Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP - NPB


A missão do NPB é o desenvolvimento de modelos matemáticos e ferramentas computacionais para armazenamento, manipulação, análise e visualização de dados experimentais em biologia e medicina.

Tese de doutorado



Número total de itens: 99

2011

1.   Ellen Hidemi Fukuda. Tópicos em penalidades exatas diferenciáveis. Tese (Doutorado em Matemática Aplicada) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2011.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
2.   Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2011.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2010

1.   Alexandre Noma. Casamento de grafos, MRF e propagação de crenças. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2010.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Eduardo Yoshio Nakano. Soluções bayesianas para alguns problemas clássicos com dados discretos. Tese (Doutorado em Estatística) - Instituto de Matemática e Estatística da USP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
3.   Fernanda Salvato. Identificação de proteínas diferencialmente expressas na região cambial de Eucalyptus grandis durante a indução da formação da madeira de reação. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2010.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
4.   Jesus pascual Mena Chalco. Reconstrução de faces 3D através de espaços de componentes principais. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matematica e Estatistica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.

2009

1.   Alexandre Ricardo Nardi. Uma arquitetura de baixo acoplamento para execução de padrões de controle de fluxo em grades. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
2.   Barbara P Melo. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformatica) - Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Helena Paula Brentani.
3.   Daniel Onofre Vidal. Identificação em larga escala de transcritos antisenso e genes com expressão alélica diferencial utilizando bancos de dados de SAGE e MPSS. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
4.   Danila Montewka Melotto. Transformação genética de cana-de-açucar pro biolística e Agrobaceterium tumefaciens visando estudar o mecanismo de morte celular programada. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
5.   Jacqueline Salotti. Mecanismos moleculares e celulares de citotoxicidade FGF2 parácrinoem células tumorais dependentes de Ras. Tese (Doutorado em Porgrama de Pós-Graduaçaõ em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
6.   Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
7.   Maurício Egidio Cantão. Abordagem algébrica para seleção de clones ótimos em projetos genomas e metagenomas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   Rogério Antonio de Oliveira. Modelos bayesianos para dados categorizados com censura. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
9.   Simone Guidetti. Identificação de genes envolvidos na defesa contra patógenos no banco de dados do CitEST e em macroarranjos da interação Citrus sinensis-Guignardia citricarpa. Tese (Doutorado em Fisiologia e Bioquímica de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.

2008

1.   Caio Lucidius Naberezny Azevedo. Modelos longitudinais de grupos multiplos multiníveis na teoria da resposta ao item: métodos de estimação e seleção estrutural sob uma perspectiva bayesiana. Tese (Doutorado em Doutorado em Estatistica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
2.   Celina Maki Takemura. Análise de posição relativa de objetos usando formas. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
3.   David Corrêa Martins Junior. Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientadores: Junior Barrera, Roberto Marcondes Cesar Junior.
4.   Gunta Gutmanis. Modulação do gene ugp e análise das alterações na composição dos carboidratos da parede celular primária e secundária de Nicotiana tabacum e Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
5.   Leonardo Varuzza. Métodos estatísticos e computacionais para a análise de bibliotecas digitais de expressão gênica. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
6.   Linder Cândido da Silva. Simulações por dinâmica molecular aplicadas ao estudo de defeitos em cristais coloidais bidimensionais. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
7.   Luciano Vieira de Araújo. Sistema colaborativo para armazenamento e análise de dados de HIV. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   Luiz Carlos Rozante. Modelos para Especialização Celular. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
9.   Marcelo Ris. Representação de sistemas biológicos a partir de sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, . 2008.
Orientadores: Helena Paula Brentani, Junior Barrera.
10.   Marcelo Ris. Representaç;ão de sistemas biológicos a partir sistemas dinâmicos: controle da transcrição a partir do estrógeno. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
11.   Marcio Alves Diniz. Um Teste Preciso para Raízes Unitárias e Co-Integração. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2008.
Orientador: Julio Michael Stern.
12.   Maria Rangel. Identificação de marcadores moleculares emcâncer de mama através da técnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2008.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
13.   Márcio Katsumi Oikawa. Geração de expressões algébricas para processos de negócio usando reduções de digrafos série-paralelo. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2008.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
14.   Paulino Ribeiro Villas Boas. Efeito da amostragem nas propriedades topológicas de redes complexas. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
15.   Pedro Alexandre Favoretto Galante. A Large scale gene expression analysis of the human and mouse brain.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
16.   Rafael Carvalho de Oliveira. Análise nutricional de frangos de corte. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2008.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
17.   Tiago José P Sobreira. Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: Uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.

2007

1.   Alexandre Dermargos Oliveira. FGF2: estudo de estrutura e função. Tese (Doutorado em Curso de Bioquímica) - Instituto de Química, Universidade de São Paulo, . 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
2.   Ana Letícia Ferreira Bertolo. Alteração da composição dos polissacarídeos da parede celular de Nicotiana tabacum, pela modulação da expressão do gene uxs que codifica a enzima UDP-D-glucuronato descarboxilase (EC 4.1.1.35). Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Barbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma humano. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Orientador: Helena Paula Brentani.
4.   Bruno Augusto Nassif Travençolo. Métodos computacionais para a caracterização e análise da relação entre anatomia e expressão gênica em sistemas biológicos. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   César Armando Beltrán Castañón. Análise e reconhecimento digital de formas biológicas para o diagnóstico automático de parasitas do gênero Eimeria. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientadores: Arthur Gruber, Luciano da Fontoura Costa.
6.   Danielle Gregório Gomes Caldas. Análise do Transcritoma da região cambial de Eucalyptus grandis e identificação de genes diferencialmente expressos em árvores juvenis e adultas.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
7.   Elza Helena Andrade Barbosa Durhan. Mapeamento do uso alternativo dos sitios de splicing 5'e 3'emproteinas - estudo de caso por métodos teórico s e experimentais. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Sandro José de Souza.
8.   Fabio Passetti. Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
9.   Florencia Graciela Leonardi. Cadeias estocásticas parcimoniosas com aplicações à classificação e filogenia das sequencias de proteínas. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Co-orientador: Hugo Aguirre Armelin.
10.   Francisco Aparecido Rodrigues. Caracterização, classificação e análise de redes complexas. Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
11.   Marcelo de Souza Lauretto. Selecao de Modelos Atraves de um Teste de Hipotese Genuinamente Bayesiano. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Julio Michael Stern.
12.   Maria Cristina Rodrigues Rangel. Identificação de marcadores moleculares em câncer de mama através da tácnica de microarray utilizando uma plataforma de exons tumor-associados. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, . 2007.
Co-orientador: Helena Paula Brentani.
13.   Mayra Costa da Cruz Gallo de Carvalho. Caracterização de perfis transcricionais de folhas e da região cambial de Eucalyptus grandis usando o SAGE. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
14.   Nestor Walter Trepode. Modelagem do Controle Gênico do Ciclo Celular por Redes Genéticas Probabilísticas. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Departamento de Ciência da Computação Bioinfo Usp, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientadores: Hugo Aguirre Armelin, Junior Barrera.
15.   Noboru Jô Sakabe. Estudo computacional de elementos reguladores de splicing alternativo em larga escala e identificação de novos elementos candidatos.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Sandro José de Souza.
16.   Raphael Tozelli Carneiro. Análise serial da expressão gênica do caule de plantas de Eucalyptus grandis com 6 meses de idade.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2007.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
17.   Robson Francisco de Souza. Identificação de novas proteínas componentes do septo de divisão celular usando genômica comparativa.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
18.   TATIANA GUIMARÃES DE FREITAS MATOS. Mecanismos anti-proliferativos disparados por FGF2 e éster de forbol em células de camundongos transformadas por Ras. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.

2006

1.   Alexander de Andrade. Sequenciamento, identificação e análise de proteínas do caule de mudas de Eucalyptus grandis. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Francisco Sobreira Netto. Medição de desempenho do gerenciamento de processos de negócio -BPM no PNAFE: uma proposta de modelo. Tese (Doutorado em Administração) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Co-orientador: João Eduardo Ferreira.
3.   Fábio Nakano. Um novo modelo para cálculo de probabilidade de paternidade - concepção e implementação. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2006.
Orientadores: Hugo Aguirre Armelin, Carlos Alberto de Braganca Pereira.
4.   Guilhermo Rafael Salvatierra. Identificação de genes diferencialmente expressos em árvores de Eucalyptus grandis susceptíveis e resistentes à Puccinia psidii. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
5.   Jane Silveira Fraga. Caracterização Molecular e Estudo Comparativo de Vírus de Eimeria spp. de Galinha Doméstica. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Arthur Gruber.
6.   Karem Guimarães Xavier Meireles. Identificação de proteínas expressas na região cambial de Eucalyptus grandis, por espectrometria de massa. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
7.   Paola A F Celedon. Identificação de proteínas da região cambial de Eucalyptus grandis por eletroforese bidimensional e espectrometria de massas. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
8.   PAULA FONTES ASPRINO. Análise de expressão gênica por microarranjos de cDNA em linhagens de células adrenais tumorigênicas tratadas com FGF2 e ACTH. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
9.   Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. Análise estatística de imagens: microarranjos de DNA e Ressonância Magnética Funcional. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2006.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
10.   Valesca Pandolfi. Análise transcricional do fitopatógeno Fusarium graminearum Schwabe na interação antagonista com a bactéria Pantoea agglomerans Gavini. Tese (Doutorado em Ciências) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura-CENA/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Helaine Carrer.
11.   Vera Nagamuta. Um Arcabouço para Composição, Teste e Simulação de Protocolos de Handover Suave. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Siang Wun Song.

2005

1.   Adriano Polpo de Campos. Analise de Sobrevivencia de um Sistema em Paralelo: Uma Perspectiva Bayesiana Não-paramétrica. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
2.   Carlos da Silva dos Santos. Técnicas de classificação no diagnóstico cardíaco baseado em quantificação de movimento de imagens nucleares. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
3.   Daniela Defavari do Nascimento. Clonagem do cDNA que codifica a enzima Mio-Inositol oxigenase (EC 1.13.99.1) de Arabidopsis thaliana e modulação da expressão do gene via anti-sense em plantas de Nicotiana tabacum L.. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
4.   Edson Koiti Nakamura. Um sistema de bases de dados para investigações em neurociências. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Elisa Napolitano e Ferreira. Identificação de variantes de splicing sob influência da alta expressão do oncogene ERBB2 em câncer de mama. Tese (Doutorado em Doutorado) - Instituto de Biociências - USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
6.   ERICO TOSONI COSTA. Ações antagônicas de FGF2 em células tumorais de camundongo: disparo de mitogênese e de morte celular.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
7.   Irving Joseph Berger. Transformação de genomas plastidiais de tomate e fumo visando a modificação do metabolismo de tocoferóis. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Co-orientador: Helaine Carrer.
8.   Maria Dulcetti Vibranovski. Comparação da estrutura terciária de proteínas: Implicações na evolução dos genes e origens dos domínios proteicos.. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Instituto de Química da Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Sandro José de Souza.
9.   Natanja Sara Kirschbaum Salger. Desenvolvimento de um sistema em larga escala para o estudo computacional de formas de Splicing alternativo diferencialmente expressos em tumores e sua validação experimental. . Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2005.
Orientador: Sandro José de Souza.
10.   Pedro Roberto Rodrigues Prado. Metodologias para análise de morfologia e sinais sonoros na discriminação de grupos de organismos. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, . 2005.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
11.   Raphael Bessa Parmigiani. Caracterização de um novo antígeno tumoral: CTSP-1. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Co-orientador: Sandro José de Souza.
12.   Silvia Cristina Dias Pinto. Análise de formas 3D usando wavelets 1D, 2D e 3D. Tese (Doutorado em IFSC-USP - São Carlos) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2005.
Orientadores: Roberto Marcondes Cesar Junior, Luciano da Fontoura Costa.

2004

1.   Daniela Mayumi Ushizima. Diagnóstico de Leucemia Linfóide Auxiliado por Computador. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
2.   Maarten Rudolph Leerkes. Desenvolvimento de uma abordagem in silico para a identificacao de genes diferencialmente expressos em tumores.. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Sandro José de Souza.
3.   Michelle Matos Horta. Processamento de imagens e processos estocásticos (título preliminar). Tese (Doutorado em Fisica) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Co-orientador: Luciano da Fontoura Costa.
4.   Renata Antonia Tadeu Arantes. Análise de Imagens em Biologia. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Sandra Fernandez. Desenvolvimento de marcadores moleculares para a diferenciação de cepas e espécies de Eimeria spp. de galinha doméstica. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Arthur Gruber.

2003

1.   Altamir Frederico Guidolin. Regeneração de plantas de Phaseolus vulgaris L. a partir de calos e transformação genética via Agrobacterium. Tese (Doutorado em Energia Nuclear na Agricultura) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Co-orientador: Carlos Alberto Labate.
2.   Andrea Gomes de Campos Bianchi. Caracterizacao, Modelagem e Simulacao matematico-computacional de dinamica do crescimento e conexoes de celulas neurais. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
3.   Ariane Machado-Lima. Predição Computacional de Genes de RNA. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
4.   Carlos Alberto Rodrigues. Aplicacoes de processamento e analise avancada de imagens para a caracterizacao de imagens de microscopia de forca atomica. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   IVAN TADEU REBUSTINI. EXPRESSÃO DE FATORES PEPTÍDICOS DE CRECIMENTO E REGULAÇÃO DO CICLO CELULAR EM CÉLULAS ADRENOCORTICAIS. Tese (Doutorado em DOUTORADO) - INSTITUTO DE QUÍMICA DA USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.
6.   Leandro Carrijo Cintra. Modelagem e simulação de métodos para bioinformática (título preliminar). Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
7.   Leandro Farias Estrozi. Estudo e Desenvolvimento de Técnicas para o Cálculo de Curvaturas e Eixos de Simetria.. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
8.   Murillo Rodrigo Petrucelli Homem. Reconstrucao tridimensional de neuronios com o uso de deconvolucao a partir de secoes opticas bidimensionais obtidas em microscopia optica. Tese (Doutorado em Física Computacional) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.

2002

1.   Carlos Eduardo Rodrigues Alves. Algoritmos Paralelos CGM/BSP para Comparação de Cadeias. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Siang Wun Song.
2.   Esteban Roberto González. Transformação genética de Eucalyptus grandis e do híbrido E. grandis x E. urophylla via agrobacterium. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
3.   Jorge Estefano Santana de Souza. Estudo em larga escala de ocorrência de SNPs em elementos reguladores de Splicing e sua possível relação com doenças hunanas.. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2002.
Orientador: Sandro José de Souza.
4.   Marcel Brun. Projetos de operadores morfológicos multi-escala por otimização estatística. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Junior Barrera.
5.   Maria Clara Pestana-Calsa. Identificação de genes de defesa em Citrus para o controle da Xylella fastidiosa em Catharanthus roseus via transformação genética.. Tese (Doutorado em Ciências) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura-CENA/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
6.   MARIA REGINA MADRUGA. Teste de Significância: Uma proposta Genuinamente Bayesiana. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
7.   Meena Kishore Sakharkar. A large-scale analysis of intron sliding in eukaryotic genomes.. Tese - National University of Singapore, . 2002.
Orientador: Sandro José de Souza.
8.   Rita Helena Antonelli Cardoso. Um Modelo de Risco para Pacientes internados em UCI. Tese (Doutorado em Saúde Pública) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Co-orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.

2001

1.   Luciano da Costa Silva. Alocação Ótima de Ativos e Derivativos em Fundos de Pensão via Programação Estocástica. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Julio Michael Stern.
2.   Marcelo Gomes Queiroz. Três Problemas em Complementariedade e Programação Matemática. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Carlos Humes Jr.
3.   Roberto Hirata Jr. Projeto de operadores morfológicos para imagens e sinais: abordagem de reticulados finitos. Tese - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Junior Barrera.
4.   Solange R M Andrade. Otimização da técnica SAAT (Sonication Assisted Agrobacterium Mediated Transformation) para transformação de Phaseolus vulgaris. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Carlos Alberto Labate.
5.   TELMA TIEMI SCHWINDT. PAPEL DE CICLINA D1 NA INTERAÇÃO ENTRE FGF-2, ACTH E OUTROS PEPTÍDEOS NA SINALIZAÇÃO EM CÉLULAS ADRENOCORTICAIS Y-1.. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Bioquímica)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Hugo Aguirre Armelin.


(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26