Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP - NPB


A missão do NPB é o desenvolvimento de modelos matemáticos e ferramentas computacionais para armazenamento, manipulação, análise e visualização de dados experimentais em biologia e medicina.

Iniciação científica



Número total de itens: 79

2011

1.   Ariane Morassi Sasso. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Neurospora crassa. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
2.   Paulo Almir Borges de Sousa Filho. Complexação Molecular de Proteínas. Cid de Oliveira Leite, Universidade de São Paulo. 2011.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

2010

1.   Mina Cintho. Classificação das mutações de vírus HIV. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2010.
Orientador: João Eduardo Ferreira.

2009

1.   Ana Crolina Zakir. Cultura de Tecidos e Transformação Genética de Jatropha curcas (pinhão manso). (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2009.
Orientador: Helaine Carrer.
2.   Bruno Yoiti Ozahata. Análise estrutural de expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.   Daniel Antonio Fernandes Bojczuk. Interatômica: estudo em larga-escala de interação/complexação de proteínas. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
4.   Daniel Augusto Cortez. HTself2: combinando p-valores para melhorar a classificação de genes diferencialmente expressos no HTself. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
5.   Fabio Filocomo. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Arabidopsis thaliana.. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
6.   Marcela Ortega. Indexação de Dados Semi-estruturados para o Sistema de Informação CEGH. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
7.   Pedro Paulo de Souza Bento da Silva. Atualização Incremental de Data Warehouses. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, NIH-USA Fundacao Pro-Sangue. 2009.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
8.   Rafael Moreira Neves. Desenvolvimento de um sistema de distribuição de tarefas em redes de computadores para a plataforma EGene de análise de sequências biológicas. (Graduando em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Arthur Gruber.
9.   Renato Callado Borges. Criação de Imagens Sintéticas de Ressonância Magnética de Difusão. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2009.
Orientador: Marcel Parolin Jackowski.
10.   Ricardo Cacheta Waldemarin. Anotação Genômica Probabilística: estudos teóricos preliminares e testes em Escherichia coli. (Graduando em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo, Microsoft Research/Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paul. 2009.
Orientador: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.

2008

1.   Breno Flesch Franco. Aperfeiçoamento de um software para reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
2.   Cristiano Perez Garcia. Uma abordagem hierárquica para o reconhecimento de caracteres em expressões matemáticas manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
3.   Henrique Stagni. Modelando Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
4.   João Luiz Bunoro Batista. Ambiguidade em Redes Complexas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2008.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Keini Dressano. Expressão do gene ALS em fumo. (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Comissão de Bolsas e Estágios/ESALQ/USP. 2008.
Orientador: Helaine Carrer.
6.   Ricardo Sider. Análise Estrutural de Expressões Matemáticas Manuscritas. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
7.   Vitor Onuchic. Caracterização de Estruturas Secundárias de RNAs utilizando Grafos. (Graduando em Bacharelado em Ciências Moleculares) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2008.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2007

1.   Berenice Kussumoto de Alcântara. Biologia Molecular. (Graduando em Engenharia Florestal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
2.   Carlos Francisco Ragassi. Caracterização do gene Snf I em cana-de-açúcar. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   Daves Aparecido Miguel. CULTURA DE TECIDOS E CONSTRUÇÃO DE VETOR DE TRANSFORMAÇÃO GENÉTICA DE TOMATE (Lycopersicon esculentum Mill.). (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
4.   Eduardo da Cruz Maduro Picelli. Transformação genética de Citros. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, SESU/MEC/PET. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
5.   Felipe Augusto Gasparotto. Isolamento de DNA de Cloroplasto de Café (Coffea arábica). (Graduando em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
6.   Janaina de Santana Borges. Uso de marcadores para identificação de clones de Eucaliptus. (Graduando em Engenharia Florestal) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, Copener, Bahia Pulp. 2007.
Orientador: Helaine Carrer.
7.   Luciano Borges Censoni. Análise de seqüência de amino ácidos. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
8.   Mauricio Chui Rodrigues. Encapsulando a NavigationPlanTool como Serviços Web. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
9.   Rodrigo Marques Flores. R-GeneCliques. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2007.
Orientador: Roberto Hirata Junior.

2006

1.   Filipi Nascimento Silva. Aplicações de redes complexas hierárquicas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Fisica de Sao Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2006.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
2.   Milene Ferro. Desenvolvimento de componentes de anotação de seqüências para o sistema EGene de geração de pipelines . (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Presbiteriana Mackenzie, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2006.
Orientador: Arthur Gruber.

2005

1.   Antônio Carlos Santos. Máquinas de suporte vetorial e sua aplicanção na detecção de spam. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2005.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
2.   Eduardo da Cruz Maduro Picelli. Transformação genética de Citros. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . 2005.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   Marco Antonio Oliveira da Silva. Simulação da dinâmica de um quimiostato via autômato-celular.. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.
4.   Rafael Crivellari Saliba Schouery. Computador Hipo. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2005.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
5.   Ricardo Yamamoto Abe. Editores de Configuração e softwares de implementação de pipelines. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2005.
Orientador: Alan Mitchell Durham.

2004

1.   André Yoshiaki Kashiwabara. Scarsdb um banco de dados de marcadores genéticos. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
2.   Ellen Hidemi Fukuda. Álgebra linear computacional aplicada a recuperação de informações. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2004.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
3.   Matheus Palhares Viana. Análise de Imagens Biológicas. (Graduando em Física Computacional) - Instituto de Física de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2004.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
4.   Ricardo Nishikido Pereira. BlastPhen - agrupamento por similaridade com genomas completos.. (Graduando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . 2004.
Orientador: Marco Dimas Gubitoso.

2003

1.   Alex Minoru Kusano. Projeto de Classificadores Lineares para Reconhecimento de Padrões em Amostras Pequenas. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.
2.   André T. Kowaltowski. IDE Python/Jython para Eclipse. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, . 2003.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.
3.   Antonio Mathias Rudiger Verona. Bioinformática em Cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências da Computação) - Universidade Metodista de Piracicaba, Fundação de Estudos Agrários Luiz de Queiroz. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
4.   Bruno Augusto Nassif Travençolo. Análise Automática de Imagens. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação para o Incremento da Pesquisa. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
5.   Giancarlo Mutinari. Simulação e Métodos para Análise em Biologia. (Graduando em Informática) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
6.   Gilberto Medeiros Nakamura. Entropia e transferência de informações em bioinformática. (Graduando em Fisica Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
7.   João Vitor Baldini Soares. Segmentação de imagens de retina usando wavelets. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
8.   Leonardo Bellini Coelho. Visualização aplicada a Neurociência Computacional. (Graduando em Fisica Computacional) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
9.   Letícia Barbieri. Projeto: Genoma AEG (Seqüenciamento do Eucalipto). (Graduando em Biologia) - Instituto Uniemp, Fundação Uniemp. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
10.   Marcos Eduardo Bolelli Broinzi. Genflow: um ambiente para integração de dados e processos em aplicações de bioinformática. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: João Eduardo Ferreira.
11.   Naara Lilian Santiago Porfírio. Cultura de tecidos de Tomate. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Metodista de Piracicaba, Fundação de Estudos Agrários Luiz de Queiroz. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.
12.   Ricardo Fabbri. Técnicas de Análise de Imagens: Integração, Implementação e Aplicação a Bioinformática. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2003.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
13.   Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2003.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
14.   Tiago José Paschoal Sobreira. Desenvolvimento de ferramentas de Bioinformática para o estudo comparativo de genomas extracromossômicos de Eimeria, Theileria, Neospora e Toxoplasma. Iniciação Científica - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Arthur Gruber.
15.   Vivian Cristina Pietrobon. Transformação de cloroplastos de tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2003.
Orientador: Helaine Carrer.

2002

1.   A B V Graciano. Rastreamento em Vídeo Baseado em Contornos. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
2.   Cleber Alves Costa. Cultura de tecidos de tomate e tabaco. Transformação genética de cloroplastos dessas espécies. (Graduando em Ciências dos Alimentos) - Universidade de São Paulo, Comissão de Bolsas e Estágios/ESALQ/USP. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   Edson Tadeu Monteiro Manoel. Desenvolvimento de Projetos em Processamento e Análise de Imagens. (Graduando em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação de São Carlos, Fundação para o Incremento da Pesquisa. 2002.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
4.   Emerson L N Tozette. Métodos de extração de esqueletos de vasos da retina. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
5.   Flávia Rainone. E-gene um editor genérico para configuração. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
6.   Henrique Sérgio Alves. Cultivo in vitro e transformação de cana-de-açúcar. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade Federal de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
7.   Leandro Carrijo Cintra. Automatização do processo de geração de cariótipos. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2002.
Orientador: Luciano da Fontoura Costa.
8.   Leonardo Rangel Carraro. Sequenciamento de ESTs de citros, transformação genética nuclear de tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
9.   Leonardo Souza Cavalcanti. Preparo de meio de cultura para plantas in vitro. Transformação genética de plantas de Catharantus roseus e tomate. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Helaine Carrer.
10.   Luiz Henrique Mariano de Araujo. Ferramenta Interativa de Desenho de Redes de Regulação Gênica. (Graduando em Bacharelado em Ciencia da Computacao) - Instituto de Matemática e Estatística, . 2002.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
11.   Michel Koji Mizusaka. Uma aplicação de aprendizado não-supervisionado para desembaralhar imagens. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
12.   Paula Akemi Nishimoto. O uso do Mathcad para o auxílio no ensino de programação. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
13.   Rodrigo Assirati Dias. Análise de dados de microarrays. (Graduando em Bacharelado Em Ciência da Computação) - Faculdade SENAC de Ciências Exatas e Tecnologia, Serviço de Ensino e Aprendizagem do Comércio. 2002.
Orientador: Roberto Hirata Junior.
14.   Thiago Afonso de André. Otimização Contínua e Aplicações. (Graduando em Ciências Muleculares) - Universidade de São Paulo, . 2002.
Orientador: Paulo José da Silva e Silva.

2001

1.   Adriano Malosso. Projeto: Genoma da cana-de-açúcar. (Graduando em Ciências Biológicas) - Instituto Uniemp, Fundação Uniemp. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
2.   Adriano Reis Lucheta. Clonagem do gene que confere resistencia aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase em Amaranthus quitensis e Bidens pilosa. (Graduando em Engenharia Agronomica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz-ESALQ/USP, . 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
3.   Adriano Reis Lucheta. Desenvolvimento de técnicas de biologia molecular-isolamento de DNA de plantas, eletroforese, PCR e outras. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
4.   Ana Helena Pagotto. Seqüenciamento de elementos de DNA extracromossômico de Eimeria spp.. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Arthur Gruber.
5.   Anselmo H Kumazawa. Algoritmos genéticos para segmentação de imagens multiespectrais. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
6.   D da S Pires. Segmentação de imagens baseada em casamento de grafos. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, . 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
7.   Gláucio S Lé. Métodos de clustering em bioinformática. (Graduando em Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
8.   Matheus Romanos Benatti. Desenvolvimento de técnicas de cultura de tecidos de plantas - tomate, cana-de-açúcar, alcachofra. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
9.   Simone Guidetti. Desenvolvimento de técnicas de cultura de tecidos de Catharantus roseus. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Helaine Carrer.
10.   Ângela Mika Katsuyama. Seqüenciamento e caracterização do genoma viral de Eimeria maxima e expressão de proteínas recombinantes. (Graduando em Medicina Veterinária) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. 2001.
Orientador: Arthur Gruber.


(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26