriano Reis Lucheta. Desenvolvimento de técnicas de biologia molecular-isolamento de DNA de plantas, eletroforese, PCR e outras. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
5.   Ana Helena Pagotto. Seqüenciamento de elementos de DNA extracromossômico de Eimeria spp.. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Arthur Gruber.
6.   Anselmo H Kumazawa. Algoritmos genéticos para segmentação de imagens multiespectrais. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
7.   CARLOS HENRIQUE MAIA BRAGA. Meta Modelo para Controle Corporativo de Estratégia de Replicação de Dados. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   D da S Pires. Segmentação de imagens baseada em casamento de grafos. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
9.   Dirce Maria Carraro. . Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Supervisor: Helaine Carrer.
10.   Emmanuel Kayembe Ilunga. Algoritmos Paralelos para Fecho Convexo. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Siang Wun Song.
11.   Gláucio S Lé. Métodos de clustering em bioinformática. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
12.   Gustavo Gerard Toja Frachia. Estimação do Grau de Habilidade em Testes de Múltipla Escolha. Dissertação (Mestrado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
13.   Gustavo José Meano Brito. Estudo da assimilação do nitrato em plantas transgênicas de tabaco (Nicotiana tabacum L. c.v. Petite Havana SR1) que expressam o gene Lhcb1*2 de ervilha constitutivamente. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
14.   José Eugênio de Assis Gonçalves. Comparação de Desempenho entre Linux e Windows NT. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
15.   LEONARDO AUGUSTO TANIGUTI MANTOVANI. Uma alternativa para Simplificação de Sincronismo de Dados Temporais entre Ambientes Operacionais e Analíticos. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
16.   Luciano da Costa Silva. Alocação Ótima de Ativos e Derivativos em Fundos de Pensão via Programação Estocástica. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Julio Michael Stern.
17.   Marcelo Gomes Queiroz. Três Problemas em Complementariedade e Programação Matemática. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Carlos Humes Jr.
18.   Marcelo Ribeiro Romano. Análise de crescimento, produção de biomassa, fotossíntese e biossíntese de aminoácidos em plantas transgênicas de tabaco (Nicotiana tabacum L.) que expressam o gene Lhcb1*2 de ervilha. Dissertação (Mestrado em Bioquímica e Fisiologia de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
19.   Marina Andretta. SGEN (Simulator for Gene Expression Networks).. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
20.   Matheus Romanos Benatti. Desenvolvimento de técnicas de cultura de tecidos de plantas - tomate, cana-de-açúcar, alcachofra. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
21.   Roberto Hirata Jr. Projeto de operadores morfológicos para imagens e sinais: abordagem de reticulados finitos. Tese - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Junior Barrera.
22.   Rogerio S. Feris. Rastreamento Eficiente de Faces em um Subespaço Wavelet. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
23.   Silvia Cristina Dias Pinto. Estimacao da dimensao fractal de Imagens de SPM. Dissertação (Mestrado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
24.   Simone Guidetti. Desenvolvimento de Técnicas de Biologia Molecular Clonagem do gene que confere resistência aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase em plantas. (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
25.   Simone Guidetti. Desenvolvimento de técnicas de cultura de tecidos de Catharantus roseus. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
26.   Solange R M Andrade. Otimização da técnica SAAT (Sonication Assisted Agrobacterium Mediated Transformation) para transformação de Phaseolus vulgaris. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
27.   TELMA TIEMI SCHWINDT. PAPEL DE CICLINA D1 NA INTERAÇÃO ENTRE FGF-2, ACTH E OUTROS PEPTÍDEOS NA SINALIZAÇÃO EM CÉLULAS ADRENOCORTICAIS Y-1.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
28.   Teofilo E. Campos. Técnicas de Seleção de Características com Aplicações em Reconhecimento de Faces. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
29.   Tercilio Calsa Júnior. Sequenciamento do Genoma Completo do Cloroplasto de Cana-de-Açúcar (Saccharum officinarum). Dissertação (Mestrado em Fisiologia Bioquímica de Plantas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
30.   Ângela Mika Katsuyama. Seqüenciamento e caracterização do genoma viral de Eimeria maxima e expressão de proteínas recombinantes. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Arthur Gruber.


(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26