Porém, quando o tamanho do sinal é uma potência de 2, pode-se aplicar um algoritmo chamado Transformada Rápida de Fourier (``Fast Fourier Transform'' - FFT), baseado em um método chamado dobramentos sucessivos [Gonzalez and Woods, 1992]. A ordem de complexidade de execução desse algoritmo é de O(), sendo, portanto, altamente eficiente se comparado à transformada de Fourier discreta comum.
Esse algoritmo torna possível a aplicação da transformada de Fourier para imagens ou padrões de alta dimensionalidade. Para se fazer uma comparação prática, foi realizado um teste utilizando o software MatLab, que possui a FFT implementada. Foram criados dois sinais aleatórios (ou seja, contendo apenas ruídos) e . O sinal possui tamanho e possui uma dimensão a menos que , ou seja, o tamanho de é . O tempo levado para obter-se a transformada de Fourier de foi de 10,8198 segundos. Já o tempo levado para realizar a mesma tarefa em (o qual é menor que , mas cujo tamanho não é uma potência de 2) foi de 128,8102 segundos.