@inbook{scriptLattes-2011-bibliometria,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
editor = {Maria Cristina Piumbato Innocentini HAYASHI and Jacqueline LETA},
title = {Bibliometria e Cientometria: reflexões teóricas e interfaces},
chapter = {Prospecção de dados acadêmicos de currículos Lattes através de scriptLattes},
publisher = {São Carlos: Pedro \& João},
year = {2012},
month = {},
note = {(in press)},
pdf = {./pdf/scriptLattes-2011-bibliometria.pdf},
keywords = {prospecção de dados, plataforma Lattes, scriptLattes},
abstract = {Atualmente, muitas instituições acadêmicas e/ou grupos de pesquisa
no Brasil utilizam informações de currículos Lattes na elaboração de relatórios
de produção científica, orientações e projetos de pesquisa. Tais relatórios,
tipicamente usados para avaliar, analisar ou documentar a produção científica
do grupo, são criados de forma manual, considerando o currículo de cada membro.
Apesar dos currículos terem informação semi-estruturada, o procedimento de
análise para médios e grandes grupos torna-se uma tarefa demorada e altamente
suscetível a erros. O scriptLattes, um software livre, permite a criação de
relatórios acadêmicos de forma automática, considerando apenas informação
cadastrada nos Currículos Lattes. Neste trabalho, descrevemos as principais
características da ferramenta e experiências de utilização para a prospecção de
dados acadêmicos de currículos Lattes.}
}
@article{MCCJ:09,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {{scriptLattes}: An open-source knowledge extraction system from the Lattes platform},
journal = {Journal of the Brazilian Computer Society},
volume = {15},
number = {4},
pages = {31--39},
year = {2009},
doi = {http://dx.doi.org/10.1007/BF03194511},
http = {http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0104-65002009000400004&lng=pt&nrm=iso},
pdf = {http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_pdf&pid=S0104-65002009000400004&lng=pt&nrm=iso&tlng=en},
keywords = {academic production report, Lattes platform, knowledge discovery},
abstract = {The Lattes platform is the major scientific information system
maintained by the National Council for Scientific and Technological Development
(CNPq). This platform allows to manage the curricular information of
researchers and institutions working in Brazil based on the so called Lattes
Curriculum. However, the public information is individually available for each
researcher, not providing the automatic creation of reports of several
scientific productions for research groups. It is thus difficult to extract and
to summarize useful knowledge for medium to large size groups of researchers.
This paper describes the design, implementation and experiences with
scriptLattes: an open-source system to create academic reports of groups based
on curricula of the Lattes Database. The scriptLattes system is composed by
the following modules: (a) data selection, (b) data preprocessing, (c)
redundancy treatment, (d) collaboration graph generation among group members,
(e) research map generation based on geographical information, and (f)
automatic report creation of bibliographical, technical and artistic
production, and academic supervisions. The system has been extensively tested
for a large variety of research groups of Brazilian institutions, and the
generated reports have shown an alternative to easily extract knowledge from
data in the context of Lattes platform. The source code, usage instructions
and examples are available at \url{http://scriptlattes.sourceforge.net/}.}
}
@article{mmvc09,
author = {J. P. Mena-Chalco and I. Mac{\^e}do and L. Velho and R. M. Cesar-Jr.},
title = {{3D} face computational photography using {PCA} spaces},
journal = {The Visual Computer},
volume = {25},
number = {10},
pages = {899--909},
year = {2009},
doi = {http://dx.doi.org/10.1007/s00371-009-0373-x},
pdf = {pdf/TVCJ-MMVC09.pdf},
keywords = {3d face reconstruction, principal components analysis, computer vision, computational photography},
abstract = {In this paper, we present a 3d face photography system based on a
facial expression training dataset, composed of both facial range images (3d
geometry) and facial texture (2d photography). the proposed system allows to
obtain a 3d geometry representation of a given face provided as a 2d
photography, which undergoes a series of transformations through the texture
and geometry spaces estimated. in the training phase of the system, the facial
landmarks are obtained by an active shape model (asm) extracted from the 2d
gray-level photography. principal components analysis (pca) is then used to
represent the face dataset, thus defining an orthonormal basis of texture and
another of geometry. in the reconstruction phase, an input is given by a face
image to which the asm is matched. the extracted facial landmarks and the face
image are fed to the pca basis transform and a 3d version of the 2d input image
is built. experimental tests using a new dataset of 70 facial expressions
belonging to ten subjects as training set show rapid reconstructed 3d faces
which maintain spatial coherence similar to the human perception, thus
corroborating the efficiency and the applicability of the proposed system.}
}
@article{ZMC09,
author = {Y. Zana and J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {A Novel Polar-based Human Face Recognition Computational Model},
journal = {Brazilian Journal of Medical and Biological Research},
volume = {42},
number = {7},
pages = {637--646},
year = {2009},
issn = {0100-879X},
doi = {10.1590/S0100-879X2009000700008},
http = {http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2009000700008},
pdf = {pdf/BJMBR-PHFR.pdf},
keywords = {face processing, visual perception, cognitive processesi, computational modeling},
abstract = {Motivated by a recently proposed biologically-inspired face
recognition approach, we investigated the relation between human behavior and a
computational model based on Fourier-Bessel (FB) spatial patterns. We measured
human recognition performance of FB filtered face images using an
8-alternatives forced-choice method. Test stimuli were generated by converting
the images from the spatial to the FB domain, filtering the resulting
coefficients with band-pass filter, and finally taking the inverse FB
transformation of the filtered coefficients. Computational models performances
were tested using a simulation of the psychophysical experiment. In the FB
model, face images were first filtered by simulated V1- type neurons and later
analyzed globally for their FB components content. Human contrast sensitivity
was in general higher to radially than to angularly filtered images, but both
functions peaked at the 11.3-16 frequency interval. The FB-based model
presented similar behavior with regard to peak position and relative
sensitivity, but had wider frequency band-width and narrower response range.
Two alternative models, based on local FB analysis and on raw luminance, had
more diverging response patterns. These results suggest that human performance
can be constrained by the type of information conveyed by polar patterns, and
consequently that humans might use FB-like spatial patterns in face
processing.}
}
@article{MCZC08,
author = {J. P. Mena-Chalco and H. Carrer and Y. Zana and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Identification of protein coding regions using the modified {G}abor-wavelet transform},
journal = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics},
volume = {5},
pages = {198--207},
year = {2008},
doi = {http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/TCBB.2007.70259},
pdf = {pdf/TCBB-MGWT.pdf},
keywords = {Biology and genetics, Signal processing, Pattern Recognition},
abstract = {An important topic in genomic sequence analysis is the identification of
protein coding regions. In this context, several coding DNA model-independent
methods, based on the occurrence of specific patterns of nucleotides at coding
regions, have been proposed. Nonetheless, these methods have not been
completely suitable due to their dependence on an empirically pre-defined
window length required for a local analysis of a DNA region. We introduce a
method, based on a modified Gabor-wavelet transform (MGWT), for the
identification of protein coding regions. This novel transform is tuned to
analyze periodic signal components and presents the advantage of being
independent of the window length. We compared the performance of the MGWT with
other methods using eukaryote datasets. The results show that the MGWT
outperforms all assessed model-independent methods with respect to
identification accuracy. These results indicate that the source of at least
part of the identification errors produced by the previous methods is the
fixed working scale. The new method not only avoids this source of errors, but
also makes available a tool for detailed exploration of the nucleotide
occurrence.
{\bf - This is the author's version of the work. Not for redistribution.}}
}
@inproceedings{GenealogiaAcadêmicaLattes-siicusp,
author = {E. K. Miyahara and J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Genealogia acadêmica Lattes},
booktitle = {19º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP (SIICUSP)},
pages = {1--1},
year = {2011},
editor = {},
publisher = {},
address = {São Paulo},
http = {http://www.linux.ime.usp.br/~edsonkm/mac499},
pdf = {pdf/GenealogiaAcadêmicaLattes-siicusp.pdf},
note = {(resumo)},
keywords = {genealogia acadêmica, plataforma Lattes, relações de orientação},
abstract = {A genealogia acadêmica é utilizada para organizar, através de uma
árvore de genealogia, pesquisadores por meio de suas relações de orientação ou
supervisão. Uma árvore de genealogia acadêmica indica, comumente, a linhagem de
um pesquisador. Nesse contexto, este trabalho descreve uma ferramenta para a
geração automática da árvore de genealogia acadêmica para pesquisadores e
acadêmicos, cadastrados na Plataforma Lattes. O trabalho está sendo
desenvolvido em Python no ambiente Gnu/Linux. A ferramenta obtém os currícula
Vitae (CVs) da Plataforma Lattes a partir do ID Lattes fornecido e guarda-os em
um cache, então processa e armazena-os em uma estrutura de dados que permite
gerenciar e acessar rapidamente as informações dos CVs. Também será criado um
algoritmo para a identificação de nomes similares evitando assim a ambiguidade
entre nomes de uma pessoa escrita de formas diferentes. Serão gerados
diferentes grafos em formatos que permitam a posterior visualização e análise
por ferramenta externas/complementares.}
}
@inproceedings{coauthorship-networks-2011-MeSR,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Towards automatic discovery of co-authorship networks in the Brazilian academic areas},
booktitle = {IEEE Seventh International Conference on e-Science Workshops 2011 (eScienceW)},
pages = {53--60},
year = {2011},
month = {dec.},
editor = {},
publisher = {IEEE},
doi = {10.1109/eScienceW.2011.31},
note = {(Workshop On Measuring the Impact of e-Science Research -- MeSR 2011)},
pdf = {./pdf/coauthorship-networks-2011-MeSR.pdf},
keywords = {knowledge extraction, co-authorship networks, academic areas},
abstract = { In Brazil, individual curricula vitae of academic researchers, that are mainly
composed of professional information and scientific productions, are managed
into a single software platform called Lattes. Currently, the information
gathered from this platform is typically used to evaluate, analyze and document
the scientific productions of Brazilian research groups. Despite the fact that
the Lattes curricula has semi-structured information, the analysis procedure
for medium and large groups becomes a time consuming and highly error-prone task.
In this paper, we describe an extension of the scriptLattes (an open-source
knowledge extraction system from the Lattes platform), for analysing
individuals Lattes curricula and automatically discover large-scale
co-authorship networks for any academic area. Given some knowledge domain
(academic area), the system automatically allows to identify researchers
associated with the academic area, extract every list of scientific productions
of the researchers, discretized by type and publication year, and for each
paper, identify the co-authors registered in the Lattes Platform. The system
also allows the generation of different types of networks which may be used to
study the characteristics of academic areas at large scale. In particular, we
explored the node's degree and AuthorRank measures for each identified
researcher.
Finally, we confirm through experiments that the system facilitates a simple
way to generate different co-authorship networks. To the best of our knowledge,
this is the first study to examine large-scale co-authorship networks for any
Brazilian academic area.}
}
@inproceedings{menaChalco2011face3d,
author = {J. P. Mena-Chalco and L. Velho and R. M. Cesar-Jr.},
title = {{3D} human face reconstruction using principal components spaces},
booktitle = {WTD SIBGRAPI - Conference on Graphics, Patterns and Images},
pages = {1--6},
year = {2011},
editor = {},
publisher = {},
address = {Alagoas},
note = {(PhD- Computer Graphics)},
pdf = {pdf/sibgrapi-wtd-2011-jmena.pdf},
poster = {pdf/sibgrapi-wtd-2011-jmena-poster.pdf},
keywords = {3D human face, reconstruction, PCA, computer graphics},
abstract = {In this work we propose a new method of 3D face computational
photography based on a facial expressions training dataset composed of both
facial range images (3D geometry) and facial texture (2D photo). The method
allows to obtain a 3D representation of facial geometry given only a 2D photo
and a set of facial landmarks, which undergoes a series of transformations
through the estimated texture and geometry spaces. In the training stage,
principal component analysis is used to represent the face dataset, thus
defining an orthonormal basis of texture and another of geometry. In the
reconstruction stage, an input is given by a 2D face image and their
corresponding landmarks. This data is fed to the PCA basis transform, and a 3D
version of the 2D input is built. Several tests using a 3D faces dataset,
together with the adoption of a metric, show good results in the 3D facial
reconstruction. Additionally, we explored two applications related to the
facial expressions transferring and caricaturization. The results of these
applications show a rapid and simple synthesis of new 3D models with new
expressions and exaggerated facial proportions, useful for 3D facial animation.
Results and demos are available at www.vision.ime.usp.br/~jmena/projects/3Dface}
}
@inproceedings{mattos2011animation,
author = {A. B. Mattos and J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {{3D} facial animation based on structural registration},
booktitle = {WTD SIBGRAPI - Conference on Graphics, Patterns and Images},
pages = {1--6},
year = {2011},
editor = {},
publisher = {},
address = {Alagoas},
http = {http://www.vision.ime.usp.br/~dedea/research/},
pdf = {pdf/andrea-WTD-SIBGRAPI2011.pdf},
note = {(MSc - Computer Graphics)},
keywords = {animation and games, modeling and reconstruction, computer graphics},
abstract = {Our work describes a facial animation method that uses real
three-dimensional models of people, acquired by a 3D scanner. The models are
animated using two techniques: applying a linear interpolation process using
scanned expressions as keyframes and generating new facial expressions from a
neutral face, using a parametric model based on the MPEG-4 animation standard.
In both cases, point-to-point correspondences among the facial meshes are
required, in order to register the interpolated meshes and to adapt the neutral
mesh to a parametric deformation model. We propose an alternative to the dense
correspondence computation by introducing the idea of selecting a sparse set of
corresponding points and setting an initial triangulation refined through a
subdivision process that matches the intermediate points. Our approach uses
structural graph matching to automatically detect the initial set of points,
given a 3D face in which the landmarks are previously selected. The proposed
method can be applied to a variety of problems, enabling facial expression
transfer between different model types, animation of reconstructed faces from
2D photographs and automatic caricature generation. Also, our approach can be
used to solve other problems related to computer facial manipulation.}
}
@inproceedings{nascimento2011visualizacao,
author = {C. S. Nascimento and C. S. Freitas and R. Galante and L. Nedel and J. P. Mena-Chalco},
title = {Visualização interativa de redes sociais: um estudo de caso em redes de colaboração científica},
booktitle = {Simposio Latinoamericano sobre Computación Gráfica, Realidad Virtual y Procesamiento de Imágenes. Latin American Informatics Conference - CLEI-2011},
pages = {1--16},
year = {2011},
editor = {},
publisher = {},
address = {},
month = {},
address = {Ecuador},
note = {},
pdf = {pdf/},
keywords = {redes sociais, visualização interativa, união de grafos},
abstract = {O interesse em estudos sobre redes sociais vem crescendo em função
da recente popularização e uso dessas formas de organização e comunicação.
Comumente, uma rede social é representada através de um grafo, o qual permite
expressar o mapeamento indivíduo-nodo e relacionamento-aresta mais diretamente,
assim como a utilização de técnicas computacionais que facilitam a
caracterização e medidas das interações entre indivíduos. Este trabalho trata
da visualização de redes de colaboração científica visando minimizar a
complexidade da representação graáfica, já que nessas redes todas as
colaborações são conjuntamente diagramadas entre os indivíduos. Neste trabalho,
explora-se a operação de união de grafos com a finalidade de manter uma
visualização eficiente das colaborações dos indivíduos indicados
interativamente.}
}
@inproceedings{portugal2011rangeFinder,
author = {C. E. Portugal-Zambrano and J. P. Mena-Chalco},
title = {Robust range finder through a laser pointer and a webcam},
booktitle = {Electronic Notes in Theoretical Computer Science},
volume = {281},
number = {0},
pages = {143--157},
year = {2011},
note = {Proceedings of the 2011 Latin American Conference in Informatics (CLEI)},
issn = {1571-0661},
url = {http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1571066111001800},
keywords = {photogrammetry, camera calibration, computer vision, range finder},
pdf = {pdf/portugal2011rangeFinder.pdf},
doi = {http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2011.11.031},
abstract = {Currently, there is a great interest in the study of
three-dimensional reconstruction from digital images. The applications of
photogrammetric algorithms has allowed us significant improvements in
procedures of camera calibration, movement of objects in scenes, shape from
shading and range images. The procedure of the distance estimation from simple
images is important to find the depth measurements in any procedure of
three-dimensional reconstruction of scenes. In this work, we describe an
adaptation of a scanner prototype based on a laser pointer and a webcam. It was
applied to the robust estimation of absolute distance on images obtained from
real time video sequences. Experimental tests were performed in order to
demonstrate the effectiveness of the distance calculation in real time through
a geometric model and a simple system of linear regression. From a wide data
set of tests with different scanning parameter, good results on range finding
were obtained.}
}
@inproceedings{pinto2011FacialExpressionAnalysis,
author = {S. C. D. Pinto and J. P. Mena-Chalco and F. M. Lopes and L. Velho and R. M. Cesar-Jr.},
title = {3D Facial expression analysis by using 2D and 3D wavelet transforms},
booktitle = {IEEE International Conference on Image Processing - ICIP},
pages = {1281--1284},
year = {2011},
editor = {},
publisher = {IEEE},
month = {},
address = {Belgium},
doi = {http://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2011.6115668},
note = {(oral presentation)},
pdf = {pdf/facialExpressionAnalysisByWavelets.pdf},
keywords = {facial expressions analysis, wavelet transforms, 3D face},
abstract = {This work presents a new approach for the 3D human facial
expressions analysis. Our methodology is based on 2D and 3D wavelet
transforms, which are used to estimate multi-scale features from real face
acquired by a 3D scanner. The proposed methodology starts by considering a
dataset composed by faces displaying seven different facial expressions. An
automatic pre-processing method, adopting ellipsoid cropping, is applied to the
dataset. Thereafter, the 2D and 3D descriptors are extracted from different
scales of wavelet transforms for the purpose of obtaining the facial expression
features. The multi-scale features are represented in a multivariate feature
space, which is traversed by the Sequential Forward Floating Selection
algorithm using an entropy criterion function to select the features subset
that best represents each facial expression model. The obtained results
corroborate the potential of multi-scale feature extraction for analysis of 3D
facial expression.}
}
@inproceedings{perez2010dcommunities,
author = {E. Perez and J. P. Mena-Chalco},
title = {A new approach to detect communities in multi-weighted co-authorship networks},
booktitle = {Chilean Computer Science Society (SCCC), 2010 XXIX International Conference of the},
pages = {131--138},
year = {2010},
month = {nov.},
publisher = {IEEE Computer Society},
address = {Antofagasta, Chile},
doi = {10.1109/SCCC.2010.31},
issn = {1522-4902}
}
@inproceedings{chuctaya2010helmintos,
author = {J. Chuctaya and J. P. Mena-Chalco and G. Humpire and A. Rodriguez and C. Beltrán and R. Patiño},
title = {Detección de huevos helmintos mediante plantillas dinámicas},
booktitle = {XXXVIth Latin American Informatics Conference - CLEI-2010},
pages = {1--12},
year = {2010},
editor = {},
publisher = {},
address = {},
month = {},
address = {Paraguay},
note = {},
pdf = {pdf/chuctaya2010helmintos.pdf},
keywords = {segmentación de imágenes, detección, helmintos, regiones salientes, series},
abstract = {La detección de micro-organismos es un problema abierto, donde
diferentes técnicas deben ser utilizadas dependiendo del dominio de imágenes en
el que se trabaje. El problema que nuestro grupo viene atacando es el referido
a la detección de huevos de helmintos en micrografías adquiridas a partir de
muestras biológicas. Una característica de estas muestras es la referida a la
presencia de impurezas y/o artefactos que impiden una fácil discriminación de
los objetos de interés. Para ello, en el presente trabajo se describe un modelo
de detección de huevos de helmintos humanos usando plantillas dinámicas, el
cual está compuesto de dos fases: (1) la localización de candidatos, usando
técnicas como regiones salientes combinado con operaciones morfológicas, y (2)
la detección de objetos de interés, basado en información geométrica. Los
experimentos realizados sobre una base de datos de 435 imágenes, obteniendo una
precisión alrededor de 84\%. Una de las ventajas de la propuesta es la rapidez
de detección}
}
@inproceedings{mattos2010animation,
author = {A. B. Mattos and J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr. and L. Velho},
title = {{3D} linear facial animation based on real data},
booktitle = {SIBGRAPI Conference on Graphics, Patterns and Images},
pages = {271--278 },
year = {2010},
editor = {},
publisher = {},
address = {Gramado},
note = {},
http = {http://dx.doi.org/10.1109/SIBGRAPI.2010.44},
pdf = {pdf/3DLinearFacialAnimationBasedOnRealData.pdf},
keywords = {animation and games, modeling and reconstruction, applications in graphics, vision and patterns},
abstract = {In this paper we introduce a Facial Animation system using real
three-dimensional models of people, acquired by a 3D scanner. We consider a
dataset composed by models displaying different facial expressions and a linear
interpolation technique is used to produce a smooth transition between them.
One-to-one correspondences between the meshes of each facial expression are
required in order to apply the interpolation process. Instead of focusing in
the computation of dense correspondence, some points are selected and a
triangulation is defined, being refined by consecutive subdivisions, that
compute the matchings of intermediate points. We are able to animate any model
of the dataset, given its texture information for the neutral face and the
geometry information for all the expressions along with the neutral face. This
is made by computing matrices with the variations of every vertex when changing
from the neutral face to the other expressions. The knowledge of the matrices
obtained in this process makes it possible to animate other models given only
the texture and geometry information of the neutral face. Furthermore, the
system uses 3D reconstructed models, being capable of generating a
three-dimensional facial animation from a single 2D image of a person. Also, as
an extension of the system, we use artificial models that contain expressions
of visemes, that are not part of the expressions of the dataset, and their
displacements are applied to the real models. This allows these models to be
given as input to a speech synthesis application in which the face is able to
speak phrases typed by the user. Finally, we generate an average face and
increase the displacements between a subject from the dataset and the average
face, creating, automatically, a caricature of the subject.}
}
@inproceedings{MenaChalcoCLEI06,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Identificación de Regiones Codificantes de Proteínas Mediante la Transformada Modificada de {Morlet}},
booktitle = {XIII Concurso Latinoamericano de Tesis de Maestría},
organization = {32a Conferencia Latinoamericana de Informática},
year = {2006},
http = {http://www.vision.ime.usp.br/~jmena/projects/master/},
pdf = {pdf/MenaChalcoCLEI06.pdf},
slides = {pdf/MenaChalcoCLEI06_slides.pdf},
abstract = {Un tópico importante en el análisis de secuencias biológicas es la
identificación de genes, i.e., la identificación de regiones codificantes de
proteínas. En este contexto, diversos métodos combinan técnicas de
reconocimiento de patrones con conocimiento obtenido de conjuntos de datos
genómicos. Sin embargo, el problema de identificación de genes está en abierto
porque la exactitud de esos métodos está aún distante de lo satisfactório. En
el estudio de maestría propusimos un nuevo método, que no necesita de conjuntos
de entrenamiento, para la identificación de regiones codificantes. Este método
se basa en una nueva transformada, denominada Transformada Modificada de Morlet
y definida porque transformadas tiempo-escala tradicionales no son
completamente apropiadas para la identificación de genes. Aquí presentamos los
principales resultados obtenidos, los cuales muestran que nuestro método tiene
mejor desempeño que los otros previos basados en la transformada de Fourier de
tiempo reducido. {\bf - This is the author's version of the work. Not for
redistribution.}}
}
@inproceedings{Pandolfi05,
author = {V. Pandolfi and E. C. Jorge and H. Carrer and C. F. Ragassi and A. C. S. Albuquerque and W. C. Luz and M. Patricio and J. P. Mena-Chalco},
title = {Analysis of \emph{Pantoea agglomerans} X \emph{Fusarium graminearum} diferential gene expression},
booktitle = {7th International Wheat Conference},
address = {Mar del Plata, Argentina},
note = {(Abstract)},
year = {2005},
volume = {1},
pdf = {pdf/Pandolfi05Pantoea.pdf},
pages = {326--326}
}
@inproceedings{Zanaetal2006b,
author = {Y. Zana and R. M. Cesar-Jr. and J. P. Mena-Chalco},
title = {Human and machine recognition of Fourier-Bessel filtered face images},
booktitle = {Proceedings of the 7th International Conference on Automatic Face and Gesture Recognition},
pages = {299--304},
month = {10--12 April},
year = {2006},
address = {Southampton, England},
http = {http://ieeexplore.ieee.org/search/wrapper.jsp?arnumber=1613036},
abstract = {Motivated by a recently proposed biologically-inspired face recognition
approach, psychophysical experiments have been carried out. We measured
recognition performance of polar frequency filtered face images using
an 8- alternatives forced-choice method. Test stimuli were generated by
converting the images from the spatial to the polar frequency domain
using the Fourier-Bessel transformation (FBT), filtering of the
resulting coefficients with band-pass filters, and finally taking the
inverse FBT of the filtered coefficients. We also evaluated an
automatic FBT-based face recognition model. Contrast sensitivity
functions of the human observers peaked in the 8-11.3 radial and
angular frequency range, with higher peak sensitivity in the former
case. The automatic face recognition algorithm presented similar
behavior. These results suggest that polar frequency components could
be used by the human face processing system and that human performance
can be constrained by the polar frequency information content.}
}
@inproceedings{MMVCSib08,
author = {J. P. Mena-Chalco and I. Mac{\^e}do and L. Velho and R. M. Cesar-Jr.},
title = {{PCA}-based {3D} Face Photography},
booktitle = {Proceedings of the Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 21 (SIBGRAPI)},
pages = {313--320},
year = {2008},
editor = {Cl{\'a}udio Rosito Jung and Marcelo Walter},
publisher = {IEEE Computer Society},
address = {Los Alamitos},
month = {Oct. 12--15, 2008},
address = {Campo Grande},
url = {http://urlib.net/sid.inpe.br/sibgrapi@80/2008/07.18.22.27},
pdf = {pdf/3DFacePhotography.pdf},
doi = {10.1109/SIBGRAPI.2008.40},
isbn = {978-0-7695-3358-2},
slides = {pdf/3DFacePhotography_slides.pdf},
keywords = {3D photography, principal component analysis, computer vision},
abstract = {This paper presents a 3D face photography system
based on a small set of training facial range images. The training set is
composed by 2D texture and 3D range images (i.e. geometry) of a single subject
with different facial expressions. The basic idea behind the method is to
create texture and geometry spaces based on the training set and
transformations to go from one space to the other. The main goal of the
proposed approach is to obtain a geometry representation of a given face
provided as a texture image, which undergoes a series of transformations
through the texture and geometry spaces. Facial feature points are obtained by
an active shape model (ASM) extracted from the 2D gray-level images. PCA then
is used to represent the face dataset, thus defining an orthonormal basis of
texture and range data. An input face is given by a gray-level face image to
which the ASM is matched. The extracted ASM is fed to the PCA basis
representation and a 3D version of the 2D input image is built. The
experimental results on static images and video sequences using seven samples
as training dataset show rapid reconstructed 3D faces which maintain spatial
coherence similar to the human perception, thus corroborating the efficiency
of our approach.}
}
@inproceedings{MRMC08,
author = {R. Medina Rodriguez and J. P. Mena-Chalco},
title = {Firmas Genéticas en secuencias de {ADN}: Un análisis en Regiones Codificantes y no Codificantes de Proteínas},
booktitle = {I Concurso de trabajos de Pregrado en CGI - II Simposio Peruano de Computación Gráfica y Procesamiento de Imágenes, SCGI-2008},
year = {2008},
month = {Dec. 27--28},
pdf = {pdf/MedinaRodriguez-FirmasGeneticas.pdf},
keywords = {regiones codificantes, regiones no codificantes, firmas genéticas, FCGR.},
abstract = {La representación de genomas completos, compuestos por millones de
nucleótidos, usando estructuras genómicas o componentes menores ha sido objeto
de atención en los últimos años, pues se confirma que toda especie biológica
existente puede ser representada por una ``Firma Genética''. Podemos
interpretar la denominada firma genética como un conjunto de medidas,
dependientes de resolución o granularidad, que intrínsecamente representa la
organización primaria de una secuencia de ADN de un organismo. Hoy en día, en
el área de Bioinformática a nivel de nucleótidos, la prioridad es obtener la
mayor cantidad de información posible de cada genoma secuenciado, con la
finalidad de conseguir un mejor entendimiento de la taxonomía y composición
genómica de los organismos. En el presente artículo, correspondiente al tema
de tesis de pre-grado aún en desarrollo, se describe una breve introducción a
las firmas genéticas usando \textit{Chaos Game Representation of Frequencies}
(FCGR) y como parte inédita se evalúa la influencia que tienen las regiones
codificantes y no codificantes de proteínas en la representación de genomas,
realizada en este caso, a través de firmas genéticas.}
}
@inproceedings{PZMC09,
author = {C. Portugal Zambrano and J. P. Mena-Chalco},
title = {Estimación de distancias absolutas utilizando un puntero láser y una cámara web},
booktitle = {II Concurso de trabajos de Pregrado en CGI - III Simposio Peruano de Computación Gráfica y Procesamiento de Imágenes, SCGI-2009},
year = {2009},
month = {Dec. 28--29},
pdf = {pdf/PortugalZambrano-EstDistAbs.pdf},
keywords = {fotogrametría, calibración de cámara, visión computacional.},
abstract = {En la actualidad existe un gran interés en el estudio de
reconstrucciones 3D a partir de imágenes. La aplicación de algoritmos
fotogramétricos han permitido mejoras relevantes en calibración, movimiento,
recuperación de formas a partir de sombras y profundidad en imágenes. El proceso
de obtención de distancia a partir de imágenes estáticas es muy importante para
la determinación de medidas de profundidad en cualquier proceso de
reconstrucción 3D. En este artículo, correspondiente al tema de tesis de pre-grado,
aún en desarrollo, se describe una adaptación de un prototipo de escáner elaborado
en base a una cámara web y un puntero láser de baja precisión, aplicado a la
determinación de distancias absolutas en imágenes obtenidas de secuencias de
vídeo en tiempo real. Fueron realizadas pruebas experimentales que demuestran la
efectividad del cálculo de distancia en tiempo real. Finalmente es realizado un
análisis de los resultados obtenidos así como son descritas posibles mejoras al
proceso de estimación de distancia.}
}
@inproceedings{Zanaetal2006c,
author = {Y. Zana and R. M. Cesar-Jr. and J. P. Mena-Chalco},
title = {Reconhecimento de faces humano: Uma modelagem computacional baseada em componentes polares},
booktitle = {Annais da 58ª Reunião Anual da SBPC},
pages = {},
month = {July},
year = {2006},
address = {Florianópolis - Brazil},
pdf = {pdf/Zanaetal-sbpc2006.pdf},
http = {http://www.sbpcnet.org.br/livro/58ra/atividades/TITULOS/titulo_534.html},
abstract = {O sistema visual é comumente considerado sob uma ótica Cartesiana, mas vários
estudos nos quais utilizaram-se técnicas eletrofisiológicas e psicofísicas levantaram
evidências de um suposto processamento elementar em coordenadas polares
[Mahon & De Valois, 2001; Gallant et al. 1993; Gallant et al. 1996; Wilson & Wilkinson, 1998].
Considerando a importância dessa possibilidade, definimos quatro questões fundamentais:
(1) Quais são as funções de sensibilidade a contraste de estímulos polares,
(2) Os modelos neurais atuais podem explicar essas funções,
(3) Componentes polares são informativos em relação a formas complexas, como faces, e
(4) Esses componentes são utilizados no processamento de forma humano.
As funções de sensibilidade ao contraste foram mensuradas por meio de testes
psicofísicos [Zana & Cavalcante, 2005] e usadas para validar os modelos neurais
existentes [Zana & Cavalcante, 2005]. Para avaliar o valor informativo dos componentes
polares, foi desenvolvido um algoritmo computacional de reconhecimento de faces,
inspirado em propriedades biológicas [Zana & Cesar-Jr, 2006; Zana et al. 2006].
O modelo foi tão bem sucedido, que seu desempenho ultrapassou a maioria dos sistemas
atuais de reconhecimento de faces [Zana et al. 2005; Zana et al. 2006]. No momento
estamos na última fase do projeto. Realizamos alguns testes pilotos de reconhecimento
de faces usando métodos psicofísicos, nos quais medimos o peso relativo de diferentes
faixas de freqüência polar através de filtragem de bandas estreitas. A mesma tarefa foi
adaptada para avaliar o comportamento do modelo computacional sob as mesmas condições
experimentais. Os resultados obtidos nos testes psicofísicos e computacionais mostraram
um padrão de sensibilidade semelhante, apoiando ao menos parcialmente a hipótese
levantada [Zana et al. 2006]. Esperamos que resultados de novos experimentos, mais
elaborados e com um maior número de participantes, validarão de forma mais segura o
modelo proposto.}
}
@inproceedings{MenaChalco05b,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Identificação de Regiões Codificantes Através da Transformada Modificada de {Morlet}},
booktitle = {I Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP},
year = {2005},
month = {19--21 Oct.},
pages = {1--5},
pdf = {pdf/MenaChalco05b.pdf},
comment = {São Paulo/SP},
abstract = {Um tópico importante na área de análise de seqüências biológicas é
a busca de genes, ou seja, a identificação de regiões codificantes de
proteínas. A identificação de tais regiões permite a posterior procura de
significado, descrição ou categorização biológica e construção do mapa do
genoma do organismo analisado. Novos métodos de processamento de seqüências de
DNA e de identificação de genes podem ser criados através da busca de conteúdo
(search-by-content) nessas seqüências. As técnicas de processamento digital de
sinais fornecem uma base para a identificação de periodicidade de três
nucleotídeos existentes nas seqüências, isto é, as possíveis regiões
codificantes nas seqüências de DNA. Nesta trabalho é introduzido um método
novo para a identificação dessas regiões, baseado em uma transformada,
denominada Transformada Modificada de Morlet, e são apresentados vários
resultados experimentais obtidos a partir de seqüências de DNA sintéticas e
reais. As principal contribuição do trabalho consiste na criação de um método
automático de identificação de regiões codificantes, que apresenta desempenho
superior ao método tradicional baseado na STFT. O novo método apresenta algumas
vantagens importantes em comparação com métodos existentes. {\bf - This is the
author's version of the work. Not for redistribution.}}
}
@proceedings{CuadrosSPC2004,
title = {II Conferencia Internacional de la Sociedad Peruana de Computación SPC2004 - II CICP},
year = {2004},
editor = {E. Cuadros-Vargas and A. da S. Simão and C. Paz-Trillo and J. P. Mena-Chalco},
volume = {1},
number = {1},
organization = {Sociedad Peruana de Computación, Red Mundial de Científicos Peruanos},
address = {Lima-Perú},
month = {January},
note = {In Spanish},
isbn = {},
http = {http://www.rmcp-peru.org/IICICP/II-CICP.pdf}
}
@incollection{MenaChalco01a,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {Donald {E}. {Knuth} - Biografía},
year = {2001},
month = {December},
volume = {I-2},
pages = {18--18},
note = {(biografía de publicación local)},
pdf = {pdf/BioKnuth.pdf}
}
@incollection{MenaChalco02a,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {Uso de otra plataforma para el Desarrollo de Software},
year = {2002},
month = {January},
volume = {I-3},
pages = {5--5},
note = {(publicación local)},
pdf = {pdf/plataformaSoftware.pdf}
}
@incollection{MenaChalco02b,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {¿Por qué debe existir un nuevo sistema operativo?},
year = {2002},
month = {May},
volume = {I-6},
pages = {3--3},
note = {(publicación local)},
pdf = {pdf/sistemaOperativo.pdf},
http = {pdf/sistemaOperativo.html}
}
@incollection{MenaChalco02c,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {vi: Editor por capas},
year = {2002},
month = {July},
volume = {I-8},
pages = {14--15},
note = {(publicación local)},
pdf = {pdf/viEditor.pdf},
http = {pdf/viEditor.html}
}
@incollection{MenaChalco02d,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {¿Copyright?},
year = {2002},
month = {July},
volume = {I-8},
pages = {4--5},
organization = {SPC Magazine},
note = {(publicación local)},
pdf = {pdf/copyright.pdf},
http = {pdf/copyright.html}
}
@incollection{MenaChalco02e,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {PGP para correo electrónico cifrado},
year = {2002},
month = {August},
volume = {I-9},
pages = {13-14},
organization = {SPC Magazine},
note = {(publicación local)},
pdf = {./pdf/pgpEmail.pdf},
http = {./pdf/pgpEmail.html}
}
@incollection{MenaChalco02f,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {Una conversación con {René Victor Valqui Vidal} - Sección "El Científico del Mes"},
year = {2002},
month = {October},
volume = {I-11},
pages = {23--26},
note = {(entrevista de publicación local)},
pdf = {pdf/victorValqui.pdf},
http = {pdf/victorValqui.html}
}
@incollection{MenaChalco03a,
author = {J. P. Mena-Chalco},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {Una conversación con {Jorge Luis Risco Becerra} - Sección "El Científico del Mes"},
year = {2003},
month = {July},
volume = {II-3},
note = {(entrevista de publicación local)},
http = {pdf/jorgeRisco.html}
}
@incollection{MenaChalco03b,
author = {J. P. Mena-Chalco and C. Paz-Trillo},
booktitle = {SPCMagazine},
publisher = {Sociedad Peruana de Computación},
title = {Una conversación con {Juan Carlos Macera} - Sección "El Científico del Mes"},
year = {2003},
month = {November},
volume = {II-4},
pages = {21--22},
note = {(entrevista de publicación local)},
pdf = {pdf/juanMacera.pdf},
http = {pdf/juanMacera.html}
}
@techreport{MCV11,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr. and L. Velho},
title = {Banco de Dados de Faces 3D},
institution = {Instituto de Matemática e Estatística - USP},
year = {2011},
month = {January},
type = {},
number = {1-8},
address = {São Paulo, SP, Brazil},
note = {TR 02},
pdf = {pdf/banco-dados-faces-3d.pdf},
http = {pdf/banco-dados-faces-3d/},
abstract = {Tradicionalmente as expressões faciais humanas têm sido exploradas usando
fotografias 2D ou sequências de vídeo 2D. Análises e sínteses baseadas em
faces 2D são de difícil realização para dados com grandes variações de pose e
variações sutis de expressão facial. Os bancos de dados de faces 3D existentes
geralmente incluem faces com variação de pose e com poucas aquisições de
expressões faciais que permitam a investigação de mudanças de expressões
espontâneas inerentemente da natureza humana. Neste relatório, são descritos
brevemente os principais bancos de dados de faces apresentados na literatura
até o presente momento, dando especial atenção a conjuntos de dados 3D com
expressões faciais.}
}
@techreport{MCV08,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr. and L. Velho},
title = {Banco de Dados de Faces 3D: IMPA-FACE3D},
institution = {Instituto de Matemática Pura e Aplicada - IMPA - VISGRAF Laboratory},
year = {2008},
month = {November},
type = {},
number = {},
address = {Rio de Janeiro, RJ, Brazil},
note = {TR 01},
pdf = {pdf/impa-face3d.pdf}
}
@techreport{MenaChalco09,
author = {J. P. Mena-Chalco},
title = {scriptLattes V5: Uma ferramenta para compilação de produções acadêmicas usando Currículos Lattes},
institution = {Instituto de Matemática e Estatística - USP},
year = {2009},
month = {},
type = {},
number = {},
address = {São Paulo, SP, Brazil},
pdf = {pdf/scriptLattesV5-report.pdf},
abstract = {O CNPq realiza um grande esforço na integração de bases de
currículos de instituições da área de ciência e tecnologia em uma única
plataforma denominada Lattes. Os chamados ``Currículos Lattes'' são atualmente
considerados um padrão nacional de avaliação os quais representam um histórico
das atividades científicas / acadêmicas / profissionais de pesquisadores
cadastrados. scriptLattes é um script GNU-GPL desenvolvido em Perl para a
extração e compilação de: produções bibliográficas, grafo de colaborações, e
orientações de um conjunto de pesquisadores cadastrados na plataforma Lattes. O
scriptLattes baixa os currículos Lattes de um grupo de pessoas de interesse,
compila as listas de publicações e orientações, eliminando as publicações
duplicadas e similares. São geradas páginas HTML com listas de publicações e
orientações separadas por tipo e colocadas em ordem cronológica invertida.}
}
@poster{MenaChalco04a,
author = {J. P. Mena-Chalco and H. S. Alves and H. Carrer and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Bioinformatics Tools for Assembling and Analysis of Chloroplast Genomes},
howpublished = {Poster session},
note = {International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI)},
year = {2004},
month = {Oct.},
comment = {Angra dos Reis/RJ},
pdf = {pdf/MenaChalco04a.pdf},
abstract = {Chloroplasts are organelles found only in plant and algae cells.
They are responsible for photosynthesis and for the synthesis of key molecules
required for the basic architeture and functioning of plant cells. These
organelles have their own genetic machinery and together with the nucleus and
mitochondrial genomes are responsible for celular coordenation activity. At the
moment 29 higher plant plastid genomes (plastomes) have been sequenced
(http://ncbi.nlm.nih.gov/). The plastome sequences are conserved among species
but the genes arrangements are different for divergent plant groups. The
knowledge of the nucleotide sequence of chloroplast genomes is important for
evolution studies and for biotechnology applications. The chloroplast organelle
being used as a model in this study was isolated from Eucalyptus grandis, an
important economical tree for the production of paper and cellulose and in
Brazil is located the main germoplasm collection of Eucalyptus outside
Australia. We have sequenced 3500 sequences from an Eucalyptus DNA library.
These sequences represent so far, 50\% of the total plastome sequence of
Eucalyptus grandis. These sequences are stored through a special pipeline at
the bioinformatics servers at URL http://malariadb.ime.usp.br:8026/pipeline/.
Once this phase is accomplished, the next step is the search for similar
sequences in other related organisms. Some tentative results towards this
direction have been already obtained. In this study, we apply digital signal
processing (DSP) techniques on the genomic data sequences in order to identify
and compare DNA and protein sequences of Eucalyptus grandis to the other
available higher plant plastomes. We have chosen different approaches to
identify protein coding DNA regions and to compare protein sequences. In
particular, traditional Fourier analysis and the wavelet transform will be
evaluated. {\bf - This is the author's version of the work. Not for
redistribution.}}
}
@poster{MenaChalco05a,
author = {J. P. Mena-Chalco and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Protein Coding Regions Identification through the Modified {Morlet} Transform},
howpublished = {Poster session},
note = {First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting)},
year = {2005},
month = {04--07 Oct.},
keywords = {Bioinformatics, Protein coding regions indentifications, modified {Morlet} transform},
comment = {Caxambu/MG},
pdf = {pdf/MenaChalco05a.pdf},
abstract = {An important topic in biological sequences analysis is the protein
coding regions identification. New methods of DNA sequences processing and
genes identification can be created through the \emph{search by content} such
sequences. The periodic pattern of DNA in protein coding regions, called
three-base periodicity (TBP), has been considered proper of coding regions.
This phenomenon was not observed for nonprotein coding regions. The digital
signal processing techniques supply a strong basis for regions identification
with TBP. In this work we introduce a new method for protein coding regions
identification with TBP, based on a newly introduced transform, called Modified
Morlet Transform (MMT), which does not need to be trained on sequence
databases. Preliminary results show that MMT is better than short time Fourier
transform (STFT) by presenting greater sensitivity to TBP and discriminatory
capability between protein coding regions. {\bf - This is the author's version
of the work. Not for redistribution.}}
}
@poster{SPinto10a,
author = {S. C. D. Pinto and J. P. Mena-Chalco and F. M. Lopes and R. M. Cesar-Jr.},
title = {Preliminary results on {3D} facial expression analysis using {2D} and {3D} wavelet transforms},
howpublished = {Poster session - Works in Progress},
note = {SIBGRAPI 2010},
year = {2010},
month = {},
comment = {Gramado/RS},
abstract = {This work describes the analysis of 3D human facial expressions
using 2D and 3D wavelet transform to estimate the multi-scale features, using
real models of people, acquired by a 3D scanner. We consider a normalized
dataset, by automatic preprocessing using ellipsoid representation, composed by
models displaying different facial expressions, and wavelet descriptors in
order to extract facial expression features. The estimated multi-scale features
will be represented in a multivariate feature space, and will be evaluated
using the sequential forward floating selection (SFFS) algorithm and an entropy
criterion function.}
}
@poster{Danuello11fonoaudiologia,
author = {J. C. Danuello and J. P. Mena-Chalco and E. F. T. Oliveira},
title = {Rede colaborativa dos pesquisadores dos programas de pós-graduação em fonoaudiologia no Brasil},
howpublished = {Poster},
note = {ENANCIB - XII Encontro Nacional de Pesquisa em Ciência da Informação - GT 7: Produção e comunicação da informação em CT\&I},
year = {2011},
month = {},
comment = {Brasília},
http = {http://enancib.ibict.br/index.php/xii/enancibXII/paper/view/604},
keywords = {fonoaudiologia, estudos bibliométricos, redes de coautoria, cientometria.},
abstract = {Esta pesquisa objetiva de forma geral apresentar os programas de
pós-graduação em Fonoaudiologia, no Brasil, buscando especificamente apresentar
a rede colaborativa da produção científica dos pesquisadores pertencentes aos
programas, bem como calcular os seus indicadores e obter uma análise mais
profunda da sua estrutura. As avaliações por meio dos estudos bibliométricos
constituem abordagem objetiva e confiável, constituindo um dos instrumentos
metodológicos que contribuem para a visualização do comportamento da ciência em
um dado campo. Esta pesquisa utiliza especialmente os indicadores de ligação.
Como procedimento de pesquisa, por meio do portal da Capes, foram identificados
8 programas de pós-graduação, obtendo-se uma lista com um total de 118
docentes, no Brasil. Os dados foram coletados e organizados utilizando o
ScriptLattes, ferramenta desenvolvida para a extração e compilação automática
da produção de pesquisadores cadastrados na plataforma Lattes. O software
Ucinet foi utilizado para traçar a rede e calcular os indicadores de densidade
e centralidade. Verificou-se que a maioria dos cursos localiza-se nas regiões
sul e sudeste do país e, de forma genérica, as coautorias ocorrem mais
intensamente no âmbito institucional, porém não deixam de ocorrer também entre
os subgrupos, a partir das afinidades temáticas ou de linhas de pesquisa.
Apesar de ser uma área ainda recente, já apresenta uma rede colaborativa
significativa, indicando que a área tem fundamentos teórico-metodológicos
comuns, advindos da confluência de diversos campos científicos.}
}
@mastersthesis{MenaChalcoDiss05,
author = {J. P. Mena-Chalco},
title = {Identificação de Regiões Codificantes de Proteína Através da Transformada Modificada de {Morlet}},
school = {IME-USP},
year = {2005},
month = {October},
pdf = {pdf/MestradoMenaChalco.pdf},
http = {pdf/MestradoMenaChalco/},
slides = {pdf/MestradoMenaChalco_slides.pdf},
keywords = {identificação de genes, periodicidade nos éxons, transformada modificada de Morlet, processamento digital de sinais, pipeline, bioinformática.},
abstract = {Um tópico importante na análise de seqüências biológicas é a busca
de genes, ou seja, a identificação de regiões codificantes de proteínas. Esta
identificação permite a posterior procura de significado, descrição ou
categorização biológica do organismo analisado. Atualmente, vários métodos
combinam reconhecimento de padrões com conhecimento coletado de conjuntos de
treinamento ou de comparações com banco de dados genômicos. Entretanto, a
acurácia desses métodos está ainda longe do satisfatório. Novos métodos de
processamento de seqüências de DNA e de identificação de genes podem ser
criados através da busca por conteúdo (search-by-content). O padrão periódico
de DNA em regiões codificantes de proteína, denominada periodicidade de três
bases, vem sendo considerado uma propriedade dessas regiões. As técnicas de
processamento digital de sinais fornecem uma base robusta para a identificação
de regiões com periodicidade de três bases. Nesta dissertação, são
apresentados um pipeline bioinformático, os conceitos básicos da identificação
genômica, e métodos de processamento digital de sinais utilizados para a
identificação de regiões codificantes de proteínas. Introduzimos um novo
método para a identificação dessas regiões, baseado na transformada proposta,
denominada Transformada Modificada de Morlet. Apresentamos vários resultados
experimentais obtidos a partir de seqüências de DNA sintéticas e reais. As
principais contribuições do trabalho consistem no desenvolvimento de um
pipeline bioinformático para projetos genoma e na criação de um método de
identificação de regiões codificantes onde a periodicidade de três bases seja
latente. O método apresenta desempenho superior e vantagens importantes em
comparação ao método tradicional baseado na transformada de Fourier de tempo
reduzido.}
}
@thesis{MenaChalcoTesis08,
author = {J. P. Mena-Chalco},
title = {Identificación y Clasificación de Regiones Codificantes de Proteínas: Un Estudio Comparativo de Métodos Independientes del Modelo de {ADN} Codificante},
note = {Escuela Profesional de Ingeniería de Sistemas - Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa, Peru (tesis presentada para la obtención del título profesional de Ingeniero de Sistemas)},
school = {Escuela Profesional de Ingeniería de Sistemas - Universidad Nacional de San Agustín},
year = {2008},
month = {January},
address = {Arequipa - Peru},
http = {pdf/pregradoMenaChalco/},
pdf = {pdf/pregradoMenaChalco.pdf},
keywords = {identificación y clasificación de regiones codificantes de proteínas, periodicidad en las regiones codificantes, métodos independientes del modelo de ADN codificante, bioinformática},
abstract = {Un tópico importante en el análisis de secuencias biológicas es la
identificación de regiones codificantes de proteínas. En ese contexto,
diferentes métodos independientes del modelo de ADN codificante fueron
estudiados. Estos métodos son basados en la búsqueda de patrones periódicos
genómicos específicos propios de las regiones codificantes de proteínas; sin
embargo, no son completamente satisfactórios debido a la dependencia sobre el
tamaño de ventana el cual debe se ser previamente definido para analizar
localmente una región de ADN. Alternativamente, un nuevo método de
identificación de regiones codificantes de proteínas para organismos
eucariotos, basado en la transformada modificada de Morlet, fue propuesto
recientemente. Esa nueva transformada multi-escala permite evitar la
dependencia del tamaño de ventana, analizando secuencias de ADN con funciones
de frecuencia tres y de escala variable. En el presente trabajo es realizado
un análisis comparativo de los métodos más representativos de identificación y
clasificación de regiones codificantes de proteínas en secuencias de ADN. El
estudio esta concentrado en la definición de nuevos procedimientos de
comparación entre métodos basados únicamente en medidas independientes del
modelo de ADN codificante. Son cuatro los métodos evaluados incluyendo los
basados en: (1) transformada modificada de Morlet, (2) información mutua media,
(3) \emph{spectrum} de Fourier, y (4) características espectrales de Fourier.
Finalmente son discutidas situaciones biológicas donde la exactitud de los
métodos de identificación de regiones codificantes aún este lejos de lo
idealmente esperado.}
}
@thesis{MenaChalcoDi10,
author = {J. P. Mena-Chalco},
title = {Reconstrução de faces {3D} através de espaços de componentes principais},
school = {IME-USP},
year = {2010},
month = {December},
http = {http://www.vision.ime.usp.br/~jmena/projects/3Dface/},
pdf = {pdf/tese-face3D-jmena.pdf},
slides = {pdf/tese-face3D-jmena_slides.pdf},
keywords = {modelo de face 3D, reconstrução facial, análise de componentes principais, caricaturização.},
abstract = {
O processo de reconstrução de modelos faciais 3D (geometria facial)
dada uma fotografia 2D (textura facial) é um tópico relevante na área de
\emph{Visão Computacional}, \emph{Computação Gráfica}, e \emph{Reconhecimento
de Padrões}, que vem recebendo especial atenção da comunidade científica.
Neste trabalho, apresentamos um método de \emph{fotografia facial 3D} baseada
em um banco de dados de expressões faciais composto por geometria e textura
facial. O método proposto permite obter uma representação de geometria facial
3D dada apenas uma fotografia 2D e um conjunto de pontos característicos
faciais. Os dados correspondentes à fotografia 2D sofrem uma série de
transformações através de espaços de textura e geometria previamente estimados.
Na etapa de treinamento, pontos característicos faciais das amostras do banco
de dados e sua projeção em espaços de componentes principais são utilizados
para representar o banco de dados completo, definindo uma base ortonormal de
textura e outra de geometria. Na etapa de reconstrução de uma face, dada uma
fotografia 2D, a textura facial, limitada por seus pontos característicos
correspondentes, é utilizada para projetar a face de entrada na base de
geometria obtida no treinamento. Testes considerando um banco de dados de
faces 3D (especialmente criado para este trabalho), conjuntamente com a adoção
de uma métrica, mostram bons resultados de reconstrução facial 3D, corroborando
assim a eficiência e aplicabilidade dada a baixa complexidade espacial e
temporal do método proposto.
Adicionalmente à reconstrução facial, neste trabalho foram exploradas duas
aplicações relacionadas à (i) transferência de expressões faciais 3D, e à (ii)
caricaturização de faces 3D utilizando uma abordagem baseada em proporções de
elementos faciais quando confrontadas a uma face média. Os resultados destas
aplicações mostram a rápida e simples síntese de novos modelos 3D com novas
expressões e novas proporções faciais exageradas, úteis para a animação facial
3D.}
}
@manual{MenaChalco04,
title = {Pipeline bioinformatico - Uma descriçao sucinta},
author = {J. P. Mena-Chalco},
organization = {Instituto de Matemática e Estatística - USP},
address = {},
edition = {},
month = {August},
year = {2004},
note = {},
pdf = {pdf/pipelineDraft.pdf},
abstract = {Neste documento, apresentamos uma pequena descrição do pipeline
bioinformático criado, em Agosto de 2004, no Laboratório de Bioinformática do
Departamento de Ciência da Computação do IME-USP, com parceria do Laboratório
de Biotecnologia do Departamento de Ciências Biológicas da ESALQ-USP.}
}
@misc{MMacedo10,
title = {Blood vessel tracking in {MRA} images},
author = {M. M. G. Macedo and J. P. Mena-Chalco and C. Mekkaoui and M. P. Jackowski},
note = {Technical Video - SIBGRAPI 2010 - Video Festival / Single Track},
year = {2010},
http = {http://www.vision.ime.usp.br/~maysa/videosib.html},
abstract = {Vascular disease is characterized by any condition that affects
the circulatory system. Recently, a demand for sophisticated software tools
that can characterize the integrity and functional state of vascular networks
from different vascular imaging modalities has appeared. Such tools face
significant challenges such as: large datasets, similarity in intensity
distributions of other organs and structures, and the presence of complex
vessel geometry and branching patterns. Towards that goal, this video
presents a new approach to automatically track vascular networks from MRA
images. Our methodology is based on the Hough transform to dynamically
estimate the centerline and vessel diameter along the vessel trajectory.
Furthermore, the vessel architecture and orientation is determined by the
analysis of the Hessian matrix of the MRA intensity distribution. Results are
shown using real human MRA images. The tracking algorithm yielded high
reproducibility rates, robustness to different noise levels, associated with
simplicity of execution, which demonstrates the feasibility of our approach.}
}
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