| 1. | 2011-2013. Desafios em Projeto Multinível de Operadores Morfológicos Descrição: Projetar operadores morfológicos que apresentam bom desempenho em problemas de processamento e análise de imagens não é, em geral, uma tarefa simples. Uma abordagem útil para auxiliar o projeto de operadores é sua formulação como um problema de aprendizagem computacional: pares de imagens entrada-saída são utilizados como amostras de treinamento para gerar, via técnicas de aprendizagem computacional, um operador que procura mapear as imagens de entrada para as respectivas imagens de saída. No contexto considerado, esses operadores são caracterizados por uma função local que depende de uma vizinhança na imagem em torno do ponto a ser processado. Vizinhanças muito pequenas restringem a classe de operadores, gerando erro de restrição, e vizinhanças muito grandes resultam em imprecisão, gerando muita variância. Uma abordagem promissora recentemente proposta para balancear esses dois tipos de erro no caso de operadores binários é o projeto multinível de operadores. Nessa abordagem, o treinamento é realizado em múltiplos níveis, de forma a combinar em cada nível os resultados dos níveis anteriores. A escolha dos parâmetros dessa abordagem multinível tem sido realizada, por enquanto, manualmente. Este projeto de pesquisa pretende investigar aspectos práticos e teóricos dessa abordagem; em particular, pretende automatizar a escolha de parâmetros e estender a abordagem multinível para operadores sobre imagens em tons e cinza.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 2. | 2011-2013. IMPROVING BIOMASS FOR CELLULOSE-DERIVED BIOFEULS, PROTEOMIC AND GENOMIC STRATEGIES FOR MONOCOT CANDIDATES AND EUCALYPTUS Descrição: The project aims at obtaining an insight into the genes and proteins involved in primary and secondary cell wall formation and in the rearrangement of cell wall components, to improve the saccharification process of cell wall polysaccharides, and also to identify genes related to abiotic stress tolerance to improve biomass production in Eucalyptus spp. This will be done in two fronts: First, with a proteomic study of cell wall proteins from two graminae species: sugarcane (cultivar SP80-3280) a tropical model, and Brachypoium distachyon (line BD21) a temperate one. Both cultivars were chosen as model plants since their genomes will be completely sequenced: SUCEST project from FAPESP, and International Brachypodium Initiative for Brachypodium (http://www.brachypodium.org/). This project is part of the Research Program of the INCT Biotechnology for Bioethanol (FAPESP-CNPq/MCT) coordinated by Dr. Marcos Silveira Buckeridge. The project in the INCT is entitled Characterization of the proteome from the cell wall of sugarcane, and is also the PhD project of the student Maria Juliana Calderan Rodrigues (Fapesp 2007/59327-8). In the second front, we will identify genes and proteins related to secondary cell wall formation and abiotic stress tolerance, such as cold and water stress in Eucalyptus spp. The regulatory role of each gene will be tested in the model plant Arabidopsis thaliana. This project has being approved in the USP-COFECUB agreement (Proc. USP 10.1.2347.8.5) in collaboration with the University Paul Sabatier of Toulouse-France. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Mônica Teresa Veneziano Labate - Integrante / David Henry Moon - Integrante / Fernanda Salvato - Integrante / Helaine Carrer - Integrante / Maria Juliana Calderan Rodrigues - Integrante / Maria Carolina Quecine - Integrante / Elisabeth Jamet - Integrante / Rafael Pont-Lezica - Integrante / Chantal Teulières - Integrante / Christiane Marque - Integrante / Cécile Albenne - Integrante / Roberto Camargo - Integrante / Carlos Alberto Labate - Coordenador. . Membro: Carlos Alberto Labate. |
| 3. | 2011-2013. Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus per fis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integraçãao de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especi camente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro.. Membro: David Corrêa Martins Junior. |
| 4. | 2011-2014. Metabolômica da cana-de-açúcar e descoberta de novas enzimas hidrolíticas para produção de biocombustíveis Descrição: hamada: Convênio FAPESP-MCT/CNPq-Pronex - PROGRAMA BIOEN/FAPESP - 11/2008. Processo: 08/56100-5. Resumo: A crescente necessidade de diminuição do consumo de combustíveis fósseis e redução das emissões de gases do efeito estufa têm aumentado o interesse pela produção de bicombustíveis, em especial, o etanol. Compreender os mecanismos de acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar é fundamental para a racionalização de programas de melhoramento, por métodos tradicionais de seleção ou engenharia genética, para que se alcance uma produção sustentável de etanol. Os mecanismos genéticos de acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar já foram estudados sob vários ângulos. Este projeto tem por objetivo obter insights sobre os fatores genéticos que controlam o acúmulo de sacarose na cana-de-açúcar (brix), integrando dados de expressão gênica, proteínas e metabólitos numa abordagem de Biologia Sistêmica. A primeira parte do projeto vai ser a caracterização do metaboloma e proteoma de folhas, internós maduros e imaturos de diferentes estágios de desenvolvimento do cultivar SP80-3280, o mesmo sequenciado pelo SUCEST.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Alberto Labate - Coordenador / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. |
| 5. | 2011-2014. Métodos e Técnicas para Exploração e Análise de Bioimagens Descrição: A demanda pela análise de imagens oriundas das mais variadas subáreas biomédicas e biológicas tem nitidamente crescido nos últimos anos. Além dos desafios computacionais diretamente relacionados à natureza da análise em questão, tais como a complexidade das imagens e o grande volume e tipos de problemas, verificam-se desafios relacionados à multidisciplinaridade e à necessidade de melhor integração de resultados gerados no tratamento de diferentes problemas. Este projeto de pesquisa propõe a investigação, desenvolvimento e validação de métodos e técnicas inovadoras para exploração e análise de bioimagens. Para viabilizar essa investigação, diversos subprojetos, todos relacionados a algum problema de análise de bioimagens e que envolvem colaborações com pesquisadores das áreas biológicas, são contemplados nesta proposta. Adicionalmente, está previsto o desenvolvimento de um ambiente unificado para exploração e análise de imagens, que terá papel importante para operacionalizar e viabilizar o desenvolvimento dos métodos e técnicas, melhorar as interações em colaborações multidisciplinares e permitir reaproveitamento de resultados. Com isso, esta proposta visa contribuir para formação de competência nacional em análise de bioimagens.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Mestrado acadêmico ( 3) / Doutorado ( 2) . Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. . Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 6. | 2011-2013. Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs Descrição: A área de biologia de sistemas é um campo de pesquisa interdisciplinar que foca no estudo sistêmico de interações complexas verificadas em organismos vivos. Um dos principais objetivos das pesquisas nessa área é descobrir propriedades novas que podem surgir da visão sistêmica para um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. Em particular, este projeto foca em três aspectos importantes em biologia de sistemas: i) a investigação das interações entre neurônios em redes neuronais de grande escala; ii) o estudo e desenvolvimento de métodos de inferência de redes de regulação gênica e iii) o estudo e desenvolvimento de métodos de análise do comportamento dinâmico de redes de regulação gênica. O estudo de tais aspectos normalmente envolve um poder computacional significativo devido ao elevado número de elementos interagentes nesses sistemas. Para amenizar esse problema, uma possibilidade é o emprego de aglomerados de processadores gráficos (do inglês: Graphics processing unit - GPU). As GPUs geralmente são bastante eficientes em aplicações que envolvem exaustivas operações de ponto flutuante. A idéia central deste projeto é a obtenção e desenvolvimento de conhecimento e técnicas que permitam a exploração do poder computacional das GPUs para fins de desenvolvimento de soluções relativamente baratas e eficientes para problemas críticos colocados no contexto dos três aspectos mencionados acima. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com dois dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos e Impactos para a Área de Computação da Transição do Silício para Novas Tecnologias. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: David Corrêa Martins Junior. |
| 1. | 2010-2014. (Bioen/Pronex/Fapesp) Metabolomics and proteomics of sucrose accumulation in sugarcane Descrição: The project aims to obtain an insight into the genetic factors controlling sucrose accumulation in sugarcane (brix), linking gene expression, proteins and metabolites data in a systems biology approach. The first part of the project will be the characterization of the metabolome and proteome from leaves, mature and immature internodes at different stages of development of the sugarcane cultivar SP80-3280. This plant material was chosen as our model plant as its genome will be completely sequenced by SUCEST. Besides, this cultivar has also good agronomic properties such as high brix, high productivity, high fiber content, resistance to rust and other important diseases of sugarcane. The changes of the metabolome and proteome of the different plant tissues will be compared at different stages of development, and with particular interest during the stage of sucrose accumulation. The metabolome data banks will be built based on metabolite profiling using two complementary mass spectrometry techniques: GC-TOF-MS and LC/MS-MS. In these initial steps we will also develop computational tools to improve mass spectrometry data analysis and annotation. Once the metabolomics, proteomics and bioinformatics plataforms are established, at the end of the second year, we will start the second part of the project with a new set of experiments using two contrasting materials with high and low brix. The high brix material will be composed of two commercial varieties (RB925211 and RB855156), and the low brix group will be represented by introduced genotypes of Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum (Krakatau, IN84106, IN84103, M31/45) with a known history of low sucrose accumulation. The experiments comparing high and low brix genotypes will be conducted in greehouse conditions at UFSCar, under the same conditions established for SP80-3280. In these experiments we will have the collaboration from the group of Prof. Glaucia Mendes Souza whom will generate transcriptomics . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 3) Doutorado ( 1) . Integrantes: Fernanda Salvato - Integrante / Simone Guidetti Gonzalez - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Monalisa Sampaio Carneiro - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vencio - Integrante / José Eduardo Ferreira - Integrante / Luis Felipe Boaretto - Integrante / Maria Beatriz Calderan Rodrigues - Integrante / Larissa Prado da Cruz - Integrante / Danielle Izilda Rodrigues da Silva - Integrante / Camila Ribeiro - Integrante / Carlos Alberto Labate - Coordenador. . Membro: Carlos Alberto Labate. |
| 2. | 2010-2012. Aquisição de uma Plataforma de Alta Performance para Análises Computacionais aplicada à Medicina Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Emmanulae Dias neto - Integrante / Dirce M Carraro - Integrante / Paulo Sergio L de Oliveira - Integrante / Helena Paula Brentani - Integrante / Wilson A Silva JR - Integrante / Beatriz Stransky Ferreira - Integrante / Camargo, A. A. - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 3. | 2010-Atual. Desenvolvimento de ferramentas computacionais para criação e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares de pacientes HIV para gestão e tomada de decisão do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais Descrição: O Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais precisa de ferramentas de Bioinformática para auxiliar a análise dos seus resultados. Esse projeto deseja alcançar: 1) capacitação técnica para entendimento do ambiente computacional e o código fonte dos sistemas: DBCollHIV, HIVdag e extração e análise de indicadores dos dados clínicos e moleculares; 2) domínio e aplicação das técnicas de classificação e análise de dados clínicos e moleculares bem como a identificação automatizada das associações entre mutações e resistência a drogas. 3) desenvolvimento do algoritmo para identificação de mutações tendo como ponto de partida arquivos de seqüências em formato FASTA; 4) Sistemas transacionais para inserção de dados clinicos e moleculares confiáveis e disponívieis na internet. . Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. . Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 4. | 2010-2013. Genômica funcional aplicada à descoberta de genes de resistência à ferrugem do eucalipto Descrição: O objetivo do projeto de inovação tecnológica é o desenvolvimento de uma plataforma de tecnologia genômica, baseada na análise do transcritoma (utilizando as tecnologias SAGE e Microarrays) e proteoma de folhas de Eucalyptus grandis, para a descoberta de genes e marcadores de resistência à ferrugem causada por Puccinia psiidi Winter. A descoberta desses genes servirá para a produção de árvores transgênicas de clones e progênies comerciais de Eucalyptus grandis, que apresentam susceptibilidade à doença, bem como no desenvolvimento de marcadores moleculares para a seleção assistida de árvores resistentes a ferrugem. Para tanto, utilizaremos várias populações e clones do programa de melhoramento genético da Suzano Papel e Celulose, que apresentam resistência e susceptibilidade à ferrugem. A partir da análise da expressão gênica e de proteínas será possível identificar genes que conferem resistência à ferrugem. O projeto baseia-se nos resultados preliminares que obtivemos em estudo piloto utilizando a tecnologia SAGE e que possibilitaram a identificação de cerca de 471 genes diferencialmente expressos entre árvores resistentes e susceptíveis à ferrugem. Dentre esses genes, foram identificadas 30 sequências cujas funções são desconhecidas, e que se expressam preferencialmente ou apenas nas árvores resistentes. Esses resultados preliminares indicaram o enorme potencial de aplicação das técnicas de genômica funcional para a identificação de genes de resistência à ferrugem e seleção de árvores mais produtivas. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 6) / Mestrado acadêmico ( 1) / Doutorado ( 4) . Integrantes: Monica T V Labate - Integrante / David H Moon - Integrante / Livia Maria Franceschini - Integrante / Thiago Falda Leite - Integrante / Maria Carolina Quecine - Integrante / Ivan Miletovic Mozol - Integrante / Felipe Garbeline Marques - Integrante / Carlos Alberto Labate - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Suzano Papel e Celulose - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 4. Membro: Carlos Alberto Labate. |
| 5. | 2010-2010. Participação no CWB 2010 - Segundo Congresso em Matemática e suas Aplicações, realizado em Curitiba, Paraná, dezembro de 2010. Descrição: Auxílio coletivo para participação de pesquisadores paulistas no congresso, dentro da modalidade "auxílio à organização do evento". Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Maria Aparecida Diniz Ehrhardt - Integrante / José Alberto Cuminato - Integrante / Antonio Sérgio Cobianchi - Integrante / Henri Nicolas Guillaume Anciaux - Integrante / Flávio Ulhoa Coelho - Integrante / Véra Lucia da Rocha Lopes - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 1. | 2009-2012. : CARACTERIZAÇÃO DO PROTEOMA DA PAREDE CELULAR PRIMÁRIA DE CANA-DE-AÇÚCAR Descrição: As proteínas são constituintes essenciais das paredes celulares vegetais; estando envolvidas em modificações dos componentes da parede, em sua estrutura, sinalização e interação com proteínas da membrana plasmática na superfície celular. O proteoma da parede celular vegetal é menos caracterizado do que os proteomas subcelulares. Enquanto os dados quanto ao tamanho e à complexidade do genoma ainda estão sendo obtidos, a combinação de ferramentas experimentais e computacionais está rapidamente ampliando o catálogo de proteínas de parede conhecidas, sugerindo uma inesperada localização extracelular de outros peptídeos e fornecendo a base para explorações da estrutura e função da parede celular. Neste projeto de doutorado, pretende-se isolar e seqüenciar as proteínas da parede celular primária de cana-de-açúcar, Saccharum spp, a fim de se estabelecer quais proteínas são encontradas nas paredes de cana, se existem proteínas desconhecidas, e realizar a genética reversa dessas proteínas, já que os ESTs (etiquetas de seqüências transcritas) da cana-de-açúcar estão disponíveis no banco mundial (NCBI) para identificação das proteínas. Uma primeira etapa referente ao isolamento de proteínas da parede celular de células em suspensão de cana foi realizada, sendo finalizada uma das metodologias. Este sub-projeto é de especial importância, já que a utilização da cana-de-açúcar para fabricação de etanol está em franco processo de expansão devido às suas vantagens sócio-ambientais em comparação ao petróleo. Com isso, o projeto visa aumentar o conhecimento sobre a biossíntese dos componentes da parede celular, componentes chave do processo de produção de etanol a partir do bagaço da cana. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Maria Juliana Calderan Rodrigues - Integrante / Carlos Alberto Labate - Coordenador. Financiador(es): INCT de Biotecnologia para o Bioetanol - Auxílio financeiro.. Membro: Carlos Alberto Labate. |
| 2. | 2009-2009. Analise de danos de dna e expressao de genes supressores de tumor em tecido post-mortem em pacientes com doença de Alzheimer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 3. | 2009-Atual. Biologia Sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica Descrição: Chamadas: Programa Jovens Pesquisadores em Centros Emergentes. Processo: 2009/09532-0 (FAPESP); Edital MCT/CNPq 14/2009 - Universal Processo: 470120/2009-6 (CNPq); Apoio a Atividades de Pesquisa e Divulgação Científica e Tecnológica. Processo: 1640/2009 (FAEPA). Resumo: Abordagens sistêmicas para a compreensão global da célula vêm sendo amplamente utilizadas na era pós-genômica. A utilização de ferramentas computacionais, matemáticas e estatísticas aliadas a novas tecnologias em Biologia permitem o desenvolvimento de modelos globais com capacidades preditivas. Usualmente, modelos utilizando níveis globais de mRNAs e proteínas têm sido desenvolvidos. Entretanto, uma importante classe de moléculas regulatórias que ainda não são contempladas nesses modelos globais são os RNAs não-codificantes. Para identificar a sua influência nas redes de regulação gênica, propõe-se o estudo dessas moléculas em Halobacterium salinarum, um extremófilo modelo em Biologia Sistêmica. A caracterização de ncRNAs deverá ser realizada utilizando tanto abordagens em larga-escala como abordagens tradicionais mais direcionadas, além do uso de diversas ferramentas de bioinformática. Espera-se que a caracterização das redes de regulação globais deste organismo contribuam para o desenvolvimento de tecnologias para reengenharia e aplicações em biotecnologia. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Tie Koide - Coordenador / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Assistência do HCFMRP - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. |
| 4. | 2009-2009. Diferenciação entre doença de Alzheimer pré-clínica por meio da técnica de tissue microarray em cérebros humanos posmartem Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 5. | 2009-2013. Genomica Funcional de Genes Fotossintéticos em Cana-de-açúcar Descrição: Sugarcane transgenics are particularly obligatory for traits that are intractable to breeding, especially those requiring exogenous genes or temporal expression or suppression of endogenous genes. Increase of sucrose content in sugarcane is a main point to be addressed, and is directly dependent of increasing photosynthetic efficiency. The present proposal aims to develop efficient methods of sugarcane in vitro culture as well as methods of nuclear and chloroplast transformation, applying them to modify photosynthetic genes and to incorporate new photosynthetic traits in productive Brazilian germplasm. This proposal counts also with the expertise of national and abroad scientific groups joined as collaborators. Genes related to photosynthesis will be searched in the SUCEST database and they will be main targets for transformation in conjunction with already well known photosynthetic genes. The sugarcane photosynthetic efficiency is expected to be improved upon manipulation of those photosynthetic genes, generating novel knowledge as well as leading to increased synthesis of triose phosphates and, ultimately, increased sucrose content in the transgenic varieties. In addition, this transgenic sugarcane research will be integrated to the other BIOEN sub-projects and, therefore, it will encompass genes associated to photosynthesis and cell wall biosynthesis regarding high [CO2] integrated with high temperature and drought. The transformation sugarcane transformation will be based on the development and optimization of in vitro cultures and nuclear genetic transformation via Agrobacterium tumefaciens and biolistic methods, as well as gene transfer to plastids via biolistic. It is expected that the transgenic plants will generate novel knowledge in the sugarcane genetics, biochemistry and physiology and, furthermore, it is anticipated to accomplish significant improvement in specific agronomic and commercial traits, within short time and at reduced cost.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 4) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 6. | 2009-2009. Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações". Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / David Corrêa Martins Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: David Corrêa Martins Junior. |
| 7. | 2009-2012. INCT de Oncogenômica Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Luiz Paulo Kowalski - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 8. | 2009-2014. Instituto Nacional de Oncogenômica Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Luiz Paulo Kowalski - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 9. | 2009-2010. Modelagem do ciclo celular Descrição: Este projeto visa construir modelos quantitativos que permitam prever fenõmenos relacionados com o ciclo celular.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. . Membro: Junior Barrera. |
| 10. | 2009-2013. O splicing alternativo em câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 11. | 2009-2012. Tecnologia da Informação aplicada a genômica para bioenergia: anotação probabilística usando Inteligência Artificial Descrição: Chamada: Instituto Virtual Microsoft Research-FAPESP de Pesquisas em TI - 06/2009. Processo: 09/53161-6. Resumo: Não existem dúvidas de que um dos maiores desafios para a humanidade neste século é a produção de energia. Mais ainda, por motivos geopolíticos, econômicos, e ainda mais urgentemente, ambientais, soluções renováveis e amigáveis ao meio ambiente são essenciais. Nosso país se tornou, ao longo dos anos, um importante ator em produção de energia alternativa, em particular os biocombustíveis e o pilar desta conquista é a cana-de-açúcar. São Paulo, o principal produtor de biocombustíveis do Brasil, lançou um programa agressivo de pesquisa chamado BIOEN FAPESP em que vários objetivos tecnológicos nesta área devem ser abordados. Um dos principais objetivos científicos do BIEON é o seqüenciamento do genoma da cana-de-açúcar. A presente proposta tem como objetivo desenvolver novos métodos e ferramentas de IT, no escopo da Inteligência Artificial e Aprendizado de Máquina para atacar algumas das questões de Bioinformática levantadas na pesquisa em Genética Molecular de cana. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.. Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. |
| 12. | 2009-2009. Zip Code Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador. Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro.. Membro: David Corrêa Martins Junior. |
| 1. | 2008-2008. 4ª Conf Inter Assoc Bras de Bioinformatica e Biologia Computacional - Salvador BA Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 2. | 2008-2010. Alteração da Biossíntese de ácidos graxos por transformação de cloroplastos Descrição: Sementes oleaginosas são as principais fonte de óleos e gorduras para a dieta humana. Contudo, a maioria dos ácidos graxos produzidas por sementes comerciais possuem baixo teor de ácidos graxos essenciais como ácido linoleico (LA) e -linolênico (ALA), sendo praticamente inexistente os ácidos graxos poli-insaturados de cadeia longa (LCPUFAs). Os LCPUFAs É-3 e É-6 são valiosos por serem essenciais em vários aspectos da fisiologia humana e processos pato-fisiológicos. Nas últimas décadas a dose recomendada de ácidos graxos É-6 e É-3 na dieta tem mudado enfaticamente na direção dos ácidos graxos É-6 devido ao consumo de óleos vegetais que são ricos em LA. Além do mais, ácidos graxos É-6 e É-3 não são interconvertidos no corpo humano. A dose de LA/ALA em nossa dieta influencia diretamente a taxa de É-6/É-3 LCPUFAs. A fonte natural de LCPUFAs para a nutrição e saúde humana é principalmente os peixes marinhos. Contudo os estoques de peixes estão em severo declínio devido ao crescimento descontrolado das pescas há décadas e também muitos óleos de peixes estão contaminados pelo acúmulo de compostos tóxicos como metais pesados, dioxinas e outros. A conversão natural dos ácidos graxos de plantas LA e ALA para LCPUFAs requer a ação seqüencial de duas famílias de enzimas distintas, as desaturases e elongases de ácidos graxos. Assim sendo, este projeto tem como objetivo a produção de É-6/É-3 LCPUFAs em uma planta modelo como o fumo (Nicotiana tabacum) e também em importantes culturas oleaginosas como soja (Glycine max) pela expressão de desaturases e elongases via transformação de cloroplastos, e o desenvolvimento de uma nova ferramenta biotecnológica para a engenharia genética em dendê (Elaeis guineensis), uma espécie altamente promissora. Além disso, produzirá valiosos produtos com sustentabilidade e menor agressão ambiental por usar modernas estratégias biotecnológicas que podem ser aplicadas em outras áreas, como a indústria por exemplo. A tecnologia de transformação genétic. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Integrantes: ROGALSKI, M. - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 3. | 2008-2010. Anotação Genômica Probabilística: Inteligência Artificial aplicada a genomas de interesse estratégico nacional Descrição: Chamada: Edital MCT/CNPq 14/2008 - Universal Processo: 470616/2008-3 Resumo: Atualmente, a abordagem filogenômica se apresenta como o paradigma disponível mais adequado para estabelecer anotações de alta qualidade. O presente projeto tem por objetivo o desenvolvimento de um ambiente computacional de Inteligência Artificial, destinado a automatizar a anotação de genomas completos de organismos que apresentam interesse estratégico nacional. O alvo é a construção de um sistema de software que viabilize aos biologistas a tarefa de anotação automatizada, integrando fontes de evidências quantitativas e qualitativas de forma probabilística. A anotação probabilística tem como produto final a estimativa da probabilidade de um dado gene pertencer a uma certa classe funcional, um processo ou um componente celular, ao invés de atribuições fixas simplistas sem estimativa de incerteza e sem considerar os diferentes graus/qualidade de evidência. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. |
| 4. | 2008-2010. Análise comparativa dos mecanismos de neurogênese de células-tronco pluripotentes induzidas (iPS) geradas a partir de queratinócitos de pacientes esquizofrênicos e normais Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 5. | 2008-2009. Busca de biomarcadores em transtorno obsessivo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 6. | 2008-Atual. Cooperação acadêmica entre as IES UFPA e USP para o desenvolvimento e estabelecimento de uma rede de bioinformática para a análise genômica e proteômica do câncer gástrico Descrição: Chamada: Edital MCT/CNPq/CT-Infra/CT-Petro/Ação Transversal IV Nº 16/2008 "Casadinho", Projeto do Programa Nacional de Cooperação Acadêmica - Ação Novas Fronteiras Edital Procad-NF n.o 08/2008.Processo: 620078/2008-1 Resumo: Os objetivos gerais são (i) o apoio às atividades integradas de pesquisa em bioinformática, genômica e proteômica de tumores através do estabelecimento de infra-estrutura para ensino, pesquisa e inovação tecnológica na Universidade Federal do Pará; (ii) Fortalecer e ampliar o intercâmbio acadêmico entre os programas de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular da UFPA e Genética da FMRP-USP. O desenvolvimento do presente projeto estabelecerá competência na área de Bioinformática, com o auxílio do grupo da USP, uma das primeiras IES do país responsáveis pelo desenvolvimento e competência na área de Bioinformática. O projeto integrará iniciativas locais e/ou nacionais nas áreas da oncologia, genômica, transcriptômica, proteômica e bioinformática; junto com o grupo de Ribeirão Preto, para formação de recursos humanos qualificados, transferência de tecnologias e compartilhamento da infra-estrutura de pesquisa no desenvolvimento e avanço de especialidades chaves para o aproveitamento dos resultados obtidos durante a análise do câncer gástrico na população da região norte brasileira. O câncer gástrico (CID-O C16) é o terceiro tumor malígno mais freqüente no mundo e a maior parte dos casos se concentra em países em desenvolvimento. Atualmente, o Brasil situa-se entre os países de maior prevalência de câncer gástrico na América Latina. Os fatores alimentares também são relacionados à elevada incidência dessa neoplasia no Pará, em especial o consumo de alimentos conservados em sal, o baixo uso de refrigeradores e o pequeno consumo de frutas e vegetais frescos. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Andrea Kely Campos Ribeiro dos Santos - Coordenador / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio. |
| 7. | 2008-2010. Estudo de gene Cry1A(b) para o controle de Hyblae puera Cramer in plantas Descrição: O gene cryIA(b) tem sido utilizado para controle de insetos em diferentes espécies de plantas, as proteínas codificadas por esse gene são altamente tóxicas e específicas, sendo inóquas a maioria dos demais organismos, incluindo os insetos benéficos. A forma de ação deste gene é devido à codificação da protoxina (delta-endotoxinas) do Bacillus thuringiensis que em contato no trato digestivo das larvas susceptíveis, causam a lise osmótica, tendo efeito tóxico a esses insetos. Sendo assim, as chamadas plantas #8220;Bt#8221; demonstram ser uma eficiente e promissora estratégia para controles de insetos praga. Com a devastação das florestas naturais brasileiras, aliadas à crescente demanda de madeira nos mercados nacional e internacional, para construção, movelaria e outros usos nobres, esforços têm sido empreendidos para que florestas de uso múltiplo sejam estabelecidas, e que estas além de atender os mercados consumidores também evitam que os ecossistemas nativos sejam explorados. A Tectona grandis L. f. tem elevada importância neste contexto, tanto pelo elevado valor da madeira (U$1500,00/m3), quanto para questões ambientais como seqüestro de carbono. Estima-se que no mundo mais de 3 milhões de hectares sejam plantados com esta espécie, o Brasil está entre os países da América com plantações expressivas da espécie, aproximadamente 20 mil hectares plantados. No entanto plantações de teca são susceptíveis ao ataque da lagarta Hyblaea puera Cramer, principal inimigo que causa imensos prejuízos nas plantações. O objetivo deste trabalho é estudar a susceptibilidade de Hyblaea puera Cramer à toxina expressa pelo gene cryIA(b) por meio da transformação genética de tabaco e com isso iniciar trabalhos para a transformação genética de teca. A pesquisa será conduzida no Centro de Biotecnologia Agrícola, do Departamento de Ciências Biológicas, ESALQ-USP, Piracicaba-SP.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) . Integrantes: Evamdro Vagner Tambarussi - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 8. | 2008-2010. Estudo de genes da família SnRK relacionadas ao acúmulo de sacarose em cana-de-açúcar Descrição: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas agrícolas cultivadas no Brasil. O cenário mundial encontra-se bastante favorável no que concerne à comercialização de seus principais derivados, o açúcar e o etanol, impulsionando o desenvolvimento do setor sucroalcooleiro nacional. Para sustentar este crescimento, é necessário que haja melhoria, tanto das técnicas de cultivo, quanto das industriais; bem como o lançamento de novos clones mais produtivos através do melhoramento. Contudo, o melhoramento é um processo laborioso e depara-se com alguns problemas, como o genoma complexo da cana-de-açúcar e o longo período necessário à seleção de novos cultivares. A engenharia genética, através da transformação genética de plantas, surge como uma ferramenta útil ao melhoramento tradicional, permitindo o melhoramento dirigido desta espécie. O objetivo deste trabalho é silenciar genes que codificam proteínas da família SnKR: caneosmotic stress-activated protein kinase-1; caneosmotic stress-activated protein kinase-2 e cane SnRK1-2, visando acumular mais sacarose nos tecidos de cana-de-açúcar. Para silenciá-los, plantas de cana-de-açúcar serão transformadas através de biobalística, utilizando vetores construídos para silenciamento gênico por RNAi. Como alvo para os disparos, serão utilizados calos dos clones RB835089 e RB855156, a partir do estágio de subcultivo R3, cultivados em meio MS3. Após o bombardeio, os calos serão cultivados em meio seletivo e, as plantas que regenerarem sob essa condição, serão analisadas em nível molecular, confirmando seu estado transgênico. Por fim, estas plantas serão submetidas a análises bioquímicas, para avaliar possíveis alterações metabólicas decorrentes da inserção dos vetores.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Frederico Almeida de Jesus - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 9. | 2008-2010. Estudo de peptídeos hormonais na regeneração de plantas e transformação genética em Cana-de-Açúcar com o gene ddm1 Descrição: A cana-de-açúcar é uma das principais culturas agroindustriais, sendo amplamente cultivada para produção de açúcar e álcool. Este se torna cada dia mais importante no cenário mundial, devido à busca constante por fontes alternativas e ambientalmente 'limpas' de energia. Para atender essa demanda, são necessárias melhorias em toda a agroindústria canavieira, assim como a busca, através do melhoramento genético, por novos e mais produtivos clones. Entretanto, dificuldades genéticas da cultura muitas vezes barram os avanços do melhoramento, sendo a transformação genética, uma ferramenta importantíssima que auxilia o melhoramento genético da cana-de-açúcar. Por sua vez, existem alguns fatores que ainda limitam a transformação genética, principalmente pelo fato de ser um sistema depende da regeneração de plantas in vitro e devido à presença abundante, no genoma da cana, de elementos transponíveis (ETs). Estes são pequenos segmentos de DNA que se tornam móveis nessas condições in vitro e podem acarretar críticas mudanças no genoma vegetal pela alteração dos padrões e funções gênicas devido a essa mobilização, dificultando a seleção de novos clones. Diante disso, o objetivo desse projeto está em melhorar a eficiência do sistema de transformação genética de cana-de-açúcar, inicialmente acelerando o processo de regeneração de plantas in vitro e estudando o efeito da aplicação exógena de peptídeos hormonais (PSK-a, CLV3 e CLE41/44) no controle da diferenciação e proliferação celular; e, posteriormente, suprimir a mobilização dos ETs ao longo do genoma, por meio da transformação genética com o gene ddm1, o qual está relacionado com a manutenção do silenciamento dos ETs.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: PICELLI, E. C. M. - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 10. | 2008-Atual. Expressão genica em tumores do estomago e do esofago: da biologia ao diagnóstico Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malígnas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pretendemos estabelecer uma. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 5) Doutorado ( 5) . Integrantes: Luis Fernando Reis - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. . Membro: Roberto Hirata Junior. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Luiz Fernando Lima Reis - Coordenador / Helena Paula Brentani - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. Descrição: Os tumores da porção superior do trato digestivo (esôfago e estômago) representam um importante desafio na pesquisa sobre o câncer. A grande maioria dos pacientes é diagnosticada tardiamente e, por conseqüência, com prognóstico bastante limitado. Enquanto os adenocarcinomas de estômago representam a segunda maior cause de morte relacionada ao câncer, os adenocarcinomas do esôfago apresentam a maior taxa de crescimento percentual nos Estados Unidos e Europa, assim como nas populações de maior renda no hemisfério sul. Os adenocarcinomas do estômago e do esôfago estão freqüentemente associados a processos inflamatórios da mucosa normal. Esse processo inflamatório crônico leva à substituição da mucosa normal por um tecido colunar do tipo intestinal, denominado metaplasia intestinal do estômago e que, no esôfago, recebe a denominação de mucosa de Barrett. Essas duas patologias não devem ser consideradas doenças pré-malignas, uma vez que a taxa de transformação em adenocarcinomas é reduzida, mas representam o fator de risco mais importante para os adenocarcinomas dos dois órgãos. Usando a metodologia de microarranjos de DNA, estudamos as características moleculares de amostras de tecido representando mucosa normal, metaplasia intestinal e adenocarcinomas desses dois órgãos. Com base nestes dados, aplicamos ferramentas matemáticas e estatísticas para identificar assinaturas moleculares capazes de classificar precisamente as amostras. Também, foi possível definir um conjunto de alterações em vias metabólicas relacionadas aos processos inflamatórios e de metabolismo de glicerolípedes que poderão contribuir para o entendimento da origem e dos processos moleculares envolvidos na transformação maligna. Neste projeto, pretendemos criar uma rede de instituições e pesquisadores com tradição de pesquisa em tumores de estomago e esôfago que permitirá acesso a um número maior de amostras com dados clínicos e epidemiológicos associados. Com essas amostras, pret. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Eduardo Jordao Neves - Coordenador. . Membro: Eduardo Jordao Neves. |
| 11. | 2008-2012. Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do BioEtanol Descrição: O sistema de agroenergia que produz cana-de-açúcar no Brasil é atualmente o mais eficiente do mundo. No entanto,apenas parte da biomassa produzida é usada efetivamente para a produção de bioetanol, sendo 1/3 para este a produção de sacarose (parte da qual é fermentada para o etanol), 1/3 é bagaço, que é queimado para produzir eletricidade e 1/3 é a palhada, que fica no campo e é decomposta por microorganismos. Portanto, para suprir necessidade ainda maiores de bioetanol, um aumento significativo na produção de etanol é possível se desenvolvermos tecnologias para retirar a energia armazenada nas ligações glicosídicas nos polissacarídeos de parede celular (celulose, hemicelulose e pectinas). Ainda que a hidrólise ácida da biomassa esteja quase consolidada em laboratório e em planta piloto, sua aplicação em larga escala ainda não é economicamente viável. Uma alternativa é o uso de enzimas hidrolíticas que ataquem a parede celular. No entanto, muito pouco é conhecido sobre como este processo de degradação se dá. O Centro de Prospecção de fungos irá manter um levantamento continuo de espécies de fungos capazes de produzir enzimas hidrolíticas e ao mesmo tempo testar e melhorar o desempenho destas utilizando técnicas de engenharia genética. À medida em que enzimas das plantas e dos fungos sejam produzidas, o Grupo do Centro de Caracterização de Enzimas e Processos Industriais irá trabalhar na determinação da estrutura das proteínas, tentar melhorá-las se possível e efetuar testes em pequena escala de preparação do material de cana para uso industrial na produção de bioetanol. Um dos principais objetivos desta proposta é compreender a estrutura fina e a arquitetura dos polissacarídeos da parede celular da cana de açúcar para usá-la como fonte de biomassa para bioenergia. Este aspecto, assim como estudos sobre as características fisiológicas de plantas de cana relacionadas à performance de crescimento em condições de estresses bióticos e abióticos, serão estudados, como tam. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 4) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Marcos Silveira Buckeridge - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. . Membro: Helaine Carrer. |
| 12. | 2008-Atual. Montagem e anotação do genoma de linhagens celulares de um mesmo indivíduo Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Andrew Jonh G Simpson - Integrante / Wilson A Silva Junior - Integrante / Robert L Strausberg - Integrante / da Cunha, Julia - Integrante / Galante, P. A. F. - Integrante / Camargo, A. A. - Integrante / Raphael B. Parmigiani - Integrante / Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 13. | 2008-2010. Métodos Proximais Avançados para Otimização Descrição: Estudo de métodos proximais e penalidades para programação não-linear.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Paulo José da Silva e Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 14. | 2008-2012. Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 3) Doutorado ( 1) . Integrantes: Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 15. | 2008-2010. Redes de interação gênica ``semeadas'' por cliques Descrição: No presente projeto de pesquisa pretende-se estudar subsistemas biológicos dentro de um sistema complexo usando o modelo de Redes Booleanas Probabilísticas e a abordagem de aprendizado estatístico e computacional. O número de genes a ser considerado no subsistema é pequeno de forma a viabilizar as inferências entre os genes de estudo e, simplificar os modelos matemáticos e computacionais. A importância deste trabalho é que os algoritmos desenvolvidos podem ajudar pesquisadores a encontrar genes ainda não conhecidos envolvidos em importante processos biológicos, além de fortalecer a colaboração dos grupos envolvidos (Brasil, Argentina e USA).. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) / Doutorado ( 2) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Rodrigo Assirati Dias - Integrante / Santos, Carlos S. - Integrante / Rodrigo Flores - Integrante / Carlos Higa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 16. | 2008-2012. Soluções para Obtenção Sustentável de Combustíveis Renováveis no Século XXI. Descrição: Este projeto IGERT vai abordar o aumento da demanda global por combustíveis renováveis pela criação de um novo, bem tutorado currículo de pós-graduação levando a avançados índices de inter-disciplinariedade e um certificado programa-específico. Nosso programa compreende a educação, pesquisa e treinamento em múltiplas disciplinas, incluindo biotecnologia, química, engenharia e política energética. Através da integração de ambos ambientes de aprendizado institucional e do mundo real , iremos treinar uma nova geração de cientistas capazes de desenvolver e implementar soluções econômicas para combustíveis renováveis para o mundo. Dois dos mais sérios problemas atualmente encontrados pela sociedade, tanto ao nível nacional quanto global, são: (1) Ameaça da mudança climática, resultado do maciço uso de combustíveis fósseis, e (2) a baixa longevidade das fontes de energia em face ao aumento da demanda por combustíveis fosseis. A solução primária para ambos desses problemas é o desenvolvimento de renováveis e sustentáveis combustíveis. Entretanto, este problema é extremamente interdisciplinar e requer cauteloso planejamento e acesso a estratégias economicamente viáveis, adaptáveis a múltiplos locais de diversos climas e estruturas geopolíticas. Como testemunhas do setor energético, o maior aumento entre industrias de alta tecnologias nos recentes anos, profissionais que são bem versáteis em políticas energéticas problemas, em adição a introdução de treinamento interdisciplinar e experiências em várias disciplinas científicas relacionadas a energia, as quais estão em alta demanda.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: Eric Lam - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. Financiador(es): National Science Foundation - Auxílio financeiro.. Membro: Helaine Carrer. |
| 17. | 2008-2012. USDA Programa Educacional Internacional: Competitividade Agrícola em New Jersey e nos Estados unidos da América: Novas opções de culturas. Descrição: Este projeto aborda o programa ISE e tem como meta reforçar a competência global de estudantes, docente e equipe técnica em agricultura e áreas relacionadas . Visa desenvolver a perspectiva internacional dos estudantes, conhecimento e habilidades através do aprendizado e aumento da colaboração internacional entre os docentes. Os estudantes vão ser introduzidos no mundo real, colaborando com projetos entre Rutgers e parceiros internacionais na Ásia, áfrica e América latina e tem como foco (i) Culturas diversificadas nos EUA para responder ao aumento demográfico e; (ii) pesquisas em novas culturas voltadas ao mercado emergente de biocombustíveis. O conteúdo internacional do currículo da Rutgers será reforçado através dos cursos multidisciplinares, entitulados Agricultura Internacional: Novas Culturas e Novas Aplicações . O aprendizado experimental ocorrerá através de intercâmbio de alunos e ensino a distancia entre os parceiros. Os docentes da Rutgers terão a possibilidade de aumentar sua competência para organizar projetos de pesquisa com colaboração internacional. Estudantes da Rutgers e corpo docente visitarão países parceiros, conduzirão pesquisas, e obterão novos conhecimentos em agricultura em biocombustíveis. A especialização e a infra-estrutura dos parceiros internacionais darão suporte a esforços para adaptar novas culturas ao mercado norte americano e desenvolver uma economia americana baseada em biocombustíveis. O desenvolvimento desse programa permitira estudantes com o contexto e experiência pratica a desenvolver caminhos na carreira nessas diciplinas. Projetos realizáveis especialmente em novas culturas e tecnologias de biocombustiveis, serão uma rede extensa de cooperação. Esses desenvolvimentos contribuirão a competitividade na agricultura e em biocombustíveis.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: Michael Lawton - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. Financiador(es): United State Department of Agriculture USDA - Auxílio financeiro.. Membro: Helaine Carrer. |
| 1. | 2007-2007. 3ª Conf. Inter. Assoc. Brasileira Bioinf. Biologia Computacional São Paulo/SP Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 2. | 2007-2009. Abordagens hierárquicas para classificação de dados Descrição: Classificação de dados é uma parte fundamental em diversos problemas reais. Em muitas aplicações, técnicas de treinamento são utilizadas para ajuste dos parâmetros dos classificadores a partir de amostras de dados pré-classificados. Problemas com grande número de classes requerem o ajuste de muitos parâmetros. Uma das conseqüências disto é a necessidade de grande tempo de treinamento e pouca precisão estatística nos ajustes. Uma abordagem comum para contornar essas dificuldades consiste na decomposição do problema original de classificação em subproblemas mais tratáveis, seguida de composição das soluções dos subproblemas para a obtenção de uma solução para o problema original. No entanto, na prática, as formas de decomposição e composição são realizadas experimentalmente, tornando-se também um processo demorado. Este projeto propõe o estudo e elaboração de técnicas para automatizar a escolha da forma de decomposição/composição. Teste e validação dessas técnicas serão realizadas no contexto de projeto de operadores morfológicos para processamento de imagens e em reconhecimento de símbolos em expressões matemáticas manuscritas.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Não informado / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 3. | 2007-2009. Analise Transcricional da Região do Albedo de Citros para Identificar Genes para o Controle do Fungo Guignardia Citricarpa Descrição: O Brasil é um dos maiores produtores mundiais de citros, sendo o Estado de São Paulo responsável por cerca de 80% da produção nacional. Um dos problemas enfrentados pela citricultura é a sua vulnerabilidade a pragas e doenças, devido principalmente a baixa diversidade genética nas variedades comerciais utilizadas, associada ao sistema de plantio em áreas extensas. Uma das doenças que vem causando crescentes prejuízos para a citricultura brasileira é a pinta preta ou mancha preta dos citros causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely. Estudos da análise da expressão gênica têm demonstrado ser uma importante ferramenta no entendimento dos processos biológicos em nível molecular, pois identificam genes diferencialmente expressos que podem ser importantes na defesa da planta contra patógenos. Com isto, na tentativa de identificação de genes diferencialmente expressos relacionados com a defesa da planta, os objetivos deste projeto são: (a) o seqüenciamento de duas bibliotecas de seqüências expressas (ESTs) da região do albedo do fruto de laranja Valência , sendo uma de fruto contaminado pelo fungo G. citricarpa e a outra de fruto sadio; (b) identificação de genes de interesse in silico ; (c) utilização de PCR em tempo real para validação dos resultados obtidos em experimento já realizado de macroarranjo, no qual foram utilizados sondas de folha sadia de laranja Valência e com sintomas de Pinta preta, e dos genes de albedo identificados. Genes que são ativados por sistemas de resposta de defesa da planta contra patógenos e condições ambientais desfavoráveis são de grande importância, pois são fortes candidatos para serem utilizados na transformação genética de plantas com o objetivo de obter novas variedades resistentes a doenças.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: BRIGATI, J. B. - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 4. | 2007-2009. Análise e Classificação de Comportamentos de Doadores de Sangue em Banco de Dados Multidimensionais Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dadosmultidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Esta integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador / Ester Cerdeira Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. Descrição: Um dos desafios para aplicações E-Science é a análise em larga escala de séries temporais, originárias de grandes bancos de dados multidimensionais. Este projeto propõe a integração de algoritmos de visualização e classificação não-supervisionada de séries temporais armazenadas em banco de dados multidimensionais. Essa integração será validada com a utilização de um banco de dados real de doadores de sangue de três grandes hemocentros do Brasil, de modo a melhor caracterizar o comportamento desses doadores tendo em vista a melhoria da segurança transfusional. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Ester C. Sabino - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 5. | 2007-2009. Busca de marcadores moleculares de predição de recidiva para adenocarcinoma de próstata de escore de gleason 7 utilizando abordagens moleculares de alta sensibilidade Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dirce Maria Carraro - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 6. | 2007-Atual. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma hu Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 7. | 2007-2009. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial em imagens: modelagem de relações espaciais complexas entre objetos em função de formas e novas abordagens para o reconhecimento de estruturas em seqüências de vídeo Descrição: Projeto em colaboração com a Professora Isabelle Bloch (ENST-Paris): O raciocínio espacial em imagens é uma área de pesquisa ainda muito pouco desenvolvida, necessitando da criação de modelos de representação das entidades espaciais, de suas relações e de sua integração em modos de raciocínio. A importância das relações espaciais para o reconhecimento estrutural de padrões já foi mostrada em diversas situações. Entretanto, tais relações possuem diferentes significados dependendo da forma dos objetos envolvidos, podendo ainda variar com o tempo em seqüências de vídeo. Este projeto prevê o desenvolvimento de modelos matemáticos para tais relações, bem como de algoritmos de reconhecimento que os explorem no contexto de análise de imagens. Está previsto o desenvolvimento de modelos matemáticos baseados em conjuntos nebulosos que permitam a exploração de ferramentas de fusão de informações e de raciocínio. Tais modelos serão integrados a representações por grafos para o raciocínio e o reconhecimento de padrões. Aplicações previstas incluem o processamento de imagens médicas do cérebro e o reconhecimento de faces em seqüências de vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Isabelle Bloch - Integrante / Luis A. Consularo - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 8. | 2007-2009. IAPen -- InterActivePen: Interação via dispositivos de escrita Descrição: Para manipular um grande volume de dados, além de algoritmos ''inteligentes'' capazes de processar o conteúdo dos mesmos, é necessário termos formas efetivas de interagir com os dados. Tradicionalmente, a forma de interação com sistemas computacionais resume-se a interações via interfaces gráficas usando-se dispositivos como o teclado e o mouse. Dispositivos do tipo {\em tablet}, juntamente com uma caneta digital ( stylus), permitem a interação também via escrita. No entanto, a escrita ainda não é uma forma comum de interação, apesar de existirem várias situações nas quais a interação via escrita é mais natural do que via teclado ou mouse. Este projeto propõe investigar a escrita como meio de interação em dois contextos distintos (reconhecimento de expressões matemáticas manuscritas e segmentação de imagens) a fim de propor modelos genéricos de interação via escrita que possam também ser utilizados em outros contextos de aplicação. Desta forma, visa contribuir para a difusão de softwares capazes de explorar todo o potencial da escrita como mecanismo de interação.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 9. | 2007-2009. Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 10. | 2007-2009. Redes de interação gênica semeadas por cliques Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Jr. - Coordenador / Marcel Brun - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante. . Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 11. | 2007-Atual. Retrovirus Epidemiology Donor Study - REDS Descrição: Há 15 anos os National Institute of Health nos Estados Unidos financia um grupo de seis bancos de sangue nos EUA denominado REDS (Retrovirus Epidemiology Donor Study) que desenvolvem pesquisas relacionadas à segurança transfusional. Em 2005, uma concorrência para que outros países submetessem projetos de pesquisa para fazerem parte desta rede. Com base no mérito do trabalho, foram escolhidos o Brasil e a China para participarem desta nova etapa, que se chama REDS Internacional O projeto terá duração de 4 anos e serão aplicados cerca de US 3 milhões na proposta brasileira. Três hemocentro brasileiros (Fundação Pró-Sangue/ Hemocentro de São Paulo, Hemominas, e HEMOPE) submeteram um proposta juntamente com o Blood Systems Research Institute (BSRI) em São Francisco. Este projeto também terá a participação do Departamento de Ciência da Computação do IME/USP e do Depto. de Medicina Preventiva e Social da UFMG. O projeto será liderado pela Dra Ester C Sabino da Fundação Pró-Sangue e terá a participação dos seguintes pesquisadores do Brasil: Anna Barbara F. Carneiro-Proietti- Fundação Hemominas Divaldo Sampaio - HEMOPE Thelma Gonzalez - Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo Fernando A Proietti - Depto. de Medicina Preventiva e Social da Universidade Federal de Minas Gerais João Eduardo Ferreira - Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo. O principal objetivo do estudo é obter informações que possam reverter na melhoria da segurança transfusional. O projeto prevê o desenvolvimento de um banco de dados que auxilie os hemocentros a analisar os dados guardados por seu sistema operacional. Serão desenvolvidos 3 projetos de pesquisa: a) Risco residual de transmissão de HIV b) Estudo epidemiológico epidemiológico relacionado à validade das perguntas usadas na triagem de doadores. c) Historia Natural da doença de Chagas, com História natural da doença de Chagas, com. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 1) / Mestrado acadêmico ( 2) / Doutorado ( 1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): National Institutes of Health - Auxílio financeiro.. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 12. | 2007-2009. Sistemas de predição de genes Descrição: Este projeto visa o estudo de predição de genes, tanto de proteínas, como de RNAs não codificantes. O estudo concomitante destas duas áreas, em geral abordadas separadamente, visa tirar proveito de técnicas comuns na produção de melhores preditores de genes. Ambas as abordagens utilizarão o sistema MYOP, um arcabouço para construção de preditores de genes desenvolvido por nosso grupo. Predição de genes ainda é um problema em aberto, em particular a predição de genes de RNAs não codificantes. Porém, mesmo a predição de genes de RNAs codificantes ainda não é um problema resolvido, em particular se considerarmos a baixa taxa de sucesso na predição ab-initio dos genes completos.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) Doutorado ( 2) . Integrantes: Arthur Gruber - Integrante / Zilá Paulino Simões - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 3. Membro: Alan Mitchell Durham. |
| 13. | 2007-2009. Splicing Alternativo: Integração de Estratégias Computacionais para a Caracterização Funcional de Variantes Identificados por Mutações em Sítios Reguladores de Splicing em Tumores de Colon, Mama e Glioblastoma Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 1. | 2006-2008. Análise de expressão gênica de vários estágios de desenvolvimento do rim e fígado e suas implicações em tumores embrionários Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dirce Maria Carraro - Coordenador / Mário Mourão Neto - Integrante / Fernando Augusto Soares - Integrante / Helena Paula Brentani - Integrante. . Membro: Helena Paula Brentani. |
| 2. | 2006-Atual. Aprendizado computacional na descoberta de marcadores moleculares para câncer Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 3. | 2006-2008. Avaliação da expressão gênica na doença de Alzheimer utilizando a técnica de CDNA microarray em amostras de cérebros post-mortem humanos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 4. | 2006-Atual. Bioimage Suite: A multiplatform image analysis package Descrição: BioImage Suite is an integrated image analysis software suite developed at Yale and (will be) released under the GNU General Public License. BioImage Suite has been extensively used at different labs at Yale for the last 3-4 years. BioImage Suite has extensive capabilities for both neuro/cardiac and abdominal image analysis and state of the art visualization. Many packages are available that are highly extensible, and provide functionality for image visualization and registration, surface editing, cardiac 4D multi-slice editing, diffusion tensor image processing, mouse segmentation and registration, and much more. It can be intergrated with other biomedical image processing software, such as FSL and SPM. This site provides information, downloads, documentation, and other resources for users of the software.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Xenophon Papademetris - Coordenador / Hirohito Okuda - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 5. | 2006-2008. Cadeias de Markov interagentes e aplicações em pesquisa sobre o câncer Descrição: Projeto Edital 02/2006 Universal do CNPq.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Luiz Renato G. Fontes - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante. . Membro: Eduardo Jordao Neves. |
| 6. | 2006-Atual. Coordenador: Cooperação internacional CNPq/NSF: Facing 3D Descrição: Reconhecimento de faces e expressões faciais em seqüências de vídeo usando informação 3D. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: L Velho - Integrante / Matthew Turk - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Cooperação / National Science Foundation - Cooperação.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 7. | 2006-2008. FINEP CT-Infra - Projeto Centro de Competência em Software Livre (R$ 600.000,00) Descrição: O Centro de Competência em Software Livre da USP tem como objetivo principal impulsionar o desenvolvimento de software livre para aplicações desenvolvidas nas mais variadas áreas do conhecimento. A produção de software livre é uma das metas prioritárias do Departamento de Ciência da Computação (DCC) do Instituto de Matemática e Estatística da USP e beneficia diretamente a sociedade em pelo menos dois aspectos: a) A produção de tecnologia de alto padrão com ampla distribuição e livre de restrições econômicas e b) contribui para a inclusão digital pelo acesso gratuito e livre ao processo de produção de produtos de tecnologia de ponta.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 5) / Mestrado acadêmico ( 10) / Doutorado ( 3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos / FINEP - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 8. | 2006-2010. FIPSE/CAPES Descrição: Intercambio de A/EUAlunos de Graduação para cursar disciplinas na área de biotecnologia de plantas na Rutgers University, NJ e The Ohio State University, OH. "Participam deste projeto: ESALQ-USP (Instituição Líder Nacional), UFRGS-CBIOT (Colaboradora Nacional), Rutgers (Instiuição Líder Americana) e OSU (Colaboradora Americana).. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: Celia Carlini - Integrante / Gerben Zylstra - Integrante / F. Robert Tabita - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 9. | 2006-2006. Gil Ast Tel Aviv University Medical School Israel Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 10. | 2006-Atual. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 7) Doutorado ( 5) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: L. da F. Costa - Integrante / J Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 7) Doutorado ( 5) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Roberto Marcondes César Junior - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 11. | 2006-Atual. Modelagem por redes e tecnicas de reconhecimento de padroes. Descrição: Desenvolvimento e aplicacoes de redes e teorias dos grafos, sob os pontos de vista de estrutura, dinamica e acpliacoes, para representacao e modelagem de imagens e sistemas biologicos. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 2) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 12. | 2006-2008. Predisposição hereditária ao câncer colorretal e ao câncer de mama: manejo de pacientes de alto risco e suas famílias - diagnóstico clínico e molecular, aconselhamento de risco e implantação de um sistema de registro e gerenciamento de dados oncogenéticos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ricardo Renzo Brentani - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 13. | 2006-2009. Processamento de Requisições em Larga Escala Utilizando o Conceito de Plano de Navegação Descrição: Processamento de requisição é uma aplicação importante no gerenciamento de processos de negócio. Dois dos principais desafios para projeto e implementação de sistemas de processamento de requisi-ções são: (1) inter-operação e integração de sistemas de informação autônomos e heterogêneos; (2) evolução flexível e composição de elementos de software que implementam o workflow de processa-mento de requisições. Nesse projeto de pesquisa propomos o conceito de Plano de Navegação como solução para vários desafios de processamento de requisições. A hipótese principal de nossa pesquisa é que os três estágios de processamento de requisições podem ser separados, implementados, integrados e executados através de interfaces que apóiam tanto a integração de sistemas autônomos e heterogêneos como também a evolução flexível de workflows. Os três estágios são: primeiro, um cli-ente (usuário ou outro programa) gera uma requisição, isto é, um pedido de informação, materiais ou serviços; segundo, a requisição é validada através de uma série de passos de negócio. Isso é impor-tante desde que as requisições validadas possam ser finalizadas apenas quando elas satisfaçam as exigências especificadas nos passos de negócio; terceiro, a requisição validada é submetida aos pro-cessos de execução apropriados para atender às exigências especificadas. A representação e execu-ção de passos de negocio em ambientes de workflows tem gerado vários desafios. Um deles é: Qual é a melhor fundamentação formal e linguagem para controlar padrões de workflow? Algumas das lin-guagens workflow advogam abordagem de Redes de Petri ou Álgebra de Processos, como fundamen-tação formal. Entretanto, a implementação de padrões de workflow descritas por Álgebra de Proces-sos ainda é um problema em aberto. Nessa pesquisa, Álgebra de Processos tem sido usada para representar uma descrição semi-formal da linguagem de definição de Plano de Navegação (NPDL). Seis atividades são propostas nesse projeto de pesquisa para aprofu. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 3) Doutorado ( 3) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 14. | 2006-2008. Programação Paramétrica para Máquinas de Suporte Vetorial e Direções Baseadas em Penalidades Exatas para Sistemas KKT, apoiado pelo CNPq através da chamada Edital Universal. Descrição: Projeto Universal do CNPq, individual, na área de programação não-linear a aplicações. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Ellen Hidemi - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 15. | 2006-Atual. Projeto Cinapce Descrição: Neste projeto, caberá ao nosso grupo desenvolver novos métodos para análise e processamento de imagens 3D obtidas por ressonância magnética na pesquisa da epilepsia.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: A Tannus - Coordenador / L Mello - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Universidade Federal de São Paulo - Cooperação / Instituto de Fisica de Sao Carlos - Cooperação.. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 16. | 2006-2009. Uso de estratégias computacionais e experimentais para o melhor entendimento de splicing alternativo Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 1. | 2005-2005. 1st International Conference of the AB3C Caxambu/MG Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 2. | 2005-2007. Combinação de Classificadores Descrição: Atualmente existem várias técnicas estatístico-computacionais para classificação de dados e, nos últimos anos, diferentes técnicas de combinação de classificadores (as que se utilizam de mais de um classificador) têm sido propostas. Esta profusão de técnicas para classificação torna o projeto de classificadores uma tarefa não-trivial. Diante deste quadro, um sistema computacional que automatize parte da tarefa de projetar classificadores é altamente desejável, tanto para facilitar pesquisas na área como para servir de ferramenta para usuários que não são especialistas no assunto. Estabelecendo-se tal sistema como um objetivo a médio longo prazo, uma parte fundamental para sua realização é o desenvolvimento de uma visão sistêmica do processo de projeto de classificadores. Conhecer as técnicas existentes, seus fundamentos teóricos e aspectos relacionados a suas aplicações é essencial para o desenvolvimento dessa visão. Neste sentido, este projeto de pesquisa propõe uma ampla investigação teórica e experimental sobre técnicas de combinação de classificadores. Os estudos teóricos serão materializados em forma de seminários e relatórios técnicos, enquanto a experimentação dessas técnicas permitirá a resolução de problemas reais. Ambas serão fundamentais para um melhor entendimento do processo de projeto de classificadores.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 2. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 3. | 2005-Atual. Coordenador: Edital Universal CNPq 2004: Novas técnicas de reconhecimento estrutural de padrões Descrição: Análise de configuração espacial de objetos e rastreamento em seqüências de vídeo.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 4. | 2005-Atual. Desenvolvimento de marcadores microssatélites para diferenciação de cepas de E. tenella, E. maxima e E. acervulina Descrição: O genoma de Eimeria é rico em seqüências microssatélite, tendo sido encontrada uma repetição de três pares de bases (GCA e seu complemento TGC) altamente abundante e presente até mesmo em regiões codificadoras, fazendo crer que o isolamento de marcadores microssatélite para este parasita seja perfeitamente viável. No presente projeto pretende-se desenvolver os marcadores microssatélite com duas abordagens: in silico e com o uso de bilbiotecas genômicas enriquecidas em microssatélites. No primeiro caso serão usadas seqüências do genoma de E. tenella disponibilizadas na internet, bem como seqüências ESTs obtidas em nosso laboratório para E. tenella, E. acervulina e E. maxima. Será usado o software de domínio público Tandem Repeats Finder para identificar os loci de microssatélites e regiões flanqueadoras. Em seguida serão desenhados primers e através de amplificação por PCR serão analisadas polimorfismos de tamanho através de eletroforese em géis de poliacrilamida. Na segunda alternativa, serão construídas bibliotecas enriquecidas em microssatélites. Os clones candidatos serão seqüenciados e aqueles que tiverem seqüências repetitivas, serão usados para o desenho de primers e posterior busca de polimorfismo. A identificação de marcadores moleculares do tipo microssatélite em Eimeria poderá trazer enorme contribuição para o diagnóstico diferencial de cepas, com a vantagem que amostras mistas de campo poderão ser identificadas sem a necessidade prévia de se purificar as diferentes cepas e/ou espécies presentes. Com isto, será possível a realização de estudos epidemiológicos de monitoramento de cepas vacinais, para compreender melhor a sua permanência e disseminação nos ambientes de criação avícola. Também será possível a discriminação das cepas vacinais daquelas de campo, permitindo detectar a presença de cada uma ou de ambas em uma dada amostra. Finalmente, para as empresas produtoras de vacinas, tal ferramenta permitirá ainda monitorar a pureza das cepas vacinais.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador. Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro / Laboratório Biovet S A - Bolsa / Laboratório Biovet S A - Remuneração.. Membro: Arthur Gruber. |
| 5. | 2005-2007. Identificação de marcadores moleculares em cancer de mama relacionados à progressão e metástase Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Emmanuel Dias Neto - Integrante / Dirce Maria Carraro - Integrante / Ricardo Renzo Brentani - Integrante / Alvaro Sarkis - Integrante / Francisco Fonseca - Integrante / Wadhi Arap - Integrante / Gustavo Campos Molina - Integrante / Eduardo Abrantes - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 6. | 2005-2009. Identificação e Análise de Expressão de genes de citros relacionados à mancha preta de citros Descrição: A citricultura brasileira concentra-se principalmente no Estado de São Paulo que contribui com 87 % da produção nacional, sendo o Brasil um dos maiores produtores mundiais de citros. Um dos problemas enfrentados pela citricultura é a sua vulnerabilidade a pragas e doenças, devido principalmente a baixa diversidade genética nas variedades comerciais utilizadas, associada ao sistema de plantio em áreas extensas. Uma das doenças que vem causando crescentes prejuízos para a citricultura brasileira é a pinta preta ou mancha preta dos citros causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely,. O uso de conhecimentos de biologia molecular e métodos biotecnológicos deve ser considerado como importante alternativa para a produção de plantas geneticamente modificadas expressando genes de resistência para contribuir com o aumento da produtividade das principais espécies de plantas cultivadas. Para se obter plantas de citros resistentes a doenças, se faz necessário identificar genes que estejam relacionados com os mecanismos de defesa da planta. Na tentativa de identificar estes genes, o objetivo geral deste trabalho é a identificação de genes por data mining no banco de dados do Projeto Millenium Citest e a análise de expressão destes genes envolvidos na resposta de hipersensibilidade (HR) e na cascata de MAPKs (mitogen activated protein kinases). Genes que são ativados por sistemas de resposta de defesa da planta contra patógenos e condições ambientais desfavoráveis, é de grande importância, pois são fortes candidatos para serem utilizados na transformação genética de plantas com o objetivo de obter novas variedades de plantas com resistência a patógenos.. Situação: Em andamento; Natureza: Outra. Alunos envolvidos: Doutorado ( 1) . Integrantes: Simone Guidetti-Gonzalez - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.. Membro: Helaine Carrer. |
| 7. | 2005-2010. Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de sequências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três ítens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: COSTA - Integrante / R M Cesar Jr - Coordenador / Junior Barrera - Integrante. . Membro: Junior Barrera. |
| 8. | 2005-Atual. Pesquisador Principal: Projeto Rede GIGA-RNP: Aplicações gráficas em redes avançadas Descrição: Aplicações em rede GIGA.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: L Velho - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Rede Nacional de Ensino e Pesquisa - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 9. | 2005-2007. Sistema de Gerenciamento de informação em microarray Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 1. | 2004-2004. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology Angra dos Reis/RJ Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 2. | 2004-2004. Análise de tráfego usando processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 3. | 2004-2007. Aspectos Etiológicos, Bioquímicos e moleculares de Guinardia Citricarpa, agente causal da Mancha Preta dos frutos Cítricos. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Sérgio Florentino Pascholati - Integrante / Antonio de Goes - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helaine Carrer. |
| 4. | 2004-Atual. Biomedical Research Informatics for Global Health Training Program - BRIGHT Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, no qual aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática. . Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Lucila Ohno Machado - Integrante / Richard Maas - Integrante / Eduardo Massad - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. . Membro: Junior Barrera. |
| 5. | 2004-2006. Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) Doutorado ( 1) . Integrantes: Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Texas A M University - Cooperação / Translational Genomics Research Institute - Cooperação. Número de produções C, T A: 1. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 6. | 2004-2004. Design Patterns em processamento de imagens Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 7. | 2004-2007. Genoma funcional do câncer humano Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 8. | 2004-2006. In-vivo detection and quantification of matrix metalloproteinases using evolution of post-myocardial infarction Descrição: In-vivo detection and quantification of MMP activity and changes in LV deformation and geometry post-MI. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Albert J Sinusas - Coordenador / Lawrence Staib - Integrante / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro.. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 9. | 2004-2004. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - ICOBICOBI Situação: Concluído; Natureza: Outra. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 10. | 2004-Atual. Projeto Internacional em Bioinformática e Análise de Imagens Descrição: Projeto conjunto com o IME-USP, MIT e Harvard Medical School, onde aplicaremos técnicas de análise de imagens por nós desenvolvidas para resolução de problemas em expressão gênica e bioinformática.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: J BARRERA - Integrante / S J Souza - Integrante / L Ohno Machado - Coordenador / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro / Massachusetts Institute of Technology - Cooperação / Harvard University - Cooperação / Instituto de Matemática e Estatística Usp - Cooperação.. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 11. | 2004-2012. Pronex Otimização Contínua, FAPERJ/CNPq, Esse projeto já foi renovado duas vezes. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Humes Junior - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Jose Mario Martinez - Integrante / Clóvis C. Gonzaga - Integrante / João Xavier da Cruz Neto - Integrante / Orizon Ferreira - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesq. do Estado do Rio de Janeiro - Auxílio financeiro.. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 12. | 2004-2004. Uma grade basead em .Net Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) . Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 13. | 2004-2006. White Matter Analysis from MR Diffusion Imaging Descrição: Develop methods for robust and accurate connectivity measurement in white matter and parcellation of white matter; evaluate and validate white matter methods using synthetic, phantom and real images; study and evaluate the application of these methods for measuring regional white matter differences. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Maolin Qiu - Integrante / Todd Constable - Integrante / Lawrence Staib - Coordenador / Marcel Parolin Jackowski - Integrante. Financiador(es): National Institute Of Health - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1. Membro: Marcel Parolin Jackowski. |
| 1. | 2003-2006. Classificadores de amostras biológicas baseadas na expressão de poucos genes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Roberto Hirata Junior - Coordenador. . Membro: Roberto Hirata Junior. |
| 2. | 2003-2005. CNPq CTInfo PDITI - Projeto IMPAR Infra-estrutura de Middleware Para Aproveitamento de Recursos Ociosos em Sistemas Distribuídos (R$ 396.619,00) Descrição: O projeto tem por finalidade o desenvolvimento de uma infra-estrutura de middleware genérica para o aproveitamento de recursos ociosos em sistemas distribuídos para permitir a resolução paralela de problemas computacionais. As metas específicas são: 1) desenvolver e implementar um protótipo pré-comercial da infra-estrutura de middleware; 2) desenvolver e implementar tecnologia para garantir a segurança e a qualidade de serviço dos usuários; 3) realizar experimentos a fim de analisar a eficácia e eficiência dos sistemas desenvolvidos. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 6) / Mestrado acadêmico ( 12) / Doutorado ( 6) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 3. | 2003-Atual. Criptografia baseada em dados pessoais Descrição: Desenvolvimento e análise de segurança de algoritmos de criptografia em que a chave pública identifica o seu proprietário.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 3) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Routo Terada - Coordenador. Financiador(es): University Of Tsukuba - Cooperação. Número de produções C, T A: 2 / Número de orientações: 2. Membro: Routo Terada. |
| 4. | 2003-2005. Desenvolvimento de marcadores microssatélite para a diferenciação de cepas de Eimeria tenella, E. acervulina e E. maxima Descrição: Esse projeto apresenta os seguintes objetivos: isolar e identificar marcadores moleculares polimórficos do tipo microssatélite a partir de amostras de Eimeria tenella, E. acervulina e E. maxima; determinar a especificidade de espécie de cada marcador e o grau de polimorfismo entre distintas cepas; determinar o haplótipo de amostras de campo e de cepas das principais vacinas de uso comercial no Brasil; e realizar estudos de epidemiologia molecular visando estudar o grau de variabilidade genética intra-específica nas três principais espécies de Eimeria. Esse projeto está sendo em parceria com o Laboratório Biovet S/A, um laboratório nacional com mais de 45 anos de existência, e um dos mais importantes produtores de vacinas de uso animal no Brasil.. Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 1) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Sandra Fernandez - Integrante / Alexandre Proietti Viotti - Integrante / Arthur Gruber - Coordenador. Financiador(es): Laboratório Biovet S A - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1 / Número de orientações: 1. Membro: Arthur Gruber. |
| 5. | 2003-2005. Maldb, Genomic And Post Genomic Approaches To Study Human Malaria in the Brazilian Amazon: Projeto Temático Fapesp No. 01/09401-0 Descrição: Investigação da diversidade genética de plasmodium na amazônia brasileira. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Hernando A del Portillo - Coordenador / Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Gerhard Wunderlich - Integrante / Marcelo Urbano - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Não informado.. Membro: Alan Mitchell Durham. |
| 6. | 2003-2005. Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 1. Membro: Ronaldo Fumio Hashimoto. |
| 1. | 2002-2007. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo da Malária Humana na Amazônia Brasileira Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para entender mecanismos biológicos presentes no parasita da malária.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. . Membro: Junior Barrera. |
| 2. | 2002-2005. Caracterização e modelagem físico-matemática da expressão gênica na formação do coração de quatro espécies de vertebrados. Descrição: Nosso grupo é responsável pela carcterização e modelagem físico-matemática da expressão gênica durante o desenvolvimento embrionário, devendo obter, ao longo do projeto, métodos e medidas originais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Juan Carlos Izpisua Belmonte - Coordenador / Gehrard B Mueller - Integrante / Diego Rasskin Gutman - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Integrante. Financiador(es): Universitat Wien - Cooperação / Salk Institute For Biological Studies - Cooperação / Human Frontier Science Program - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 8 / Número de orientações: 6. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 3. | 2002-2004. Cursos / Organização Mundial da Saúde Descrição: Organização de cursos de Bioinformática de curta duração para alunos latino-americanos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Hernando A del Portillo Obando - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. . Membro: Junior Barrera. |
| 4. | 2002-2004. Data Warehouse para análise de dados do banco de sangue do Hospital Israelita Albert Einstein Descrição: Data Warehouse para análise de dados do banco de sangue do Hospital Israelita Albert Einstein.. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Alunos envolvidos: Especialização ( 2) / Mestrado acadêmico ( 2) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 5. | 2002-2006. Desenvolvimento de ambiente informatizado para análise determinística de dados epidemiológicos e de resistência genotípica do HIV-1. Descrição: Este projeto pretende implementar um banco de dados através da integração de bancos do Programa de DST-AIDS já existentes (SICLOM, SISCEL e RENAGENO) de modo a viabilizar os elementos analíticos para cruzamento de informações vinculadas aos aspectos clínicos, epidemiológicos e de genotipagem dos pacientes com HIV positivo. Pretende-se também adequar ferramentas de bioinformática que permitam analisar sequências do HIV, gerando laudos de genotipagem e subtipagem.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Especialização ( 2) / Mestrado acadêmico ( 2) Doutorado ( 1) . Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Ministério da Saúde - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 6. | 2002-2004. Identificação de Genes que Regulam Fenótipos de Interesse em Agropecuária através da Análise Computacional de Seqüências de Expressão Descrição: Projeto CNPq - Pesquisador. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Neves, E Jordão - Integrante / Roberto Hirata Junior - Integrante. . Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: The development of tools for the extraction of information from genetic data depends on two essential factors: basic research on computer science-mathematics, and the application of the tecniques developed to problems of interest in Biology. The structure of this project is consistent with this idea. Our main motivation is the production of knowledge in the cattle-farming field. In particular, we aim identifying genes or sets of genes that regulate phenotypes, such as the eucalyptus properties that are important for paper manufacturing, for fowl muscles that affect meat quality, or sugar cane that is used in alcohol and sugar production. In order to reach these goals, it is fundamental the extraction of quantitative data of the studied species, including sequencing and measuring of expressions levels in biological states of interest . After data extraction, we aim finding correlations that define gene or set of genes association, related to specific phenotypes. In order to identify these genes, a computational environment allowing correlation of several kinds of data is required. An environment that executes such tasks must be composed of a modular database structure able to store amino acid or protein sequences, metabolic chains, and expression data; libraries for supervised and non-supervised pattern recognition and system identification; high performance hardware for the implementation of critical functions. Environments having such characteristics are known in the literature as data mining systems. The development of adequate computer tools depends on mathematical-computational models, that may not be available in the literature. Thus, we intent to carry out basic research on pattern recognition, dynamical system identification and image analysis. The interaction between basic research in Mathematics-Computer Science, software development, and Biology problem modeling should constitute an espiral of scientific knowledge advance which will allo. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Alan Mitchell Durham - Integrante / João eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Paulo José da Silva e Silva. Descrição: Análise de dados de biologia molecular, particularmente de expressão gênica, para pesquisar melhorias vegetais e animais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador. . Membro: Junior Barrera. |
| 7. | 2002-2008. Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de redução de dimensionalidade genéricas que possam tratar problemas de bioinformática com foco em identificação de redes de regulação gênica e problemas de análise e processamento de imagens com foco no projeto de operadores de janela (W-operadores) para realização de determinadas operações ou análises sobre imagens.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa. Número de produções C, T A: 31. Membro: David Corrêa Martins Junior. |
| 1. | 2001-2006. Aproximação Genômica e Pós-Genômica ao Estudo das Malárias Humanas de Plasmodium vivax e Plasmodium falciparum na Amazônia Brasileira.-ClinMalDB Descrição: A finalização do genoma de P. falciparum, bem como avanços significativos no genoma de P. vivax foram anunciados recentemente na revista Nature [415:702-709 (2002)]. Este projeto propõe o uso de abordagens genômicas e pós-genômicas em três áreas principais de pesquisa em malária: fatores de virulência, genética de populações e quimioterapia. Além disso, através da integração com o Núcleo de Bioinformática da USP, propomos a criação de um banco de dados de seqüências e imagens de microarrays (MalDB) para explorar de modo completo toda essa nova informação biológica.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Hernando A del Portillo, - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 2. | 2001-2003. Banco de dados de produtos e serviços para pessoas portadoras de deficiência Descrição: Banco de dados de produtos e serviços para pessoas portadoras de deficiência, junto ao CECAE-USP. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 2001-2003. CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression Descrição: Atualmente, genomas inteiros e todo conjunto de ESTs de microorganismos importantes economicamente de modelos biológicos relevantes e de humanos - estão se disponibilizando de forma cada vez mais rápida. A fim de aproveitar desse enorme conjunto de genes e ESTs seqüenciados muitas universidades e laboratórios industriais estão desenvolvendo tecnologia para analisar a expressão do gene no nível do RNA, em uma base ampla do genoma, usando microarrays de DNA, também chamado de DNA chips. Estas técnicas têm potencial para gerar centenas de pontos de dados de expressão de dezenas de milhares de genes , cujo impacto na pesquisa biológica pode ser revolucionário. Análises de tão ampla quantidade de dados cria problemas complexos e ainda não solucionados de armazenagem de dados, mineração de dados, e projeto de preditores não lineares. Juntas, tais tarefas requerem uma colaboração coordenada de, por um lado, estudiosos da computação e matemática, e por outro lado, biólogos moleculares e químicos. No estado de São Paulo, a FAPESP oportunamente lançou um programa sobre genoma, a princípio iniciado pelo seqüenciamento do genoma da Xylella fastidiosa, e agora ampliado para outros microorganismos e ESTs das células do câncer humano, células de plantas e cana-de-açúcar. A iniciativa da FAPESP tem estabelecido condições suficientes para iniciar um competitivo projeto local relativo à função dos genomas em relação a tecnologia microarrays de DNA. Este projeto visa criar uma Cooperação para Análise de Expressão dos Genes - CAGE, uma organização informal que coordenará os esforços colaborativos dos biólogos moleculares do Instituto de Química (IQ-USP), cientistas da computação e matemáticos do Instituto de Matemática e Estatística (IMEUSP), a fim de estudar a expressão do gene pela tecnologia microarray de DNA. O objetivo inicial é instalar um laboratório equipado por: a)gravação robótica com precisão alta de milhares de sinais de sequências de cDNA por cm2 sob. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 8) Doutorado ( 2) . Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Marco Dimas Gubitoso. |
| 4. | 2001-2004. Coordenador de projeto CAPES-COFECUB: Raciocínio espacial aproximado e análise de formas para reconhecimento de faces Descrição: Reconhecimento estrutural de padrões através de casamento de grafos relacionais com atributos.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Isabelle Bloch - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador. Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 5. | 2001-2003. Cultura de tecidos de tomate - Bolsa de Iniciação Científica: Matheus Romanos Benatti Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) . Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 6. | 2001-2005. O papel das enzimas proteolíticas na patogenicidade de Xylella fastidiosa Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sérgio Florentino Pascholati - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. . Membro: Helaine Carrer. |
| 7. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital de Bioinformática CNPq: Identificação de genes que regulam fenótipos de interesse em agropecuária através da análise computacional de dados de seqüências e de expressão Descrição: Métodos de reconhecimento de padrões em bioinformática.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Junior Barrera - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. Descrição: O desenvolvimento de ferramentas para extração de informação de dados de genética depende de dois fatores essenciais: pesquisa básica em matemática-computação e aplicação a problemas relevantes de Biologia. A estrutura deste projeto é consistente com esta tese. A nossa motivação é a produção de conhecimento em agropecuária. Em particular, pretendemos identificar genes ou conjuntos de genes que regulam fenótipos, como propriedades do eucalipto que têm impacto na manufatura de papel, musculatura de aves que têm impacto na qualidade da carne, ou cana de- açúcar que têm impacto na produção de açúcar e álcool. Para atingir esses objetivos é fundamental a extração de dados quantitativos das espécies estudadas, o que inclui o sequenciamento e medida de expressão em estados biológicos de interesse. Após a extração de dados pretende-se encontrar correlações que definam associação de genes, ou conjuntos de genes associados a fenótipos específicos. Para identificar esses genes é necessário um ambiente computacional que permita correlacionar dados de naturezas diversas. Um ambiente que execute tais tarefas deve ser composto por uma estrutrura de banco de dados modular que permita armazenar sequências de aminoácidos ou proteínas, cadeias metabólicas e dados de expressão; bibliotecas para reconhecimento de padrões (supervisionado e não supervisionado) e identificação de sistemas; hardware de alto desempenho, onde são implementadas funções críticas. Ambientes com tais características são conhecidos na literatura como sistemas de mineração de dados. O Núcleo de Pesquisa em Bioinformática da USP (BIOINFO-USP), sediado no IME-USP, vem desenvolvendo um ambiente de mineração de dados para genética. O presente projeto irá contribuir para o desenvolvimento desse ambiente através da criação de novos módulos de análise de dados e da paralelização de funções críticas. O desenvolvimento de ferramentas computacionais apropriadas depende de modelos matemáticacomputacionais, que, em muit. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Siang Wun Song - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / Eduardo Jordão Neves - Integrante / Junior Barrera - Coordenador / Nina S. Tomita Hirata - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Júnior - Integrante / Routo Terada - Integrante / Roberto Hirada Junior - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Paulo Agozini Martin - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. . Membro: Marco Dimas Gubitoso. |
| 8. | 2001-2004. Pesquisador principal: Edital Universal CNPq: Análise de formas representadas por landmarks Descrição: Análise de formas representadas por landmarks.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: L. da F. Costa - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 9. | 2001-2005. Pesquisador Principal: Projeto Temático FAPESP: Desenvolvimento e avaliação de métodos originais e precisos em análise de formas e imagens e visão computacional Descrição: Análise de formas e reconhecimento de padrões.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 3) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 2) . Integrantes: L. da F. Costa - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Marcondes Cesar Junior. |
| 10. | 2001-2005. Projeto Forests: Sequenciamento de ESTs de Eucalyptus sp. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Dirce Maria Carraro - Integrante / Luiz Lehmann Coutinho - Integrante / Valentina de Fátima De Martin Orelli - Integrante / Carlos Alberto Labate - Integrante / Celso Luiz Marino - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1. Membro: Helaine Carrer. |
| 11. | 2001-2003. Pronex - Métodos para Otimização contínua, CNpq Proc. 662199/1997-9 Descrição: Grupo avançado de pesquisadores de diversas instiuições brasilieras (IMPA, USP, UNICAMP, UFSC, UFPI) cobrindo os vários aspectos da otimização contínua.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Humes Junior - Integrante / Alfredo Noel Iusem - Coordenador / Jose Mario Martinez - Integrante / Clóvis C. Gonzaga - Integrante / João Xavier da Cruz Neto - Integrante / Orizon Ferreira - Integrante / Paulo José da Silva e Silva - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 12. | 2001-2004. VGDN Viral Genetic Diversity Network Descrição: Este programa propõe a organização de uma rede de laboratórios em várias instituições de pesquisas no estado, com o intuito de estudar a diversidade genética dos vírus dentro de um contexto de ciência aplicada, a qual irá proporcionar tanto a capacidade do estudo genético dos vírus quanto o uso imediato dos dados primários relevantes (exemplo: monitoramento de vacinas, resistência a drogas antivirais e tipos de vírus para informação e doenças associadas). Muitos exemplos da importância desta iniciativa será apresentada neste projeto. O estabelecimento do VGDN será pertinente quanto a melhora da ciência e tecnologia do estado de São Paulo, o que proporcionará o suporte necessário para a vigilância epidemiológica e controle das doenças virais. Os quatro trabalhos coordenados incluirão os seguintes agentes: (i) vírus da imunodeficiência humana(HIV-1), (ii) vírus da hepatite C (HCV), (iii) vírus syncytial e hantavírus. Podemos dizer que levará 6 meses para montar os labs e 2,5 anos para gerar os primeiros dados. Será necessário um adicional de 6 meses para terminar qualquer experimento que não estivesse nos planos para completar as análises dos dados. Espera-se que cada um dos 20 labs produzam 112,500 bp de HCV e 108,750 bp para HIV, 20,400 bp de RSV e 16,900 bp de hantavírus em dois anos. Cada posição do nucleotídeo será sequenciada em média 5 vezes de um número pré-definido de amplicons (1250 amostras de 3 amplicosn para HCV, 1450 amostras de 3 amplicons para HIV, 100 amostras com 3 amplicons para hantavírus, e 600 amostras com 4 amplicons para RSV). Desta maneira, aproximadamente 252,000 bp serão gerados em cada nódulo durante os 3 anos da operação.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Marco Dimas Gubitoso - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Marco Dimas Gubitoso. |
| 1. | 2000-2009. Antônio Prudente Cancer Research Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Fernando Augusto Soares - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 2. | 2000-2005. CAGE - Cooperation for Analysis of Gene Expression Descrição: Cooperation for Analysis of Gene Expression, CAGE, is an informal organization that will coordinate the collaborative efforts of molecular biologists of the Instituto de Química (IQ-USP) and computer scientists and mathematicians of the Instituto de Matemática e Estatística (IME-USP), to study gene expression by the DNA microarray technology.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Nina Sumiko Tomita Hirata. |
| 3. | 2000-2002. CNPq Edital Universal 01/2000 Projeto Algoritmos Paralelos Eficientes para o Modelo CGM (R$ 38.933,00) Descrição: O projeto focaliza o desenvolvimento de algoritmos paralelos eficientes para duas áreas de aplicação: (1) busca de padrões em imagens bidimensionais com e sem escala e (2) problemas em grafos. O problema (1) tem sua importância em processamento de imagens, em particular, reconhecimento de padrões com escala em imagens de satélites. O problema (2) tem sua importância em sistemas distribuídos modelados por grafos. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 2) / Mestrado acadêmico ( 2) / Doutorado ( 1) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 4. | 2000-2005. Cooperation for Analysis of Gene Expression - FAPESP No.99/07390-0 Descrição: Projeto Temático FAPESP. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Roberto Hirata Junior - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Roberto Hirata Junior. Descrição: Projeto Temático. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Carlos Humes Junior - Integrante / Ronaldo Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / João eduardo Ferreira - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / Hugo Aguirre Armelin - Coordenador / Paulo José da Silva e Silva - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Paulo José da Silva e Silva. |
| 5. | 2000-2005. Cooperation for Gene Analysis Expression Descrição: Desenvolver técnicas de análise de expressão gênica e aplica-las ao entendimento de Problemas biológicos, como o controle do ciclo celular. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 0) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 0) . Integrantes: Hugo Aguirre Armelin - Integrante / Junior Barrera - Coordenador. . Membro: Junior Barrera. |
| 6. | 2000-2006. Desenvolvimento de métodos originais para análise de formas e imagens em visão computacional. Descrição: Projeto Temático em conjunto com 3 outros grupos de pesquisa, onde desenvolvemos diversas técnicas originais para processamento e análise de imagens validadas por aplicações a problemas reais.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 0) / Especialização ( 0) / Mestrado acadêmico ( 2) / Mestrado profissionalizante ( 0) / Doutorado ( 5) . Integrantes: R M FARIA - Integrante / V OBAC RODA - Integrante / R M Cesar Jr - Integrante / Luciano da Fontoura Costa - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 85 / Número de orientações: 19. Membro: Luciano da Fontoura Costa. |
| 7. | 2000-2003. Identificação de genes vegetais com expressão diferencial em micorrizas arbusculares através de Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Márcio Rodrigues Lambais - Coordenador / Helaine Carrer - Integrante. . Membro: Helaine Carrer. |
| 8. | 2000-2003. Indexing and Data Mining in Multimedia Databases-ImiMD Descrição: Indexação de resultados de classificadores em grandes volumes de dados.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Caetano Traina Junior - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 9. | 2000-2003. Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do Câncer Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 10. | 2000-2004. Otimização de acesso a disco para grandes volumes de dados. Descrição: otimização de técnicas de acesso a disco baseado em dois conceitos de projeto físico de bancos de dados: indexação e cache.. Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento. Integrantes: João Eduardo Ferreira - Coordenador. Financiador(es): SUN Systems - Auxílio financeiro.. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 11. | 2000-2002. Projeto CAGE: Cooperative Analisys of Gene Expression Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Joao Eduardo Ferreira - Integrante / Sérgio Verjovski-Almeida - Integrante / Aline Maria da Silva - Integrante / Hugo Armelin - Coordenador / Eduardo Jordao Neves - Integrante / Carlos Humes Junior - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Alan Mitchell Durham. |
| 12. | 2000-2004. Sequenciamento de ESTs de cana-de-açúcar (SUCEST-FAPESP) Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 3) . Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 13. | 2000-2003. Sequenciamento de genoma de cloroplasto de cana-de-açúcar Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helaine Carrer. |
| 14. | 2000-2004. Sequenciamento: Agronomical Environmental Genome Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 1. | 1999-2002. CNPq Protem/NSF - Projeto ACCORDS Automatic Configuration and Monitoring of Component-Based Distributed Systems (R$ 76.193,00) Descrição: O projeto investiga a configuração automática e monitoramento de sistemas distribuídos baseados em componentes. No lado brasileiro participam pesquisadores e estudantes do Departamento de Ciência da Computação do Instituto de Matemática e Estatística da USP e do Instituto de Computação da Unicamp. No lado americano participa o grupo liderado pelo Professor Roy H. Campbell da Universidade de Illinois. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 10) Doutorado ( 3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 2. | 1999-2003. Cooperation for Analysis of Gene Expression-CAGE Descrição: Cooperação entre professores dos departamentos de Bioquímica e Ciência da Computação da USP para o desenvolvimento de tecnologia para a análise de expressão gênica em diversos contextos biológicos. O projeto contempla a montagem de um laboratório de microarrays na Bioquímica e um laboratório de bioinformática na Computação, que permitam o desenvolvimento de todo processo de análise de expressão gênica por microarrays, desde a preparação bioquímica dos experimentos e aquisição dos dados, até a análise quantitativa desses dados. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 2) . Integrantes: Hugo H Armelin - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2. Membro: João Eduardo Ferreira. |
| 3. | 1999-2001. Descobertas gênicas a partir de Orestes e suas possíveis associações com alguns transtornos psiquiatricos Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Homero Pinto Vallada - Integrante / Helena Paula Brentani - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Helena Paula Brentani. |
| 4. | 1999-2001. FAPESP Infraestrutura - Projeto Modernização do Arquivo Permanente do IME/USP (R$ 81.270,00) Descrição: Dado o seu histórico, o arquivo permanente do Instituto de Matemática e Estatística da USP constitui-se hoje em importante e valioso acervo para pesquisadores em Matemática e História da Matemática. O projeto visa a sua melhor conservação, com um sistema mais funcional de armazenamento e recuperação de informação. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 5. | 1999-2002. FAPESP Temático - Projeto Sistemas de Informação Distribuídos para Agentes Móveis (R$ 231.562,00 e US$ 30.753,00) Descrição: O projeto tem por finalidade a pesquisa e desenvolvimento de serviços de informação descentralizados para a consulta por agentes móveis. Para atingir o tal objetivo, diversos temas de pesquisa foram tratados, incluindo o levantamento das metodologias e tecnologias existentes para agentes móveis e o desenvolvimento de novos algoritmos, teorias e métodos. O projeto contou com uma equipe de 14 pesquisadores e estudantes de graduação e pós-graduação. . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação ( 5) / Mestrado acadêmico ( 10) / Doutorado ( 3) . Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Siang Wun Song. |
| 6. | 1999-2004. Otimização de Simuladores Atmosféricos em Computação Paralela Descrição: Esta atividade teve como objetivo final o aumento da eficiência numérica da versão paralela do modelo denominado Regional Atmospheric Modelling System RAMS , amplamento usado no Brasil em centros de pesquisa atmosférica no Brasil. Foram identificadas algumas partes do código que requerem significativo esforço de otimização algorítmica e de código. Em particular, os esquemas de interpolação associados ao aninhamento de grades teve que ser modificado. Este esforço foi em grande parte financiado por um projeto financiado pela FINEP, cujo objetivo final era o de produzir um modelo eficiente para os centros regionais de meteorologia no Brasil, como parte de um programa do Ministério de Ciência e Tecnologia no Programa de Tempo e Clima, coordenado pelo CPTEC. http://milenio.impa.br/pt/2004/relatorioglobal-pt.pdf . Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dilma Menezes da Silva - Integrante / Saulo Barros - Coordenador / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Financiadora de Estudos e Projetos - Auxílio financeiro.. Membro: Marco Dimas Gubitoso. |
| 7. | 1999-2002. Programa Genoma Humano do Câncer Coordenador de Bioinformática Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Sandro José de Souza - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Sandro José de Souza. |
| 8. | 1999-2001. Projeto Genoma: Genoma Humano- Câncer Descrição: Preparo de bibliotecas de Orests e sequenciamento de sequencias expressas de diferentes tecidos humanos, sadios e doentes. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Dirce Maria Carraro - Integrante / Valentina de Fátima De Martin Orelli - Integrante / Reimar Padovani - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro. Número de produções C, T A: 5. Membro: Helaine Carrer. |
| 1. | 1998-2005. Clonagem do gene que confere resistência aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase em plantas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico ( 1) . Integrantes: Pedro Jacob Christoffoleti - Integrante / Adriano Reis Lucheta - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3. Membro: Helaine Carrer. |
| 2. | 1998-2001. Desenvolvimento de tecnologia para transformação de cloroplastos de plantas cultivadas Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: RALPH BOCK - Integrante / Helaine Carrer - Coordenador. . Membro: Helaine Carrer. |
| 3. | 1998-2001. SIDAM - Sistema de Informações Distribuídas para Agentes Móveis Descrição: Os sistemas de agentes móveis têm-se expandido no mercado, dado o uso extensivo de dispositivos móveis, tais como: telefones celulares, PDAs e Notebooks. Os sistemas computacionais para a troca de informações entre tais dispositivos é ainda um objeto de estudo. O projeto SIDAM (Sistema de Informações Distribuídas de Agentes Móveis) está centrado no desenvolvimento de técnicas e ferramentas de suporte a sistemas de informação com agentes móveis. Uma das preocupações principais é o fornecimento de serviços aos dispositivos móveis de forma segura e que atendam às necessidades da nova tecnologia. Com o objetivo de fornecer serviços confiáveis aos agentes móveis, este projeto estuda técnicas formais para agentes móveis. Estes estudos vão desde o estudo de teorias e linguagens que dêem suporte à especificação, quanto ao desenvolvimento de novas técnicas de verificação formal de agentes móveis.. Situação: Concluído; Natureza: Extensão. Integrantes: Siang Wun Song - Coordenador / Markus Endler - Integrante / Kunio Okuda - Integrante / João Eduardo Ferreira - Integrante / Flávio Soares Corrêa da Silva - Integrante / Dilma Menezes da Silva - Integrante / Francisco Carlos da Rocha Reverbel - Integrante / Alfredo Goldman Vel Lejbman - Integrante / Fabio Kon - Integrante / Ana Cristina Vieira de Melo - Integrante / Alan Mitchell Durham - Integrante / Hernan Astudillo - Integrante / Marco Dimas Gubitoso - Integrante. Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.. Membro: Marco Dimas Gubitoso. |
(*) Relatório criado com produções desde 2001 até HOJE
Data de processamento: 03/07/2011 14:30:26